genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77650065--77650117	19	2.8	17	81	16	52	11	7	7	73	1.24
77651672--77651801	47	2.8	47	83	2	163	23	16	26	33	1.96
77657117--77657237	47	2.6	47	88	1	172	19	23	14	43	1.86
77668023--77668062	16	2.3	18	87	12	57	17	50	7	25	1.72
77668306--77668347	12	3.7	11	81	12	50	0	19	2	78	0.86
77669003--77669089	3	28.3	3	77	9	86	31	6	1	60	1.30
77678260--77678384	42	3.0	42	76	14	123	26	18	28	27	1.98
77695643--77695704	24	2.5	25	76	10	65	54	4	4	35	1.43
77695746--77695786	18	2.2	18	86	4	55	56	9	4	29	1.53
77696155--77696230	11	6.8	11	68	14	57	65	1	5	27	1.22
77697377--77697438	24	2.5	25	76	10	65	54	4	4	35	1.43
77697889--77697964	11	6.8	11	68	14	57	65	1	5	27	1.22
77700851--77700875	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
77705762--77706082	179	1.8	177	93	3	558	37	9	14	38	1.78
77709549--77709575	13	2.1	13	100	0	54	25	22	0	51	1.48
77721881--77721921	22	1.9	22	95	5	75	9	39	26	24	1.86
77727497--77727536	15	2.6	16	84	15	57	22	2	0	75	0.93
77729499--77729588	27	3.3	27	79	0	99	34	16	28	20	1.94
77737341--77737374	17	2.0	17	94	0	59	50	0	20	29	1.49
77737343--77737383	17	2.4	17	87	0	55	56	0	12	31	1.36
77737693--77737724	16	2.0	17	88	11	50	53	0	9	37	1.34
77739647--77739698	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77740816--77740897	43	1.9	43	94	0	146	25	13	26	34	1.93
77741497--77741555	29	2.0	29	96	0	109	33	8	16	40	1.79
77746887--77746926	19	2.0	20	85	4	55	45	12	5	37	1.64
77748092--77748118	4	6.8	4	100	0	54	22	0	25	51	1.48
77754100--77754170	31	2.3	30	83	13	83	52	1	2	43	1.24
77754125--77754180	14	3.8	14	73	13	58	53	0	0	46	1.00
77754122--77754186	31	2.1	31	91	0	103	49	0	0	50	1.00
77754992--77755034	22	2.0	22	81	9	52	62	9	0	27	1.25
77756872--77756910	21	2.0	20	85	10	53	46	5	0	48	1.24
77756964--77757002	19	2.1	19	90	0	60	38	0	7	53	1.30
77758103--77758143	21	2.0	22	90	9	68	34	31	24	9	1.88
77758267--77758390	28	4.4	28	90	0	203	19	39	20	20	1.93
77759349--77759611	47	5.6	47	75	12	204	23	26	19	30	1.98
77761234--77761277	13	3.5	13	78	12	56	38	2	4	54	1.33
77761928--77761973	23	1.9	23	82	8	56	41	17	23	17	1.90
77762874--77762932	31	1.9	31	82	6	75	22	23	5	49	1.70
77765619--77765679	32	2.0	29	87	9	86	57	1	4	36	1.30
77767432--77767463	14	2.2	15	94	5	57	34	6	12	46	1.67
77768445--77768476	6	5.2	6	92	7	55	37	0	62	0	0.95
77791796--77791820	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
77796857--77796886	15	2.1	15	93	6	53	56	6	0	36	1.26
77797671--77797712	21	2.0	21	85	0	57	45	11	23	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77799338--77799398	24	2.5	24	75	19	72	36	1	3	59	1.24
77800363--77800445	30	2.8	29	82	8	96	30	1	6	62	1.27
77800581--77800636	29	1.9	29	85	7	78	60	5	1	32	1.29
77801522--77801601	13	6.7	13	70	26	54	35	0	1	63	1.02
77801534--77801608	34	2.2	34	95	0	132	34	0	0	65	0.93
77801551--77801590	20	2.0	21	95	5	73	35	0	0	65	0.93
77801533--77801609	14	5.1	14	75	20	66	36	0	0	63	0.95
77805043--77805067	13	1.9	13	100	0	50	80	12	0	8	0.92
77807608--77807999	131	3.0	131	92	0	624	26	20	19	33	1.96
77815188--77815489	3	99.7	3	63	24	68	34	3	0	61	1.20
77815243--77815481	16	14.9	16	68	23	78	34	3	0	61	1.18
77815250--77815463	84	2.6	82	74	15	194	35	3	0	60	1.18
77815240--77815481	20	10.8	21	66	26	83	34	3	0	61	1.17
77815240--77815447	15	14.3	15	66	20	77	34	3	0	61	1.16
77815427--77815484	26	2.2	26	81	0	62	31	3	0	65	1.09
77827116--77827254	41	3.3	41	73	13	136	28	16	22	32	1.96
77827052--77827255	87	2.3	87	91	0	327	29	17	23	29	1.97
77827054--77827283	87	2.6	87	88	4	304	30	16	23	29	1.96
