genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89502191--89502405	47	4.7	44	72	14	130	22	30	19	27	1.98
89502138--89502411	94	2.9	94	76	10	296	23	30	18	27	1.98
89503940--89503972	10	3.2	10	91	8	57	42	0	0	57	0.98
89504283--89504318	19	1.9	18	88	5	54	41	11	0	47	1.39
89505269--89505295	14	1.9	14	100	0	54	18	22	14	44	1.86
89511818--89511874	29	2.0	29	82	6	71	21	17	3	57	1.54
89518718--89518820	52	2.0	52	98	0	197	19	16	25	38	1.92
89525256--89525301	13	3.3	15	77	17	55	13	13	15	58	1.63
89528109--89528161	26	2.0	26	100	0	106	28	11	22	37	1.89
89536064--89537016	40	23.9	40	98	0	1799	25	27	22	24	2.00
89538395--89538420	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
89541720--89541762	19	2.2	20	83	4	52	34	2	20	41	1.65
89542272--89542440	48	3.6	48	84	3	216	28	20	28	21	1.98
89542323--89542582	142	1.9	138	80	8	310	27	17	29	25	1.98
89542272--89542631	48	7.6	49	73	10	153	27	18	28	25	1.98
89544069--89544101	15	2.2	15	100	0	66	42	6	12	39	1.67
89546708--89546760	28	1.9	27	82	17	65	47	16	1	33	1.58
89548086--89548163	37	2.1	37	90	0	120	39	3	8	47	1.53
89548872--89548913	21	2.0	21	85	4	57	30	7	2	59	1.37
89556947--89556980	13	2.6	13	86	13	52	23	0	5	70	1.09
89557021--89557054	13	2.6	13	86	13	52	23	0	5	70	1.09
89556910--89557057	74	2.0	74	98	0	287	45	0	10	44	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89557607--89557641	17	2.2	16	90	10	54	60	5	14	20	1.54
89560800--89560844	14	3.1	14	87	3	54	35	11	17	35	1.86
89560806--89560848	14	3.0	14	89	3	59	39	11	13	34	1.82
89562233--89562312	32	2.5	32	79	4	81	52	16	3	27	1.60
89564568--89564675	48	2.2	48	86	0	144	27	27	16	27	1.97
89568653--89568690	19	2.0	20	84	5	51	65	10	10	13	1.47
89572976--89573004	13	2.1	14	93	6	51	17	34	6	41	1.76
89579090--89579131	21	2.0	21	85	0	57	19	40	16	23	1.91
89584272--89584308	18	2.1	18	94	0	65	40	13	21	24	1.89
89589119--89589218	27	3.7	27	91	2	164	29	28	14	29	1.95
89597124--89597301	27	6.6	27	80	3	160	28	28	15	27	1.96
89597150--89597300	82	1.9	81	85	4	214	27	28	16	27	1.97
89606585--89606609	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
89620880--89620959	27	3.2	27	63	23	75	21	20	32	26	1.97
89620861--89620983	47	2.6	47	100	0	246	20	20	30	28	1.97
89630018--89630188	48	3.5	48	78	1	189	28	18	28	24	1.98
89641141--89641174	18	1.9	18	94	5	61	11	26	44	17	1.83
89644121--89644205	24	3.5	23	76	10	73	28	30	12	28	1.93
89654790--89654937	47	3.3	43	81	7	111	28	27	17	26	1.98
89654813--89655064	48	5.3	48	85	0	299	26	27	18	27	1.98
89656416--89656647	27	8.6	27	81	4	198	29	28	15	27	1.96
89656442--89656646	54	3.8	54	90	1	286	28	28	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89656437--89656646	81	2.6	81	83	3	260	28	28	15	27	1.96
89658327--89658594	48	5.6	48	90	0	401	27	28	19	25	1.98
89667194--89667240	20	2.3	20	100	0	94	38	0	10	51	1.37
89673661--89673777	58	2.0	58	98	0	225	47	9	28	15	1.76
89674024--89674233	40	5.3	40	91	1	271	25	20	27	26	1.99
89673971--89674233	120	2.2	120	81	4	300	25	20	27	26	1.99
89673972--89674268	80	3.7	80	81	6	221	26	20	27	25	1.99
89701126--89701526	201	2.0	200	99	0	784	37	19	6	36	1.79
89703071--89703324	127	2.0	127	96	0	472	33	12	10	43	1.76
89710573--89710623	22	2.4	21	87	6	75	47	23	21	7	1.77
89712488--89712708	40	5.6	41	80	9	246	25	23	26	23	2.00
89715056--89715111	27	2.1	27	89	0	85	32	16	28	23	1.96
89715056--89715118	27	2.3	27	86	0	72	33	14	28	23	1.94
89715165--89715256	27	3.4	26	76	16	82	25	19	34	20	1.96
89715181--89715290	54	2.0	54	83	0	139	24	20	32	22	1.97
89716326--89716377	27	1.9	27	88	7	79	30	23	28	17	1.97
89720088--89720126	21	1.9	20	84	5	51	15	10	23	51	1.73
