genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6518044--6518120	33	2.4	33	93	2	138	57	15	7	19	1.63
6537277--6537324	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
6537372--6537427	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
6537362--6537427	20	3.3	20	93	0	114	33	12	21	33	1.90
6537478--6537572	23	4.1	23	91	5	147	29	18	22	29	1.98
6537787--6537850	31	2.1	31	87	0	92	37	15	23	23	1.93
6544990--6545317	144	2.3	144	81	3	374	23	29	18	28	1.98
6544987--6545304	48	6.6	48	76	4	295	22	28	19	28	1.98
6546656--6546726	37	1.9	37	85	0	97	19	29	9	40	1.84
6549178--6549400	39	5.6	40	78	10	210	25	21	26	26	1.99
6549179--6549407	79	2.9	78	80	8	250	26	20	27	25	1.99
6555693--6555746	28	2.0	28	82	10	67	37	3	27	31	1.75
6557466--6557671	53	3.8	53	75	3	180	20	24	17	37	1.93
6558951--6559077	47	2.7	46	80	4	128	24	14	28	33	1.94
6564066--6564310	49	4.9	49	83	3	319	28	26	18	26	1.98
6569104--6569213	54	2.0	54	96	0	202	14	30	28	26	1.95
6575409--6575580	40	4.3	40	89	1	211	25	28	22	23	1.99
6575411--6575633	40	5.6	39	83	3	205	25	27	21	24	1.99
6575565--6575642	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
6583317--6583579	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
6600056--6600307	40	6.3	40	84	6	280	26	26	20	25	1.99
6608527--6608979	114	4.0	114	99	0	897	40	12	19	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6611140--6611342	42	4.7	42	81	7	203	30	26	13	30	1.94
6611137--6611342	84	2.4	87	86	5	265	29	26	14	30	1.95
6611256--6611385	49	2.7	48	88	3	174	30	26	14	28	1.95
6611264--6611431	47	3.6	46	86	3	183	29	26	15	28	1.96
6611454--6611602	31	4.8	31	90	3	228	26	28	18	27	1.98
6611578--6611761	50	3.6	51	88	2	248	25	21	14	38	1.92
6614252--6614276	13	1.9	13	100	0	50	24	32	16	28	1.96
6618625--6618776	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
6618625--6618776	55	2.8	55	93	0	250	26	13	28	30	1.94
6621422--6621521	27	3.7	27	88	5	130	34	23	25	18	1.96
6621627--6621689	26	2.3	26	83	5	72	30	9	25	34	1.88
6633386--6633495	42	2.6	42	80	0	130	30	15	24	29	1.96
6644274--6644314	21	2.0	21	95	0	73	26	19	41	12	1.87
6644602--6644750	42	3.5	42	71	0	109	30	16	26	26	1.97
6647339--6647402	22	2.9	22	75	9	67	31	21	23	23	1.99
6647545--6647667	41	3.0	41	80	2	149	30	26	20	22	1.98
6647905--6647968	27	2.4	27	83	0	74	32	10	21	34	1.89
6647932--6648193	54	4.8	54	80	6	237	30	9	18	41	1.81
6647932--6648168	27	8.7	27	81	6	214	29	8	18	43	1.80
6647989--6648193	81	2.5	81	77	4	218	29	8	19	42	1.81
6648183--6648255	27	2.7	27	91	0	110	28	20	15	35	1.93
6651325--6651404	41	2.0	41	89	0	124	26	26	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6651667--6651986	27	11.9	26	74	8	194	30	9	19	40	1.84
6651667--6651978	54	5.8	54	79	6	226	30	9	19	40	1.84
6651968--6652039	27	2.7	27	86	0	117	29	19	18	33	1.95
6652648--6652734	43	2.0	43	93	0	147	31	22	12	33	1.92
6653860--6653936	41	1.9	41	86	2	111	27	22	15	35	1.94
6656493--6656555	31	2.0	31	96	0	117	30	25	30	14	1.95
6660862--6660930	25	2.7	26	84	11	88	24	28	21	24	1.99
6664324--6664385	31	2.0	31	96	0	115	24	43	19	12	1.86
6665975--6666229	55	4.8	54	77	10	233	36	16	25	21	1.94
6665985--6666182	108	1.8	110	86	4	294	34	17	25	22	1.96
6666421--6666451	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
6673277--6673722	47	9.4	47	89	1	658	32	10	27	28	1.90
6673277--6673722	96	4.7	94	89	2	640	32	10	27	28	1.90
6673277--6673667	143	2.7	143	98	0	755	32	9	26	30	1.89
6673841--6673919	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
6678006--6678260	55	4.8	54	78	10	242	36	17	25	21	1.95
