genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79018241--79018416	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
79020807--79020895	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
79020807--79020886	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
79020818--79020895	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
79025211--79025311	29	3.5	29	89	1	150	26	14	28	29	1.95
79032164--79032226	31	2.0	31	96	0	117	20	30	3	46	1.66
79043652--79043733	21	3.8	21	86	3	101	34	26	24	14	1.94
79043638--79043743	42	2.5	43	80	9	135	36	25	21	16	1.94
79043663--79043733	21	3.3	21	92	4	115	33	28	25	12	1.92
79043638--79043745	21	5.0	22	74	9	89	37	25	22	15	1.93
79046573--79046774	40	5.1	40	93	1	343	34	28	20	16	1.94
79046573--79046774	79	2.5	80	94	0	352	34	28	20	16	1.94
79050808--79050843	11	3.3	11	100	0	72	75	8	0	16	1.04
79050796--79050843	22	2.2	22	82	17	64	75	8	0	16	1.04
79051403--79051443	21	2.0	21	90	0	64	36	24	17	21	1.94
79052508--79052544	16	2.2	17	90	4	58	83	0	10	5	0.79
79055006--79055110	46	2.2	46	84	6	129	36	15	22	25	1.93
79065042--79065107	33	2.0	33	100	0	132	27	15	18	39	1.90
79067856--79067896	21	2.0	21	85	9	57	51	0	2	46	1.14
79071436--79071473	20	1.9	19	94	5	67	71	5	2	21	1.19
79071444--79071520	24	3.2	24	75	17	70	64	5	2	27	1.27
79071544--79071816	28	10.2	26	69	11	106	58	3	6	31	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79071696--79071818	54	2.3	55	78	14	139	57	3	5	33	1.38
79071769--79071862	44	2.2	42	82	3	107	59	6	5	28	1.44
79072911--79072961	15	3.4	15	91	0	75	0	1	21	76	0.88
79072910--79072963	18	3.1	18	75	17	51	0	1	22	75	0.89
79073259--79073356	48	2.0	48	90	0	151	39	7	16	36	1.76
79077253--79077527	49	5.5	49	79	3	307	25	17	25	30	1.97
79077248--79077546	100	3.0	100	96	0	535	25	18	25	30	1.98
79086520--79086639	27	4.4	27	83	0	141	36	20	19	24	1.95
79086520--79086639	54	2.2	54	85	5	163	36	20	19	24	1.95
79090151--79090189	18	2.2	18	85	0	51	0	12	0	87	0.55
79091587--79091683	26	3.8	26	94	1	144	25	20	23	29	1.99
79091587--79091683	51	1.9	51	87	4	142	25	20	23	29	1.99
79093923--79094048	50	2.5	49	87	5	164	28	26	20	24	1.99
79094017--79094079	32	2.0	32	93	0	108	30	28	17	23	1.97
79094536--79094582	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
79096675--79096720	15	3.1	14	81	9	56	52	10	19	17	1.74
79096662--79096720	30	2.0	30	83	6	75	52	10	20	16	1.72
79100197--79100633	50	8.7	50	99	0	856	27	27	18	26	1.98
79100988--79101034	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
79102403--79102441	17	2.3	17	90	0	60	12	28	43	15	1.83
79103942--79103966	13	1.9	13	100	0	50	68	0	8	24	1.16
79105099--79105143	23	2.0	23	95	0	81	40	35	6	17	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79113553--79113661	27	4.0	27	82	3	130	35	22	23	18	1.95
79114080--79114109	8	3.8	8	90	0	51	3	23	23	50	1.64
79116026--79116122	46	2.1	45	86	1	131	46	19	14	19	1.84
79116091--79116187	45	2.2	42	75	15	95	40	17	19	22	1.92
79116114--79116257	45	3.2	45	91	2	218	36	17	20	25	1.94
79116114--79116328	45	4.8	45	82	4	191	39	18	20	22	1.92
79116069--79116313	90	2.7	90	77	5	271	40	18	19	21	1.91
79116249--79116414	45	3.7	46	85	1	201	45	18	18	16	1.85
79116292--79116406	46	2.5	46	88	1	169	46	17	20	16	1.85
79119734--79119804	34	2.1	34	97	0	133	40	18	8	32	1.80
79121906--79121978	15	4.8	15	73	8	58	53	19	15	12	1.72
79122537--79122626	45	2.0	44	95	2	162	28	22	14	33	1.93
79128631--79128655	12	2.1	12	100	0	50	24	40	28	8	1.83
79133504--79133576	13	5.8	12	78	10	65	5	9	5	79	1.05
79133500--79133584	39	2.2	39	91	0	134	4	10	5	78	1.06
79133500--79133576	6	12.2	6	81	10	73	5	10	5	79	1.05
79133500--79133594	26	3.6	25	75	12	84	5	10	7	76	1.13
79143569--79144928	132	10.2	131	79	6	1198	30	19	17	31	1.95
