genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67951810--67951850	18	2.3	18	82	0	55	43	4	7	43	1.53
67955207--67955261	27	2.0	28	89	3	85	16	29	40	14	1.88
67955363--67955411	3	16.3	3	80	16	57	61	0	36	2	1.08
67955365--67955409	14	3.1	15	81	18	51	62	0	35	2	1.08
67955363--67955411	17	2.8	17	81	12	55	61	0	36	2	1.08
67955362--67955410	26	1.9	25	87	4	71	61	0	36	2	1.08
67955363--67955417	20	2.6	21	78	18	69	58	0	40	1	1.09
67955892--67955963	16	4.5	17	75	11	64	70	4	5	19	1.23
67956766--67956817	23	2.3	23	82	0	59	59	0	3	36	1.16
67955997--67957292	150	8.6	149	91	3	1976	57	7	6	28	1.52
67959532--67959614	33	2.5	33	78	7	89	24	42	15	18	1.89
67966466--67966499	16	2.1	16	94	0	59	0	20	0	79	0.73
67976293--67976354	9	6.6	9	83	9	79	58	19	0	22	1.40
67976293--67976354	20	3.3	18	84	10	79	58	19	0	22	1.40
67976293--67976354	29	2.2	28	88	2	88	58	19	0	22	1.40
67976825--67976864	21	2.0	20	85	5	53	52	15	30	2	1.55
67978045--67978075	16	1.9	16	93	0	53	35	0	19	45	1.51
67992166--67992207	12	3.6	12	83	3	50	2	16	2	78	0.96
67995329--67995384	20	2.9	19	89	7	87	55	23	0	21	1.44
67995329--67995384	9	5.9	9	89	10	85	55	23	0	21	1.44
67995396--67995487	34	2.7	34	88	1	132	41	18	6	33	1.76
67996811--67996857	22	2.1	22	96	0	85	48	14	19	17	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67997963--67998035	10	7.5	10	76	6	51	63	0	0	36	0.95
67997967--67998026	19	3.2	18	74	6	57	61	0	0	38	0.96
67997947--67998058	48	2.4	48	95	3	201	57	0	0	42	0.99
67999395--67999469	31	2.4	31	79	0	87	44	5	2	48	1.39
68000568--68000593	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
68003055--68003110	17	3.5	17	72	18	57	37	14	7	41	1.73
68007606--68007656	25	2.0	25	100	0	102	23	23	15	37	1.93
68016370--68016402	17	1.9	17	88	11	50	39	12	18	30	1.87
68019129--68019153	8	3.1	8	100	0	50	36	0	24	40	1.55
68024228--68024267	18	2.2	18	100	0	80	32	15	22	30	1.94
68027169--68027214	18	2.5	19	76	20	53	36	6	13	43	1.69
68029840--68029900	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
68032698--68032754	29	2.0	29	96	0	105	43	14	5	36	1.67
68034269--68034329	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
68035514--68035539	6	4.3	6	100	0	52	46	0	0	53	1.00
68041813--68041936	40	3.1	40	89	5	173	25	20	28	25	1.99
68065387--68065495	56	1.9	56	87	3	157	35	22	15	26	1.94
68069773--68069818	23	2.0	23	95	0	83	8	15	45	30	1.76
68071671--68071713	22	1.9	23	90	4	70	39	0	4	55	1.20
68078305--68078343	16	2.5	16	91	4	62	46	20	20	12	1.83
68078568--68078647	28	2.8	29	83	9	103	22	16	35	26	1.95
68078574--68078642	28	2.4	29	90	2	104	23	14	34	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68081515--68081616	38	2.6	38	80	14	109	31	23	12	32	1.92
68085597--68085712	37	3.2	36	82	3	124	25	29	18	26	1.98
68091207--68091260	24	2.3	23	78	9	63	20	46	0	33	1.51
68092821--68092889	30	2.3	30	92	0	120	20	20	34	24	1.96
68093471--68093511	21	2.0	21	85	0	55	29	17	2	51	1.58
68093576--68093739	42	3.9	42	77	4	177	31	23	14	31	1.94
68096099--68096141	16	2.7	16	88	0	59	55	23	16	4	1.59
68096352--68096470	29	4.2	29	75	6	109	30	14	28	26	1.95
68101715--68102392	339	2.0	339	100	0	1356	35	10	16	38	1.83
68104526--68104599	35	2.1	35	90	2	114	32	6	18	41	1.77
68112469--68112514	23	2.0	23	95	0	83	45	19	17	17	1.85
68115853--68115914	6	10.8	6	96	3	94	17	9	0	72	1.10
68115850--68115927	6	13.5	6	90	2	63	15	8	1	74	1.13
68118353--68118392	20	2.0	20	100	0	80	20	5	20	55	1.62
68118829--68118861	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
68120469--68120520	25	2.1	25	85	7	70	23	26	3	46	1.69
68122071--68122134	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
68122342--68122473	25	5.4	24	92	3	203	28	22	18	29	1.98
