genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24711694--24711718	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
24720984--24721159	97	1.8	97	87	2	264	24	15	27	31	1.96
24725691--24725778	33	2.7	33	89	0	131	48	15	18	17	1.81
24738496--24738595	21	4.7	21	64	7	67	64	4	8	24	1.38
24738491--24738618	64	2.0	64	98	0	247	59	5	7	27	1.47
24740493--24740536	20	2.2	20	91	0	70	34	13	27	25	1.93
24746385--24746449	33	1.9	34	93	3	114	33	21	18	26	1.96
24760905--24760986	43	1.9	43	85	5	112	34	21	14	29	1.93
24766689--24766718	14	2.1	14	100	0	60	36	6	23	33	1.81
24770754--24770947	48	4.0	48	95	0	325	36	6	26	30	1.81
24771088--24771190	37	2.8	37	92	0	170	23	17	32	27	1.97
24783081--24783303	94	2.3	93	80	7	227	28	19	29	22	1.98
24783335--24783400	31	2.1	32	94	2	116	21	25	24	28	1.99
24785963--24786035	36	2.0	36	100	0	146	41	0	8	50	1.32
24786462--24786513	25	2.1	25	85	7	70	50	0	1	48	1.12
24794940--24795029	24	3.7	22	75	16	72	34	20	28	16	1.94
24798174--24798327	28	5.5	28	94	0	256	33	28	11	25	1.91
24798802--24798828	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
24805276--24805405	63	2.1	63	80	2	145	22	19	29	29	1.98
24805983--24806056	22	3.4	22	78	0	94	20	18	14	45	1.85
24809828--24809890	33	1.9	33	100	0	126	39	6	6	47	1.54
24810665--24810734	22	3.2	22	91	0	104	35	8	15	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24810665--24810725	12	5.4	12	70	21	51	36	9	16	37	1.82
24810803--24810893	43	2.1	43	85	0	119	17	23	26	32	1.96
24811051--24811098	15	3.2	15	75	0	51	27	20	22	29	1.99
24811123--24811207	14	6.1	14	83	2	91	25	34	22	17	1.96
24811123--24811201	28	2.9	28	84	1	106	25	34	22	17	1.96
24811692--24811932	123	1.9	126	89	5	380	28	8	11	51	1.67
24820399--24820436	20	1.9	20	88	0	58	36	0	5	57	1.21
24831924--24831966	22	2.0	22	95	0	77	30	13	25	30	1.94
24832758--24832810	27	2.0	27	85	7	72	20	5	43	30	1.75
24836400--24836475	20	3.8	20	69	19	59	31	19	28	19	1.97
24836400--24836464	20	3.2	20	72	23	64	29	18	29	23	1.98
24838588--24838700	44	2.6	44	86	0	154	26	11	24	37	1.90
24842042--24842265	40	5.7	40	86	6	271	25	27	22	24	2.00
24842042--24842265	118	1.9	120	83	7	296	25	27	22	24	2.00
24847488--24847534	24	2.0	24	95	0	85	34	8	36	21	1.84
24850589--24850645	26	2.1	27	96	3	107	38	15	7	38	1.75
24850876--24851034	43	3.7	42	76	10	119	27	25	17	29	1.97
24853738--24853789	23	2.3	23	89	0	77	38	19	23	19	1.93
24878832--24878889	26	2.2	28	77	22	72	48	13	8	29	1.73
24878837--24878885	26	1.9	25	88	12	73	57	10	10	22	1.62
24880126--24880300	68	2.6	67	80	1	172	30	20	23	26	1.98
24883372--24883436	32	2.0	32	100	0	130	38	6	15	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24885410--24885545	43	3.2	43	73	10	118	26	25	21	27	1.99
24886328--24886361	6	5.7	6	100	0	68	0	17	0	82	0.67
24887946--24887983	20	1.9	20	88	0	58	47	10	7	34	1.67
24896545--24896583	21	1.9	20	94	5	69	56	5	12	25	1.57
24906921--24906950	6	5.0	6	100	0	60	33	0	0	66	0.92
24906914--24906950	18	2.1	18	89	0	56	35	0	2	62	1.10
24912466--24912547	3	27.0	3	90	2	92	35	7	0	57	1.27
24912670--24912694	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
24925101--24925135	18	1.9	18	94	0	61	40	48	2	8	1.49
24925112--24925136	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
24925164--24925202	20	2.0	20	84	0	51	74	5	2	17	1.12
24925221--24925288	9	7.6	9	77	6	57	26	10	19	44	1.82
24925221--24925288	18	3.8	18	78	3	66	26	10	19	44	1.82
24928151--24928192	18	2.3	19	87	4	59	33	0	0	66	0.92
24934653--24934697	21	2.1	21	91	0	72	48	13	8	28	1.72
24938233--24938394	45	3.6	44	82	5	175	22	21	14	41	1.89
