genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71027969--71028154	40	4.7	40	86	5	225	25	22	26	26	2.00
71027969--71028187	80	2.7	79	80	7	203	26	21	26	25	1.99
71029846--71029878	15	2.1	16	88	5	50	30	9	12	48	1.71
71032962--71033047	27	3.2	26	80	6	91	39	19	11	29	1.87
71033001--71033061	27	2.3	27	85	5	79	40	11	16	31	1.84
71033583--71033640	26	2.2	25	82	11	71	22	13	18	44	1.85
71034716--71034889	94	1.9	93	92	1	294	49	4	9	36	1.55
71034845--71034970	49	2.7	47	83	10	150	52	0	5	42	1.25
71036410--71036446	19	1.9	19	88	0	56	21	40	0	37	1.54
71040096--71040203	45	2.4	45	84	0	135	31	28	16	23	1.96
71040485--71040514	15	2.0	15	93	0	51	50	13	0	36	1.42
71043782--71043820	10	3.8	10	86	6	60	30	17	15	35	1.91
71043782--71043821	21	1.9	21	94	0	71	30	17	15	37	1.90
71047501--71047612	27	4.2	26	84	7	134	37	22	24	16	1.93
71047501--71047612	54	2.1	54	86	3	154	37	22	24	16	1.93
71049475--71049694	40	5.6	40	82	5	259	25	26	23	25	2.00
71052519--71052589	24	3.0	24	91	0	106	25	35	2	36	1.71
71061686--71061716	14	2.2	14	100	0	62	12	19	25	41	1.87
71063468--71063586	48	2.5	48	83	6	134	25	28	21	24	1.99
71067314--71067389	30	2.6	29	81	12	75	31	14	5	48	1.66
71067564--71067673	43	2.6	43	83	1	150	33	27	15	23	1.95
71070493--71070828	48	7.0	48	91	0	537	36	5	26	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71070503--71070828	144	2.3	144	96	0	607	36	6	26	30	1.81
71070881--71070980	37	2.7	37	93	0	173	25	19	32	24	1.98
71074488--71074524	19	1.9	19	88	0	56	72	10	2	13	1.21
71074963--71075077	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
71074988--71075077	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
71075030--71075179	75	2.0	75	97	0	282	30	25	21	22	1.99
71075261--71075317	27	2.1	27	90	0	87	33	7	26	33	1.83
71075570--71075599	8	3.8	8	90	0	51	3	23	23	50	1.64
71081419--71081546	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
71081418--71081546	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
71085004--71085040	19	1.9	19	88	0	56	72	10	2	13	1.21
71085478--71085592	55	2.1	56	82	8	137	34	22	23	19	1.96
71085503--71085592	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
71085698--71085762	28	2.3	28	91	0	103	30	9	27	32	1.88
71092454--71092576	62	2.0	62	96	0	228	26	29	22	21	1.99
71092898--71092987	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
71100057--71100150	44	2.2	42	84	3	116	35	22	18	24	1.96
71101246--71101270	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
71102189--71102229	20	2.0	21	85	4	57	34	12	12	41	1.80
71104190--71104233	16	2.8	16	92	0	70	56	25	15	2	1.51
71104444--71104547	29	3.6	29	84	3	104	27	8	31	31	1.87
71104468--71104567	29	3.4	29	84	0	119	27	13	32	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71110961--71111009	25	2.0	25	88	8	73	36	2	0	61	1.08
71112254--71112369	27	4.3	27	88	1	144	40	21	15	22	1.91
71112276--71112405	54	2.4	54	77	2	127	38	20	17	23	1.93
71113381--71113456	39	2.0	38	94	0	125	43	9	34	11	1.73
71122361--71122394	17	1.9	18	94	5	61	11	32	32	23	1.91
71125787--71126281	47	10.5	47	91	5	738	31	9	30	28	1.88
71125787--71126281	49	10.5	49	82	12	464	31	9	30	28	1.88
71132118--71132380	37	7.0	37	77	3	222	28	16	17	37	1.92
71132146--71132377	112	2.1	112	87	1	331	29	16	16	37	1.90
71132111--71132380	75	3.6	74	77	5	229	28	16	17	37	1.92
71134436--71134478	18	2.4	18	96	0	77	65	0	18	16	1.28
71143269--71143293	13	1.9	13	100	0	50	84	0	16	0	0.63
71144593--71144627	17	2.1	17	100	0	70	45	11	22	20	1.82
71144941--71145017	13	5.9	13	83	6	93	32	7	22	37	1.83
71145178--71145225	8	5.6	9	75	24	50	43	0	0	56	0.99
71145178--71145236	19	3.1	19	90	7	84	44	0	0	55	0.99
