genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87014067--87014189	42	2.9	42	77	10	117	30	21	14	34	1.93
87037178--87037246	27	2.6	27	88	0	102	40	18	17	23	1.91
87039460--87039533	27	2.7	27	91	2	112	40	2	4	52	1.34
87047443--87047502	28	2.1	28	90	0	93	28	23	11	36	1.90
87049424--87049507	43	2.0	43	90	0	132	26	15	22	35	1.94
87052443--87052493	15	3.2	16	82	15	54	29	0	7	62	1.23
87052469--87052517	3	17.0	3	79	12	50	30	2	0	67	1.02
87052465--87052503	15	2.6	14	84	8	51	33	0	0	66	0.92
87056829--87056895	29	2.2	29	84	5	80	56	7	10	25	1.59
87061501--87061625	49	2.5	50	83	6	148	28	32	16	23	1.96
87063897--87063921	13	1.9	13	100	0	50	48	24	0	28	1.52
87064222--87064266	21	2.1	21	87	0	63	17	28	24	28	1.97
87065762--87065832	37	1.9	36	91	2	115	40	29	12	16	1.86
87066832--87066861	11	2.7	11	89	0	51	26	0	6	66	1.16
87072545--87072591	18	2.6	18	89	3	67	44	4	4	46	1.42
87082546--87082676	44	3.0	44	80	3	129	35	29	15	19	1.93
87096208--87096286	31	2.5	31	89	0	131	27	25	16	30	1.97
87096308--87096401	42	2.2	42	94	0	161	36	22	13	27	1.92
87096534--87096695	26	6.3	26	87	2	215	29	22	20	28	1.98
87097501--87097597	27	3.6	26	86	4	113	19	21	22	36	1.95
87097618--87098072	27	16.8	27	78	4	227	33	8	20	37	1.83
87097731--87097936	80	2.6	81	85	2	281	29	7	20	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87097618--87098103	54	9.0	54	76	3	269	33	8	20	37	1.83
87128179--87128216	16	2.4	16	82	4	51	34	10	0	55	1.34
87138142--87138360	41	5.4	41	91	2	334	33	25	23	17	1.96
87139372--87139403	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
87139375--87139442	24	2.8	24	76	10	75	57	0	4	38	1.19
87143309--87143910	290	2.1	290	100	0	1204	37	12	11	38	1.79
87144031--87144060	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
87144165--87144382	27	7.9	27	81	8	222	46	13	1	38	1.52
87144165--87144435	18	15.3	18	76	8	207	47	13	1	38	1.50
87144166--87144435	9	29.4	9	77	7	186	47	12	1	38	1.49
87144238--87144459	114	1.9	114	86	3	313	47	12	0	38	1.48
87147716--87147900	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
87147717--87147900	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
87147717--87147933	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
87153477--87153543	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
87153618--87153861	43	5.7	43	93	1	391	25	31	20	23	1.98
87153618--87153861	87	2.8	86	91	2	400	25	31	20	23	1.98
87153618--87153861	130	1.9	130	93	0	418	25	31	20	23	1.98
87154112--87154280	64	2.6	64	81	3	196	36	28	7	27	1.84
87160065--87160094	15	2.0	15	100	0	60	33	0	20	46	1.51
87160617--87160740	23	5.3	23	73	15	76	25	22	16	34	1.95
87160700--87160755	23	2.5	22	81	16	78	26	21	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87160647--87160737	45	2.0	46	80	8	105	25	20	17	36	1.94
87160834--87160908	37	2.0	37	97	0	141	26	20	13	40	1.89
87163041--87163090	26	1.9	26	84	15	68	64	6	2	28	1.28
87168092--87168170	27	3.0	27	87	5	108	36	18	11	32	1.87
87168095--87168180	27	3.2	26	83	8	102	38	17	13	30	1.89
87168622--87168710	28	2.8	33	73	16	98	25	17	25	30	1.98
87171243--87171319	27	2.9	27	82	5	93	41	16	9	32	1.80
87171274--87171333	27	2.2	27	87	0	84	40	13	16	30	1.87
87171776--87171879	33	3.1	34	90	2	142	27	22	23	26	1.99
87172613--87172678	30	2.2	30	97	0	123	24	25	30	19	1.98
87174456--87174502	23	2.0	22	84	8	58	63	0	2	34	1.06
87179091--87179167	32	2.5	31	81	12	86	20	40	22	16	1.91
87192217--87192264	25	1.9	25	95	0	87	37	25	12	25	1.91
87192307--87192364	20	3.0	20	92	2	91	34	13	20	31	1.92
87192419--87192488	23	3.0	23	87	4	95	27	22	18	31	1.97
87192419--87192509	24	3.8	24	82	5	105	26	23	20	29	1.99
