genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57177343--57177377	18	1.9	18	100	0	70	45	11	2	40	1.55
57182619--57182650	8	4.0	8	100	0	64	37	25	25	12	1.91
57201533--57201564	16	2.0	16	100	0	64	31	0	12	56	1.37
57201990--57202440	24	18.9	24	73	11	345	26	12	25	35	1.91
57202015--57202410	95	4.1	96	95	0	670	27	12	24	36	1.91
57223395--57223421	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
57224838--57224900	32	2.0	32	81	9	76	39	7	3	49	1.48
57225303--57225469	5	33.4	5	100	0	334	39	0	0	60	0.97
57226965--57227014	26	1.9	26	95	0	91	10	22	26	42	1.84
57230727--57230788	31	2.0	31	100	0	124	32	16	25	25	1.96
57238644--57238731	46	2.0	44	90	4	140	30	13	27	28	1.94
57238637--57238770	46	3.0	45	80	4	135	34	14	24	26	1.94
57245233--57245347	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
57245233--57245366	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
57247661--57247745	31	2.8	31	71	10	77	30	4	3	61	1.33
57248214--57248274	21	2.8	20	76	11	59	50	3	0	45	1.17
57248230--57248276	7	6.7	7	88	9	69	48	0	0	51	1.00
57248221--57248276	21	2.7	21	86	5	69	48	1	0	50	1.11
57251823--57251907	30	2.9	30	87	1	118	30	16	21	31	1.95
57253482--57253557	39	1.9	39	86	5	109	44	26	13	15	1.83
57253520--57253584	23	2.8	23	88	0	94	44	27	13	13	1.82
57254968--57255031	24	2.8	24	79	15	73	64	4	0	31	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57255009--57255050	19	2.2	19	83	8	50	66	2	2	28	1.16
57258288--57258430	46	3.0	49	83	7	204	38	25	13	23	1.91
57259828--57259871	20	2.3	19	84	7	54	34	0	0	65	0.93
57261202--57261229	11	2.5	11	100	0	56	35	0	7	57	1.26
57262842--57262907	12	5.5	12	73	7	62	24	31	42	1	1.64
57264849--57264892	22	2.0	22	95	0	79	29	22	34	13	1.93
57267180--57267226	22	2.1	23	88	4	69	65	0	0	34	0.93
57267171--57267228	25	2.4	24	82	2	62	63	0	0	36	0.94
57267475--57267505	15	2.1	15	94	5	55	54	0	6	38	1.26
57269308--57269337	14	2.1	14	93	0	51	73	6	10	10	1.25
57292224--57292255	16	1.9	17	93	6	57	40	0	0	59	0.97
57295890--57295920	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
57296000--57296030	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
57297142--57297206	33	1.9	34	82	14	82	61	0	7	30	1.24
57297594--57297621	13	2.2	13	100	0	56	35	0	7	57	1.26
57303702--57303739	5	7.8	5	88	5	51	76	0	23	0	0.79
57317366--57317559	46	4.3	46	82	15	167	36	14	22	27	1.93
57317314--57317522	52	4.1	51	85	9	284	34	13	22	28	1.93
57317300--57317523	98	2.3	98	92	0	376	34	14	23	28	1.93
57317484--57317668	37	5.1	37	95	1	320	36	16	22	24	1.94
57318922--57319089	58	3.0	58	87	10	237	22	13	30	33	1.92
57318941--57319031	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57318982--57319124	49	2.9	49	93	0	232	23	13	30	32	1.94
57322264--57322517	52	5.0	52	89	5	376	34	14	23	27	1.94
57322488--57322596	37	3.0	36	88	5	166	34	16	23	24	1.95
57324453--57324697	123	2.0	123	88	1	366	31	17	9	41	1.82
57324938--57325076	43	3.3	42	64	16	106	48	17	5	29	1.68
57325207--57325337	65	2.0	65	98	0	253	35	22	18	23	1.95
57327228--57327338	56	2.0	56	100	0	222	45	12	18	23	1.84
57328217--57328667	46	9.8	46	98	0	832	38	15	23	23	1.92
57331202--57331303	46	2.1	48	82	5	118	31	28	15	24	1.96
57334313--57334357	16	2.8	17	80	9	51	44	0	4	51	1.21
57341482--57341516	18	2.0	18	94	5	63	62	0	5	31	1.18
57341559--57341625	9	7.3	9	75	9	55	4	17	0	77	0.93
57342695--57342734	16	2.5	16	87	0	62	45	12	2	40	1.56
57343831--57343873	18	2.4	18	84	0	50	34	18	11	34	1.87
57344044--57344103	18	3.3	18	75	9	59	30	15	11	43	1.82
57345279--57345316	17	2.1	19	90	9	62	0	23	0	76	0.79
57346056--57346161	43	2.5	43	95	0	185	26	22	22	28	1.99
