genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78017881--78017931	25	2.0	25	96	0	93	15	27	19	37	1.92
78019834--78019869	8	4.4	8	89	3	54	58	0	0	41	0.98
78024900--78024955	22	2.5	22	94	5	96	44	16	30	8	1.78
78029824--78029854	8	3.8	8	95	4	53	32	0	12	54	1.38
78053667--78053713	22	2.1	22	88	0	67	17	31	27	23	1.96
78054640--78054687	22	2.1	23	84	7	62	37	16	8	37	1.79
78054830--78054871	6	7.0	6	88	0	66	52	14	14	19	1.75
78054831--78054885	18	3.0	18	81	2	65	52	16	12	18	1.74
78054830--78054880	24	2.1	24	92	0	84	50	13	15	19	1.77
78054830--78054885	12	4.6	12	84	2	67	51	16	14	17	1.76
78055099--78055144	23	1.9	25	82	8	60	30	8	4	56	1.49
78055913--78055964	18	2.9	17	83	13	52	5	13	5	75	1.18
78062177--78062237	29	2.0	31	84	12	83	24	1	3	70	1.11
78063805--78063844	6	6.7	6	88	0	53	15	5	2	77	1.04
78063805--78063856	18	2.9	18	80	2	61	15	7	1	75	1.12
78065849--78065957	54	2.0	54	100	0	218	42	18	9	30	1.81
78073332--78073532	103	1.9	104	91	1	332	19	17	24	37	1.93
78077303--78077468	82	2.0	82	100	0	332	44	18	8	28	1.78
78078039--78078349	47	6.7	45	74	13	222	22	27	20	29	1.98
78077988--78078304	94	3.4	93	79	11	353	21	28	20	29	1.98
78077988--78078346	94	3.8	93	77	10	349	22	27	19	29	1.98
78084794--78084881	40	2.2	40	81	4	97	32	27	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78089685--78089729	22	2.0	22	100	0	90	33	17	4	44	1.69
78099033--78099108	23	3.3	23	85	7	109	34	15	21	28	1.94
78099137--78099201	26	2.6	25	69	13	60	60	0	3	36	1.13
78099152--78099203	27	2.0	26	84	3	68	63	0	1	34	1.06
78106805--78106945	54	2.6	54	96	0	255	29	26	18	25	1.98
78109952--78109992	20	2.0	20	100	0	82	19	0	29	51	1.47
78124377--78124518	40	3.6	40	77	8	130	34	24	14	26	1.93
78124408--78124519	37	2.8	40	76	9	122	36	24	14	25	1.93
78125368--78125424	25	2.2	26	81	3	62	3	28	1	66	1.18
78128652--78128678	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
78132467--78132501	17	2.1	17	100	0	70	22	31	11	34	1.90
78133623--78133666	16	2.6	17	85	7	63	72	6	2	18	1.17
78135552--78135597	20	2.3	19	82	10	56	30	8	2	58	1.40
78135559--78135597	21	1.9	20	89	5	60	28	10	2	58	1.44
78137732--78137781	24	2.1	24	96	0	91	50	6	12	32	1.64
78139368--78139416	18	2.7	18	93	0	89	18	44	24	12	1.84
78145377--78145405	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
78151530--78151640	47	2.4	47	83	6	145	35	22	16	26	1.95
78152404--78152432	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
78156939--78156981	21	2.0	22	81	4	52	30	4	2	62	1.28
78160414--78160603	96	2.0	96	88	4	285	37	18	32	12	1.88
78164778--78164849	38	1.9	37	88	8	110	12	16	8	62	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78164778--78164869	37	2.4	38	85	5	116	14	16	7	61	1.54
78167691--78167743	18	2.9	18	78	10	63	16	35	1	45	1.59
78169068--78169131	31	2.1	31	85	8	87	57	10	6	25	1.56
78173645--78173707	21	3.0	21	71	0	63	28	17	19	34	1.94
78173711--78173844	42	3.2	40	80	8	128	35	10	20	33	1.87
78179731--78179777	21	2.2	21	88	7	69	38	25	12	23	1.90
78180723--78180756	18	1.9	18	94	5	61	76	0	20	2	0.92
78183819--78183985	82	2.0	82	95	0	298	31	26	25	17	1.97
78187421--78187452	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
78187440--78187483	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
78195253--78195678	213	2.0	213	100	0	852	39	11	25	23	1.88
78195785--78195816	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
78206056--78206188	59	2.2	59	94	2	230	24	24	9	40	1.85
78208397--78208440	22	2.0	22	100	0	88	22	27	9	40	1.84
78208441--78208469	6	4.8	6	100	0	58	34	31	0	34	1.58
78212201--78212235	16	2.3	15	95	5	61	0	20	5	74	1.02
78212369--78212480	59	1.9	59	85	3	154	41	8	3	45	1.53
78234232--78234262	16	1.9	16	93	0	53	41	6	0	51	1.27