71146083--71146146	29	2.2	30	83	8	78	46	0	10	42	1.39
71147461--71147576	29	3.9	29	75	16	80	32	0	16	50	1.51
71147494--71147603	29	3.7	29	77	13	98	31	0	13	53	1.46
71151491--71151645	43	3.6	42	85	1	202	28	15	23	32	1.95
71161692--71161813	46	2.6	47	81	5	138	26	22	14	36	1.93
71165901--71165975	30	2.5	30	91	0	114	9	9	41	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71168172--71168242	32	2.3	31	80	9	81	36	9	14	39	1.79
71169290--71169327	19	2.0	20	89	5	60	15	26	36	21	1.93
71172012--71172101	45	2.0	45	97	0	171	38	4	38	17	1.70
71177835--71177909	37	2.0	37	97	0	141	25	13	16	45	1.83
71178656--71178876	40	5.6	40	85	3	232	25	28	21	24	1.99
71178808--71178885	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
71180307--71180380	37	2.0	37	97	0	139	24	31	21	22	1.99
71182056--71182175	38	3.1	37	80	7	132	30	22	22	25	1.99
71182019--71182175	78	2.0	80	81	7	189	32	23	20	23	1.98
71185754--71185829	38	2.0	37	87	2	107	18	25	17	38	1.92
71189684--71189722	15	2.4	17	87	12	55	53	7	5	33	1.51
71191961--71192054	49	1.9	48	95	4	163	39	5	37	17	1.72
71193619--71193643	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
71194101--71194141	20	2.0	22	85	9	59	48	0	24	26	1.51
71194773--71194834	32	1.9	32	93	0	106	27	14	24	33	1.94
71207859--71207925	20	3.3	20	85	0	98	31	13	22	32	1.92
71207976--71208024	23	2.1	23	96	0	89	28	20	20	30	1.98
71208239--71208298	31	1.9	31	93	0	102	36	16	21	25	1.94
71212263--71212474	40	5.3	40	83	1	248	25	23	26	25	2.00
71219199--71219266	20	3.4	20	81	0	82	35	11	19	33	1.88
71219317--71219389	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
71219316--71219410	24	4.0	24	89	6	140	28	21	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71219604--71219663	31	1.9	31	93	0	102	36	16	21	25	1.94
71222861--71223122	131	2.0	131	97	0	497	38	19	9	31	1.84
71225042--71225345	27	11.3	27	79	2	256	42	20	8	28	1.81
71225042--71225343	81	3.7	81	80	3	304	42	19	8	29	1.81
71225199--71225344	53	2.7	52	79	4	139	41	20	8	30	1.81
71225366--71225451	27	3.2	27	84	0	100	36	17	20	25	1.95
71225810--71225859	22	2.3	22	78	0	55	24	28	18	30	1.97
71226009--71226065	26	2.2	26	84	6	71	24	19	21	35	1.96
71226017--71226073	27	2.1	27	90	6	89	22	19	24	33	1.97
71226024--71226097	27	2.8	26	85	6	94	24	21	18	35	1.96
71226215--71226305	6	14.8	6	75	13	87	17	17	16	48	1.82
71226215--71226305	37	2.5	37	84	10	116	17	17	16	48	1.82
71226215--71226305	43	2.1	43	89	0	137	17	17	16	48	1.82
71228246--71228606	27	13.4	27	78	4	291	40	21	8	29	1.82
71228246--71228606	134	2.7	134	83	3	388	40	21	8	29	1.82
71228240--71228602	80	4.5	81	78	4	313	39	21	7	30	1.82
71228596--71228845	27	9.3	27	83	0	304	36	21	18	23	1.95
71228353--71228639	134	2.1	133	78	5	301	40	22	8	28	1.84
71229193--71229253	22	2.7	23	78	12	65	22	26	21	29	1.99
71229418--71229516	27	3.7	26	84	6	126	22	23	19	35	1.96
71229633--71229699	31	2.2	31	86	0	89	20	19	13	46	1.83
71230400--71230431	11	2.8	12	90	9	57	34	6	0	59	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71234647--71234765	55	2.2	55	80	5	134	25	26	25	22	2.00
71244131--71244268	40	3.5	40	89	3	190	23	24	28	23	1.99
71264534--71264711	27	6.6	27	81	3	187	27	15	26	30	1.96
71264535--71264690	82	1.9	81	85	3	215	27	15	26	30	1.96
71264531--71264711	82	2.2	81	80	2	211	27	15	26	30	1.96
71269025--71269291	40	6.7	40	95	0	480	22	27	19	29	1.98
71271666--71271749	27	3.2	26	86	5	105	39	22	22	15	1.92
71273164--71273264	24	4.2	24	89	2	141	23	39	2	33	1.70
71273838--71273962	48	2.6	48	87	0	169	27	24	23	25	2.00
71273838--71273985	48	3.1	47	84	1	161	27	24	23	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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