genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59612426--59612451	12	2.2	12	100	0	52	23	42	26	7	1.81
59613740--59613772	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
59614843--59614907	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
59615013--59615102	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
59615013--59615127	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
59615566--59615604	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
59620647--59620750	33	3.2	33	62	20	81	19	21	30	28	1.97
59621634--59621658	13	1.9	13	100	0	50	8	28	0	64	1.22
59621669--59621701	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
59622772--59622836	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
59622942--59623031	28	3.2	27	92	7	137	22	23	23	31	1.99
59622942--59623056	55	2.1	56	82	8	137	20	23	21	33	1.97
59623257--59623295	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
59630622--59630714	46	2.0	46	97	0	177	21	18	33	26	1.96
59637362--59637406	23	2.0	23	100	0	90	77	8	8	4	1.10
59644230--59644263	18	1.9	17	88	5	50	26	20	8	44	1.81
59665348--59665384	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
59667544--59667596	24	2.2	24	86	6	72	52	1	1	43	1.23
59675803--59675858	24	2.3	24	84	0	67	35	14	21	28	1.92
59677800--59677927	47	2.7	47	87	2	168	33	28	14	23	1.93
59684725--59684791	33	2.0	33	100	0	134	40	20	14	23	1.90
59694395--59694437	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59695781--59695822	18	2.3	18	80	12	50	47	0	4	47	1.23
59697740--59697773	6	5.7	6	96	0	50	14	26	5	52	1.64
59702435--59702594	87	1.8	87	90	2	259	41	13	14	30	1.84
59705410--59705440	16	1.9	16	93	0	53	51	3	0	45	1.17
59706412--59706445	16	2.1	16	88	0	50	38	0	0	61	0.96
59712130--59712164	18	1.9	18	94	0	61	42	17	5	34	1.73
59721771--59721930	44	3.7	43	75	6	151	36	22	18	22	1.95
59722047--59722373	44	7.5	44	72	10	249	36	21	22	19	1.95
59722031--59722373	87	3.9	87	89	1	481	36	21	21	20	1.95
59722390--59722660	68	4.0	68	93	0	470	24	23	23	28	2.00
59722626--59722711	41	2.1	42	86	2	120	32	16	20	30	1.95
59726252--59726555	43	7.0	44	73	8	203	26	21	19	32	1.97
59726207--59726546	44	7.8	43	72	9	217	27	21	18	32	1.97
59726744--59727588	86	9.8	86	94	1	1225	25	23	22	29	1.99
59731872--59731920	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
59733549--59733929	87	4.4	87	76	10	334	25	21	21	31	1.98
59733524--59733974	44	10.5	43	71	13	283	26	21	21	31	1.98
59742627--59742718	46	2.0	45	95	2	166	23	25	25	25	1.99
59745371--59745402	15	2.1	15	94	0	55	75	3	3	18	1.08
59745643--59745789	3	49.0	3	98	0	285	65	0	0	33	0.97
59751251--59751707	131	3.5	129	76	7	402	27	18	18	35	1.95
59757874--59757914	22	1.9	22	85	5	57	24	7	4	63	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59775196--59775252	28	2.0	29	83	10	73	15	12	19	52	1.74
59778962--59779003	21	2.0	21	100	0	84	28	19	14	38	1.90
59780475--59780504	15	2.0	15	100	0	60	33	26	20	20	1.97
59789842--59789913	22	3.2	22	75	7	72	25	18	29	27	1.98
59789942--59790036	28	3.4	28	76	2	84	29	16	27	26	1.97
59789995--59790069	28	2.6	29	81	8	91	33	16	24	26	1.95
59803804--59803847	22	2.0	22	82	8	54	68	27	2	2	1.14
59805029--59805065	16	2.2	17	90	9	58	10	13	8	67	1.41
59805023--59805068	18	2.5	19	80	20	62	13	13	6	67	1.41
59806632--59806832	87	2.3	87	95	0	357	25	14	22	37	1.92
59810650--59810677	3	9.3	3	100	0	56	32	35	32	0	1.58
59816551--59816604	28	1.9	28	82	14	67	46	3	3	46	1.38
59819126--59819170	18	2.5	19	78	10	58	42	15	4	37	1.67
59819150--59819206	26	2.2	27	87	9	91	31	14	15	38	1.87
59819157--59819207	26	2.0	26	96	0	93	33	15	15	35	1.90
