Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  105  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33385325--33385366
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2.0
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24
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31
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
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(0-2)
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1.9
18
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2.1
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2.3
251
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3.0
17
77
17
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57
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56
11
0
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1.35
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2.5
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0
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31
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100
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34
1.46
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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(0-2)
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15
3.7
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11
73
50
0
21
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1
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13
58
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6
3
36
1.43
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2.3
39
94
2
151
37
5
20
37
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33530306--33530432
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34
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12
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11
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20
15
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255
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20
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30
1.96
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138
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30
19
20
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1.96
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0
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29
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8
4.2
8
92
3
50
81
0
0
18
0.68
33558095--33558141
3
15.7
3
100
0
94
34
0
31
34
1.58
33564898--33564965
31
2.2
32
89
2
102
25
16
8
50
1.73
33564910--33564986
31
2.5
31
81
10
88
29
16
10
42
1.82
33570640--33570682
16
2.8
15
83
13
52
2
51
0
46
1.13
33577362--33577419
19
2.8
21
84
10
66
39
17
6
36
1.76
33582726--33582792
26
2.6
26
81
9
66
34
7
1
56
1.36
33592548--33592572
10
2.5
10
100
0
50
72
0
0
28
0.86
33592799--33592941
60
2.3
62
81
10
170
26
27
19
26
1.99
33598382--33598430
18
2.7
19
75
12
50
38
0
6
55
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33600910--33600951
22
1.9
22
85
9
59
57
4
2
35
1.33
33606628--33606665
19
2.0
19
94
0
67
28
15
15
39
1.89
33612133--33612304
46
3.7
46
78
9
163
26
19
30
23
1.98
33615282--33615334
26
2.0
26
100
0
106
50
11
18
18
1.76
33632450--33632583
40
3.3
40
85
2
171
29
23
17
29
1.97
33632986--33633043
29
2.0
30
83
10
75
29
27
0
43
1.55
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27
4.1
27
79
10
115
36
22
24
16
1.94
33635895--33636007
55
2.1
54
83
5
138
36
22
24
16
1.94
33637426--33637472
24
2.0
24
91
0
76
23
38
2
36
1.67
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11
3.1
11
86
0
50
64
11
8
14
1.49
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25
2.3
23
78
15
56
51
5
3
38
1.43
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21
1.9
21
85
10
55
50
2
0
47
1.14
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29
2.0
29
83
6
73
50
11
15
22
1.76
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2
19.0
2
100
0
76
50
0
0
50
1.00
33672103--33672143
14
2.7
16
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11
50
73
2
2
21
1.07
33672102--33672148
16
3.1
16
81
9
62
68
2
2
27
1.13
33672159--33672199
21
2.0
21
85
0
55
46
4
9
39
1.58
33679499--33679559
28
2.2
28
100
0
122
29
6
9
54
1.59
33681121--33681202
39
2.1
39
93
0
137
31
26
19
21
1.97
33683726--33683821
47
2.0
47
93
0
165
27
22
19
30
1.98
33684103--33684133
2
15.5
2
93
0
53
0
45
0
54
0.99
33684183--33684270
42
2.1
42
100
0
176
34
12
4
48
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33686861--33686995
54
2.4
54
87
6
180
24
17
26
31
1.97
33688664--33688732
33
2.1
33
88
0
102
28
34
17
18
1.94
33692041--33692109
29
2.2
31
82
10
79
40
0
10
49
1.37
33694660--33694702
17
2.6
16
82
10
50
51
0
2
46
1.13
33694661--33694702
16
2.5
17
80
7
50
52
0
2
45
1.13
33702097--33702133
6
6.3
6
87
6
58
35
0
0
64
0.94
33704705--33704745
21
1.9
21
90
5
64
75
2
4
17
1.08
33704705--33704762
19
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21
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66
72
1
3
22
1.09
33705091--33705152
23
2.6
24
77
10
65
38
1
3
56
1.25
33719625--33719746
61
2.0
61
100
0
244
40
11
9
37
1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279