87198810--87198865	20	2.8	20	97	0	103	35	12	19	32	1.89
87198923--87198991	23	3.0	23	95	0	120	24	23	21	30	1.99
87203792--87203929	35	3.9	35	75	9	120	31	9	18	41	1.82
87203792--87203930	70	2.0	70	80	5	156	31	9	17	41	1.82
87209986--87210495	255	2.0	252	91	1	813	35	11	21	31	1.90
87218367--87218555	99	1.9	99	95	0	342	41	23	7	26	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87220453--87220513	20	3.3	20	70	29	71	31	6	0	62	1.21
87220447--87220517	35	2.0	35	100	0	142	30	5	0	63	1.17
87222529--87222568	18	2.3	19	79	16	50	65	2	0	32	1.06
87229005--87229044	16	2.5	17	80	12	57	37	5	25	32	1.77
87229257--87229328	38	1.9	37	86	8	101	45	5	0	48	1.25
87229278--87229353	38	2.1	37	80	11	86	51	3	1	43	1.28
87229713--87229798	43	2.0	43	93	0	145	30	24	11	33	1.91
87244348--87244380	16	2.1	16	100	0	66	36	18	18	27	1.94
87245400--87245437	19	2.0	19	100	0	76	31	15	21	31	1.94
87249118--87249189	29	2.4	29	77	11	83	30	15	22	31	1.94
87268506--87268543	19	2.1	19	85	9	53	39	2	10	47	1.52
87268759--87268799	20	2.0	20	95	0	73	63	9	17	9	1.51
87271440--87271504	34	2.0	34	81	6	80	29	26	18	26	1.98
87273041--87273252	26	8.2	26	100	0	424	34	26	7	30	1.84
87275464--87275514	26	2.0	27	84	7	70	23	15	23	37	1.93
87284076--87284287	26	8.2	26	100	0	424	34	26	7	30	1.84
87285376--87285448	12	6.2	12	80	12	64	21	1	0	76	0.86
87285377--87285436	4	15.8	4	75	15	56	23	1	0	75	0.90
87285375--87285451	5	14.6	5	80	20	70	23	1	0	75	0.88
87285375--87285451	18	4.5	17	81	9	86	23	1	0	75	0.88
87285410--87285443	7	4.9	7	89	10	52	17	0	0	82	0.67
87290195--87290314	42	2.9	41	72	18	104	28	23	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87292948--87293558	43	13.0	43	82	6	317	30	27	15	27	1.96
87292948--87293188	85	2.8	86	85	1	286	30	27	16	26	1.96
87292948--87293188	128	1.9	128	83	1	313	30	27	16	26	1.96
87293129--87293368	60	4.0	60	100	0	480	28	28	15	28	1.96
87293049--87293308	103	2.5	103	67	18	232	28	27	15	27	1.96
87294043--87294101	30	2.0	30	93	0	100	59	13	1	25	1.44
87299137--87299175	20	1.9	21	89	5	62	17	7	2	71	1.21
87305790--87305824	13	2.7	13	90	0	52	5	31	2	60	1.35
87307005--87307270	91	2.9	89	81	6	223	28	22	13	35	1.92
87313155--87313207	21	2.5	21	82	14	65	47	1	1	49	1.23
87313470--87313516	13	3.6	14	80	13	64	38	29	8	23	1.84
87313454--87313512	26	2.3	25	80	11	75	33	27	6	32	1.83
87313775--87313907	21	6.3	21	72	3	88	45	17	21	15	1.85
87313773--87313929	42	3.7	43	83	5	171	43	16	22	16	1.87
87320508--87320570	28	2.3	28	83	2	74	15	34	7	41	1.77
87322900--87322928	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
87327041--87327073	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
87329989--87330165	48	3.7	50	76	12	183	26	29	18	25	1.98
87329989--87330224	95	2.4	97	84	6	284	26	28	19	26	1.98
87337170--87337447	50	5.7	49	74	7	219	22	27	20	28	1.99
87348307--87348347	21	2.0	21	95	0	73	43	24	19	12	1.85
87352009--87352350	114	3.0	114	98	0	657	32	21	22	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87360292--87360477	50	3.7	50	79	6	198	27	18	23	30	1.98
87360305--87360523	100	2.2	101	83	2	253	27	18	25	28	1.98
87360690--87360719	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
87362765--87362798	15	2.2	15	89	5	50	55	14	0	29	1.40
87363067--87363195	42	3.0	42	84	4	152	30	27	12	29	1.93
87371067--87371132	32	2.1	32	97	0	123	31	24	27	16	1.96
87371408--87371441	16	2.1	16	100	0	68	35	29	0	35	1.58
87372138--87372243	43	2.4	44	77	3	142	31	27	16	24	1.97
87373587--87373704	43	2.8	42	74	5	112	28	23	15	32	1.95
87378034--87378115	41	2.0	41	100	0	164	34	17	14	34	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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