77827481--77827513	4	8.2	4	100	0	66	72	0	0	27	0.85
77829011--77829116	3	35.0	3	67	19	51	33	1	0	64	1.11
77829054--77829116	7	9.0	7	74	19	60	39	0	0	60	0.97
77829047--77829116	26	2.8	26	80	12	83	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77829055--77829100	16	2.8	16	84	15	67	41	0	0	58	0.98
77829128--77829266	26	5.4	24	71	23	74	34	4	0	60	1.22
77829180--77829300	16	7.1	16	68	22	52	35	4	0	60	1.16
77829047--77829268	54	4.2	53	72	17	151	35	4	0	59	1.20
77829231--77829300	21	3.3	21	75	18	65	34	2	0	62	1.10
77829253--77829301	19	2.6	20	84	12	68	30	4	0	65	1.11
77829246--77829303	26	2.2	26	81	0	62	31	3	0	65	1.09
77831160--77831470	154	2.0	154	98	0	595	33	14	18	34	1.91
77835681--77835705	13	1.9	13	100	0	50	8	4	8	80	1.03
77846710--77846770	31	2.0	31	86	0	86	19	32	29	18	1.95
77846718--77846784	31	2.2	31	86	2	91	16	32	32	17	1.93
77848950--77849003	20	2.7	20	79	0	63	27	5	1	64	1.26
77852725--77852804	18	4.4	18	69	17	58	26	1	2	70	1.08
77852732--77852784	21	2.5	21	90	0	79	26	1	1	69	1.09
77853697--77853887	94	2.0	94	86	7	269	28	14	25	31	1.94
77854624--77854683	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
77855234--77855285	10	5.1	10	78	2	50	25	7	0	67	1.17
77855234--77855283	20	2.5	21	81	15	61	24	8	0	68	1.16
77855993--77856026	17	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
77858313--77858371	20	3.0	20	97	0	109	35	11	20	32	1.89
77858317--77858371	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
77858422--77858661	24	10.0	24	88	1	356	28	21	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77868742--77868790	20	2.3	21	82	10	55	4	46	0	48	1.20
77870169--77870237	27	2.6	27	80	0	84	44	20	5	28	1.74
77870249--77870461	27	7.9	27	86	2	241	29	21	7	41	1.81
77870181--77870392	81	2.6	81	77	3	194	32	21	8	37	1.83
77870249--77870457	81	2.6	81	86	3	278	29	21	7	41	1.81
77870493--77870618	27	4.7	27	80	6	157	40	20	7	30	1.81
77870460--77870615	54	2.9	54	81	5	156	39	18	10	31	1.84
77870493--77870643	81	1.9	81	83	8	200	42	19	7	29	1.80
77870493--77870642	27	5.6	27	77	10	139	42	20	8	30	1.80
77870493--77870642	54	2.8	54	82	4	187	42	20	8	30	1.80
77870599--77870698	27	3.6	27	79	12	105	46	18	6	30	1.73
77871434--77871503	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
77871433--77871528	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
77871434--77871528	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
77871650--77871741	42	2.2	42	94	0	157	31	11	20	35	1.89
77875850--77875906	30	1.9	30	92	0	96	24	33	28	14	1.94
77878463--77878505	16	2.5	17	85	7	61	23	4	9	62	1.44
77878687--77878768	35	2.3	36	80	14	91	30	4	1	63	1.23
77878721--77878781	16	3.6	16	77	12	59	29	3	3	63	1.26
77878710--77878762	19	3.0	18	81	10	65	30	1	1	66	1.13
77878710--77878800	35	2.6	33	86	8	110	30	2	3	63	1.22
77878847--77878909	26	2.6	23	77	18	65	33	1	4	60	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77888612--77888657	22	2.1	22	84	8	58	13	10	2	73	1.17
77888969--77889298	41	8.1	41	79	0	347	32	24	18	25	1.97
77888969--77889339	82	4.5	82	84	1	422	32	23	18	25	1.97
77888991--77889340	163	2.1	164	84	3	447	31	22	18	27	1.97
77889622--77889696	21	3.5	21	73	7	71	48	25	1	25	1.59
77889820--77889883	7	9.0	7	77	3	56	23	1	29	45	1.62
77889841--77889880	15	2.7	15	84	3	55	17	2	35	45	1.62
77890207--77890252	22	2.1	22	84	8	58	13	10	2	73	1.17
77890564--77890893	41	8.1	41	79	0	347	32	24	18	25	1.97
77890564--77890934	82	4.5	82	84	1	422	32	23	18	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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