57346810--57346852	17	2.5	17	80	0	50	13	25	27	32	1.94
57348882--57348943	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
57359480--57359547	20	3.5	20	84	11	88	35	1	5	57	1.32
57364103--57364147	18	2.5	18	81	0	54	28	37	13	20	1.90
57364310--57364355	18	2.6	17	83	10	56	36	23	8	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57364338--57364397	21	2.9	21	82	0	75	36	20	5	38	1.74
57366881--57366914	17	1.9	18	88	5	52	29	0	2	67	1.05
57370478--57370509	8	4.0	8	95	0	55	50	0	3	46	1.17
57370945--57371200	133	1.9	133	87	3	372	33	16	18	31	1.93
57375986--57376042	23	2.5	24	82	8	73	71	12	5	10	1.28
57375986--57376028	22	1.9	23	90	4	70	79	9	4	6	1.06
57377224--57377257	16	2.2	15	94	5	59	29	0	0	70	0.87
57377315--57377362	15	3.3	15	80	11	55	27	8	0	64	1.22
57382611--57382689	28	2.6	28	78	9	77	50	13	6	29	1.66
57382627--57382689	28	2.1	28	85	8	81	49	14	6	30	1.68
57389298--57389367	30	2.4	30	79	13	83	34	12	4	48	1.61
57393100--57393126	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
57408825--57408945	32	3.8	32	100	0	242	43	10	19	25	1.83
57411497--57411529	16	2.1	16	100	0	66	18	18	24	39	1.92
57412320--57412479	43	3.7	42	75	17	141	28	26	20	24	1.99
57412320--57412478	44	3.7	44	74	18	154	28	26	20	24	1.99
57412315--57412479	85	1.9	85	83	8	210	29	26	20	24	1.99
57420758--57420801	23	1.9	23	81	9	54	61	6	2	29	1.34
57434938--57434974	3	12.3	3	100	0	74	67	0	32	0	0.91
57440761--57440917	79	2.0	79	98	0	305	29	26	12	31	1.92
57443203--57443241	7	5.6	7	85	8	53	10	12	12	64	1.51
57443277--57443327	15	3.5	15	74	15	61	35	5	0	58	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57445429--57445693	111	2.4	111	87	7	373	37	6	8	47	1.59
57446799--57446925	47	2.7	46	84	6	148	29	24	15	29	1.96
57446929--57446957	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
57446966--57447443	31	15.4	31	95	0	814	28	26	16	29	1.97
57447421--57448297	50	17.5	50	99	0	1693	25	22	16	35	1.94
57451422--57451478	25	2.2	26	96	3	107	31	21	7	40	1.80
57453717--57453759	20	2.2	20	86	0	59	46	9	6	37	1.63
57454220--57454291	28	2.6	27	82	10	83	45	38	0	15	1.46
57454216--57454283	7	9.9	7	75	10	52	44	41	0	14	1.45
57459807--57459894	46	1.9	46	88	0	131	28	27	21	22	1.99
57460447--57460483	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
57463588--57464018	86	5.0	86	97	0	799	29	21	18	31	1.97
57464257--57464291	9	3.9	9	89	10	54	85	2	0	11	0.69
57464544--57464603	32	1.9	32	86	6	88	61	8	11	18	1.54
57467533--57467565	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
57469658--57469737	27	3.0	27	88	5	117	36	21	23	18	1.95
57469675--57469805	70	1.9	70	90	6	212	36	23	22	17	1.95
57469703--57469788	43	2.0	43	97	0	163	40	23	19	16	1.91
57469746--57469805	27	2.2	27	88	5	86	35	25	23	16	1.95
57471425--57471532	26	4.2	26	95	0	189	36	22	7	34	1.82
57474194--57474369	65	2.7	64	89	3	280	42	2	11	42	1.56
57474388--57474655	126	2.1	127	86	3	362	37	16	17	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57478316--57478372	30	1.9	30	96	0	105	8	14	47	29	1.74
57479833--57479883	24	2.1	24	85	7	68	72	0	3	23	1.01
57481885--57481947	25	2.4	25	86	5	81	57	0	11	31	1.34
57481932--57482095	74	2.2	74	100	0	328	54	6	8	30	1.55
57485297--57485341	23	2.0	23	100	0	90	33	13	13	40	1.83
57485614--57485656	21	2.2	19	88	12	61	25	0	18	55	1.42
57494119--57494433	159	2.0	159	83	3	393	46	18	10	24	1.80
57496447--57496635	103	1.8	103	80	0	225	30	15	17	35	1.91
57497351--57498453	278	4.0	278	99	0	2188	35	10	18	35	1.85
57499564--57499602	6	6.5	6	96	0	69	30	51	2	15	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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