genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  41  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13793421--13793447	13	2.1	13	100	0	54	40	7	7	44	1.60
13797921--13798006	25	3.4	25	84	9	113	26	19	20	32	1.97
13797921--13798028	25	4.4	25	80	13	109	27	19	21	31	1.97
13805256--13805300	20	2.2	20	96	0	81	37	11	17	33	1.85
13805331--13805425	25	3.9	24	84	4	95	25	21	21	32	1.98
13805356--13805438	25	3.4	25	88	5	125	27	19	20	32	1.97
13805331--13805450	50	2.4	51	82	12	160	26	20	21	31	1.98
13805664--13805693	7	4.3	7	100	0	60	60	0	13	26	1.34
13810631--13810784	42	3.7	41	80	5	164	31	14	22	30	1.94
13810630--13810786	85	1.9	84	83	4	208	31	14	23	30	1.94
13819010--13819110	42	2.4	42	76	6	105	27	23	19	28	1.99
13821813--13822116	46	6.6	46	98	0	527	20	22	28	27	1.99
13827403--13827485	27	3.1	27	85	0	103	37	19	18	25	1.94
13832175--13832294	61	2.0	60	94	0	204	29	5	21	43	1.74
13834520--13834694	49	3.6	47	81	9	169	26	30	17	25	1.97
13837307--13837355	24	2.0	24	96	0	89	53	16	0	30	1.43
13837766--13837987	45	4.9	45	85	0	291	34	27	15	23	1.94
13837765--13837975	90	2.3	90	90	0	323	32	27	16	23	1.96
13839068--13839096	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
13843389--13843563	97	1.8	92	81	10	210	28	17	30	24	1.97
13847166--13847423	46	5.6	46	79	10	242	29	20	27	23	1.99
13847164--13847569	140	2.9	138	80	9	421	28	19	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13849308--13849384	24	3.2	24	80	12	88	33	16	25	23	1.96
13849929--13849982	26	2.1	26	82	6	65	27	20	0	51	1.47
13852989--13853166	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
13852990--13853145	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
13852986--13853166	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
13857408--13857470	20	3.2	19	86	6	72	23	25	1	49	1.59
13858111--13858380	138	2.0	137	83	0	342	35	24	19	20	1.95
13868696--13868721	13	2.0	13	100	0	52	30	0	30	38	1.58
13875390--13876141	40	18.8	40	93	0	1180	25	27	21	24	1.99
13877891--13878380	48	10.2	48	93	0	836	31	26	6	35	1.81
13882549--13882859	46	6.7	46	78	9	242	28	20	28	22	1.99
13896142--13896259	47	2.5	46	87	4	173	36	11	23	27	1.90
13896242--13896438	55	3.6	54	85	4	263	35	18	24	21	1.95
13900646--13900880	40	5.7	40	82	9	285	23	21	26	28	1.99
13900657--13900827	88	1.9	88	95	0	306	22	19	27	29	1.98
13905978--13906015	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
13908219--13908305	44	2.0	44	86	4	122	35	13	26	24	1.93
13911637--13911940	54	5.8	53	74	9	221	35	17	24	23	1.95
13911594--13911820	101	2.2	101	93	0	382	36	15	22	25	1.94
13911744--13911940	55	3.7	53	79	6	198	35	19	24	20	1.95
13928563--13928688	46	2.7	46	82	2	146	25	21	30	23	1.99
13939088--13939136	26	1.9	25	87	4	71	63	6	8	22	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13944601--13944660	30	2.0	30	100	0	120	33	3	26	36	1.73
13945439--13945524	31	2.8	31	89	1	138	25	25	16	32	1.96
13945742--13945837	25	3.8	25	90	2	147	27	22	23	26	2.00
13945742--13945837	51	1.9	50	89	2	147	27	22	23	26	2.00
13948543--13948836	46	6.3	46	74	9	256	28	28	20	22	1.98
13948669--13948840	93	1.8	93	91	0	281	27	30	20	22	1.98
13948543--13948835	139	2.1	139	93	2	500	27	29	20	22	1.98
13955718--13955803	31	2.8	31	94	1	156	24	26	17	31	1.97
13956008--13956092	26	3.4	25	85	9	93	28	22	21	28	1.99
13956021--13956116	26	3.8	26	88	2	126	26	21	25	27	2.00
13957810--13958037	47	4.8	48	74	13	183	27	17	30	25	1.97
13958839--13958870	13	2.5	13	100	0	64	12	28	34	25	1.92
13959044--13959101	20	2.9	21	79	5	66	13	31	25	29	1.94
13960479--13960513	17	2.1	17	100	0	70	28	25	11	34	1.91
13962134--13962200	5	14.0	5	89	9	104	38	0	1	59	1.06
13962137--13962199	8	8.4	8	71	25	57	38	0	1	60	1.07
