genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84019284--84019317	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
84027139--84027170	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
84030147--84030201	27	2.0	27	100	0	110	49	29	3	18	1.64
84032207--84032242	11	3.2	11	92	4	54	22	27	0	50	1.50
84034297--84034352	25	2.3	24	76	11	60	39	1	5	53	1.34
84037466--84038098	126	5.0	126	91	0	1007	27	17	17	37	1.92
84038162--84038235	34	2.2	34	85	4	96	50	10	0	39	1.38
84040639--84040696	9	6.2	9	76	11	55	34	0	1	63	1.04
84040645--84040696	19	2.7	19	81	0	68	36	0	1	61	1.07
84042748--84043078	165	2.0	165	100	0	662	32	14	9	43	1.77
84044184--84044232	4	12.2	4	100	0	98	48	24	0	26	1.51
84044390--84044437	4	12.0	4	95	0	87	0	22	0	77	0.78
84047510--84047572	31	2.0	31	93	0	108	41	11	14	33	1.81
84050302--84050334	15	2.2	15	94	0	57	42	0	15	42	1.46
84050372--84052118	875	2.0	872	99	0	3449	36	13	18	31	1.89
84059015--84059048	17	1.9	17	88	5	50	52	11	0	35	1.38
84061804--84061846	22	2.0	22	85	0	59	39	2	0	58	1.11
84063337--84063381	22	2.0	23	91	8	76	60	0	0	40	0.97
84075063--84075094	15	2.1	16	94	5	57	18	18	34	28	1.95
84086912--84086952	16	2.6	16	81	18	50	29	29	19	21	1.98
84106147--84106226	28	2.8	28	78	17	76	62	0	3	33	1.13
84106160--84106196	18	2.1	18	94	0	65	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84111215--84111291	37	2.1	38	87	2	111	28	28	7	35	1.85
84114615--84114639	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
84116609--84116648	16	2.5	16	95	0	71	2	20	40	37	1.66
84119206--84119246	17	2.4	18	80	19	52	53	9	2	34	1.47
84122250--84122346	31	3.1	31	73	14	92	43	5	13	38	1.66
84122537--84122591	23	2.4	21	75	16	56	40	0	0	60	0.97
84123353--84123382	6	4.8	6	95	4	51	16	0	0	83	0.65
84132542--84132590	22	2.3	22	86	10	66	24	4	6	65	1.33
84134109--84134134	3	8.7	3	100	0	52	34	34	0	30	1.58
84135128--84135751	78	7.9	78	81	6	623	31	16	8	42	1.80
84135128--84135754	155	4.0	157	81	7	650	31	16	8	42	1.80
84139791--84139857	21	3.2	21	62	8	55	26	29	13	29	1.94
84139782--84139867	42	2.0	42	100	0	172	23	25	11	39	1.88
84139785--84139852	22	3.2	22	62	8	59	23	29	13	33	1.93
84148341--84148397	27	2.0	29	83	6	73	61	1	0	36	1.07
84148630--84148670	21	2.0	20	85	4	55	34	0	9	56	1.32
84159483--84159937	174	2.6	174	90	0	712	35	19	13	31	1.91
84167749--84167894	54	2.7	55	80	8	158	28	17	21	33	1.95
84170548--84170573	13	2.0	13	100	0	52	38	15	38	7	1.76
84171918--84172022	41	2.5	42	93	3	176	57	12	10	20	1.64
84173662--84173694	15	2.1	16	88	5	50	27	0	0	72	0.85
84175290--84175323	17	2.0	17	100	0	68	52	23	11	11	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84178462--84178686	122	1.8	122	97	0	423	40	15	9	33	1.80
84178277--84178871	307	1.9	307	94	2	1061	45	14	9	30	1.77
84178584--84179352	185	4.2	184	92	4	1289	47	13	9	29	1.74
84179449--84179487	20	1.9	20	84	5	51	46	12	7	33	1.71
84183857--84183888	15	2.2	15	94	5	57	21	0	21	56	1.43
84185602--84185642	18	2.2	20	86	8	59	21	2	2	73	1.07
84188566--84188623	29	2.0	29	86	0	80	36	15	10	37	1.82
84194019--84194346	84	3.8	82	77	13	316	42	23	7	25	1.81
84194103--84194278	96	1.8	97	86	6	259	44	22	7	25	1.80
84194020--84194346	180	1.8	179	87	2	494	43	23	7	25	1.81
84196580--84196628	9	5.4	9	76	9	55	40	20	12	26	1.87
84198551--84198899	94	3.9	89	81	9	309	30	10	18	40	1.84
84198638--84198915	94	3.0	94	81	7	325	28	11	18	41	1.86
84206922--84206946	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
84220783--84220862	11	8.2	10	78	21	82	57	0	0	42	0.98
84220762--84220863	40	2.5	40	93	3	170	58	0	0	40	1.04
