genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21653260--21653316	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
21653248--21653318	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
21653253--21653307	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
21653355--21653402	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
21660676--21660891	24	8.8	24	85	6	256	28	22	19	28	1.98
21660946--21661006	20	3.0	20	95	0	113	34	19	11	34	1.88
21660946--21661001	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
21666884--21667141	40	6.5	40	93	2	396	25	28	23	22	1.99
21668931--21669218	144	2.0	144	95	0	513	34	19	14	31	1.92
21687410--21687453	21	2.1	21	100	0	88	27	18	9	45	1.79
21691531--21691595	29	2.4	27	82	7	69	58	1	9	30	1.39
21693702--21694205	133	3.8	133	88	2	735	29	24	17	28	1.97
21693628--21694205	265	2.2	266	87	3	845	30	23	17	28	1.97
21694097--21694297	88	2.3	88	83	4	280	30	22	18	27	1.97
21693974--21694413	221	2.0	220	92	2	740	29	23	18	28	1.98
21694273--21694469	45	4.4	44	68	11	114	25	27	17	29	1.97
21694194--21694485	133	2.2	133	92	0	485	29	25	18	27	1.98
21699953--21700014	30	2.1	30	93	0	106	41	30	16	11	1.83
21700734--21700770	18	2.1	18	89	0	56	62	5	0	32	1.18
21700970--21701034	29	2.4	27	82	7	69	58	1	9	30	1.39
21702293--21702329	17	2.1	17	90	5	56	70	5	18	5	1.27
21702827--21702874	9	5.3	9	94	0	87	22	41	10	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21708633--21708785	42	3.6	42	80	5	157	30	26	14	28	1.95
21722505--21722544	9	4.6	9	87	12	57	67	0	0	32	0.91
21728375--21728579	53	3.8	53	75	3	194	36	17	24	21	1.94
21735734--21735919	40	4.7	40	89	2	250	25	27	22	24	2.00
21742081--21742114	17	2.0	17	100	0	68	17	41	23	17	1.90
21743670--21743854	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
21743651--21743854	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
21749712--21749918	53	3.8	53	74	6	175	39	17	23	20	1.92
21751497--21751698	39	5.0	42	64	13	134	35	14	20	29	1.92
21751497--21751740	81	3.0	81	98	0	470	34	14	19	31	1.92
21751523--21751737	38	5.4	39	64	15	125	35	13	18	32	1.90
21757871--21757918	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
21757865--21757924	29	2.1	29	90	0	93	30	0	28	41	1.56
21762215--21762251	12	3.0	12	92	4	56	16	5	5	72	1.21
21762470--21762517	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
21762464--21762523	29	2.1	29	90	0	93	30	0	28	41	1.56
21771353--21771498	40	3.7	40	86	3	188	23	23	28	25	2.00
21771353--21771531	80	2.2	80	82	4	202	25	22	27	25	2.00
21772955--21773002	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
21772949--21773008	29	2.1	29	90	0	93	30	0	28	41	1.56
21785176--21785271	48	2.0	48	100	0	192	18	29	20	31	1.97
21786512--21786691	28	6.6	27	91	3	279	30	28	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21786512--21786691	55	3.3	55	94	1	299	30	28	12	27	1.93
21786512--21786691	83	2.2	82	92	1	297	30	28	12	27	1.93
21790491--21790656	85	1.9	86	85	8	232	28	16	26	27	1.97
21790491--21790666	43	4.1	43	85	6	216	30	17	25	26	1.97
21791044--21791084	21	2.0	21	85	0	55	7	39	17	36	1.77
21791058--21791126	21	3.3	21	85	0	66	1	42	21	34	1.62
21795832--21796025	50	3.9	49	77	7	185	28	28	17	25	1.97
21798158--21798222	15	4.4	15	73	9	53	64	13	13	7	1.48
21798158--21798226	30	2.3	31	80	14	83	62	17	13	7	1.52
21800916--21801017	31	3.2	31	68	10	98	34	9	4	50	1.57
21800907--21801034	64	2.0	64	98	0	247	34	10	7	47	1.66
21801311--21801495	101	1.8	99	83	4	246	27	28	17	25	1.98
21803362--21803845	64	7.6	64	95	0	815	36	2	14	46	1.59
21804975--21805013	20	2.0	20	100	0	78	53	10	15	20	1.70
21806493--21806546	21	2.6	21	88	5	74	42	29	0	27	1.56
