genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12619926--12620089	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
12619926--12620076	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
12622911--12622971	29	2.1	29	100	0	122	18	22	32	26	1.97
12627482--12627586	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
12627442--12627605	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
12627442--12627592	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
12631299--12631367	24	2.9	24	78	6	79	21	21	20	36	1.95
12631544--12631638	20	4.8	20	86	0	118	32	5	21	41	1.75
12631546--12631638	40	2.3	40	88	0	132	33	5	20	40	1.75
12631544--12631669	60	2.1	58	82	5	146	32	5	19	42	1.74
12633251--12633411	42	3.8	40	80	10	153	31	16	23	29	1.96
12633302--12633410	43	2.6	42	83	1	137	32	16	22	28	1.96
12639422--12639452	12	2.6	12	94	0	53	51	0	12	35	1.40
12641347--12641418	36	2.0	36	100	0	144	38	19	25	16	1.92
12650577--12650643	24	2.8	24	93	0	107	50	17	17	13	1.77
12650875--12650985	58	1.9	57	87	1	159	26	16	29	27	1.97
12650863--12650976	29	4.0	29	83	6	135	26	15	28	28	1.96
12654616--12654684	36	1.9	36	100	0	138	50	8	14	26	1.71
12668334--12668606	137	2.0	137	98	0	528	38	20	15	26	1.92
12668728--12668901	40	4.4	40	91	2	271	27	25	22	23	2.00
12674130--12674347	109	2.0	109	99	0	427	31	22	18	27	1.97
12674836--12674982	37	4.0	37	89	1	170	28	31	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12674837--12674981	74	2.0	74	85	0	200	27	31	16	24	1.96
12675123--12675555	48	9.0	48	97	0	803	30	28	6	34	1.82
12678210--12679683	82	18.0	81	96	0	2297	25	29	20	24	1.99
12680048--12680074	8	3.4	8	100	0	54	25	22	0	51	1.48
12686090--12686254	85	1.9	85	91	2	269	28	14	12	44	1.81
12686201--12687927	864	2.0	865	99	0	3384	33	21	15	29	1.94
12687854--12688048	99	2.0	99	100	0	390	27	28	17	26	1.98
12687997--12688181	79	2.3	81	81	7	200	25	28	21	24	1.99
12687997--12688181	40	4.7	40	80	7	207	25	28	21	24	1.99
12695933--12696078	40	3.7	40	83	5	179	25	28	22	23	2.00
12700142--12700184	19	2.3	19	95	0	77	37	13	9	39	1.78
12710549--12710654	50	2.1	51	87	1	151	36	16	20	26	1.93
12710630--12710747	31	3.8	31	86	0	164	29	18	25	26	1.98
12710769--12711035	48	5.7	48	85	6	277	27	15	26	29	1.96
12710769--12711000	97	2.4	95	85	5	281	26	15	27	30	1.96
12710944--12711067	42	3.0	41	85	2	158	30	14	25	29	1.95
12714042--12714259	39	5.6	39	90	0	301	39	22	24	13	1.90
12716864--12716905	15	2.8	15	88	0	66	52	14	16	16	1.75
12719683--12719890	39	5.3	39	89	2	276	30	30	21	17	1.96
12720223--12720438	110	2.0	110	95	0	387	25	21	8	44	1.80
12722368--12722638	54	5.0	53	86	1	353	38	18	8	34	1.81
12722413--12722638	81	2.8	81	85	0	308	39	19	7	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12722372--12722699	54	6.1	54	80	4	331	38	19	8	33	1.82
12722378--12722775	81	4.9	81	75	4	286	38	20	9	31	1.84
12722378--12722746	27	13.7	27	76	5	237	38	20	8	32	1.83
12722730--12722951	27	8.3	27	83	0	248	36	19	19	24	1.95
12723615--12723673	27	2.2	26	88	8	84	18	22	20	38	1.93
12723810--12723901	6	14.8	6	76	15	89	18	16	15	50	1.79
12723810--12723890	31	2.6	31	96	2	144	18	16	16	49	1.80
12729685--12729798	37	3.1	37	93	2	185	25	30	18	25	1.98
12729936--12730265	48	6.9	48	93	0	543	31	24	6	37	1.82
12733836--12733996	28	5.7	29	76	9	152	31	28	17	22	1.96
12733836--12733996	57	2.8	57	89	1	234	31	28	17	22	1.96
12734024--12734478	40	11.4	40	93	0	766	28	27	19	25	1.98
12734629--12734685	28	2.0	28	96	0	105	29	29	3	36	1.74
12735792--12735905	37	3.1	37	93	2	185	26	31	17	24	1.97
12736035--12736136	52	2.0	52	94	0	177	32	22	5	39	1.78
12736105--12736166	30	2.1	30	90	6	99	33	22	8	35	1.84
12736135--12736694	48	11.7	48	96	0	967	32	25	5	36	1.79
12739460--12739794	39	8.5	39	97	1	600	28	29	22	18	1.97