84220829--84220872	17	2.5	17	81	3	52	59	0	0	40	0.98
84220926--84221016	45	2.0	45	86	0	128	16	30	12	40	1.85
84222694--84223307	313	2.0	312	88	4	934	27	8	14	48	1.74
84231911--84231973	18	3.7	17	81	8	74	58	0	0	41	0.98
84231913--84231963	18	2.9	18	91	2	77	62	0	0	37	0.95
84233162--84233195	16	2.1	17	88	5	52	41	11	17	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84234861--84234896	14	2.7	13	87	8	54	11	8	0	80	0.90
84237610--84237654	12	3.9	12	82	5	58	42	0	0	57	0.98
84237617--84237652	18	2.0	18	88	0	54	38	0	0	61	0.96
84237608--84237659	24	2.3	22	78	15	61	44	0	0	55	0.99
84239037--84239153	60	2.0	60	91	0	189	38	16	15	29	1.89
84241279--84241320	21	2.0	21	85	4	57	76	4	4	14	1.12
84243033--84243145	60	1.9	60	88	0	172	38	15	15	30	1.89
84244579--84244608	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
84254323--84254356	14	2.3	15	95	5	61	82	14	0	2	0.79
84254325--84254367	21	2.0	21	86	8	61	81	13	0	4	0.84
84261330--84261372	9	4.8	9	83	11	52	69	0	0	30	0.88
84261329--84261372	19	2.5	17	88	7	61	70	0	0	29	0.88
84265319--84265453	40	3.4	39	74	9	123	26	15	23	34	1.95
84269584--84269642	29	2.1	27	84	9	75	44	13	15	27	1.84
84271304--84271353	11	4.4	11	82	7	64	38	2	0	60	1.09
84271304--84271354	23	2.2	23	89	0	75	37	1	0	60	1.08
84281833--84281866	18	1.9	17	88	5	50	32	2	0	64	1.08
84283553--84283628	30	2.5	31	80	6	93	38	21	15	25	1.92
84284910--84284939	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
84296446--84296544	43	2.3	43	91	0	162	12	32	10	45	1.75
84297360--84297945	293	2.0	294	91	1	951	34	16	18	31	1.93
84305543--84305574	6	5.3	6	92	0	55	31	0	15	53	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84312942--84313005	31	2.1	31	88	5	94	42	9	17	31	1.81
84320566--84320604	21	1.9	21	89	5	62	17	10	2	69	1.28
84321652--84321693	22	2.0	21	90	4	66	42	0	4	52	1.22
84325563--84325635	31	2.4	29	80	8	76	41	8	27	23	1.82
84328076--84328104	13	2.1	14	93	6	51	75	3	0	20	0.94
84328272--84328304	2	17.0	2	87	6	50	48	3	0	48	1.17
84329471--84329509	12	3.2	12	92	0	60	33	0	25	41	1.56
84329471--84329509	18	2.2	18	90	0	60	33	0	25	41	1.56
84341232--84341281	15	3.3	15	88	0	73	20	38	0	42	1.52
84346471--84346512	22	1.9	22	85	0	57	4	33	0	61	1.17
84346660--84346692	17	1.9	17	88	11	50	3	12	3	81	0.91
84349004--84349086	42	2.0	42	100	0	166	38	9	19	32	1.84
84372162--84372209	24	2.0	24	95	0	87	22	27	4	45	1.70
84372572--84373049	146	3.3	143	86	3	645	39	11	17	30	1.85
84372644--84373317	146	4.5	150	83	5	754	38	12	18	30	1.87
84376217--84376352	71	1.9	71	96	0	254	36	12	19	31	1.89
84376353--84376417	31	2.1	31	97	0	121	21	15	10	52	1.73
84379403--84379443	15	2.7	15	92	0	64	43	0	39	17	1.49
84383409--84383453	22	2.0	22	83	8	56	37	2	2	57	1.23
84385881--84386203	163	2.0	165	82	9	399	39	10	19	30	1.85
84386826--84386896	31	2.3	31	85	0	97	36	8	7	47	1.61
84387286--84387311	12	2.2	12	100	0	52	50	19	15	15	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84388967--84389010	22	2.0	22	86	0	61	20	9	15	54	1.68
84396799--84396841	21	2.0	21	100	0	86	18	4	13	62	1.48
84398208--84398249	21	2.0	21	81	9	50	33	9	7	50	1.62
84399640--84399699	20	3.3	19	74	23	58	41	0	18	40	1.50
84399674--84399707	5	6.8	5	96	0	50	47	0	20	32	1.51
84405839--84405885	20	2.4	20	76	16	53	42	2	4	51	1.33
84406246--84406275	14	2.1	14	93	0	51	23	43	6	26	1.78
84407233--84407271	19	2.0	20	95	5	71	38	0	0	61	0.96
84407237--84407279	20	2.2	19	83	4	50	34	0	6	58	1.25
84409286--84409343	28	2.1	28	87	6	82	65	5	5	24	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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