genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  257  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83577471--83577578	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
83577465--83577588	30	4.1	30	93	1	203	43	6	24	25	1.78
83595622--83595655	16	2.1	17	88	5	52	35	11	0	52	1.38
83598712--83598777	32	2.1	32	100	0	132	31	0	12	56	1.36
83600800--83600836	10	3.8	10	89	7	58	48	0	2	48	1.15
83610298--83610327	13	2.3	13	94	0	51	23	13	20	43	1.86
83611384--83611469	23	3.7	23	92	0	136	40	29	20	9	1.84
83612058--83612104	23	2.0	23	95	0	85	44	23	8	23	1.80
83620002--83620054	23	2.3	23	96	0	97	41	11	3	43	1.58
83621226--83622730	752	2.0	752	100	0	3010	33	20	19	26	1.96
83639135--83639177	22	2.0	22	86	9	61	34	2	2	60	1.22
83639213--83639440	119	1.9	119	95	0	411	32	17	17	33	1.93
83642911--83643256	131	2.6	132	76	5	317	32	20	19	28	1.97
83645419--83645476	28	2.1	28	100	0	116	60	13	3	22	1.49
83647908--83647982	34	2.2	34	97	0	141	28	16	28	28	1.97
83648310--83648350	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
83648313--83648352	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
83648370--83648428	9	6.6	9	86	7	84	23	8	22	45	1.79
83654007--83654052	24	1.9	24	95	0	83	19	28	17	34	1.94
83654254--83654353	50	2.0	50	84	5	132	29	23	15	33	1.94
83658257--83658288	6	5.3	6	100	0	64	53	0	0	46	1.00
83662119--83662169	23	2.3	22	83	10	59	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83669813--83669874	31	2.0	32	87	3	90	33	11	6	48	1.65
83670071--83670108	18	2.1	18	100	0	76	52	0	10	36	1.36
83676458--83676494	19	1.9	19	88	0	56	64	0	8	27	1.21
83677861--83677927	33	2.0	33	100	0	134	37	23	5	32	1.79
83682822--83683013	96	2.0	96	88	2	287	42	17	13	27	1.85
83684071--83684095	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
83689422--83689467	18	2.8	17	78	15	53	2	28	41	28	1.68
83691261--83691299	20	2.0	20	95	5	71	51	0	0	48	1.00
83706882--83706979	50	2.0	50	96	4	182	51	19	13	16	1.77
83717822--83717856	16	2.2	16	100	0	70	42	8	14	34	1.76
83724848--83724895	24	2.0	24	95	0	87	14	22	8	54	1.67
83726148--83726174	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
83727996--83728059	31	2.1	31	90	0	101	42	9	12	35	1.75
83729150--83729537	192	2.0	196	89	4	597	24	18	17	39	1.92
83736777--83736845	33	2.1	33	97	0	129	46	21	14	17	1.84
83739333--83739380	20	2.3	20	80	13	53	56	6	8	29	1.53
83743362--83743397	2	18.0	2	94	0	63	0	47	0	52	1.00
83758242--83758552	67	4.6	67	98	0	595	36	26	12	25	1.91
83759790--83759855	31	2.1	31	83	10	82	34	10	13	40	1.79
83765535--83765562	14	2.0	14	100	0	56	35	21	21	21	1.96
83774554--83774595	12	3.5	12	75	12	50	64	2	9	23	1.35
83774548--83774599	24	2.2	24	100	0	104	61	5	7	25	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83777397--83777482	32	2.7	31	78	7	93	46	13	6	32	1.71
83778190--83778246	22	2.5	22	80	2	69	63	5	3	28	1.33
83782313--83782366	14	3.7	14	78	7	54	37	0	3	59	1.15
83785495--83785546	22	2.4	22	93	0	86	26	19	25	28	1.98
83788994--83789029	18	2.1	18	89	5	56	72	2	5	19	1.17
83793564--83793588	12	2.1	12	100	0	50	48	24	0	28	1.52
83793562--83793644	41	2.0	41	100	0	166	43	16	12	27	1.84
83793605--83793629	12	2.1	12	100	0	50	48	24	0	28	1.52
83793776--83793837	30	2.1	31	84	6	83	50	3	1	45	1.27
83797981--83798044	18	3.4	18	71	12	56	34	25	26	14	1.94
83798001--83798065	21	3.2	21	70	12	73	38	21	27	12	1.89
83797983--83798068	39	2.2	39	95	0	154	36	24	26	12	1.92
83802662--83802783	58	2.1	60	83	6	151	45	13	14	25	1.82
83803175--83803200	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
83804005--83804520	104	5.0	104	94	0	804	31	11	16	40	1.83
