genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28432078--28432119	21	2.0	21	95	0	75	57	9	21	11	1.63
28436216--28436288	33	2.2	33	90	0	110	35	4	15	45	1.65
28436419--28436457	11	3.5	11	82	10	53	71	0	25	2	0.98
28437250--28437279	6	5.0	6	91	0	51	16	13	20	50	1.78
28442884--28442931	23	2.1	23	84	7	62	45	25	6	22	1.75
28446381--28446862	130	3.7	129	75	7	384	35	16	19	28	1.93
28446381--28446907	131	4.0	131	76	6	442	35	16	18	29	1.93
28447206--28447256	21	2.4	23	75	18	56	54	15	11	17	1.70
28455543--28455639	27	3.6	27	88	0	131	27	19	15	37	1.92
28455562--28455785	27	8.3	27	86	2	288	20	16	21	40	1.91
28458180--28458219	19	2.1	19	86	9	55	45	2	5	47	1.38
28466270--28466441	54	3.2	54	85	4	231	24	18	19	37	1.94
28466279--28466441	81	2.0	80	85	3	220	23	17	20	38	1.93
28466270--28466435	27	6.1	27	86	3	199	24	19	18	37	1.94
28470101--28470247	27	5.5	27	87	0	143	27	14	17	40	1.89
28470101--28470242	54	2.6	53	83	1	158	26	15	16	40	1.89
28477963--28478021	30	2.0	30	89	0	91	32	13	25	28	1.94
28478357--28478528	46	3.7	44	79	11	168	27	20	29	23	1.99
28480953--28483643	696	4.0	690	83	6	3273	31	16	17	35	1.92
28487888--28488094	53	3.8	54	82	3	256	19	25	18	36	1.95
28495461--28495717	47	5.4	47	89	3	347	33	9	30	26	1.88
28495568--28495642	22	3.3	22	64	29	57	32	13	30	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28498148--28498222	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
28498276--28498556	40	7.1	40	88	0	393	25	22	27	24	2.00
28503054--28503112	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
28510402--28510453	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
28510492--28510551	27	2.3	26	85	2	75	25	23	16	35	1.95
28516271--28516358	28	2.9	31	78	13	101	25	21	23	29	1.99
28544809--28544839	14	2.2	14	94	0	53	6	25	6	61	1.45
28551959--28552073	27	4.3	26	79	9	97	35	20	23	20	1.96
28551983--28552072	28	3.3	28	81	4	112	35	21	23	20	1.96
28554844--28554934	15	5.9	14	76	14	74	63	0	6	29	1.19
28554844--28554983	20	7.4	20	69	23	67	60	0	5	32	1.25
28554844--28554939	30	3.1	30	75	14	88	62	0	7	30	1.22
28554842--28554926	12	7.7	11	71	21	54	64	0	5	29	1.17
28554950--28554990	14	2.9	14	88	3	64	58	0	0	41	0.98
28565890--28566004	27	4.3	26	75	11	97	35	20	22	21	1.96
28565924--28565998	28	2.8	27	83	4	89	33	21	24	21	1.97
28566292--28566332	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
28583263--28583376	53	2.4	43	74	25	131	30	26	17	25	1.97
28583279--28583394	53	2.2	53	98	1	225	30	25	18	26	1.98
28585280--28585334	25	2.3	25	84	6	78	45	9	1	43	1.46
28586590--28586777	42	4.4	42	78	5	146	23	13	26	37	1.91
28588477--28588622	29	5.1	28	78	8	145	28	14	30	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28596144--28596290	29	5.2	29	74	12	128	28	13	31	26	1.94
28596144--28596289	57	2.6	57	81	11	151	28	13	30	26	1.94
28600099--28600141	19	2.3	19	88	4	61	11	25	37	25	1.90
28602054--28602176	46	2.7	45	82	9	162	23	27	18	30	1.98
28605334--28605370	16	2.3	16	90	0	56	37	16	10	35	1.83
28608160--28608192	14	2.4	14	100	0	66	24	12	0	63	1.28
28617903--28617999	30	3.2	30	73	0	86	27	27	15	28	1.96
28620374--28620415	16	2.6	16	88	0	66	80	2	14	2	0.90
28620497--28620577	30	2.7	30	77	7	85	61	0	25	12	1.31
28628513--28628566	21	2.6	21	90	0	81	22	24	33	20	1.97
28629838--28629911	26	3.2	26	62	34	67	33	6	13	45	1.70
28629836--28629925	44	2.0	44	97	0	171	33	6	15	44	1.73
28630047--28630103	28	2.0	28	82	0	69	29	8	29	31	1.87
28633578--28633638	28	2.1	30	81	6	72	40	3	26	29	1.72
28634117--28634283	43	3.9	43	75	6	142	28	14	23	32	1.94
28636654--28636835	79	2.3	80	81	8	210	25	28	21	24	1.99
28636635--28636835	40	5.1	40	81	8	223	25	28	21	24	1.99
