genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57500035--57500087	12	4.4	12	74	9	54	16	13	37	32	1.88
57500110--57500153	9	4.9	9	85	0	52	6	0	72	20	1.07
57500107--57500150	6	7.3	6	84	0	52	9	0	72	18	1.10
57500114--57500378	112	2.3	112	90	3	424	11	8	53	26	1.65
57500284--57500328	12	3.8	12	78	0	54	13	11	44	31	1.78
57500345--57500379	3	11.7	3	93	0	61	2	0	68	28	1.04
57500444--57500501	24	2.4	24	85	0	71	18	3	62	15	1.47
57500501--57500553	18	2.9	18	85	0	79	26	5	37	30	1.79
57504923--57505137	108	2.0	108	95	0	385	24	17	20	37	1.94
57505206--57505249	12	3.9	12	82	11	58	9	4	70	15	1.30
57505327--57505372	18	2.6	18	82	0	65	13	2	65	19	1.37
57505410--57505444	18	1.9	18	100	0	70	22	5	42	28	1.76
57505468--57505511	18	2.4	18	80	0	52	13	65	9	11	1.46
57505523--57505583	18	3.4	18	77	4	70	13	8	62	16	1.53
57505636--57505682	21	2.2	21	85	7	60	19	2	63	14	1.40
57509273--57509333	26	2.3	26	94	0	104	37	6	1	54	1.37
57509559--57509588	8	3.9	8	95	4	53	50	0	0	50	1.00
57512203--57512239	18	2.1	18	89	0	56	24	2	45	27	1.66
57512255--57512294	6	6.7	6	85	0	53	12	0	67	20	1.22
57512255--57512294	18	2.2	18	95	0	71	12	0	67	20	1.22
57512203--57512492	108	2.7	106	87	4	316	22	5	52	20	1.66
57512380--57512417	15	2.5	15	86	0	58	15	5	65	13	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57512395--57512583	93	2.0	93	91	0	306	20	5	53	20	1.65
57512255--57512775	108	4.7	110	82	6	369	20	5	53	20	1.64
57512561--57512612	6	8.7	6	80	0	50	15	1	65	17	1.36
57512566--57512627	15	4.1	15	76	0	52	19	3	62	14	1.44
57512683--57512717	18	1.9	18	88	0	52	11	2	68	17	1.31
57512680--57512727	21	2.3	21	92	0	78	10	4	66	18	1.37
57512692--57512738	21	2.2	21	84	0	58	19	4	63	12	1.44
57512754--57512793	18	2.2	18	95	0	71	27	7	40	25	1.82
57512885--57512915	15	2.1	15	93	0	53	12	3	61	22	1.46
57512912--57512957	18	2.6	18	89	0	65	28	0	58	13	1.35
57512902--57512954	21	2.5	21	84	0	61	24	1	60	13	1.43
57512924--57512963	21	1.9	21	84	0	53	27	0	57	15	1.38
57515364--57515450	29	2.9	29	86	3	102	41	22	13	21	1.89
57524102--57524142	21	2.0	21	85	9	57	36	19	12	31	1.89
57527482--57527548	30	2.2	30	97	0	125	29	0	11	58	1.34
57529940--57529972	10	3.2	10	91	8	57	48	18	0	33	1.48
57529941--57529972	11	3.0	11	95	4	57	46	18	0	34	1.49
57531830--57531854	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
57537969--57538036	16	4.2	16	87	7	93	27	0	32	39	1.57
57537969--57538036	32	2.1	32	91	0	109	27	0	32	39	1.57
57538166--57538475	157	2.0	157	94	0	539	44	3	4	47	1.41
57538229--57538478	76	3.1	81	63	24	186	46	4	3	45	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57538212--57538533	157	2.0	155	81	5	349	46	4	4	44	1.44
57539355--57539384	13	2.3	13	100	0	60	60	13	6	20	1.55
57541723--57541749	12	2.2	12	100	0	54	51	0	29	18	1.46
57543585--57543827	132	1.8	132	83	5	321	26	17	18	37	1.93
57544490--57544541	26	1.9	26	81	14	61	34	15	1	48	1.56
57547248--57547490	132	1.8	132	83	5	321	26	17	18	37	1.93
57548153--57548204	26	1.9	26	81	14	61	34	15	1	48	1.56
57550125--57550344	44	4.9	44	80	8	239	27	21	24	26	1.99
57552046--57552086	13	3.2	13	80	16	50	31	0	2	65	1.05
57555587--57555633	17	2.7	17	77	9	51	8	6	4	80	1.00
57564174--57565039	44	19.8	43	74	7	708	29	15	25	30	1.95
57564145--57565042	131	6.8	132	92	1	1365	29	15	25	29	1.95
57567087--57567120	15	2.3	15	94	0	59	14	14	11	58	1.63
57568893--57568955	27	2.3	29	81	15	80	26	11	12	49	1.74
57569405--57569476	31	2.3	32	92	2	119	45	11	19	23	1.82
57571551--57571603	22	2.4	23	87	9	83	30	50	3	15	1.61
57573875--57573909	12	2.8	12	86	4	52	48	0	2	48	1.16
57577765--57577818	24	2.2	24	96	3	99	50	3	35	11	1.56
