genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89280886--89281024	60	2.3	60	80	10	151	26	25	20	27	1.99
89284001--89284047	22	2.2	21	84	3	58	36	21	6	36	1.79
89284018--89284113	17	5.2	19	86	9	128	35	16	10	37	1.83
89284038--89284107	36	2.0	34	91	5	113	35	14	12	37	1.84
89285397--89285433	17	2.2	17	100	0	74	24	54	16	5	1.63
89286384--89286417	17	2.1	17	94	5	61	29	5	0	64	1.17
89286387--89286429	21	2.1	19	83	12	50	30	2	0	67	1.03
89286961--89287026	27	2.5	26	80	11	73	34	6	6	53	1.51
89286961--89287044	25	3.2	27	76	17	79	35	5	5	52	1.50
89288740--89288773	16	2.1	17	88	5	52	38	0	2	58	1.13
89288740--89288828	17	5.1	16	72	24	65	35	2	1	60	1.16
89288728--89288825	20	4.8	20	73	17	69	35	2	1	61	1.15
89288679--89288827	54	2.8	55	75	15	134	32	3	1	63	1.19
89288749--89288808	3	19.0	3	74	16	50	35	1	1	61	1.16
89288775--89288888	44	2.7	44	74	18	116	35	6	0	58	1.23
89289553--89289588	16	2.2	17	90	5	56	22	11	8	58	1.59
89290243--89290283	21	2.0	21	95	4	75	34	7	4	53	1.50
89291484--89291542	15	3.9	14	80	12	64	10	1	59	28	1.40
89291484--89291542	30	2.0	30	89	0	91	10	1	59	28	1.40
89291504--89291545	21	2.0	21	85	0	57	11	0	61	26	1.30
89292300--89292344	24	2.0	22	91	8	72	44	0	0	55	0.99
89292338--89292371	12	2.8	12	91	8	52	76	2	0	20	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89292338--89292375	17	2.3	17	90	4	60	78	2	0	18	0.86
89293180--89293206	13	2.1	13	100	0	54	37	0	22	40	1.54
89294455--89294479	6	4.2	6	100	0	50	16	0	64	20	1.30
89294459--89294524	15	4.6	14	82	12	73	10	3	62	24	1.42
89294466--89294524	30	2.0	30	93	0	100	10	3	61	25	1.44
89295581--89295612	17	1.9	16	93	6	55	3	9	6	81	0.97
89296418--89296572	24	6.2	24	74	11	116	32	4	3	58	1.36
89296427--89296575	50	3.0	48	75	9	140	32	4	4	58	1.37
89296451--89296632	74	2.5	74	80	12	189	30	4	4	59	1.38
89296417--89296697	24	11.2	25	68	15	100	29	5	6	58	1.44
89296390--89296597	24	8.5	24	70	15	95	31	5	5	58	1.43
89296849--89296909	26	2.3	26	86	10	81	32	4	4	57	1.41
89296894--89296952	27	2.2	27	85	11	77	28	6	5	59	1.45
89296911--89296969	24	2.4	24	81	16	59	27	10	6	55	1.58
89298036--89298102	32	2.1	32	88	0	98	31	5	17	44	1.73
89298737--89298781	21	2.1	21	84	8	56	6	22	0	71	1.09
89299392--89299451	30	1.9	32	86	6	88	18	1	15	65	1.36
89299992--89300060	32	2.2	31	87	5	95	47	21	13	17	1.81
89300258--89300332	38	2.0	38	94	0	132	34	18	16	30	1.93
89301689--89301762	18	3.6	18	69	30	58	36	10	5	47	1.62
89301682--89301779	46	2.1	46	100	0	196	37	13	6	42	1.69
89303454--89303531	27	2.9	26	86	7	95	33	21	24	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89305115--89305196	26	3.2	26	92	0	146	35	24	7	32	1.83
89311704--89311778	38	2.0	38	91	0	123	40	18	12	29	1.87
89314404--89314455	20	2.5	20	84	12	61	36	7	3	51	1.49
89315376--89315442	7	8.9	7	73	15	53	49	43	2	4	1.38
89315383--89315443	32	1.9	32	82	0	77	47	42	3	6	1.45
89316654--89316692	20	2.0	20	100	0	78	33	0	5	61	1.18
89316658--89316756	21	4.6	21	72	15	85	32	5	3	59	1.34
89317903--89317955	28	1.9	27	88	3	79	37	1	1	58	1.20
89317909--89317973	28	2.3	27	82	10	78	35	1	0	63	1.04
89318311--89318811	250	2.0	250	98	0	966	31	16	26	25	1.97
89329298--89329436	71	2.0	71	88	0	206	30	17	21	30	1.96
89329446--89329663	54	4.0	55	89	3	316	30	15	17	36	1.91
89331960--89332078	23	5.2	22	71	19	84	34	5	1	57	1.33
89331959--89332074	21	5.3	21	73	16	85	33	6	1	58	1.33
89333652--89333720	32	2.2	32	89	0	102	63	1	34	0	1.03
89340423--89340453	15	2.1	15	93	0	53	22	6	19	51	1.69
89340781--89340943	44	3.6	42	71	19	121	31	19	18	31	1.95
89340812--89341075	50	5.5	49	66	19	157	31	20	17	31	1.95
