genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9250235--9250262	5	5.6	5	100	0	56	17	82	0	0	0.68
9275039--9275068	6	5.0	6	100	0	60	33	0	16	50	1.46
9275420--9275738	48	6.6	48	83	1	352	28	16	27	27	1.97
9275418--9275739	144	2.2	145	83	2	396	28	17	27	27	1.98
9279029--9279160	52	2.6	50	81	4	149	24	17	25	32	1.97
9279029--9279168	50	2.8	50	81	4	156	23	18	25	32	1.97
9279116--9279263	74	2.0	74	93	0	251	22	20	26	30	1.98
9281461--9281504	21	2.1	21	83	8	54	6	18	11	63	1.48
9291290--9291392	38	2.7	38	83	0	116	25	22	23	29	1.99
9291390--9291471	43	1.9	43	92	0	137	12	25	34	28	1.92
9292386--9292424	15	2.6	15	87	0	51	17	7	17	56	1.64
9292876--9293579	352	2.0	352	94	0	1246	30	13	21	34	1.91
9295299--9296845	773	2.0	773	100	0	3094	37	19	9	34	1.84
9298034--9298061	9	3.1	9	100	0	56	32	10	0	57	1.33
9300828--9301064	50	4.7	50	84	1	321	24	16	27	30	1.97
9300828--9301064	101	2.4	100	85	2	314	24	16	27	30	1.97
9300828--9301110	151	1.9	151	87	0	422	25	16	27	30	1.97
9311241--9311333	48	1.9	48	86	4	134	19	20	27	32	1.97
9325134--9325191	25	2.3	25	88	5	82	32	29	18	18	1.96
9327193--9327221	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
9331023--9331286	40	6.6	40	87	6	349	25	22	27	24	2.00
9331023--9331319	159	1.9	159	82	6	379	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9332311--9332355	20	2.3	20	81	14	58	26	15	28	28	1.96
9335915--9336003	27	3.3	27	75	6	72	41	17	20	20	1.90
9336409--9336839	27	16.0	26	84	8	368	32	9	19	39	1.83
9336410--9336845	81	5.4	80	81	6	441	32	9	19	38	1.84
9341983--9342059	40	1.9	39	92	2	127	27	29	22	20	1.98
9347966--9348550	40	14.6	40	96	0	1046	27	20	28	23	1.99
9349855--9349900	22	2.0	23	84	12	60	21	19	0	58	1.39
9350397--9350616	110	2.0	110	100	0	440	46	8	21	23	1.78
9350727--9350943	39	5.5	39	90	3	312	18	22	29	29	1.97
9350694--9350943	78	3.2	78	85	7	321	18	23	29	28	1.98
9353911--9353966	25	2.2	25	84	6	69	23	19	26	30	1.98
9353959--9354007	25	2.0	25	100	0	98	30	24	16	28	1.96
9358463--9358534	25	2.9	24	85	4	81	26	20	22	30	1.98
9358740--9358873	27	4.9	27	82	1	151	26	21	17	33	1.96
9358755--9358879	54	2.3	54	87	1	169	27	20	19	33	1.96
9358738--9358908	27	6.3	27	78	2	146	26	18	19	35	1.94
9358782--9359143	54	6.7	54	76	10	195	29	12	20	38	1.88
9358866--9359124	27	9.6	27	81	1	286	30	8	21	40	1.82
9358863--9359168	81	3.8	79	75	9	278	31	9	19	39	1.84
9358865--9359124	54	4.8	53	84	2	322	30	8	21	40	1.82
9363164--9363197	15	2.2	16	89	5	52	29	5	2	61	1.34
9363510--9363587	29	2.8	27	81	9	93	32	10	3	53	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9363516--9363577	29	2.1	29	90	0	97	27	11	4	56	1.54
9363676--9363708	10	3.4	10	91	4	50	36	21	21	21	1.95
9363734--9363778	20	2.3	19	81	11	54	35	28	13	22	1.92
9371183--9371215	15	2.2	15	100	0	66	27	18	24	30	1.98
9377787--9377815	14	2.0	15	93	6	51	58	20	13	6	1.58
9378463--9378539	24	3.2	24	92	0	127	33	2	41	22	1.67
9379950--9380059	27	4.1	26	82	8	130	17	23	22	36	1.95
9379950--9380059	54	2.0	54	87	3	159	17	23	22	36	1.95
9382226--9382330	27	3.9	27	86	9	135	34	21	24	19	1.96
9382433--9382482	26	1.9	26	91	0	82	30	12	24	34	1.91
9383949--9384004	26	2.2	26	93	0	94	35	26	7	30	1.83
9388022--9388052	16	1.9	16	93	0	53	25	3	9	61	1.42
9390053--9390099	24	2.0	24	100	0	94	51	12	6	29	1.65
9390096--9390195	26	3.8	26	98	0	191	37	28	4	31	1.75
9391413--9391559	33	4.5	33	83	0	150	31	21	12	33	1.91
9392241--9392293	20	2.5	20	79	11	54	28	22	0	49	1.50
9398693--9398842	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
9398717--9398900	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
