genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  5  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1335561--1335606	24	1.9	24	100	0	92	41	34	4	19	1.71
1339709--1339759	25	2.0	25	100	0	102	27	11	23	37	1.90
1341480--1341790	46	6.6	46	76	9	204	23	28	19	28	1.98
1341526--1341798	94	2.9	93	78	9	288	24	28	19	27	1.98
1342502--1342526	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
1345550--1345611	23	2.5	25	79	12	74	17	29	24	29	1.97
1345566--1345617	23	2.2	23	86	3	68	13	30	25	30	1.94
1346076--1346346	46	5.9	46	91	0	364	41	14	22	21	1.89
1346652--1346806	78	2.0	78	96	0	283	49	5	13	31	1.64
1347339--1347368	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
1369306--1369436	49	2.7	49	78	5	142	29	27	16	26	1.97
1369411--1369665	46	5.5	46	74	20	185	24	29	17	29	1.97
1375050--1375114	32	2.0	32	96	0	121	38	16	9	35	1.81
1380223--1380333	43	2.6	42	78	12	109	30	26	19	23	1.98
1380223--1380310	43	2.1	44	83	10	112	32	25	20	21	1.97
1387767--1387877	27	4.1	26	85	5	123	34	24	24	17	1.96
1387767--1387877	54	2.1	54	84	3	143	34	24	24	17	1.96
1389100--1389253	26	5.9	26	99	0	299	35	26	7	31	1.83
1390673--1390781	42	2.6	42	80	4	130	31	22	18	27	1.97
1402739--1402783	21	2.1	21	100	0	90	37	4	13	44	1.64
1403383--1403454	31	2.4	30	92	2	117	37	1	4	56	1.27
1403408--1403454	15	3.1	15	78	0	58	36	0	2	61	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1403364--1403457	31	2.8	34	79	14	113	39	1	5	54	1.30
1412413--1412445	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
1413154--1413203	26	1.9	26	83	0	64	46	24	2	28	1.64
1413318--1413371	22	2.3	24	81	12	60	62	1	0	35	1.06
1420845--1420889	22	2.0	22	100	0	90	28	13	13	44	1.81
1421041--1421291	54	4.6	54	79	4	220	27	18	13	39	1.89
1421092--1421351	108	2.4	108	83	1	306	28	17	13	40	1.88
1421095--1421329	54	4.4	54	81	1	256	27	18	14	39	1.89
1421042--1421354	54	5.8	54	78	4	175	29	18	12	39	1.88
1421204--1421408	54	3.8	54	76	4	164	29	19	13	38	1.89
1421109--1421407	108	2.8	108	81	2	262	28	18	13	39	1.89
1421746--1421969	24	9.4	23	74	4	142	26	18	12	42	1.85
1421696--1421861	48	3.4	48	83	0	188	26	16	14	42	1.86
1421745--1421994	119	2.1	120	83	3	324	26	16	13	44	1.84
1421793--1421966	71	2.4	72	82	1	215	26	18	13	41	1.87
1421865--1422019	48	3.2	48	81	1	177	27	18	12	42	1.85
1422712--1422745	12	2.8	12	91	8	52	58	0	14	26	1.36
1423620--1423667	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
1423654--1423697	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
1423692--1423721	15	2.0	15	100	0	60	40	13	0	46	1.43
1425165--1425260	39	2.5	38	82	1	120	38	5	8	47	1.56
1426498--1426579	38	2.1	39	86	2	112	31	13	6	48	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1428606--1428783	41	4.4	42	89	2	226	37	23	21	17	1.94
1428577--1428783	82	2.6	81	86	6	269	37	21	20	19	1.94
1428941--1428985	14	3.2	14	80	0	54	26	0	24	48	1.51
1428952--1429036	21	3.7	21	71	19	71	28	2	27	42	1.68
1428956--1429051	49	2.0	46	90	6	147	30	3	25	41	1.70
1429074--1429102	14	2.0	15	93	6	51	27	0	27	44	1.54
1429951--1429994	16	2.8	16	89	0	61	63	0	0	36	0.95
1433826--1433868	22	1.9	23	85	4	61	58	4	0	37	1.19
1433888--1434004	43	2.7	43	87	0	162	23	13	25	36	1.92
1439580--1439633	25	2.1	27	83	13	69	44	0	0	55	0.99
1439540--1439631	38	2.4	40	80	10	113	44	1	1	53	1.15
1439640--1439676	16	2.2	17	90	4	58	62	0	0	37	0.96
1440210--1440306	50	1.9	51	89	2	151	49	15	7	27	1.71
1453104--1453142	17	2.3	17	100	0	78	25	35	12	25	1.92
1456540--1456703	9	17.2	9	69	18	75	64	2	3	29	1.24
1456581--1456630	17	2.8	18	81	3	57	70	4	4	22	1.21
