genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19322140--19322300	27	6.0	27	87	2	216	24	13	18	43	1.86
19322140--19322295	81	1.9	81	89	2	242	25	13	17	43	1.85
19322642--19322686	18	2.5	18	85	0	63	24	17	13	44	1.85
19323426--19323508	42	2.0	42	90	4	132	26	19	16	37	1.93
19323960--19324038	39	2.1	38	92	2	131	35	22	6	35	1.80
19327184--19327219	18	2.0	18	100	0	72	44	22	11	22	1.84
19339169--19339237	34	2.0	34	97	0	129	33	20	7	39	1.80
19339315--19339437	43	2.9	42	77	7	149	27	25	16	30	1.96
19339322--19339479	42	3.8	42	77	5	133	26	22	16	34	1.95
19342187--19342224	20	1.9	20	89	10	60	31	2	0	65	1.06
19345100--19345305	61	3.4	61	100	0	412	27	17	17	36	1.93
19353393--19353459	28	2.4	28	87	0	89	23	11	32	31	1.91
19355153--19355335	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
19355132--19355335	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
19360678--19360729	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
19360660--19360802	73	2.0	67	82	7	169	20	29	20	29	1.98
19360770--19360829	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
19369697--19370128	218	2.0	218	96	0	801	24	12	31	31	1.93
19371484--19371620	71	1.9	71	100	0	274	25	19	27	27	1.99
19373282--19373446	47	3.5	47	96	1	294	29	30	9	30	1.89
19376827--19377062	40	5.9	40	79	5	212	25	27	22	24	2.00
19376827--19377062	120	2.0	120	80	11	270	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19377368--19377446	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
19377428--19377530	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
19379396--19379474	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
19379595--19379723	49	2.7	49	78	7	124	26	31	10	32	1.89
19383089--19383140	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
19387746--19387803	30	1.9	30	89	0	89	34	13	24	27	1.93
19389041--19389174	55	2.4	55	85	2	189	21	17	31	29	1.97
19393030--19393318	27	10.7	27	81	2	301	39	17	15	26	1.90
19393025--19393308	81	3.5	81	85	3	374	40	18	15	26	1.89
19393030--19393318	109	2.7	109	81	3	271	39	17	15	26	1.90
19395032--19395293	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
19404104--19404367	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
19404104--19404400	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
19409730--19409764	18	1.9	18	94	0	61	42	11	22	22	1.85
19410095--19410172	27	2.9	27	80	3	77	38	24	12	24	1.90
19410171--19410264	27	3.5	27	84	5	102	25	19	15	39	1.91
19410612--19410711	27	3.7	27	75	13	100	35	20	17	28	1.94
19410689--19410782	27	3.5	27	82	5	102	24	17	17	41	1.89
19410610--19410711	54	1.9	54	84	6	136	35	19	17	27	1.94
19409823--19410869	518	2.0	521	96	1	1938	32	23	17	26	1.97
19411460--19411539	40	2.0	40	100	0	160	45	37	5	12	1.64
19416763--19416848	38	2.3	38	85	0	118	20	19	25	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19416841--19417058	45	4.9	45	82	4	228	23	21	28	26	1.99
19421981--19422058	22	3.3	22	68	16	66	64	3	14	17	1.44
19421975--19422073	49	2.0	49	96	0	180	64	4	12	19	1.42
19422197--19422241	22	2.0	22	100	0	90	24	40	8	26	1.84
19422282--19422339	21	2.8	21	89	0	89	22	29	10	37	1.87
19432270--19432320	26	2.0	26	88	0	75	31	5	15	47	1.70
19432915--19432954	19	2.1	19	100	0	80	20	30	32	17	1.95
19442158--19442280	47	2.6	47	97	0	228	31	28	17	22	1.96
19442252--19442464	46	4.6	46	99	0	417	30	28	19	21	1.97
19443019--19443129	55	2.0	55	98	0	213	36	19	6	37	1.78
19445189--19445231	21	2.0	20	83	16	52	53	0	6	39	1.28
19447256--19447569	54	5.8	54	72	13	218	37	15	14	33	1.87
19447249--19447569	27	11.9	27	73	9	163	37	15	14	33	1.88
19447256--19447578	82	4.0	82	74	12	220	37	15	14	32	1.88
19447283--19447578	27	11.0	27	73	10	171	36	15	15	32	1.89