28637932--28638051	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
28639224--28639267	17	2.5	17	82	13	54	75	9	4	11	1.19
28641658--28641695	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
28649894--28650085	29	6.6	29	83	5	228	21	27	9	41	1.84
28649883--28650085	86	2.3	87	89	4	311	22	26	10	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28652402--28652477	37	2.1	37	100	0	152	35	18	7	38	1.80
28656510--28656612	51	2.0	51	83	3	127	33	14	20	32	1.93
28659374--28659413	21	2.0	20	85	5	53	17	25	40	17	1.91
28671641--28671723	41	2.0	41	97	0	157	37	7	10	44	1.67
28671789--28671838	23	2.2	23	88	0	73	38	6	14	42	1.70
28682609--28682634	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
28682873--28682903	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
28687552--28687588	19	1.9	19	88	0	56	75	2	5	16	1.10
28690815--28690874	20	3.2	20	76	17	58	53	3	3	40	1.34
28699495--28699592	49	2.0	49	91	0	160	36	16	14	32	1.89
28700414--28700448	16	2.2	17	90	10	56	80	0	11	8	0.92
28704614--28704652	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
28705434--28705460	7	3.9	7	100	0	54	59	0	14	25	1.36
28706250--28706491	60	4.0	60	99	0	475	35	8	20	35	1.83
28710106--28710282	43	4.1	42	80	7	185	29	29	16	24	1.97
28710104--28710282	86	2.1	86	83	6	229	29	29	16	24	1.96
28711033--28711063	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
28715622--28715752	48	2.7	50	87	2	185	22	32	18	26	1.97
28715720--28715934	46	4.7	46	74	9	172	25	29	18	27	1.98
28721562--28721596	9	3.9	9	100	0	70	11	0	77	11	1.00
28723313--28723443	49	2.6	51	85	5	171	27	30	18	23	1.98
28723476--28723633	46	3.4	46	82	9	182	24	28	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28723496--28723675	46	3.9	45	78	11	168	22	28	18	30	1.98
28726158--28726283	5	25.2	5	88	6	184	41	21	0	36	1.59
28726826--28726863	20	1.9	19	89	5	58	63	5	28	2	1.30
28733491--28733545	29	1.9	28	88	3	83	32	27	18	21	1.96
28733494--28733667	77	2.3	77	87	2	260	33	26	17	22	1.96
28740180--28740213	17	2.0	17	100	0	68	29	29	17	23	1.97
28740733--28740857	47	2.7	45	79	18	132	24	29	17	28	1.97
28754592--28754642	18	2.7	20	76	17	54	33	0	1	64	1.05
28755392--28755480	45	2.0	45	81	0	106	29	11	25	33	1.91
28756178--28756213	18	2.0	18	88	0	54	22	25	11	41	1.86
28758318--28758476	43	3.7	44	78	12	177	23	18	26	31	1.97
28771897--28772181	36	7.7	36	71	12	173	37	14	11	36	1.82
28771985--28772169	18	10.3	18	75	9	144	37	14	12	35	1.84
28771980--28772181	72	2.8	71	79	5	192	37	14	11	36	1.83
28771899--28772181	18	15.3	18	71	11	133	37	14	11	36	1.82
28772292--28772408	47	2.5	47	84	2	155	40	21	21	17	1.92
28772478--28772502	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
28772390--28772500	45	2.5	45	80	0	150	41	18	19	20	1.91
28774008--28774052	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
28782246--28782468	88	2.6	86	81	4	250	36	21	7	34	1.82
28782595--28782653	19	3.2	18	76	9	57	62	0	1	35	1.05
28782595--28782647	20	2.8	20	77	13	58	60	0	1	37	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28782620--28782656	9	3.8	10	86	13	51	62	0	0	37	0.96
28782646--28782775	32	4.0	31	74	15	113	62	5	3	28	1.35
28782581--28782819	68	3.5	68	87	7	290	63	3	3	29	1.29
28782830--28782878	19	2.5	20	83	9	66	63	2	6	28	1.30
28782828--28782879	9	5.6	9	74	17	52	63	1	5	28	1.28
28782798--28782878	38	2.1	38	84	8	103	61	1	6	30	1.28
28783061--28783129	19	3.6	19	73	7	68	33	4	4	57	1.38
28783123--28783184	30	2.1	30	82	11	74	32	3	1	62	1.20
28783138--28783195	29	2.0	30	83	10	75	29	1	0	68	0.99
28783159--28783204	21	2.2	20	80	3	56	23	2	0	73	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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