genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27869682--27870070	43	8.9	43	71	13	213	36	21	20	21	1.95
27869876--27870108	43	5.3	45	67	12	146	36	20	23	19	1.95
27869743--27870133	87	4.5	86	81	5	435	36	20	21	21	1.95
27871837--27871890	29	1.9	28	88	7	83	24	1	7	66	1.27
27871870--27871895	11	2.4	11	100	0	52	38	0	7	53	1.30
27871880--27871929	23	2.2	22	82	6	64	38	4	2	56	1.30
27872328--27872352	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
27873425--27873478	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
27878938--27879155	53	4.1	53	100	0	436	31	11	7	50	1.65
27879448--27879472	13	1.9	13	100	0	50	32	12	0	56	1.36
27879923--27879982	23	2.7	23	69	20	56	65	0	5	30	1.14
27885291--27885342	21	2.5	22	75	9	56	67	5	0	26	1.13
27887255--27887436	43	4.3	42	79	8	165	30	28	16	24	1.96
27887438--27887519	42	2.0	42	82	4	103	24	15	25	34	1.95
27887792--27887925	66	2.0	65	82	5	162	12	26	18	42	1.86
27889694--27889749	5	10.6	5	96	3	85	37	0	0	62	0.95
27890442--27890476	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
27893635--27893909	46	6.0	46	94	1	428	24	24	13	37	1.92
27895909--27895954	14	3.4	14	82	11	51	6	28	0	65	1.17
27897662--27897724	30	2.1	30	91	5	101	58	11	4	25	1.51
27901004--27901046	5	8.6	5	100	0	86	39	0	0	60	0.97
27901678--27901702	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27901680--27901786	45	2.4	45	84	3	135	21	16	18	42	1.89
27915670--27915707	19	2.0	20	85	15	53	42	5	7	44	1.56
27919156--27919205	22	2.3	22	96	0	91	42	10	10	38	1.72
27921803--27921832	15	2.0	15	100	0	60	13	6	13	66	1.43
27921806--27921840	15	2.3	15	90	5	52	14	5	17	62	1.49
27922007--27922183	52	3.5	51	82	4	191	27	27	14	30	1.95
27936666--27936749	26	3.2	26	98	0	159	36	26	4	32	1.77
27937516--27937581	25	2.8	23	82	13	64	36	7	4	51	1.51
27937516--27937573	25	2.4	24	83	11	66	37	6	3	51	1.46
27937542--27937598	27	2.1	27	87	9	80	36	1	5	56	1.32
27937740--27937782	21	2.0	21	81	0	50	37	11	6	44	1.68
27943549--27943651	46	2.3	45	80	6	127	32	20	23	24	1.98
27943549--27943658	23	4.8	23	83	9	111	32	20	23	23	1.98
27943563--27943649	46	1.9	45	88	2	129	35	19	24	20	1.96
27946645--27946698	28	2.0	27	82	10	65	53	5	16	24	1.64
27946666--27946779	60	1.9	58	83	3	147	55	6	9	28	1.56
27947253--27947323	19	3.7	19	78	1	70	67	1	1	29	1.07
27948328--27948379	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
27950297--27950348	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
27954345--27954397	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
27955884--27955991	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
27957283--27957481	100	2.0	100	96	0	371	29	21	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27962043--27962095	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
27963582--27963637	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
27964549--27964579	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
27968051--27968086	15	2.4	15	100	0	72	47	16	13	22	1.82
27970621--27970693	36	2.0	36	89	5	112	35	21	9	32	1.86
27971118--27971157	22	1.9	22	90	10	66	7	17	5	70	1.30
27971310--27971355	14	3.1	15	78	18	51	50	2	0	47	1.13
27976755--27976864	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
27980506--27980564	22	2.7	22	89	5	84	3	18	8	69	1.28
27980717--27980762	14	3.1	15	78	18	51	50	2	0	47	1.13
27982204--27982548	179	1.9	179	93	2	595	33	16	8	41	1.80
27994595--27994656	27	2.3	26	84	10	81	64	3	1	30	1.19
27996994--27997030	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
27997853--27997892	21	1.9	21	89	0	62	52	25	7	15	1.68
28001560--28001688	69	1.9	68	82	7	163	33	4	24	37	1.76
