genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89827898--89827978	36	2.2	37	87	10	123	34	17	8	39	1.80
89827909--89827986	36	2.2	36	86	9	106	37	14	11	37	1.82
89828097--89828136	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
89837500--89837541	5	8.4	5	87	7	59	83	0	2	14	0.75
89838416--89838523	26	4.2	26	90	0	171	34	5	24	36	1.79
89851379--89851461	29	2.8	30	74	7	89	31	22	16	28	1.96
89853044--89853116	36	2.0	36	97	0	137	34	30	10	24	1.90
89855384--89855491	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
89860791--89860832	20	2.1	20	100	0	84	23	33	9	33	1.87
89866608--89866667	28	2.1	28	96	0	111	16	25	23	35	1.95
89877814--89877848	17	2.1	17	89	10	54	40	0	0	60	0.97
89906908--89906972	30	2.1	32	85	5	89	44	1	0	53	1.09
89906907--89906978	31	2.4	28	80	15	81	44	1	0	54	1.08
89906976--89907012	18	2.2	18	85	9	51	40	2	0	56	1.13
89907502--89907549	17	2.7	17	78	18	53	66	2	2	29	1.14
89918192--89918222	15	2.1	15	100	0	62	35	12	25	25	1.92
89930819--89930861	22	2.0	23	86	9	63	25	9	20	44	1.81
89931656--89931689	17	1.9	18	88	5	52	38	2	14	44	1.61
89938879--89939088	90	2.3	88	84	9	264	37	18	10	34	1.85
89939233--89939305	20	3.9	19	74	15	55	64	1	0	34	1.02
89939264--89939313	17	2.9	16	80	13	55	68	2	0	30	1.01
89939280--89939304	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89939264--89939343	9	8.8	9	77	10	65	62	2	2	32	1.22
89939264--89939344	10	8.8	10	74	9	50	62	2	2	32	1.21
89939535--89939699	10	17.2	10	67	14	55	32	6	1	60	1.29
89939578--89939675	29	3.4	27	75	18	83	30	6	2	61	1.32
89939535--89939684	19	8.0	19	68	12	69	32	6	1	60	1.31
89939672--89939698	11	2.5	11	100	0	54	33	0	0	66	0.92
89940905--89942238	164	8.1	164	99	0	2632	33	16	20	29	1.94
89942901--89943381	133	3.6	133	91	2	734	26	22	20	30	1.98
89950951--89950994	21	2.1	21	87	8	63	18	22	20	38	1.93
89956200--89956240	19	2.2	19	95	0	73	12	9	2	75	1.13
89959434--89959498	32	2.0	32	87	0	94	26	16	33	23	1.96
89964113--89964248	67	2.0	67	98	0	263	34	16	3	45	1.65
89966342--89966455	54	2.1	54	95	1	201	30	22	12	34	1.91
89972339--89972385	22	2.1	22	92	0	76	12	51	21	14	1.76
89974793--89974818	10	2.6	10	100	0	52	92	0	7	0	0.39
89976318--89976361	23	1.9	23	86	9	63	63	6	9	20	1.46
89983259--89983285	11	2.5	11	100	0	54	7	37	0	55	1.28
89985736--89985856	59	2.1	59	85	0	161	32	25	19	22	1.98
89985659--89985955	163	1.8	163	88	1	461	29	21	20	27	1.98
89985806--89986289	104	4.7	104	90	1	693	29	21	19	28	1.98
89992774--89992852	22	3.5	23	73	22	60	43	0	1	55	1.07
89992922--89992970	19	2.3	22	80	20	68	42	0	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89992949--89993014	13	4.8	13	75	18	53	39	0	4	56	1.20
89993129--89993176	13	3.3	13	75	25	51	56	0	2	41	1.11
89993132--89993174	15	2.7	16	80	19	54	58	0	2	39	1.11
89993136--89993174	17	2.2	18	90	4	62	53	0	2	43	1.14
89993373--89993417	17	2.7	16	80	10	54	40	0	4	55	1.20
90003611--90003647	17	2.1	19	85	10	51	48	2	0	48	1.15
90005366--90005451	27	3.1	27	74	21	88	50	12	9	27	1.71
90011665--90011720	28	2.0	28	100	0	112	35	25	7	32	1.83
90017179--90017242	31	2.1	31	96	0	119	40	3	14	42	1.61
90017814--90017897	44	1.9	44	87	4	125	23	17	23	34	1.96
90029738--90029934	44	4.5	44	73	15	183	38	20	16	24	1.92
90029872--90030256	85	4.5	85	85	3	447	31	22	23	22	1.98
90033994--90034035	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
90033985--90034026	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
90034161--90034270	45	2.6	42	79	11	118	32	28	5	33	1.80
90034251--90034318	16	4.2	16	94	0	109	35	35	0	29	1.58
90034964--90034989	8	3.2	8	100	0	52	15	0	0	84	0.62
