Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  91  of  279  ( 33431 repeats found )

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Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
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5
82
35
0
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36
0
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1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
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1.9
73
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215
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18
22
29
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2
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0
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1.21
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45
13.8
42
69
14
320
29
21
17
31
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29959594--29960234
181
3.6
181
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935
29
21
17
31
1.96
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5.1
88
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557
22
24
20
32
1.98
29960365--29960603
44
5.5
44
70
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195
22
23
22
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1.98
29960313--29960616
44
6.9
43
68
12
190
20
25
22
32
1.98
29962425--29962470
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1.9
16
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1.47
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29
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29
92
0
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11
18
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16
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4
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16
1.27
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11
83
2
58
4
0
38
57
1.18
29969343--29969372
15
2.0
15
93
0
51
50
0
10
40
1.36
29969339--29969401
27
2.3
26
76
10
63
38
0
11
50
1.38
29969397--29969428
10
3.3
10
95
4
57
31
6
0
62
1.20
29970845--29970898
26
2.3
22
80
20
65
18
20
3
57
1.55
29970855--29970908
26
2.0
27
96
3
101
20
20
7
51
1.70
29972267--29972399
63
2.1
63
91
0
212
42
8
23
26
1.82
29976555--29976589
17
2.1
17
89
10
54
40
0
2
57
1.14
29977087--29977116
15
2.0
15
93
0
51
23
0
10
66
1.21
29978809--29978894
41
2.0
42
91
4
138
51
5
12
30
1.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29985614--29985723
51
2.2
50
80
6
125
50
6
9
33
1.59
29985705--29985811
21
4.9
21
69
23
78
61
2
2
32
1.25
29985625--29985781
26
6.4
25
70
16
116
54
4
7
33
1.49
29985716--29985812
37
2.5
40
81
13
112
60
2
3
34
1.24
29985763--29985802
16
2.5
16
87
0
62
67
0
0
32
0.91
29985739--29985797
18
3.2
18
72
11
57
64
1
1
32
1.13
29985971--29986021
19
2.9
17
81
13
59
37
9
17
35
1.83
29985981--29986023
19
2.1
21
91
8
72
37
9
18
34
1.83
30001902--30001976
1
75.0
1
72
0
51
85
0
10
4
0.73
30001902--30001977
36
2.1
36
83
11
95
84
0
10
5
0.77
30001935--30001977
7
6.0
7
86
5
59
86
0
4
9
0.71
30002972--30003115
44
3.3
44
67
16
136
27
25
22
24
2.00
30002924--30003629
87
8.4
86
85
7
861
29
22
22
25
1.99
30003089--30003207
43
2.9
40
69
21
109
28
24
23
23
2.00
30002924--30003629
166
4.2
168
84
8
797
29
22
22
25
1.99
30002924--30003629
250
2.8
250
89
2
1058
29
22
22
25
1.99
30003993--30004213
44
5.0
44
75
6
205
32
16
23
27
1.96
30003900--30004217
132
2.4
132
89
2
465
32
17
22
27
1.97
30004180--30004571
174
2.2
175
92
0
633
34
19
19
27
1.96
30004239--30004510
86
3.1
85
66
18
234
35
19
18
25
1.95
30006302--30006340
18
2.2
18
95
0
69
64
0
0
35
0.94
30006386--30006438
26
2.1
25
85
3
70
58
1
7
32
1.37
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
30007074--30007120
2
23.5
2
100
0
94
0
0
48
51
1.00
30008874--30008944
30
2.4
29
76
19
74
42
2
7
47
1.45
30012095--30012213
60
2.0
60
86
0
166
36
14
8
41
1.76
30016837--30016883
23
2.0
23
100
0
94
38
4
4
53
1.40
30017807--30017876
29
2.5
27
78
17
72
42
5
2
48
1.41
30017941--30017997
15
3.5
15
73
17
60
50
1
0
47
1.11
30018754--30018947
93
2.1
93
93
0
327
43
8
6
41
1.61
30023058--30023094
18
2.0
19
89
5
58
48
0
21
29
1.50
30025181--30025213
17
1.9
17
100
0
66
24
6
3
66
1.28
30041148--30041176
14
2.0
15
93
6
51
41
6
17
34
1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279