12741349--12741526	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
12741370--12741525	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
12743460--12743679	110	2.0	110	97	0	413	24	21	8	45	1.79
12747575--12747681	29	3.7	29	78	10	105	24	33	12	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12747576--12747694	29	4.1	28	76	11	82	26	31	11	31	1.92
12747902--12747962	24	2.6	24	86	2	79	11	19	18	50	1.76
12752748--12752793	24	1.9	24	86	0	65	17	13	34	34	1.88
12753060--12753110	18	2.9	17	77	16	59	3	33	0	62	1.13
12754341--12754484	28	5.2	28	83	1	184	19	23	19	37	1.94
12756185--12756264	40	2.0	40	95	0	142	30	18	12	38	1.88
12757660--12757727	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
12757834--12757901	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
12758008--12758075	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
12758177--12758255	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
12757549--12758224	174	3.9	174	97	0	1262	31	24	14	29	1.94
12769395--12769504	29	3.9	28	76	10	100	30	30	12	26	1.93
12769581--12769617	19	2.0	19	89	5	58	16	40	18	24	1.90
12769590--12769626	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
12769728--12769766	16	2.4	16	95	0	69	10	20	25	43	1.83
12769740--12769790	8	6.4	8	81	0	66	7	21	21	49	1.75
12769740--12769790	24	2.1	24	92	0	84	7	21	21	49	1.75
12777661--12777704	22	2.0	21	82	4	52	15	36	0	47	1.46
12778861--12778930	25	2.8	25	93	0	122	25	25	22	25	2.00
12780784--12780991	40	5.2	40	81	2	211	26	24	26	22	2.00
12788013--12788190	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
12788014--12788169	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12788010--12788190	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
12789745--12790741	39	25.5	39	98	0	1834	19	23	28	28	1.98
12793508--12793937	48	8.9	48	90	2	621	36	6	24	31	1.82
12793837--12793937	52	1.9	53	93	2	177	39	5	20	33	1.77
12794073--12794186	37	3.1	37	93	2	185	24	17	31	26	1.97
12795485--12795899	40	10.4	40	93	0	704	25	19	26	28	1.99
12795927--12796094	57	2.9	57	87	1	239	23	17	27	31	1.97
12795927--12796087	28	5.7	29	76	9	143	22	17	28	31	1.96
12799907--12800165	50	5.1	50	75	3	162	32	26	15	25	1.96
12799950--12800165	50	4.3	50	75	3	173	31	26	15	25	1.96
12806809--12806869	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
12810274--12810303	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
12810513--12810750	50	4.8	50	72	2	174	30	25	18	26	1.98
12816142--12816326	40	4.7	40	80	7	191	24	22	27	26	2.00
12817791--12817833	22	1.9	23	90	4	70	20	0	53	25	1.46
12821272--12821350	40	2.0	40	82	5	97	34	18	22	24	1.97
12822095--12822157	14	4.5	14	80	7	74	36	42	0	20	1.52
12822181--12822234	22	2.5	22	88	8	76	50	24	0	25	1.50
12822690--12822818	42	3.1	41	87	2	159	21	2	32	43	1.65
12822740--12822812	21	3.5	21	79	7	85	20	2	32	43	1.66
12823167--12823347	84	2.2	84	89	0	272	32	14	19	32	1.93
12825709--12825814	50	2.2	49	83	6	126	39	11	5	43	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12826295--12826378	9	9.1	9	75	10	71	44	20	2	33	1.64
12828164--12828189	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
12831513--12831541	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
12839860--12839899	6	6.3	6	83	11	53	15	5	0	80	0.88
12843664--12843688	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
12844237--12844415	27	6.6	27	82	7	184	27	15	27	29	1.96
12844239--12844394	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
12844235--12844415	82	2.2	81	81	2	220	27	14	27	29	1.96
12866027--12866100	37	2.0	37	97	0	139	40	21	20	17	1.91
12866709--12866746	20	1.9	20	84	10	51	28	21	13	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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