90053554--90053614	21	2.8	23	83	14	85	36	27	22	13	1.92
90053541--90053622	21	3.7	23	77	11	73	39	25	20	14	1.91
90055759--90055791	17	1.9	17	93	0	57	45	6	0	48	1.27
90058503--90058567	21	3.2	21	73	20	75	40	23	26	10	1.87
90058492--90058585	39	2.4	39	94	0	161	37	23	26	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90061915--90061974	30	2.0	30	83	6	77	40	0	3	56	1.16
90062140--90062172	18	1.9	17	88	11	50	45	0	0	54	0.99
90064751--90065022	68	4.0	68	98	0	519	33	19	11	34	1.88
90066023--90066054	16	1.9	17	93	6	57	81	0	18	0	0.70
90071133--90071229	48	2.0	48	97	0	185	51	13	8	26	1.69
90073951--90074008	24	2.4	24	91	2	89	39	8	0	51	1.33
90073951--90073991	13	3.3	13	80	13	59	41	7	0	51	1.30
90073952--90073993	14	3.3	14	75	25	56	40	7	0	52	1.29
90077678--90077756	41	1.9	41	86	0	113	40	22	18	17	1.91
90077748--90077969	79	2.8	78	86	4	309	27	17	22	31	1.97
90077748--90078003	40	6.4	40	78	3	221	28	17	23	30	1.97
90079748--90079773	12	2.2	12	100	0	52	19	57	0	23	1.40
90080847--90080886	17	2.4	17	95	4	73	22	25	15	37	1.93
90097841--90098546	290	2.4	285	78	7	708	26	19	23	30	1.98
90101851--90101892	18	2.3	19	91	4	68	38	0	14	47	1.44
90108933--90109159	105	2.2	103	83	2	274	31	15	19	33	1.93
90108919--90109170	35	7.3	34	72	9	161	31	14	20	33	1.93
90113795--90114073	35	8.0	35	80	6	278	31	14	20	33	1.93
90113791--90114069	105	2.7	105	86	1	389	31	14	20	33	1.92
90114766--90115683	46	20.0	46	98	0	1703	23	23	13	39	1.90
90122892--90122932	22	1.9	22	95	5	75	9	43	29	17	1.80
90123453--90123522	30	2.3	30	79	11	81	42	2	8	45	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90124730--90124756	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
90142936--90142976	18	2.3	18	86	0	55	24	2	9	63	1.37
90147398--90147664	27	9.9	26	83	8	313	34	23	24	17	1.95
90147416--90147664	54	4.6	54	96	1	437	34	24	24	16	1.95
90149283--90149390	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
90150296--90150332	15	2.5	15	90	0	65	24	0	35	40	1.55
90150806--90150879	21	3.5	21	74	9	69	48	27	2	21	1.63
90150973--90151025	21	2.5	21	78	0	61	50	26	1	20	1.58
90151378--90151424	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
90151679--90151824	75	1.9	74	82	10	181	34	18	14	32	1.91
90151541--90151953	188	2.2	187	81	6	453	34	19	15	30	1.93
90154048--90154094	24	2.0	24	95	0	85	27	21	8	42	1.81
90154309--90154433	15	9.2	14	69	18	68	44	0	3	52	1.23
90154310--90154425	19	6.2	18	67	16	67	43	0	3	51	1.24
90154309--90154363	24	2.3	24	81	6	67	43	0	1	54	1.10
90154309--90154403	39	2.4	39	94	0	163	41	1	4	53	1.27
90154329--90154400	20	3.7	20	68	17	60	41	1	4	52	1.29
90154316--90154364	25	2.0	25	84	8	64	44	0	2	53	1.12
90154378--90154435	30	2.0	30	89	3	91	48	0	0	51	1.00
90154706--90154738	9	3.7	9	91	0	57	45	24	0	30	1.53
90156241--90156269	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
90156682--90156744	21	3.0	21	81	4	83	30	19	47	3	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90156986--90157046	31	2.0	31	93	0	104	14	9	22	52	1.71
90157127--90157409	43	6.6	43	89	0	386	26	33	20	19	1.96
90159090--90159126	18	2.1	18	94	0	65	29	2	5	62	1.31
90171161--90171251	44	2.1	44	89	4	139	49	9	10	29	1.70
90174316--90174365	17	2.8	18	77	17	52	34	4	4	58	1.36
90177619--90177835	54	4.0	54	99	0	425	36	21	16	24	1.94
90178782--90178812	9	3.3	9	95	4	53	41	0	0	58	0.98
90178783--90178829	24	1.9	24	82	4	58	42	4	0	53	1.20
90182579--90182603	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
90182858--90182895	18	2.2	17	86	9	51	18	7	5	68	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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