genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60682551--60682665	40	2.9	40	89	2	169	25	27	20	26	1.99
60690438--60690660	40	5.6	40	83	3	227	25	28	21	24	1.99
60690592--60690669	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
60695305--60695545	48	5.0	48	77	2	207	24	29	18	27	1.98
60702138--60702169	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
60707686--60707805	56	2.1	56	96	0	222	45	10	23	21	1.82
60708936--60709120	40	4.7	40	79	7	191	24	23	27	24	2.00
60708992--60709153	79	2.1	79	80	6	177	25	20	27	25	1.99
60714691--60714727	18	2.1	18	89	0	56	37	13	8	40	1.74
60715019--60715103	34	2.5	34	90	1	127	31	21	16	30	1.95
60718148--60718209	27	2.3	27	91	0	97	33	14	12	38	1.84
60718163--60718612	27	16.8	26	79	9	358	32	10	19	37	1.86
60718162--60718633	80	5.9	78	79	8	425	31	10	19	37	1.86
60718162--60718633	107	4.4	106	80	9	489	31	10	19	37	1.86
60718162--60718633	54	8.8	52	77	10	402	31	10	19	37	1.86
60718704--60718763	30	2.0	30	96	0	111	35	16	31	16	1.92
60718984--60719075	28	3.3	28	82	0	76	27	38	15	19	1.92
60729725--60729812	27	3.3	26	85	3	86	29	17	14	38	1.89
60729764--60730222	27	17.2	26	80	6	316	32	10	19	37	1.85
60729764--60730216	54	8.5	53	79	6	360	32	10	18	38	1.85
60729764--60730222	81	5.7	80	80	4	496	32	10	19	37	1.85
60730588--60730707	28	4.3	28	88	0	159	25	34	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60730601--60730706	56	1.9	56	92	0	176	25	33	16	23	1.96
60733551--60733997	27	16.6	27	84	0	448	30	8	21	39	1.83
60734318--60734381	28	2.3	28	86	0	83	25	35	18	20	1.95
60743046--60743090	20	2.3	20	84	3	56	22	17	33	26	1.96
60743081--60743221	60	2.3	60	82	8	153	28	17	26	27	1.97
60751076--60751101	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
60751587--60752047	27	17.2	26	80	6	291	30	8	19	40	1.82
60751600--60752047	54	8.3	52	80	7	361	30	8	20	40	1.83
60751600--60752035	81	5.4	80	82	4	468	30	8	20	39	1.83
60759400--60759428	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
60765668--60765708	18	2.3	18	100	0	82	34	12	12	41	1.80
60766341--60766553	67	3.1	67	65	17	166	43	5	7	43	1.56
60766312--60766595	138	2.1	138	96	0	523	44	5	8	41	1.57
60774561--60774700	75	1.9	76	89	1	219	29	11	10	48	1.73
60775823--60775867	23	1.9	24	81	4	56	24	51	2	22	1.60
60778861--60778885	13	1.9	13	100	0	50	56	12	8	24	1.62
60783022--60783232	40	5.3	40	87	2	284	24	26	21	27	2.00
60791869--60791976	27	4.0	27	91	2	155	20	25	20	34	1.96
60791868--60791977	55	2.0	54	89	5	168	20	24	20	35	1.96
60794645--60794828	40	4.6	41	78	14	183	25	26	21	26	2.00
60794645--60794828	79	2.3	82	80	14	208	25	26	21	26	2.00
60800444--60800728	95	3.0	95	98	0	552	21	24	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60802787--60802873	27	3.2	27	88	3	122	16	24	22	36	1.94
60806022--60806055	16	2.1	17	88	5	52	17	14	14	52	1.74
60815599--60815666	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
60815488--60815815	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
60815768--60815846	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
60823732--60823882	28	5.4	28	91	1	214	33	29	11	25	1.91
60828286--60828314	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
60837856--60837880	9	2.8	9	100	0	50	24	52	24	0	1.48
60839621--60839724	29	3.6	30	71	7	81	25	29	15	28	1.96
60839797--60839833	19	2.0	18	89	5	56	18	40	16	24	1.90
60841196--60841228	16	2.1	16	94	0	57	15	6	30	48	1.69
60841249--60841402	42	3.7	41	82	3	191	30	24	13	31	1.93
60844497--60844610	43	2.7	42	75	2	129	33	22	13	30	1.92
60852675--60853546	97	9.0	97	99	0	1707	38	4	7	50	1.49
60856436--60856613	40	4.5	39	85	4	198	26	20	27	25	1.99
