genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80093982--80094013	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
80095675--80095721	17	2.8	17	77	6	51	21	17	19	42	1.89
80095809--80095853	21	2.1	21	95	0	81	40	17	8	33	1.81
80099188--80099255	32	2.1	32	100	0	136	42	20	10	26	1.84
80101211--80101356	31	4.7	31	92	0	240	30	25	15	28	1.96
80101577--80101646	25	2.8	25	95	0	122	25	22	25	25	2.00
80101863--80101983	27	4.5	27	89	0	179	23	22	19	33	1.97
80102000--80102069	26	2.6	26	84	4	86	31	10	18	40	1.84
80102002--80102097	27	3.6	27	81	5	106	28	9	19	42	1.82
80102002--80102124	27	4.6	26	77	8	95	29	9	18	42	1.82
80102079--80102138	27	2.2	27	84	0	84	31	6	21	40	1.79
80102117--80102295	27	6.6	27	88	0	259	39	7	22	30	1.82
80104481--80104561	31	2.6	31	100	0	162	25	27	18	28	1.98
80104780--80104833	25	2.2	25	93	0	90	27	22	24	25	2.00
80104973--80105204	27	8.6	27	82	5	281	26	20	18	35	1.95
80104973--80105199	54	4.2	54	93	0	364	25	20	18	35	1.95
80104973--80105199	81	2.8	81	86	2	330	25	20	18	35	1.95
80105220--80105369	27	5.6	27	84	4	169	28	9	22	40	1.84
80105242--80105369	27	4.8	27	87	5	170	26	8	24	40	1.84
80105220--80105369	80	1.9	81	83	4	196	28	9	22	40	1.84
80105299--80105410	27	4.1	27	77	6	93	31	6	23	39	1.79
80105362--80105594	27	8.7	27	84	0	270	40	7	21	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80105361--80105593	54	4.3	54	85	4	301	40	7	20	30	1.81
80105336--80105594	134	1.9	134	83	1	331	39	7	20	32	1.81
80105363--80105594	107	2.2	108	88	2	342	40	7	20	31	1.81
80105362--80105623	81	3.2	81	81	6	268	39	7	20	31	1.81
80107616--80107869	55	4.8	54	77	11	235	35	16	24	22	1.95
80107616--80107871	107	2.4	103	80	11	302	35	16	24	23	1.95
80109935--80110157	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
80109935--80110157	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
80119096--80119156	22	2.9	20	72	15	52	18	13	8	60	1.56
80118986--80119412	213	2.0	213	99	0	836	25	14	14	45	1.82
80132698--80132798	43	2.3	43	77	9	107	24	15	27	31	1.96
80135394--80135461	30	2.3	30	87	7	95	33	10	14	41	1.80
80135565--80135786	84	2.6	83	82	5	225	47	10	7	34	1.66
80138688--80138732	22	2.0	23	91	4	74	53	8	4	33	1.52
80140623--80140894	47	5.8	46	73	13	180	23	30	18	27	1.98
80140623--80140889	49	5.7	47	74	13	203	23	30	18	27	1.98
80141595--80141619	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
80146715--80146739	10	2.5	10	100	0	50	84	0	0	16	0.63
80147999--80148037	16	2.4	16	100	0	78	33	20	12	33	1.91
80154263--80154440	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
80154264--80154419	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
80154260--80154440	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80157758--80157788	8	3.9	8	95	0	53	32	0	0	67	0.91
80157755--80157789	8	4.4	8	92	0	52	31	0	0	68	0.90
80161753--80161796	21	2.1	21	82	0	52	31	4	6	56	1.46
80164840--80164920	40	2.0	40	97	0	153	20	27	11	40	1.86
80169755--80169785	9	3.4	9	90	0	53	41	22	9	25	1.84
80172527--80172554	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
80182980--80183129	75	2.0	75	82	2	185	29	8	20	41	1.82
80183799--80183852	7	7.6	7	78	12	56	57	1	1	38	1.20
80185636--80185708	9	8.6	9	71	25	61	56	19	0	24	1.42
80185636--80185689	10	4.9	11	74	17	58	55	18	0	25	1.43
80185636--80185689	23	2.5	22	87	6	74	55	18	0	25	1.43
80185856--80185979	50	2.4	52	73	9	128	41	11	12	34	1.79
80187307--80187351	20	2.2	20	80	0	54	28	2	31	37	1.69
80187941--80187974	15	2.3	15	89	0	50	11	2	41	44	1.56
80191721--80191752	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
80191790--80191821	16	2.0	16	93	0	55	34	9	0	56	1.32
80205486--80205529	21	2.1	21	84	16	56	47	11	0	40	1.39