1456873--1456954	30	2.8	29	81	5	101	37	1	0	60	1.04
1456874--1456980	9	11.4	10	67	13	50	33	0	0	64	1.06
1469420--1469513	47	2.0	47	93	4	163	31	28	19	20	1.97
1469565--1469617	24	2.1	26	86	6	74	41	24	22	11	1.86
1478252--1478373	62	2.0	62	91	0	199	40	20	4	33	1.74
1493076--1493216	40	3.6	39	75	10	119	31	23	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1495269--1495310	19	2.0	22	86	13	63	52	16	2	28	1.56
1498863--1498898	17	2.1	17	94	0	63	50	5	0	44	1.25
1499196--1499238	21	2.0	22	86	4	61	41	0	6	51	1.29
1509789--1509842	10	5.2	10	77	14	56	64	1	0	33	1.04
1509941--1509988	20	2.4	21	82	10	64	68	6	2	22	1.23
1510429--1510517	44	2.0	44	100	0	178	46	13	13	26	1.80
1514952--1514993	13	3.0	14	89	6	59	23	2	0	73	0.94
1514987--1515034	19	2.5	20	90	6	73	22	2	4	70	1.15
1515470--1515621	41	3.7	41	83	4	200	21	24	21	32	1.98
1517215--1517561	58	6.0	58	79	4	313	40	13	12	33	1.82
1517570--1518353	70	11.2	70	77	4	637	30	16	21	31	1.95
1531396--1531427	15	2.1	15	94	0	55	40	9	12	37	1.75
1533615--1533657	9	4.8	9	80	11	52	23	34	0	41	1.55
1535450--1535678	50	4.6	50	81	5	232	30	20	27	21	1.98
1535444--1535629	100	1.9	100	89	2	293	31	20	26	21	1.98
1536040--1536127	44	2.0	44	91	4	142	50	10	22	17	1.76
1539710--1539796	44	2.0	44	93	4	149	55	8	20	16	1.66
1543215--1543266	24	2.2	24	82	0	59	44	7	34	13	1.72
1545343--1546113	405	1.9	405	82	3	960	29	18	17	34	1.94
1551073--1551131	29	2.0	29	96	0	109	42	13	11	32	1.81
1559806--1560055	40	6.3	40	90	3	292	24	21	28	26	1.99
1559753--1560055	80	3.8	79	84	3	342	25	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1559753--1560055	120	2.5	119	83	3	358	25	21	27	26	1.99
1567798--1568007	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
1567745--1568007	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
1567746--1568042	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
1571375--1571545	46	3.7	45	76	13	168	29	19	28	21	1.98
1571374--1571588	46	4.6	47	75	13	144	29	20	27	22	1.98
1574152--1574320	85	2.0	85	97	0	320	36	6	18	37	1.77
1582783--1583360	283	2.0	284	97	1	1113	36	17	17	28	1.93
1583683--1583737	4	13.8	4	100	0	110	50	0	23	25	1.49
1587110--1587158	3	16.3	3	100	0	98	67	0	32	0	0.91
1588678--1588802	64	2.0	65	84	6	166	32	1	12	53	1.48
1588972--1589070	50	2.0	50	97	0	189	24	22	12	41	1.87
1592035--1592075	21	2.0	22	90	9	68	53	0	2	43	1.13
1600327--1600442	39	3.0	39	78	1	117	43	25	5	26	1.75
1603753--1605608	928	2.0	928	100	0	3712	32	21	12	34	1.90
1606736--1606780	20	2.2	20	84	7	56	24	2	0	73	0.95
1614007--1614050	22	2.0	22	95	0	79	43	15	13	27	1.85
1615383--1615408	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
1622793--1623244	47	9.4	47	89	5	600	32	9	29	28	1.88
1623363--1623441	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
1624542--1625048	255	2.0	252	97	1	951	30	14	21	33	1.93
1625289--1625561	50	5.5	49	79	5	262	27	20	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1625289--1625570	100	2.8	100	84	6	326	27	20	29	22	1.99
1633437--1633476	14	2.9	14	92	7	64	45	0	0	55	0.99
1633437--1633501	14	5.2	13	83	14	59	47	0	0	52	1.00
1633448--1633524	12	6.4	12	73	21	56	46	0	2	50	1.15
1633462--1633524	22	2.7	23	77	20	69	47	0	3	49	1.17
1633441--1633524	34	2.3	37	80	15	104	46	0	2	51	1.14
1633487--1633620	61	2.3	58	79	11	139	44	1	3	50	1.29
1633708--1633800	44	2.1	46	89	4	145	34	26	6	32	1.82
1633782--1633868	16	5.4	16	87	0	120	27	26	5	40	1.79
1635137--1635204	34	2.0	34	88	5	102	50	16	11	22	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279