genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  40  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13442788--13442881	25	3.8	25	95	1	163	25	26	23	24	2.00
13443091--13443270	31	5.8	31	91	1	254	28	15	23	32	1.95
13446162--13446299	37	3.8	37	92	1	215	27	31	17	23	1.97
13446163--13446299	73	1.9	74	90	4	224	27	31	17	24	1.97
13446560--13447662	96	11.5	96	98	0	2084	29	27	8	34	1.86
13450270--13451363	27	40.7	26	77	7	483	37	21	8	32	1.83
13450541--13451390	430	2.0	433	95	1	1537	37	20	8	33	1.83
13451130--13451336	80	2.6	80	82	5	229	41	21	8	29	1.82
13451439--13451512	27	2.7	27	76	12	71	36	20	20	22	1.95
13451452--13451516	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
13454017--13454151	56	2.4	56	91	0	225	25	11	25	37	1.90
13457028--13457057	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
13463196--13463230	16	2.3	15	85	9	52	48	5	40	2	1.42
13465200--13465245	22	2.1	22	100	0	92	21	17	30	30	1.96
13472394--13472643	40	6.3	40	85	3	258	27	26	22	24	2.00
13472434--13472643	40	5.2	40	89	1	280	27	25	21	24	2.00
13480483--13480732	40	6.3	40	87	3	267	26	27	22	23	2.00
13480523--13480732	40	5.2	40	92	1	298	26	27	22	23	2.00
13480843--13480888	22	2.1	22	100	0	92	17	17	21	43	1.88
13482624--13482883	93	2.8	93	79	2	297	27	23	19	29	1.98
13491030--13491175	27	5.4	27	87	0	175	35	17	19	26	1.95
13491922--13491981	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13493323--13493383	29	2.1	29	96	0	113	16	26	36	21	1.94
13497710--13497854	27	5.4	27	89	0	218	35	15	20	27	1.93
13497710--13497878	54	3.2	53	88	2	241	34	15	21	27	1.94
13497722--13497883	27	6.0	26	82	7	164	35	17	20	26	1.95
13498534--13498585	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
13500211--13500277	34	2.0	33	87	0	89	38	19	19	20	1.92
13503047--13503099	24	2.2	25	83	10	65	37	16	13	32	1.88
13504978--13505006	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
13508530--13508646	62	1.9	59	82	5	144	51	3	5	40	1.41
13513325--13513468	40	3.6	40	81	5	166	25	23	25	25	2.00
13522014--13522161	76	2.0	74	88	7	223	47	8	6	37	1.61
13526878--13527062	40	4.6	41	84	6	229	24	22	28	24	2.00
13526915--13527085	79	2.2	78	81	8	202	26	21	26	25	1.99
13535973--13536226	47	5.3	47	88	4	364	32	8	30	28	1.87
13540299--13540325	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
13540809--13540986	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
13540810--13540965	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
13540806--13540986	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
13552002--13552106	40	2.6	41	80	8	126	23	23	27	24	2.00
13553590--13553790	100	2.0	100	100	0	402	18	26	21	32	1.97
13555660--13555860	102	2.0	102	100	0	402	31	8	23	35	1.86
13556079--13556113	19	1.9	18	88	11	54	34	11	0	54	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13556699--13556731	17	2.0	17	88	5	50	39	0	3	57	1.14
13556705--13556752	23	2.1	23	85	11	64	47	0	2	50	1.12
13559533--13559611	31	2.5	31	93	0	131	27	24	17	30	1.97
13559816--13559889	25	3.0	25	88	7	107	29	21	18	29	1.97
13559817--13560010	26	7.3	26	82	9	202	27	22	20	29	1.98
13559855--13560010	58	2.9	52	84	11	224	28	22	21	28	1.99
13559847--13560004	84	1.9	81	89	3	244	29	21	20	28	1.98
13575788--13576044	40	6.5	40	95	1	448	24	28	23	24	2.00
13584487--13584663	40	4.5	40	88	4	245	22	28	24	24	2.00
13584487--13584663	79	2.2	80	87	5	245	22	28	24	24	2.00
13589731--13589828	29	3.4	29	95	0	169	27	11	28	32	1.91
13589792--13589869	39	2.0	39	97	0	147	25	8	33	32	1.87
13597488--13597547	14	4.1	14	77	14	52	78	3	5	13	1.04
13598215--13598296	41	2.0	41	97	0	155	23	17	42	17	1.88
13624823--13624945	46	2.7	46	100	0	246	27	30	21	20	1.98
13625374--13625433	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