79143664--79144808	44	25.9	45	80	7	980	31	20	16	32	1.95
79162103--79162198	42	2.3	42	92	0	156	31	19	13	35	1.91
79166286--79166336	19	2.7	20	85	11	63	45	1	21	31	1.63
79173379--79173409	16	2.0	15	93	6	53	19	6	12	61	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79176228--79176325	40	2.5	40	86	8	130	21	30	23	24	1.99
79180334--79180508	27	6.4	27	84	3	199	30	27	14	27	1.95
79180352--79180507	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
79180901--79180926	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
79185925--79186188	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
79185925--79186221	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
79193899--79194159	40	6.6	40	85	6	286	24	21	27	26	1.99
79193899--79194192	80	3.7	78	78	13	264	25	20	27	25	1.99
79197261--79197358	40	2.5	40	88	5	137	22	29	23	24	1.99
79205219--79205244	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
79205915--79206096	70	2.4	72	78	12	179	37	19	1	41	1.61
79206390--79206414	11	2.3	11	100	0	50	28	20	0	52	1.47
79217926--79217960	5	6.8	5	87	6	52	17	2	0	80	0.84
79226320--79227368	40	26.2	40	97	0	1909	28	27	18	25	1.98
79234082--79234259	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
79234083--79234238	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
79234079--79234259	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
79241600--79241767	93	1.8	92	82	6	214	22	26	21	29	1.99
79255708--79255741	18	1.9	18	88	5	52	23	8	17	50	1.74
79256680--79256775	40	2.5	38	80	9	113	39	35	10	14	1.80
79256698--79256773	40	1.9	40	88	0	116	39	34	11	14	1.83
79262179--79262265	27	3.2	28	91	6	144	32	24	24	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79263849--79263956	26	4.2	26	92	0	180	37	23	7	32	1.82
79270233--79270392	26	6.2	26	88	0	248	38	23	5	32	1.78
79270233--79270392	52	3.1	52	95	0	284	38	23	5	32	1.78
79274478--79274589	27	4.2	26	85	7	143	36	22	24	16	1.94
79274478--79274589	54	2.1	54	88	3	163	36	22	24	16	1.94
79274693--79274767	26	2.8	27	82	9	75	30	10	21	37	1.87
79277507--79277558	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
79291873--79291949	27	2.9	27	90	0	109	42	7	18	31	1.78
79298876--79298927	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
79299584--79300647	54	19.7	54	91	1	1639	26	17	18	36	1.94
79304165--79304294	43	3.0	42	78	6	136	31	26	16	25	1.96
79304430--79304559	43	3.0	42	78	6	136	31	26	16	25	1.96
79304119--79304648	265	2.0	265	100	0	1060	30	22	17	29	1.96
79310319--79310397	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
79310516--79310863	47	7.4	47	96	0	624	29	30	8	31	1.87
79314042--79314511	40	11.8	40	93	1	739	26	28	20	24	1.99
79314660--79314751	30	3.2	30	63	20	77	33	26	3	36	1.73
79320923--79321052	43	3.0	43	74	4	127	31	23	16	29	1.96
79327467--79327518	23	2.3	23	84	15	65	67	3	7	21	1.32
79332405--79332467	26	2.3	27	86	5	83	39	23	9	26	1.86
79332574--79332685	27	4.1	27	85	3	136	20	23	20	35	1.96
79348977--79349027	26	1.9	27	92	4	86	31	23	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79349131--79349215	27	3.1	27	85	5	118	18	22	22	36	1.95
79349131--79349236	54	2.0	54	81	7	126	19	23	21	34	1.96
79355552--79355727	50	3.5	50	88	3	239	30	26	17	26	1.97
79355552--79355743	101	1.9	99	87	2	276	30	26	17	26	1.97
79363547--79363630	43	2.0	43	83	9	109	30	28	14	26	1.95
79369326--79369510	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
79369327--79369510	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
79369379--79369543	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
79375311--79375373	31	2.0	31	84	0	81	28	38	9	23	1.86
79400106--79400171	34	1.9	34	96	0	123	19	34	18	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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