60856442--60856613	80	2.2	79	85	3	229	25	21	27	25	1.99
60856469--60856646	79	2.2	80	82	3	200	26	21	27	24	1.99
60864793--60864834	22	2.0	22	86	13	61	26	16	33	23	1.96
60869920--60869960	19	2.1	20	86	4	57	43	2	0	53	1.13
60875917--60876199	27	10.7	26	75	10	207	37	20	18	24	1.94
60876070--60876200	51	2.5	50	81	8	149	37	19	19	23	1.94
60876462--60876600	32	4.4	32	79	4	138	20	20	19	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60876462--60876600	64	2.2	63	81	7	156	20	20	19	40	1.92
60877846--60877898	14	3.8	13	79	18	54	54	3	0	41	1.18
60880978--60881016	20	2.0	20	100	0	78	38	5	30	25	1.78
60904093--60904134	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
60909186--60909227	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
60914815--60914864	24	2.0	25	84	3	66	38	0	36	26	1.57
60915909--60916079	27	6.4	27	84	8	185	44	19	15	20	1.87
60915908--60916091	54	3.5	54	82	3	223	43	20	15	21	1.88
60915908--60916075	81	2.1	80	85	5	225	45	19	15	20	1.86
60917051--60917092	18	2.3	18	80	8	50	35	2	19	42	1.64
60918817--60918890	36	2.1	36	87	5	105	43	16	17	22	1.88
60918927--60918965	18	2.2	18	100	0	78	33	10	7	48	1.66
60921006--60921128	57	2.1	60	85	13	166	31	20	24	23	1.98
60921280--60921406	67	1.9	67	90	3	202	21	18	31	28	1.97
60929512--60929552	14	2.7	15	81	11	57	53	4	0	41	1.22
60932246--60932303	29	2.0	29	89	0	89	32	34	1	31	1.68
60938801--60938853	13	4.1	13	80	0	61	33	5	22	37	1.78
60946112--60946210	3	33.0	3	82	0	108	34	7	1	57	1.33
60946123--60946210	21	4.2	21	88	0	122	36	7	0	55	1.29
60950506--60950539	17	1.9	18	88	5	52	32	38	26	2	1.71
60959137--60959164	11	2.5	11	100	0	56	32	0	0	67	0.91
60960736--60960775	21	1.9	21	90	10	64	27	5	17	50	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60965127--60965182	20	2.8	20	86	0	67	46	0	32	21	1.52
60968556--60968640	40	2.1	40	97	0	161	47	22	4	25	1.71
60969287--60969374	25	3.5	26	73	14	78	31	22	22	22	1.98
60971677--60971797	45	2.7	45	82	5	120	23	23	15	36	1.94
60971723--60971835	45	2.5	45	81	5	122	25	21	11	41	1.86
60979495--60979555	29	2.1	31	87	9	92	45	6	14	32	1.71
60979499--60979563	29	2.2	29	83	5	87	49	6	13	30	1.67
60979801--60979901	29	3.2	32	75	9	118	28	7	3	59	1.44
60980586--60980610	13	1.9	13	100	0	50	0	28	0	72	0.86
60981916--60982304	115	3.4	115	75	8	382	30	19	22	27	1.98
60982542--60982568	7	3.9	7	100	0	54	14	0	29	55	1.40
60982589--60982643	7	7.9	7	76	9	51	16	0	38	45	1.47
60983824--60983914	44	2.1	44	93	0	155	25	32	7	34	1.84
60985586--60985642	9	6.7	9	82	9	66	42	14	1	42	1.55
60985589--60985640	16	3.1	16	86	8	68	40	15	1	42	1.58
60985680--60985720	20	2.0	21	95	4	75	46	0	0	53	1.00
60985680--60985723	21	2.1	20	87	8	61	45	0	0	54	0.99
60985725--60985777	23	2.3	22	81	12	63	49	20	0	30	1.50
60985856--60986660	12	67.8	12	63	19	183	52	17	1	28	1.52
60985864--60986730	95	9.1	95	99	0	1689	53	17	1	28	1.52
60986712--60987270	49	11.3	49	93	1	836	45	20	4	29	1.71
60986712--60987331	33	18.7	35	66	22	158	45	20	4	29	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60992792--60992841	21	2.4	21	82	0	64	36	16	44	4	1.66
60993158--60993253	38	2.5	39	91	1	149	39	22	20	16	1.92
60993240--60993358	42	2.8	42	93	0	193	22	21	21	33	1.97
60993679--60993726	17	2.8	17	81	9	53	60	0	4	35	1.16
60994131--60994224	43	2.2	43	88	0	143	17	35	23	24	1.95
60994730--60994791	25	2.4	26	89	2	90	40	1	14	43	1.55
60994730--60994801	17	4.2	17	72	13	58	40	1	13	44	1.53
60994894--60994953	17	3.5	17	75	8	68	38	0	16	45	1.48
60994897--60994980	38	2.3	37	86	8	111	35	0	16	47	1.47
60995797--60995830	16	2.1	16	89	10	52	44	32	0	23	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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