13629019--13629386	177	2.1	177	98	1	713	37	10	22	29	1.87
13629660--13629839	79	2.3	79	100	0	360	33	17	29	19	1.94
13630615--13630667	25	2.1	25	92	0	88	28	7	20	43	1.79
13644526--13644649	43	2.9	43	73	3	117	33	22	15	29	1.95
13652439--13652545	29	3.7	29	79	6	110	25	30	15	28	1.96
13652748--13652782	16	2.2	16	94	0	61	14	22	14	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13655737--13655812	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
13657001--13657145	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
13684461--13684493	12	2.8	12	100	0	66	24	36	24	15	1.93
13685090--13685209	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
13686337--13686519	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
13686338--13686521	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
13686390--13686554	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
13689632--13689683	20	2.6	21	79	11	56	44	1	0	53	1.11
13689744--13689774	10	3.0	10	95	4	53	77	3	19	0	0.90
13690465--13690513	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
13695293--13695372	27	3.0	27	87	7	117	36	23	25	15	1.93
13696122--13696160	19	2.1	19	85	0	51	71	5	7	15	1.26
13702147--13702241	49	1.9	49	97	0	181	23	20	17	38	1.93
13704906--13705017	27	4.1	27	83	7	120	38	23	23	15	1.92
13718961--13719280	46	7.0	46	93	0	478	19	23	15	41	1.89
13724343--13724485	46	3.1	46	83	4	198	18	22	16	43	1.88
13730078--13730245	46	3.7	46	88	0	237	22	23	13	39	1.90
13730172--13730244	21	3.3	21	66	14	56	23	26	10	39	1.87
13735625--13735689	31	2.1	31	91	5	105	21	23	16	38	1.93
13735881--13735998	23	5.0	24	87	5	161	27	22	21	28	1.99
13736048--13736114	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
13736048--13736103	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13742820--13743770	40	23.6	40	95	2	1618	25	29	24	20	1.99
13750663--13751600	40	23.5	40	87	3	1282	27	28	21	22	1.99
13750663--13751600	120	7.8	120	95	1	1596	27	28	21	22	1.99
13753510--13753611	37	2.8	37	95	0	177	26	30	18	24	1.98
13753732--13753842	47	2.4	47	85	0	150	27	31	9	31	1.88
13759242--13759305	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
13759497--13759662	24	7.0	24	86	4	230	28	21	19	29	1.98
13759518--13759661	47	3.1	47	93	0	234	29	20	19	29	1.97
13759712--13759778	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
13759712--13759767	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
13763934--13764083	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
13763958--13764141	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
13767240--13767305	29	2.3	29	82	7	73	39	3	25	31	1.71
13767717--13767828	40	2.8	40	76	11	111	25	16	25	32	1.97
13771567--13771597	7	4.6	7	92	8	55	0	12	0	87	0.55
13771567--13771597	13	2.3	14	94	5	55	0	12	0	87	0.55
13771740--13771774	9	3.8	9	92	7	61	0	8	0	91	0.42
13771734--13771774	10	4.1	10	87	12	66	0	9	0	90	0.46
13771734--13771774	19	2.1	20	95	4	75	0	9	0	90	0.46
13771742--13771783	19	2.2	19	86	0	57	0	14	2	83	0.75
13772485--13772578	30	3.1	30	93	1	152	25	25	6	42	1.78
13772495--13772572	15	5.2	15	70	11	70	25	23	7	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13777228--13777321	30	3.1	30	90	1	143	26	24	6	42	1.78
13777238--13777315	15	5.2	15	67	11	61	26	21	7	43	1.80
13777497--13777587	37	2.4	37	87	8	123	48	1	2	48	1.21
13778401--13778429	14	2.1	14	93	6	51	65	0	0	34	0.93
13778641--13778694	27	2.0	27	100	0	108	40	7	14	37	1.74
13780496--13780637	31	4.7	29	76	11	108	42	13	12	30	1.81
13785208--13785271	29	2.2	28	82	17	78	60	0	0	39	0.97
13785212--13785259	23	2.0	25	88	8	73	60	0	0	39	0.97
13786414--13786510	31	3.2	29	77	5	86	49	14	11	24	1.76
13786463--13786539	31	2.5	31	86	0	109	51	12	14	20	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279