13963577--13963629	16	3.3	16	71	10	54	35	5	22	35	1.78
13965131--13965173	19	2.2	20	87	4	61	30	0	4	65	1.13
13975956--13975998	21	2.0	21	86	8	61	27	18	25	27	1.98
13976293--13976981	343	2.0	343	97	0	1306	28	18	15	38	1.91
13987951--13987988	20	1.9	20	88	0	58	31	26	18	23	1.97
14006079--14006275	35	5.6	35	88	1	279	29	12	25	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14006371--14006431	31	2.0	31	90	6	97	22	19	31	26	1.98
14009980--14010047	33	2.1	33	94	0	118	33	30	14	20	1.93
14015013--14015041	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
14015369--14015901	268	2.0	268	93	0	913	33	23	13	30	1.93
14016928--14017067	10	14.7	9	69	14	84	62	1	1	34	1.13
14016996--14017079	19	4.4	18	77	14	80	66	3	1	28	1.15
14016996--14017079	29	2.9	27	82	10	105	66	3	1	28	1.15
14016996--14017079	10	8.7	10	73	16	61	66	3	1	28	1.15
14017252--14017334	39	2.1	39	82	4	96	28	7	0	63	1.20
14017387--14017470	20	4.3	19	79	10	73	27	2	1	69	1.09
14017387--14017459	20	3.7	20	82	8	78	26	1	1	71	1.02
14017681--14017856	90	2.0	90	85	4	239	37	7	18	36	1.80
14020072--14020315	123	2.0	123	95	0	443	33	9	21	35	1.86
14020354--14020413	29	2.1	29	100	0	120	30	3	20	46	1.66
14022104--14022267	82	2.0	82	91	0	265	38	15	8	37	1.79
14023324--14023440	62	1.9	61	84	5	157	47	4	6	41	1.50
14023853--14023894	9	4.4	9	82	11	57	40	0	2	57	1.12
14025360--14025400	14	2.7	16	77	14	50	46	7	0	46	1.30
14026046--14026363	153	2.1	153	93	1	539	24	32	22	20	1.98
14028268--14028377	54	2.0	54	94	0	193	29	25	15	30	1.96
14036543--14036661	62	2.0	59	88	5	175	51	5	4	39	1.43
14036629--14036726	48	2.0	49	90	2	153	56	2	3	38	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14036635--14036709	17	4.6	17	74	12	68	56	1	1	41	1.16
14036634--14036720	17	5.3	17	74	10	58	56	2	2	39	1.25
14055903--14057161	629	2.0	629	100	0	2518	30	14	25	29	1.95
14057659--14057703	20	2.2	21	88	4	65	33	2	22	42	1.66
14063081--14063140	28	2.1	28	90	6	95	56	26	0	16	1.40
14066377--14066430	27	2.0	27	88	0	81	29	12	12	44	1.80
14067786--14067824	17	2.3	17	90	0	69	41	10	0	48	1.37
14069523--14069548	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14077262--14077296	12	2.9	12	86	0	52	2	40	22	34	1.69
14079826--14079860	12	2.9	12	86	0	52	2	40	22	34	1.69
14090639--14090717	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
14090836--14091250	47	8.7	47	95	1	704	29	30	7	32	1.85
14090836--14091271	239	1.9	233	89	4	689	31	29	7	31	1.85
14093086--14093118	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
14093921--14093985	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
14094091--14094180	27	3.2	28	82	7	112	21	23	23	32	1.98
14094091--14094205	55	2.1	56	80	8	128	20	23	21	34	1.96
14094644--14094682	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
14104884--14104992	54	2.0	54	98	0	209	22	18	13	44	1.85
14105750--14105895	33	4.4	34	72	14	106	32	15	23	28	1.95
14105716--14105862	68	2.2	69	81	6	174	31	13	24	29	1.94
14105786--14105944	66	2.4	68	76	6	155	32	15	25	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14108486--14108548	24	2.6	24	92	0	99	22	14	33	30	1.93
14108486--14108558	24	3.0	22	83	15	83	21	15	32	30	1.94
14110416--14110469	27	2.0	27	92	0	90	35	12	11	40	1.79
14111828--14111866	17	2.3	17	90	0	69	41	10	0	48	1.37
14111828--14111872	17	2.6	17	85	0	54	40	13	0	46	1.43
14111984--14112024	14	3.1	14	83	13	52	46	0	0	53	1.00
14119196--14119229	12	2.8	12	95	0	59	0	38	26	35	1.57
14129892--14130063	86	2.0	86	97	0	326	37	13	16	32	1.88
14133357--14133583	101	2.3	101	86	0	312	32	14	24	28	1.95
14133396--14133549	33	4.6	33	71	9	105	32	14	24	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279