6678016--6678213	108	1.8	110	87	4	303	34	17	25	22	1.96
6678452--6678482	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
6682251--6682421	93	1.8	93	87	0	252	23	21	26	29	1.99
6686788--6687102	39	8.1	39	92	0	513	21	25	29	23	1.99
6693223--6693344	46	2.7	46	92	0	199	22	21	27	28	1.99
6694935--6695047	59	1.9	59	96	0	208	39	19	8	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6694936--6695028	27	3.3	27	66	24	73	40	18	8	32	1.81
6697287--6697332	23	2.1	22	88	11	69	34	10	13	41	1.79
6700777--6701021	55	4.6	53	76	7	205	36	16	24	22	1.94
6700784--6700984	108	1.8	110	84	4	273	35	16	25	22	1.95
6701100--6701144	23	1.9	24	95	4	83	44	11	22	22	1.84
6701223--6701253	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
6708119--6708177	30	2.0	30	83	6	75	42	3	25	28	1.71
6708523--6708564	20	2.1	20	100	0	84	35	23	23	16	1.95
6708564--6708796	55	4.4	54	75	12	200	36	17	24	21	1.95
6710329--6710427	47	2.1	47	96	0	180	23	7	37	32	1.82
6727431--6727693	56	4.7	56	90	2	379	32	23	15	28	1.95
6729887--6729943	29	2.0	29	92	0	96	29	14	24	31	1.94
6737155--6737326	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
6737179--6737362	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
6739715--6739838	46	2.6	48	83	8	150	29	29	20	20	1.97
6740270--6740329	30	2.0	30	86	0	84	28	25	6	40	1.80
6747822--6747881	30	2.0	30	93	0	102	28	23	8	40	1.83
6750261--6750310	15	3.5	15	74	20	61	40	24	12	24	1.88
6750266--6750312	13	3.5	13	73	21	51	38	23	14	23	1.92
6750258--6750313	28	2.0	28	100	0	112	39	25	14	21	1.91
6750202--6750369	84	2.0	84	95	0	300	35	24	15	25	1.94
6750286--6750506	56	4.0	56	88	1	345	33	24	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6750288--6750494	111	1.9	111	97	0	396	34	23	14	27	1.94
6753152--6753228	37	2.1	36	95	2	136	27	10	24	37	1.88
6761164--6761334	93	1.8	93	93	2	299	28	29	21	21	1.98
6761156--6761331	46	3.8	46	77	14	200	29	28	21	20	1.98
6765313--6765576	85	3.1	85	98	0	510	38	8	26	26	1.84
6765352--6765482	41	3.1	41	61	25	92	41	6	22	28	1.79
6766841--6767247	47	8.6	47	92	3	611	33	8	29	28	1.86
6766841--6767247	96	4.3	96	90	4	614	33	8	29	28	1.86
6766841--6767247	143	2.9	143	88	5	610	33	8	29	28	1.86
6769941--6770150	55	3.9	54	72	9	180	20	25	16	38	1.93
6782019--6782202	79	2.3	81	80	11	186	25	26	22	26	2.00
6782019--6782202	40	4.7	39	81	11	164	25	26	22	26	2.00
6795821--6796095	138	2.0	138	97	0	523	37	20	10	31	1.87
6798303--6798420	40	3.0	40	97	0	218	22	19	29	28	1.98
6799272--6800273	497	2.0	497	98	0	1932	35	13	18	32	1.90
6811470--6811533	31	2.1	31	90	0	101	21	23	18	35	1.95
6811744--6811849	26	4.3	26	89	7	134	29	21	19	29	1.98
6811897--6811967	20	3.6	19	83	10	90	33	18	9	38	1.84
6811901--6811977	20	3.9	19	85	9	61	33	18	9	38	1.82
6815587--6815630	22	2.0	22	100	0	88	27	40	4	27	1.75
6819529--6819597	34	2.1	34	84	7	90	40	28	14	15	1.87
6819606--6819669	31	2.1	31	88	5	94	23	21	17	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6819843--6819949	26	4.3	26	90	4	152	29	23	19	27	1.98
6820001--6820067	20	3.3	20	89	4	100	31	17	10	40	1.84
6820103--6820150	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
6831946--6832039	29	3.3	29	78	1	91	28	27	13	29	1.94
6832271--6832321	24	2.1	24	85	7	68	13	21	15	49	1.79
6833543--6833574	16	2.0	16	100	0	64	12	0	31	56	1.37
6843217--6843753	47	11.3	47	91	2	756	31	9	30	28	1.89
6843217--6843735	143	3.6	142	89	3	751	31	9	29	28	1.89
6843732--6843868	46	3.0	46	87	0	193	34	8	31	26	1.85
6853280--6853352	28	2.6	28	86	2	85	23	15	31	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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