28001596--28001708	23	4.9	22	79	8	93	34	5	23	37	1.77
28005007--28005043	15	2.4	16	82	13	51	43	13	16	27	1.85
28006369--28006427	28	2.1	28	87	0	82	54	5	15	25	1.61
28006476--28006530	28	2.0	26	86	6	74	54	9	14	21	1.68
28007812--28007869	21	2.6	22	72	5	55	36	1	1	60	1.17
28008849--28008936	43	2.1	40	83	6	104	48	5	12	32	1.64
28010809--28010833	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28010801--28010832	16	1.9	17	93	6	57	34	0	3	62	1.11
28012034--28012093	24	2.6	23	74	10	59	30	0	10	60	1.30
28012413--28012524	3	37.7	3	78	8	113	33	7	0	58	1.31
28012473--28012517	23	2.0	23	86	8	65	33	8	0	57	1.30
28014787--28014832	19	2.4	19	85	7	58	19	17	13	50	1.78
28017469--28017508	3	13.3	3	100	0	80	67	0	32	0	0.91
28019231--28019362	66	2.0	66	90	0	210	32	21	10	35	1.88
28019420--28019635	89	2.5	88	85	4	276	35	24	23	17	1.95
28019690--28020209	45	11.5	44	69	12	232	34	18	20	27	1.96
28019722--28020270	137	4.0	137	91	0	846	34	18	19	26	1.95
28021860--28021962	3	34.7	3	77	9	95	33	7	0	58	1.33
28021917--28021961	23	2.0	23	86	8	65	33	8	0	57	1.30
28030946--28031196	125	2.0	125	97	0	475	24	9	31	34	1.88
28036352--28036416	24	2.7	25	83	11	82	60	1	7	30	1.34
28036468--28036507	15	2.5	16	88	8	55	72	5	0	22	1.04
28038449--28039650	205	5.8	206	84	3	1535	28	21	19	31	1.97
28038449--28039620	411	2.8	411	88	3	1651	28	21	19	31	1.97
28042993--28043048	28	2.0	28	96	0	103	23	32	1	42	1.64
28047674--28047716	15	2.9	15	80	16	54	39	9	25	25	1.85
28048339--28048363	13	1.9	13	100	0	50	20	24	8	48	1.76
28051747--28051785	19	2.1	19	85	9	53	71	0	5	23	1.05
28051865--28051941	28	3.0	25	81	12	70	63	1	0	35	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28051858--28051939	25	3.2	26	74	20	75	62	1	1	35	1.11
28051872--28051992	31	3.8	30	73	15	84	62	0	2	34	1.08
28051876--28051990	24	5.0	24	75	18	95	62	0	2	34	1.09
28052023--28052060	15	2.5	15	87	12	51	68	5	0	26	1.11
28053547--28053574	12	2.3	12	100	0	56	21	17	7	53	1.67
28054244--28054293	11	4.3	11	76	14	55	16	4	8	72	1.24
28064769--28064817	20	2.5	20	86	0	71	51	0	4	44	1.20
28064905--28064944	20	2.0	20	100	0	80	45	10	10	35	1.71
28073160--28073198	20	2.0	20	84	0	51	35	2	2	58	1.25
28077518--28077817	128	2.3	128	85	2	388	38	19	16	25	1.92
28082659--28082712	26	2.1	26	100	0	108	38	25	0	35	1.57
28083119--28083153	15	2.3	15	90	9	54	31	11	5	51	1.61
28086035--28086072	19	2.0	19	90	10	60	63	0	0	36	0.95
28086301--28086337	17	2.2	17	95	0	65	54	2	13	29	1.53
28091376--28091429	23	2.5	22	87	6	74	59	7	1	31	1.36
28091379--28091449	3	23.3	3	74	8	63	61	5	1	30	1.27
28091915--28091950	11	3.0	12	92	8	56	47	0	52	0	1.00
28092061--28092086	9	2.9	9	100	0	52	0	7	0	92	0.39
28092146--28092457	157	2.0	156	98	0	597	34	11	16	37	1.85
28092604--28092628	8	3.1	8	100	0	50	24	12	52	12	1.72
28093091--28093188	44	2.2	44	80	3	117	31	21	15	31	1.94
28093067--28093375	88	3.4	87	71	18	259	29	20	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28093034--28093423	188	2.1	187	87	4	563	27	20	18	32	1.96
28093255--28093596	44	7.7	45	72	8	168	29	21	17	31	1.96
28093298--28093421	46	2.8	43	83	4	149	29	22	19	28	1.98
28093254--28093641	44	8.7	45	71	9	165	28	21	18	31	1.97
28104285--28106671	912	2.6	912	99	0	4693	36	17	10	35	1.84
28107830--28108107	142	2.0	143	91	0	459	36	19	9	35	1.84
28110514--28110540	14	1.9	14	100	0	54	51	14	0	33	1.43
28113039--28113087	21	2.3	21	89	0	71	20	34	26	18	1.95
28117664--28117704	20	2.2	18	86	8	55	80	2	4	12	0.97
28119043--28119082	21	2.0	20	85	5	53	32	15	2	50	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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