21806454--21806526	28	2.6	28	81	12	87	39	32	0	27	1.57
21806740--21806815	22	3.5	22	78	5	84	38	43	1	17	1.57
21806818--21806865	15	3.4	15	82	8	57	47	31	2	18	1.60
21808800--21808931	47	2.8	47	82	1	165	34	27	15	23	1.94
21819819--21819925	53	2.0	53	87	3	153	20	26	19	33	1.97
21821804--21821898	25	3.8	25	91	2	147	25	24	23	27	2.00
21821829--21821924	50	1.9	50	83	8	124	27	23	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21822145--21822209	31	2.1	32	91	5	107	32	15	23	29	1.95
21833480--21833544	31	2.1	32	91	5	107	30	13	24	30	1.94
21834214--21834317	54	1.9	55	86	2	147	25	23	15	36	1.93
21834296--21834417	47	2.6	47	96	0	217	25	22	13	37	1.92
21838890--21839077	40	4.7	40	90	3	299	25	26	22	26	2.00
21841320--21841376	27	2.0	27	83	6	69	17	5	19	57	1.58
21842527--21842571	19	2.4	19	96	0	81	31	20	35	13	1.91
21843286--21843325	19	2.1	19	95	0	71	20	2	5	72	1.15
21851250--21851396	20	7.3	20	68	7	102	17	29	17	36	1.93
21851254--21851418	40	4.1	40	88	1	233	17	30	15	36	1.91
21851364--21851420	20	2.8	20	72	0	60	19	31	17	31	1.95
21851262--21851468	80	2.6	80	80	6	188	17	29	16	35	1.93
21851436--21851495	20	3.0	20	69	9	50	13	26	20	40	1.89
21852934--21852973	20	1.9	22	85	10	57	17	5	20	57	1.58
21853066--21853156	43	2.1	43	89	0	137	25	27	25	21	2.00
21853066--21853170	43	2.4	44	82	7	135	22	27	24	24	2.00
21868843--21869018	46	3.8	46	77	14	191	21	20	28	29	1.98
21868840--21869011	93	1.8	93	92	2	292	22	20	28	28	1.99
21871277--21871442	83	2.0	83	97	0	314	31	21	18	28	1.97
21894972--21895143	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
21894919--21895141	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
21894999--21895176	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21897301--21897344	20	2.2	20	87	0	61	43	18	2	36	1.63
21897307--21897352	20	2.3	20	84	0	56	45	15	4	34	1.66
21901374--21901520	33	4.4	32	68	10	107	29	21	13	35	1.92
21901340--21901544	101	2.0	101	88	3	306	29	23	14	32	1.94
21902118--21902157	21	2.0	20	90	5	62	42	22	0	35	1.54
21904898--21905778	28	31.5	28	92	0	1442	25	14	28	31	1.94
21904898--21905778	56	15.8	56	99	0	1694	25	14	28	31	1.94
21912722--21912849	25	5.2	24	72	15	100	25	21	19	33	1.97
21912803--21912867	25	2.6	25	80	9	87	26	20	23	30	1.98
21915952--21916245	28	10.5	28	98	0	536	26	11	27	34	1.90
21920528--21920578	25	2.0	25	84	0	66	29	15	31	23	1.95
21920553--21920610	28	2.0	29	90	3	91	29	13	29	27	1.94
21923813--21923842	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
21926739--21926914	46	3.8	46	80	14	218	21	20	28	29	1.98
21926736--21926906	93	1.8	93	94	2	308	21	21	29	28	1.98
21928685--21928841	39	4.0	39	90	0	242	24	28	23	22	1.99
21931317--21931366	20	2.5	20	83	6	57	34	24	18	24	1.96
21932547--21932603	16	3.8	14	76	15	51	68	1	1	28	1.09
21932744--21932776	16	2.1	16	94	0	57	60	6	0	33	1.21
21934325--21934381	29	2.0	29	92	0	96	35	19	14	31	1.91
21937687--21937793	57	1.9	56	82	5	135	32	23	16	27	1.96
21937880--21937925	18	2.6	18	93	6	76	23	17	4	54	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21938288--21938335	21	2.3	21	85	0	60	45	14	2	37	1.57
21939985--21940065	40	2.0	40	95	0	144	30	18	6	44	1.74
21964950--21965099	42	3.5	42	83	3	158	30	12	25	32	1.93
21964978--21965093	43	2.7	43	84	4	119	30	12	25	31	1.93
21969436--21969494	26	2.3	26	96	0	109	40	0	27	32	1.56
21971672--21971835	42	3.9	42	81	1	175	27	14	26	32	1.94
21971724--21971835	43	2.6	42	81	5	136	28	16	25	29	1.96
21987819--21988099	144	2.0	144	87	2	413	29	19	18	31	1.96
21994116--21994302	50	3.8	49	78	7	189	29	28	16	25	1.97
21997545--21997612	30	2.3	30	94	0	118	33	23	2	39	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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