89721104--89721174	20	3.2	25	61	29	59	46	28	0	25	1.53
89721095--89721178	42	2.0	42	97	0	159	48	28	0	22	1.51
89721870--89721904	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
89721828--89721900	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
89722017--89722051	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89721789--89722063	147	1.9	149	96	1	509	46	3	2	47	1.33
89722037--89722215	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
89722137--89722171	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
89722000--89722292	120	2.4	120	92	2	491	50	5	2	42	1.36
89722229--89722305	28	2.9	27	70	18	70	55	0	1	42	1.07
89722308--89722513	91	2.3	89	84	5	245	46	3	4	45	1.41
89723027--89723056	12	2.5	12	94	0	51	43	20	23	13	1.86
89723320--89723346	14	1.9	14	100	0	54	48	22	7	22	1.75
89732024--89732140	58	2.0	58	88	0	171	34	25	15	24	1.95
89733050--89733081	14	2.2	15	94	5	57	3	12	6	78	1.06
89733093--89733163	3	26.0	3	71	23	59	60	1	1	36	1.14
89733096--89733175	5	15.6	5	70	27	53	60	1	1	37	1.13
89733091--89733166	8	9.8	8	88	5	120	60	1	1	36	1.13
89734751--89734819	21	3.3	21	68	8	59	43	17	24	14	1.86
89739342--89739383	20	2.1	20	100	0	84	28	4	26	40	1.76
89740421--89740473	24	2.2	24	79	0	61	47	16	15	20	1.83
89742027--89742060	16	2.1	16	100	0	68	41	5	23	29	1.78
89742216--89742268	27	2.0	26	82	10	63	73	0	13	13	1.10
89742998--89743064	31	2.2	31	82	10	84	40	14	5	38	1.71
89746537--89746570	16	2.1	16	100	0	68	41	5	23	29	1.78
89747491--89747557	31	2.2	31	86	5	91	46	14	4	34	1.65
89751064--89751123	29	2.0	30	90	9	97	56	11	5	26	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89765261--89765285	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
89771592--89771635	21	2.0	22	82	4	54	43	11	0	45	1.40
89773085--89773144	26	2.3	26	91	0	93	40	10	16	33	1.82
89774235--89774272	18	2.1	19	90	5	60	60	0	18	21	1.36
89782758--89782824	21	3.2	20	80	15	75	61	0	7	31	1.24
89783470--89783536	26	2.5	26	83	9	82	65	1	10	22	1.31
89783543--89783567	6	4.2	6	100	0	50	52	0	16	32	1.44
89784772--89784851	23	3.5	22	86	10	99	18	0	35	46	1.50
89793686--89793743	25	2.3	25	82	5	64	63	3	0	32	1.11
89793688--89793751	28	2.3	28	83	5	76	59	3	0	37	1.13
89796721--89796761	3	14.0	3	85	14	59	31	2	0	65	1.05
89796950--89796984	12	2.8	12	91	4	52	80	0	20	0	0.72
89796946--89796984	17	2.4	16	83	8	51	79	0	20	0	0.73
89801668--89801693	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
89802262--89802451	98	1.9	98	82	4	240	29	15	27	27	1.96
89802311--89802457	49	3.0	49	75	4	143	26	15	29	28	1.96
89802695--89802786	48	1.9	48	88	0	139	31	5	21	41	1.76
89812240--89812280	10	4.3	10	75	12	50	51	7	0	41	1.30
89812240--89812280	14	2.9	14	79	13	57	51	7	0	41	1.30
89812271--89812315	21	2.1	21	84	8	56	42	11	4	42	1.60
89816526--89816580	26	2.2	24	80	6	56	54	16	1	27	1.52
89817661--89817736	22	3.7	21	75	15	59	39	18	6	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89817697--89817787	19	4.9	19	89	8	152	37	14	10	37	1.81
89817690--89817784	35	2.6	37	85	12	135	36	14	10	37	1.81
89817906--89817945	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
89818138--89818411	45	6.1	45	77	6	259	27	26	14	31	1.95
89818152--89818320	89	1.9	89	86	0	239	27	28	13	30	1.94
89818354--89818879	78	6.7	78	91	0	802	25	23	18	32	1.97
89819104--89819181	40	2.0	40	89	0	120	32	26	12	28	1.93
89818821--89819380	224	2.5	219	86	4	734	26	21	18	33	1.96
89827883--89827927	22	2.0	22	86	4	63	37	17	6	37	1.76
89827906--89827978	19	3.9	19	91	7	123	35	16	9	38	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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