83804317--83804476	50	3.1	49	64	22	121	32	10	16	40	1.82
83806656--83806711	29	1.9	29	85	7	78	37	10	8	42	1.71
83812240--83812298	31	1.9	31	85	0	82	42	11	11	33	1.78
83813566--83813705	59	2.3	61	77	11	146	25	17	6	50	1.70
83821645--83821681	14	2.6	14	100	0	74	78	13	0	8	0.96
83824348--83825137	290	2.8	288	85	5	1009	18	14	17	48	1.81
83824348--83825063	97	7.4	96	84	4	890	18	14	17	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83831550--83831621	33	2.2	32	83	13	87	72	4	4	19	1.18
83831576--83831621	14	2.9	16	75	15	51	73	4	4	17	1.15
83848877--83848907	14	2.2	14	94	0	53	25	6	41	25	1.79
83852166--83852207	14	3.0	14	76	13	50	40	9	11	38	1.75
83852176--83852242	34	1.9	35	90	3	109	32	8	11	46	1.72
83859045--83859095	21	2.4	21	87	6	68	49	1	1	47	1.24
83860147--83860201	26	2.1	27	82	3	67	63	3	3	29	1.28
83864472--83864539	31	2.2	31	91	0	109	50	7	4	38	1.51
83868751--83868786	2	18.0	2	94	0	63	0	0	47	52	1.00
83870178--83870212	15	2.2	17	90	10	56	42	0	0	57	0.99
83877531--83877733	76	2.8	74	83	5	254	32	17	17	32	1.94
83877531--83877766	69	3.3	71	80	9	223	33	16	16	33	1.92
83879186--83879360	30	5.8	30	89	1	219	26	48	4	21	1.68
83879907--83880025	27	4.5	27	69	11	75	32	6	3	57	1.42
83879928--83879986	14	4.3	13	74	19	50	32	3	0	64	1.10
83879919--83879977	25	2.4	25	85	0	82	35	3	0	61	1.13
83879996--83880054	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
83880012--83880060	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
83880213--83880260	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
83880213--83880264	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
83892681--83892731	14	3.6	14	77	12	50	19	11	3	64	1.41
83892695--83892728	16	2.1	16	88	0	50	17	8	2	70	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83892803--83893050	77	3.2	76	88	3	356	26	17	22	33	1.96
83892844--83893090	77	3.2	74	86	5	309	25	18	20	35	1.95
83893073--83893135	14	4.5	14	82	7	74	20	14	4	60	1.52
83893012--83893223	117	1.8	116	81	6	266	25	17	16	39	1.91
83893715--83893763	25	2.0	25	95	0	89	36	8	4	51	1.51
83893913--83893960	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
83893913--83893964	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
83897995--83898071	23	3.3	23	100	0	154	37	16	18	27	1.92
83903953--83904012	29	2.1	29	100	0	120	40	10	23	26	1.86
83913037--83913131	31	3.0	31	79	10	95	41	5	16	36	1.71
83924589--83924652	31	2.1	31	88	5	94	29	7	7	54	1.57
83932743--83932772	15	2.0	15	100	0	60	33	33	6	26	1.83
83937242--83937319	38	2.1	38	100	0	156	41	2	12	43	1.56
83947605--83947648	6	7.3	6	86	0	52	15	0	70	13	1.17
83947602--83947653	24	2.2	24	92	0	86	15	0	69	15	1.20
83953977--83954006	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
83955747--83955792	24	2.0	24	86	4	67	67	4	2	26	1.21
83955907--83956032	63	2.0	63	96	0	234	41	12	9	36	1.76
83957068--83957113	24	2.0	23	86	4	65	67	4	2	26	1.21
83964364--83964392	15	1.9	15	100	0	58	34	0	0	65	0.93
83975380--83975415	8	4.5	8	92	0	63	50	13	0	36	1.43
83981964--83982005	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83981979--83982040	23	2.8	23	80	4	65	46	1	1	50	1.20
83987407--83987482	38	2.0	38	92	0	125	30	10	6	52	1.61
83987656--83987712	29	2.0	29	89	0	87	40	7	12	40	1.70
83987807--83987872	31	2.2	31	86	8	91	51	19	4	24	1.65
83993368--83993445	39	2.0	39	100	0	156	17	28	7	46	1.76
83994363--83994389	4	6.8	4	100	0	54	22	0	25	51	1.48
83998198--83998277	40	2.0	40	97	0	151	27	36	10	26	1.88
84005608--84005647	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
84005594--84005659	35	1.9	34	90	6	107	31	7	13	46	1.71
84017338--84017378	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279