89341011--89341243	50	4.9	48	66	19	114	30	19	19	30	1.96
89340786--89341249	94	4.9	93	86	1	604	31	19	18	31	1.96
89344810--89344876	7	9.6	7	90	0	107	52	0	14	32	1.43
89344804--89344916	14	8.0	14	75	9	68	48	0	22	29	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89345699--89345727	7	4.1	7	100	0	58	13	0	44	41	1.44
89346368--89346413	24	2.0	23	83	12	58	60	4	0	34	1.16
89358371--89358409	16	2.5	16	91	4	62	51	15	25	7	1.70
89360198--89360227	12	2.5	12	88	0	51	13	13	50	23	1.77
89362393--89362511	45	2.7	46	84	5	145	29	26	24	20	1.99
89362502--89362683	43	4.2	43	94	0	319	31	32	25	10	1.89
89362659--89362699	16	2.6	16	100	0	82	26	29	34	9	1.88
89362616--89362742	59	2.2	59	98	0	245	29	32	28	10	1.90
89362533--89362820	145	2.0	145	96	0	531	30	33	25	10	1.89
89362573--89362785	102	2.1	102	98	0	408	30	33	26	9	1.89
89362675--89362820	43	3.4	43	97	0	274	30	34	26	8	1.87
89370510--89370548	16	2.4	16	91	8	62	48	10	28	12	1.74
89370510--89370548	8	4.9	8	81	12	53	48	10	28	12	1.74
89371143--89371214	35	2.1	35	91	0	117	15	19	33	31	1.93
89372792--89372873	25	3.3	25	79	5	85	34	17	28	20	1.95
89372792--89372892	50	2.0	50	80	3	114	36	14	27	20	1.92
89383143--89383476	126	2.6	126	84	4	465	30	16	15	36	1.91
89386743--89387060	126	2.5	126	88	2	467	28	18	18	33	1.95
89391372--89391635	47	5.7	46	75	9	177	23	31	18	26	1.97
89393305--89393529	75	3.0	75	99	0	441	37	8	20	34	1.82
89393678--89393728	9	5.7	9	79	9	59	41	17	11	29	1.85
89393678--89393728	18	2.8	18	87	0	75	41	17	11	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89393749--89393788	6	6.5	6	83	16	55	17	0	2	80	0.83
89393749--89393811	31	2.0	31	84	6	83	23	0	3	73	0.98
89394041--89394083	22	2.0	22	90	0	68	34	13	9	41	1.77
89396702--89396847	40	3.7	40	88	3	215	23	23	28	23	2.00
89399782--89399827	16	2.6	18	76	16	51	39	10	0	50	1.38
89409887--89410081	39	5.0	39	87	0	239	28	18	27	25	1.98
89417788--89417983	39	5.0	39	91	0	275	26	20	28	24	1.99
89431246--89431276	16	1.9	16	100	0	62	35	19	0	45	1.51
89431243--89431282	20	2.0	20	90	0	62	37	20	0	42	1.52
89431527--89431722	55	3.6	53	78	6	180	22	25	16	35	1.95
89432323--89432368	13	3.7	13	75	19	53	65	15	0	19	1.28
89438460--89438604	73	2.0	73	97	0	272	33	22	21	23	1.98
89439572--89439666	48	2.0	48	97	0	181	25	24	26	24	2.00
89443272--89443456	79	2.3	81	83	9	229	25	27	22	24	2.00
89443272--89443456	40	4.7	40	80	12	211	25	27	22	24	2.00
89448043--89448082	21	1.9	21	89	0	62	32	10	22	35	1.87
89448570--89448631	28	2.2	28	85	0	79	25	17	32	24	1.97
89448578--89448646	28	2.4	28	85	2	84	28	14	33	23	1.94
89455245--89455496	55	4.7	54	81	7	259	21	25	18	35	1.95
89455292--89455492	108	1.8	110	90	6	329	22	26	18	32	1.97
89461964--89462151	40	4.7	40	95	0	322	30	20	26	21	1.98
89468869--89469024	43	3.7	41	80	10	161	28	28	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89468869--89469028	86	1.9	86	85	2	223	28	28	18	25	1.98
89470302--89470357	28	2.0	28	100	0	112	42	14	17	25	1.87
89475914--89476083	43	4.0	42	79	11	157	30	25	18	25	1.98
89477213--89477241	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
89480479--89480530	27	2.0	26	85	11	70	15	26	21	36	1.93
89488655--89488814	27	5.9	27	79	12	159	34	21	25	19	1.96
89488673--89488814	54	2.6	54	89	3	214	34	22	24	18	1.96
89490958--89491009	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
89491050--89491109	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
89502184--89502302	44	2.6	46	80	6	136	23	29	19	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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