59819162--59819222	26	2.3	26	88	0	86	34	18	14	32	1.91
59819217--59819254	18	2.1	18	90	0	58	47	15	5	31	1.68
59819479--59819503	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
59820587--59820625	5	7.8	5	100	0	78	58	0	0	41	0.98
59821409--59821476	36	1.9	35	85	8	93	60	11	5	22	1.52
59823982--59824036	27	2.1	26	83	6	67	65	10	5	18	1.42
59826325--59826349	13	1.9	13	100	0	50	12	32	48	8	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59827095--59827194	22	4.3	22	77	14	94	36	0	4	60	1.16
59827109--59827197	25	3.7	24	79	14	112	34	0	4	60	1.17
59827095--59827258	11	15.2	11	67	23	73	35	1	4	57	1.31
59827306--59827401	25	3.8	24	79	12	86	35	6	5	53	1.49
59827102--59827546	204	2.2	194	82	9	531	34	3	5	55	1.42
59827299--59827459	88	1.8	87	84	9	220	35	4	5	54	1.46
59827178--59827401	23	9.4	23	68	22	92	35	4	6	53	1.48
59827155--59827868	24	31.5	22	65	26	111	33	4	6	55	1.45
59827815--59827922	57	1.9	54	80	10	119	29	6	4	59	1.43
59830200--59830288	21	4.2	20	76	12	72	57	4	4	33	1.39
59830787--59830845	22	2.6	23	81	10	68	61	3	3	32	1.29
59830951--59831022	2	38.0	2	74	10	53	54	5	1	38	1.33
59830957--59831006	15	3.5	13	79	15	55	56	2	2	40	1.22
59830978--59831019	11	4.0	11	78	12	52	57	7	0	35	1.26
59831111--59831155	21	2.1	21	84	8	56	62	6	2	28	1.33
59843140--59843289	26	5.8	26	91	0	246	35	24	8	32	1.84
59843140--59843291	52	2.9	52	98	0	286	34	25	7	32	1.85
59850833--59850892	29	2.1	29	81	6	68	26	15	1	56	1.48
59852075--59852108	17	2.0	17	88	0	50	47	2	0	50	1.16
59853581--59853611	7	4.4	7	100	0	62	29	0	0	70	0.87
59874207--59874260	27	2.0	27	100	0	108	29	11	22	37	1.89
59874215--59874273	27	2.2	27	84	6	75	32	8	20	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59881271--59881422	40	4.0	40	78	14	187	32	2	13	51	1.55
59881327--59881397	31	2.2	32	92	2	117	32	2	14	50	1.57
59887708--59887738	3	10.3	3	100	0	62	0	35	0	64	0.94
59888413--59888480	29	2.3	30	80	14	88	41	1	2	54	1.24
59890302--59890489	48	3.9	48	85	1	243	19	19	27	33	1.96
59895012--59895091	28	2.9	28	75	14	101	40	18	15	26	1.90
59895609--59895649	18	2.3	18	100	0	82	48	17	12	21	1.79
59912955--59913044	47	1.9	47	81	4	110	34	7	21	36	1.82
59913699--59913806	53	2.0	53	98	0	207	59	0	7	32	1.31
59915719--59915795	38	2.0	38	94	0	136	40	16	11	31	1.85
59917332--59917374	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
59917339--59917379	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
59918559--59918602	22	1.9	24	86	9	65	38	15	2	43	1.60
59923046--59923086	15	2.8	14	89	10	64	34	7	0	58	1.26
59923899--59924001	51	2.0	52	92	5	172	32	13	18	35	1.90
59925905--59925951	22	2.1	22	96	0	85	44	8	10	36	1.70
59948594--59948635	20	2.1	20	100	0	84	23	0	30	45	1.53
59948637--59948662	7	3.7	7	100	0	52	15	0	30	53	1.42
59951743--59951779	15	2.3	17	86	9	51	24	2	5	67	1.25
59959011--59959045	16	2.1	18	89	10	56	31	2	2	62	1.24
59976379--59976440	25	2.4	25	72	2	61	41	3	17	37	1.66
59980259--59980359	50	2.0	50	96	0	184	29	15	14	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59980773--59980821	19	2.6	19	78	9	55	6	14	0	79	0.91
59996954--59997028	15	5.2	15	80	9	75	30	0	41	28	1.56
59996954--59997028	6	12.5	6	78	5	62	30	0	41	28	1.56
59996954--59997028	9	8.3	9	76	5	62	30	0	41	28	1.56
59996962--59997028	15	4.2	16	82	14	77	28	0	43	28	1.55
60017463--60017582	39	3.1	39	91	0	186	25	28	18	27	1.98
60018862--60018902	21	2.0	21	90	9	66	34	24	2	39	1.69
60020241--60020292	25	2.1	25	88	0	77	61	13	15	9	1.56
60020227--60020292	25	2.6	26	76	7	73	62	12	18	7	1.52
60021321--60021354	14	2.4	14	90	0	50	44	2	2	50	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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