78238219--78238587	182	2.0	182	96	0	684	36	24	6	32	1.81
78239146--78239199	22	2.5	22	84	6	65	46	12	24	16	1.82
78245349--78245388	17	2.3	18	95	4	73	82	0	17	0	0.67
78254410--78254505	48	2.0	48	95	0	174	40	14	12	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78263706--78263894	79	2.4	79	89	0	279	41	16	11	31	1.83
78271042--78271068	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
78272469--78272662	92	2.1	92	88	5	286	44	4	4	46	1.41
78272694--78272727	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
78272699--78272746	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
78272739--78272926	61	3.1	61	66	17	165	42	2	6	48	1.41
78272791--78272842	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
78272736--78272958	120	1.9	120	97	0	419	42	2	6	49	1.40
78272920--78272961	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
78272911--78272952	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
78272898--78273209	154	2.0	156	94	2	556	47	4	3	44	1.40
78273061--78273095	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
78272898--78273131	75	3.1	75	65	16	199	46	2	3	47	1.34
78273257--78273351	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
78273330--78273362	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
78273343--78273385	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
78275343--78275418	11	6.8	11	72	19	59	56	1	0	42	1.07
78275307--78275358	20	2.5	20	73	14	52	44	5	1	48	1.38
78280171--78280221	25	2.0	25	100	0	102	35	3	15	45	1.65
78289798--78289890	18	5.2	18	93	0	159	31	17	24	26	1.97
78289798--78289890	36	2.6	36	98	0	177	31	17	24	26	1.97
78293847--78294086	108	2.3	105	82	8	287	30	19	10	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78293983--78294021	16	2.4	18	76	24	50	10	10	2	76	1.10
78294751--78294828	20	3.5	20	70	21	66	43	0	46	10	1.37
78295284--78295326	22	2.0	22	81	9	52	39	0	0	60	0.97
78295261--78295331	26	2.5	27	77	15	72	38	0	0	61	0.96
78296632--78296728	40	2.5	40	78	8	103	28	24	16	29	1.97
78297492--78297547	28	2.0	28	96	0	103	48	17	5	28	1.69
78297764--78297920	28	5.3	29	71	24	114	48	2	2	46	1.29
78297768--78297914	63	2.3	63	100	0	294	48	2	2	46	1.30
78297805--78297910	31	3.2	34	74	17	125	49	2	2	45	1.31
78297768--78297910	13	11.3	13	66	26	76	48	2	2	46	1.31
78300633--78301462	414	2.0	414	100	0	1660	33	13	20	32	1.91
78303666--78304007	172	2.0	172	94	1	605	30	12	19	37	1.89
78306393--78306429	2	18.5	2	94	0	65	48	0	51	0	1.00
78307517--78307625	38	2.8	39	71	12	98	22	22	26	29	1.99
78316242--78316309	34	2.0	34	85	5	93	25	25	19	30	1.98
78318789--78318837	23	2.1	23	85	7	64	42	0	12	44	1.41
78319012--78319081	23	3.0	23	77	12	70	22	22	18	35	1.95
78319258--78319319	20	3.1	20	80	0	70	33	12	16	37	1.87
78319289--78319350	20	3.1	20	79	4	63	37	11	16	35	1.84
78319263--78319347	40	2.1	40	81	12	95	35	11	16	36	1.85
78322232--78322328	40	2.4	41	86	6	128	28	28	15	26	1.96
78323125--78323166	20	2.3	19	80	12	52	45	16	2	35	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78327571--78327642	23	3.0	23	68	7	63	19	4	31	44	1.70
78327735--78327759	7	3.6	7	100	0	50	76	0	24	0	0.80
78328015--78328111	51	1.9	51	91	0	158	55	2	9	32	1.43
78328556--78328601	16	3.0	16	75	9	51	52	0	0	47	1.00
78341703--78341752	20	2.5	20	80	3	64	30	8	8	54	1.58
78342272--78342329	28	2.1	28	96	0	107	55	8	25	10	1.62
78347308--78347352	24	1.9	23	86	4	63	57	11	6	24	1.57
78347334--78347360	14	1.9	14	100	0	54	70	7	0	22	1.12
78350742--78350779	20	1.9	20	88	0	58	73	2	0	23	0.95
78356458--78356491	14	2.4	14	90	9	52	17	0	0	82	0.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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