9408239--9408299	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
9438538--9438680	55	2.7	53	83	5	189	36	19	23	20	1.95
9438538--9438696	53	3.0	54	83	5	198	37	18	23	20	1.94
9438764--9439095	164	2.0	164	97	0	621	31	8	21	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9444731--9444982	55	4.6	54	80	4	283	35	17	24	23	1.95
9444731--9444982	109	2.3	108	89	0	387	35	17	24	23	1.95
9446606--9446716	43	2.6	43	81	2	125	28	22	18	29	1.98
9455055--9455218	87	1.9	86	83	3	213	29	16	18	35	1.93
9455897--9455941	22	2.0	24	86	8	67	6	20	31	42	1.77
9455898--9455947	24	2.2	22	82	7	55	8	20	30	42	1.80
9459980--9460198	27	8.1	27	76	6	140	26	17	18	38	1.92
9459980--9460202	54	4.1	54	77	6	211	26	17	17	38	1.93
9460002--9460202	81	2.5	81	83	4	237	25	16	18	39	1.91
9467247--9467306	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
9468047--9468219	27	6.4	27	89	0	256	26	21	17	34	1.96
9477972--9478036	32	2.0	32	100	0	130	21	9	15	53	1.69
9487324--9487518	49	3.9	49	83	3	239	28	27	19	24	1.99
9487318--9487516	100	2.0	100	93	2	337	28	27	20	24	1.99
9493062--9493185	49	2.5	49	93	0	203	30	28	16	25	1.96
9495054--9495121	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
9494943--9495270	174	1.9	174	96	0	602	31	24	14	30	1.94
9495223--9495301	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
9501129--9501237	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
9501383--9501615	48	4.8	48	94	3	396	30	26	7	35	1.84
9501585--9501872	47	6.1	47	93	0	468	26	29	11	32	1.91
9501490--9501872	141	2.7	141	85	4	470	27	28	10	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9506587--9506791	110	1.9	110	97	0	392	28	22	15	33	1.95
9506540--9506798	55	4.8	53	76	8	231	26	23	14	35	1.93
9516309--9516411	52	2.0	53	98	1	199	24	25	26	24	2.00
9517829--9517935	28	3.8	28	92	0	160	34	10	25	29	1.89
9529994--9530221	114	2.0	112	95	2	420	26	17	12	42	1.85
9531560--9531603	15	2.9	15	86	6	63	50	13	22	13	1.77
9533233--9533273	21	2.0	20	90	0	55	48	12	12	24	1.74
9539881--9539931	21	2.2	24	80	13	63	64	0	7	27	1.21
9539883--9539937	23	2.5	21	82	8	65	65	0	7	27	1.19
9539880--9539937	22	2.8	20	75	17	55	63	0	6	29	1.20
9546126--9546150	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
9554223--9554256	9	3.8	9	88	0	50	58	26	2	11	1.47
9558825--9559002	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
9558846--9559001	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
9567334--9567511	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
9567355--9567510	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
9571029--9571107	28	2.9	28	81	7	83	31	21	24	22	1.98
9571054--9571107	28	1.9	28	96	0	99	31	20	24	24	1.98
9571210--9571273	26	2.4	27	81	2	67	23	17	26	32	1.96
9574302--9574467	47	3.5	48	79	13	218	21	30	18	30	1.96
9574163--9574510	94	3.7	93	83	8	395	22	28	19	29	1.98
9574157--9574510	47	7.5	46	72	13	190	22	28	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9578397--9578421	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
9583030--9583061	6	5.2	6	96	3	55	46	15	15	21	1.83
9587907--9588091	40	4.7	40	80	7	200	24	22	28	25	1.99
9587907--9588089	79	2.3	81	82	7	214	24	22	27	25	2.00
9587960--9588124	79	2.1	79	80	6	183	26	20	28	24	1.99
9596407--9596591	40	4.7	40	82	6	198	24	27	22	25	2.00
9596411--9596591	79	2.3	81	81	7	210	23	27	23	25	2.00
9604294--9604450	79	2.0	80	82	6	194	24	27	22	24	2.00
9604266--9604397	40	3.3	40	86	3	160	26	28	21	24	1.99
9606396--9606473	40	2.0	40	94	5	140	21	30	23	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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