80207419--80207471	20	2.6	20	80	14	56	43	9	7	39	1.65
80207670--80207785	23	5.0	23	71	17	89	36	18	21	23	1.95
80214345--80214538	49	4.0	47	95	4	343	32	8	28	29	1.86
80214345--80214534	96	2.0	98	96	2	357	33	8	28	30	1.87
80217414--80217751	24	14.1	24	92	3	538	26	20	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80228644--80228675	16	2.0	16	93	0	55	46	6	31	15	1.71
80229015--80229041	14	1.9	14	100	0	54	18	29	14	37	1.91
80229103--80229165	20	3.2	20	88	0	99	36	14	17	31	1.90
80229113--80229173	20	3.0	20	83	9	79	32	14	21	31	1.93
80229220--80229268	23	2.1	23	100	0	98	30	20	20	28	1.98
80230233--80230312	41	2.0	41	94	0	142	13	40	23	22	1.90
80230896--80230949	20	2.6	21	82	11	67	37	0	5	57	1.22
80230935--80231014	8	9.6	8	75	23	60	27	2	0	70	1.01
80230935--80231013	3	28.3	3	73	19	73	27	2	0	69	1.01
80230939--80231007	11	6.5	11	83	9	99	27	2	0	69	1.02
80230947--80231000	17	3.4	17	73	19	62	25	3	0	70	1.04
80233139--80233270	71	1.9	71	91	0	219	18	25	21	34	1.96
80233152--80233266	23	5.0	23	69	17	69	16	25	22	35	1.95
80235245--80235366	47	2.6	45	83	12	149	24	31	18	25	1.98
80237885--80237986	23	4.4	23	77	10	102	34	16	22	26	1.95
80237881--80237992	45	2.4	45	79	10	111	35	16	22	25	1.95
80238671--80238706	16	2.2	16	100	0	72	38	25	11	25	1.88
80246704--80246733	13	2.3	13	94	0	51	6	16	40	36	1.75
80249189--80249358	75	2.3	74	81	6	200	30	25	21	22	1.99
80253517--80253576	29	2.1	29	100	0	120	26	6	20	46	1.75
80253527--80253584	29	2.1	27	84	12	75	32	8	17	41	1.80
80281634--80281702	25	2.8	25	86	2	86	26	20	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80281748--80281786	10	3.8	10	86	6	60	33	17	15	33	1.92
80281748--80281788	21	2.0	21	100	0	82	34	17	14	34	1.90
80281826--80281876	25	2.0	25	88	0	75	25	17	23	33	1.96
80284276--80284320	23	2.0	23	81	0	54	51	15	2	31	1.56
80301394--80301508	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
80301419--80301508	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
80301614--80301678	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
80306983--80307158	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
80306980--80307150	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
80308639--80308710	34	2.1	35	82	7	85	20	25	11	43	1.85
80317093--80317120	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
80319845--80319885	22	1.9	21	85	5	55	24	17	14	43	1.86
80322121--80322199	26	2.9	26	70	7	68	32	15	13	37	1.87
80323621--80323835	46	4.7	46	98	1	405	27	32	21	18	1.97
80334194--80334395	65	3.1	65	100	0	404	43	19	4	32	1.71
80339980--80340124	43	3.4	42	84	3	166	28	24	16	30	1.96
80340639--80340683	18	2.5	18	100	0	90	35	17	11	35	1.86
80342115--80342268	27	5.9	27	78	11	142	28	24	14	32	1.94
80342250--80342493	27	9.1	27	73	11	155	34	9	17	39	1.81
80342256--80342491	81	2.9	81	77	6	237	33	9	17	39	1.82
80342708--80342742	17	2.0	17	88	5	52	20	42	25	11	1.85
80346590--80346699	26	4.1	27	89	3	161	25	26	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80346590--80346699	53	2.1	53	87	3	159	25	26	16	31	1.96
80346590--80346720	27	4.9	27	83	11	114	26	23	16	32	1.96
80346707--80346891	27	6.9	27	80	6	171	34	5	17	42	1.74
80346681--80346874	107	1.8	107	80	6	232	32	7	18	41	1.79
80347105--80347139	17	2.1	17	88	0	52	20	37	25	17	1.94
80351115--80351240	63	2.0	63	98	0	243	43	7	11	36	1.71
80351223--80351353	66	2.0	66	82	10	160	49	3	3	42	1.39
80356747--80356785	19	2.1	19	85	0	51	25	30	38	5	1.78
80358675--80358852	51	3.5	51	89	4	254	27	29	13	29	1.94
80358675--80358851	52	3.5	50	87	4	239	27	29	12	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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