19449754--19449857	31	3.4	31	77	10	106	27	13	18	40	1.88
19456077--19456111	17	2.1	17	88	0	52	40	0	0	60	0.97
19456090--19456155	27	2.3	29	82	10	82	43	4	0	51	1.22
19464691--19464733	22	2.0	22	85	0	59	23	16	25	34	1.95
19472714--19472809	28	3.4	28	72	16	108	27	16	27	29	1.97
19472742--19472839	28	3.5	28	70	18	87	22	14	33	29	1.93
19472714--19472849	56	2.4	56	93	4	229	25	14	29	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19481926--19482962	40	25.9	40	91	0	1660	27	28	20	23	1.99
19481926--19482962	80	13.0	80	98	0	1939	27	28	20	23	1.99
19482937--19483080	40	3.6	40	77	11	125	23	27	22	26	2.00
19486842--19486947	53	2.0	53	98	0	203	40	20	12	26	1.88
19487347--19487469	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
19495552--19495736	79	2.3	81	83	7	227	24	27	22	24	2.00
19495552--19495736	40	4.7	40	82	7	225	24	27	22	24	2.00
19506732--19506771	19	2.1	19	95	0	71	35	10	27	27	1.89
19506751--19506930	47	3.8	47	91	3	272	32	11	30	25	1.91
19506954--19507080	46	2.8	46	81	0	155	34	10	29	25	1.89
19509705--19509761	27	2.1	27	86	0	78	33	33	8	24	1.86
19511432--19511697	28	9.5	28	93	0	435	32	27	13	26	1.93
19519650--19519855	28	7.4	28	92	2	299	32	29	13	25	1.93
19523587--19523812	40	5.7	40	90	4	291	26	21	26	25	1.99
19531001--19531057	26	2.2	26	78	6	62	17	40	0	42	1.49
19532540--19532597	25	2.3	25	78	0	62	36	18	24	20	1.95
19536043--19536072	15	2.0	15	100	0	60	26	13	6	53	1.64
19539173--19539207	18	1.9	18	88	0	52	20	28	34	17	1.95
19541012--19541044	12	2.8	12	90	4	50	0	24	0	75	0.80
19547307--19547364	30	1.9	30	86	6	82	22	36	27	13	1.92
19557316--19557491	56	3.1	56	99	0	343	22	22	9	45	1.80
19557643--19558398	42	18.0	42	100	0	1512	42	19	7	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19564808--19565039	56	4.1	56	98	0	446	22	21	9	45	1.81
19565191--19565946	42	18.0	42	100	0	1512	42	19	7	30	1.78
19576354--19576714	50	7.5	50	75	10	272	27	18	28	24	1.98
19583443--19583514	36	2.0	36	97	0	135	34	22	9	33	1.87
19593963--19594049	44	2.0	44	93	0	147	36	2	28	32	1.70
19604620--19604664	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
19608008--19608115	48	2.3	47	83	3	128	25	28	18	27	1.98
19608041--19608301	45	5.7	45	83	3	283	24	30	16	28	1.96
19608057--19608301	90	2.7	89	86	6	323	25	29	15	29	1.96
19608009--19608258	135	1.8	139	82	3	328	24	30	17	28	1.97
19618455--19618503	21	2.3	21	89	0	71	48	28	8	14	1.72
19628824--19628868	22	2.0	22	83	8	56	40	0	35	24	1.56
19629419--19629479	7	8.9	7	76	3	61	29	26	16	27	1.97
19629447--19629486	21	1.9	21	89	0	62	37	30	10	22	1.87
19629513--19629580	7	9.7	7	75	10	50	26	2	27	42	1.70
19633145--19633186	23	1.9	21	90	9	66	42	4	0	52	1.22
19633859--19633888	14	2.1	15	93	6	53	70	0	0	30	0.88
19633859--19633892	16	2.2	15	89	5	50	67	0	0	32	0.91
19642912--19642969	12	5.2	12	80	16	79	41	32	5	20	1.75
19642910--19642969	22	2.7	22	97	0	111	40	33	5	21	1.75
19644512--19644570	29	2.0	29	93	0	100	35	25	11	27	1.91
19648013--19648252	124	1.9	124	97	0	453	37	11	12	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19659344--19659406	32	2.0	32	87	0	90	28	17	20	33	1.95
19664687--19664848	48	3.4	48	81	3	211	23	26	20	29	1.99
19664687--19664857	94	1.8	94	90	0	279	22	26	20	30	1.98
19665559--19665597	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
19669667--19670548	28	31.5	28	99	0	1712	25	14	28	32	1.94
19689898--19689971	34	2.2	33	85	2	94	29	22	18	28	1.98
19701736--19702621	37	24.0	37	99	0	1722	24	19	16	39	1.91
19702585--19702755	46	3.6	46	84	9	234	28	22	14	35	1.92
19702628--19702749	52	2.3	52	88	2	172	27	22	13	36	1.91
19709326--19709528	53	3.8	54	76	3	203	20	23	17	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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