57583369--57583626	7	35.9	7	64	20	63	34	5	1	58	1.31
57583395--57583488	45	2.1	44	82	5	109	31	4	2	61	1.27
57583413--57583454	16	2.5	17	80	7	50	35	4	2	57	1.33
57583370--57583454	29	2.9	28	75	6	73	34	3	3	58	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57583401--57583484	13	6.5	13	76	14	50	30	2	1	65	1.13
57583566--57583623	25	2.3	26	80	14	68	32	1	1	63	1.14
57583689--57583744	28	1.9	30	82	7	71	33	5	0	60	1.19
57584930--57585041	26	4.2	26	86	1	143	41	9	24	24	1.84
57584942--57585053	26	4.3	26	86	1	134	35	10	25	27	1.89
57589962--57590108	16	8.8	16	67	21	61	63	3	2	31	1.22
57590061--57590135	27	2.8	27	80	6	73	60	4	2	33	1.30
57590114--57590155	20	2.1	20	90	0	66	66	0	0	33	0.92
57589962--57590154	18	11.2	18	66	14	68	63	3	2	31	1.22
57590049--57590165	47	2.6	44	85	6	148	63	3	1	31	1.21
57591598--57591700	50	2.1	50	100	0	206	21	5	28	44	1.75
57597249--57597289	20	2.1	20	86	4	57	31	7	0	60	1.24
57607458--57607489	15	2.1	15	100	0	64	37	6	15	40	1.73
57607525--57607561	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
57608026--57608052	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
57608568--57608611	21	2.1	21	95	0	79	31	29	2	36	1.70
57610134--57610167	17	2.0	17	94	0	59	61	0	0	38	0.96
57618301--57618369	31	2.3	31	80	7	79	28	27	0	43	1.55
57618307--57618363	11	5.5	10	79	12	62	29	28	0	42	1.56
57618307--57618363	20	2.7	21	84	13	73	29	28	0	42	1.56
57618390--57618420	15	2.1	15	93	0	53	22	6	0	70	1.09
57621516--57622054	126	4.3	126	90	0	810	27	21	18	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57622138--57622167	15	2.0	15	93	0	51	46	36	0	16	1.47
57622142--57622347	96	2.1	97	83	6	265	41	16	1	39	1.58
57622423--57622520	40	2.4	41	81	6	103	23	25	27	23	2.00
57622953--57623010	28	2.1	28	87	6	82	32	44	1	20	1.62
57622980--57623039	19	3.2	19	65	21	54	31	50	0	18	1.47
57623453--57623488	7	4.9	8	83	16	51	36	0	0	63	0.94
57623346--57623465	62	2.0	62	81	8	147	25	5	6	61	1.43
57623454--57623488	14	2.4	14	95	4	61	34	0	0	65	0.93
57624753--57624785	11	3.1	11	86	8	50	63	0	27	9	1.24
57627601--57627844	126	1.9	126	93	0	416	29	16	15	38	1.90
57629409--57629453	21	2.1	21	84	8	56	37	24	22	15	1.93
57630981--57631161	91	2.0	91	98	0	353	28	15	11	44	1.81
57632132--57632180	13	3.8	13	80	19	59	73	0	26	0	0.83
57633519--57633772	46	5.7	46	66	12	159	29	20	24	25	1.99
57633477--57633763	89	3.2	88	71	8	283	29	20	25	24	1.99
57633463--57633915	179	2.5	178	89	2	712	30	22	23	24	1.99
57633749--57634256	132	3.8	131	81	6	544	30	22	23	24	1.99
57633731--57634225	265	1.9	265	88	2	753	29	22	22	25	1.99
57633468--57634189	311	2.3	306	73	12	693	29	21	23	25	1.99
57633731--57634296	265	2.1	265	84	5	725	30	22	22	24	1.99
57634617--57634673	29	2.0	29	92	0	96	35	47	0	17	1.48
57634636--57634713	37	2.1	38	97	2	149	29	52	0	17	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57634656--57634728	18	4.0	18	71	16	69	27	54	0	17	1.43
57635117--57635153	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
57635002--57635144	63	2.3	63	80	12	159	25	4	5	63	1.37
57635125--57635155	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
57635350--57635400	21	2.4	21	83	0	57	27	11	5	54	1.59
57635609--57635852	126	1.9	126	95	0	443	29	18	15	36	1.92
57637694--57637817	19	6.8	19	82	10	170	37	12	13	36	1.82
57637715--57637805	18	5.5	15	73	21	67	38	12	14	35	1.83
57637702--57637817	35	3.2	35	90	3	178	37	12	12	36	1.82
57638111--57638157	25	1.9	25	83	12	62	27	4	2	65	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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