68122319--68122471	50	3.1	49	85	8	204	28	22	18	30	1.97
68122522--68122588	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
68122522--68122577	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
68129119--68129149	16	1.9	16	100	0	62	38	3	25	32	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68135071--68135269	100	2.0	100	85	2	265	34	23	16	25	1.95
68135082--68135266	49	3.7	49	74	8	185	34	23	16	25	1.95
68137502--68137579	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
68140665--68140767	24	4.4	24	80	12	108	33	17	23	26	1.96
68140678--68140754	22	3.4	22	87	5	100	28	19	23	28	1.98
68140678--68140766	46	2.0	45	84	10	119	30	19	23	26	1.98
68140677--68140781	46	2.3	45	79	11	115	31	19	21	27	1.97
68151927--68151952	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
68152020--68152075	17	3.4	17	76	14	71	8	3	21	66	1.35
68152037--68152084	16	2.9	16	74	17	53	12	2	16	68	1.29
68152018--68152084	33	2.0	33	100	0	134	13	2	17	65	1.38
68155887--68155920	17	1.9	18	88	5	52	35	11	2	50	1.54
68156353--68156393	21	2.0	20	90	4	64	39	48	7	4	1.52
68156743--68156794	22	2.4	22	81	15	72	40	19	19	21	1.92
68156945--68157024	40	2.0	41	90	7	128	30	27	22	20	1.98
68157264--68157740	27	17.7	27	78	5	340	31	9	18	40	1.83
68157993--68158023	8	3.9	8	95	0	53	16	22	22	38	1.92
68159084--68159144	30	2.0	30	90	0	95	37	8	24	29	1.84
68180640--68180805	46	3.6	45	73	13	167	30	28	19	21	1.97
68183196--68183284	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
68183196--68183278	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
68183207--68183284	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68184530--68184622	47	2.0	47	95	0	168	26	21	3	48	1.65
68188574--68188599	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
68196536--68196568	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
68196063--68196624	281	2.0	281	98	0	1088	43	13	15	27	1.84
68198702--68198766	21	3.4	21	62	27	54	46	6	20	27	1.74
68200715--68201072	48	7.5	48	75	10	207	28	19	27	24	1.98
68200715--68200885	46	3.7	46	81	12	188	27	18	30	23	1.98
68200715--68200931	94	2.3	94	83	4	258	28	19	29	23	1.98
68200907--68201077	49	3.5	49	78	2	148	28	19	25	25	1.99
68202568--68202648	35	2.2	36	85	8	103	34	18	19	27	1.95
68218359--68218418	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
68218386--68218527	67	2.1	67	84	5	176	30	21	27	19	1.98
68218457--68218508	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
68231426--68231593	63	2.7	63	83	0	210	22	27	24	25	2.00
68236189--68236215	7	3.9	7	100	0	54	14	55	0	29	1.40
68236188--68236222	14	2.5	14	85	0	52	20	48	0	31	1.50
68243138--68243164	7	3.9	7	100	0	54	14	55	0	29	1.40
68243137--68243171	14	2.5	14	85	0	52	20	48	0	31	1.50
68250061--68250137	13	5.8	13	79	1	64	28	7	25	37	1.84
68250061--68250134	26	2.8	25	78	8	85	25	8	27	39	1.84
68250604--68250669	15	4.5	15	85	11	100	37	0	9	53	1.33
68252919--68252987	6	11.3	6	73	14	52	52	14	15	17	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68252933--68253008	31	2.5	31	82	0	98	51	13	17	18	1.76
68253155--68253262	27	4.0	26	85	5	135	36	22	23	18	1.95
68253155--68253260	54	2.0	53	86	1	149	35	21	23	18	1.95
68253421--68253485	22	3.0	22	80	8	69	29	26	24	20	1.99
68253759--68253954	27	7.3	27	86	4	252	27	22	17	32	1.97
68254003--68254060	27	2.1	27	87	0	80	29	8	22	39	1.84
68253994--68254353	81	4.4	80	82	3	371	32	9	19	38	1.83
68254022--68254353	109	3.1	108	87	0	448	33	9	18	38	1.83
68254046--68254361	27	11.7	27	85	0	380	33	8	19	38	1.82
68256231--68256290	6	9.8	6	78	10	68	50	13	20	16	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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