24938232--24938439	89	2.3	90	82	2	240	23	20	14	41	1.89
24938278--24938443	45	3.7	44	83	4	147	22	19	13	43	1.86
24938630--24938848	109	2.0	109	95	0	393	44	21	1	32	1.63
24940635--24940791	69	2.3	69	94	1	269	54	8	3	33	1.48
24940776--24940807	17	1.9	16	93	6	55	59	6	0	34	1.23
24941746--24941797	25	2.1	25	100	0	104	57	19	3	19	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24944286--24944346	30	2.1	29	93	3	104	36	22	14	26	1.93
24950459--24950495	19	1.9	19	88	0	56	40	16	8	35	1.78
24951545--24951605	30	2.1	29	96	3	113	36	22	16	24	1.94
24957231--24957273	18	2.4	18	88	7	61	44	0	2	53	1.13
24957915--24958769	3	285.0	3	100	0	1710	33	33	0	33	1.58
24959394--24959465	36	2.0	36	84	7	94	40	4	0	55	1.19
24959418--24959497	28	2.8	30	81	12	105	38	1	1	58	1.14
24959502--24959541	21	1.9	21	90	10	64	27	0	7	65	1.20
24964755--24964985	35	6.6	35	84	0	291	19	12	27	40	1.88
24964878--24964931	16	3.2	16	72	23	56	25	12	20	40	1.88
24967864--24967904	22	1.9	21	85	5	55	56	2	7	34	1.40
24969944--24970022	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
24970141--24970551	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
24971690--24971731	18	2.3	18	100	0	84	42	19	4	33	1.72
24980391--24980469	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
24980588--24980989	47	8.5	47	93	2	655	28	29	8	32	1.88
24986169--24986246	30	2.6	30	89	0	111	23	24	12	39	1.89
24986231--24986393	30	5.5	30	79	4	161	23	28	11	35	1.90
24986201--24986417	60	3.7	60	72	7	192	24	29	11	34	1.91
24986309--24986392	29	2.9	29	87	0	114	22	33	14	29	1.93
24986379--24986447	29	2.4	29	85	0	93	26	27	13	33	1.93
24994893--24994960	35	1.9	35	100	0	136	19	23	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25006350--25006501	58	2.7	57	83	5	184	42	0	3	53	1.22
25006459--25006499	14	3.1	14	79	10	50	41	0	0	58	0.98
25009839--25010014	46	3.8	46	79	10	214	21	19	29	29	1.98
25009835--25010006	93	1.8	93	94	0	308	20	20	30	28	1.98
25017315--25017346	7	4.6	7	96	0	55	37	12	0	50	1.41
25017479--25018335	3	285.7	3	100	0	1714	66	0	33	0	0.92
25018422--25018480	31	1.9	30	83	10	75	40	3	15	40	1.64
25018422--25018480	30	1.9	32	86	6	86	40	3	15	40	1.64
25027303--25027369	35	1.9	35	93	0	116	37	11	10	40	1.77
25035335--25035370	13	2.8	13	91	0	54	2	25	47	25	1.65
25036241--25036271	16	2.0	16	93	6	55	19	25	0	54	1.44
25040540--25040652	46	2.5	44	84	7	138	26	16	30	25	1.97
25040444--25040756	94	3.3	94	77	14	258	27	17	29	25	1.98
25040625--25040751	49	2.6	49	80	10	143	25	15	29	28	1.96
25050452--25050533	39	2.1	39	95	0	146	20	24	31	23	1.98
25056370--25056414	22	2.0	24	86	8	67	44	11	2	42	1.52
25060701--25060756	6	9.2	6	94	2	67	16	25	0	58	1.37
25060701--25060756	18	3.1	18	86	2	76	16	25	0	58	1.37
25061774--25061829	27	2.1	27	89	0	85	41	14	12	32	1.83
25064396--25064486	48	1.9	47	86	2	128	41	27	10	19	1.85
25065858--25065893	17	2.2	16	90	9	56	72	0	25	2	0.98
25070482--25070511	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25086927--25086960	17	2.1	16	88	5	50	26	2	44	26	1.69
25093007--25093036	12	2.5	12	88	0	51	30	0	50	20	1.49
25097479--25097580	40	2.5	42	81	13	124	61	3	0	33	1.21
25097602--25097637	17	2.1	17	89	0	54	61	2	2	33	1.25
25097642--25097783	26	5.1	27	77	14	130	66	0	2	30	1.11
25097673--25097790	38	3.2	37	73	14	111	66	0	2	29	1.10
25097646--25097783	58	2.4	58	82	14	169	65	0	2	30	1.12
25099468--25099551	44	1.9	44	87	0	123	29	27	13	29	1.94
25099746--25099860	44	2.6	44	89	5	178	33	26	12	27	1.92
25099468--25100046	308	1.9	306	88	4	869	29	23	15	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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