genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19011812--19011916	39	2.7	39	83	4	122	20	22	26	30	1.98
19011847--19011933	40	2.2	39	85	6	113	16	20	29	33	1.94
19017450--19017858	47	8.6	47	90	3	588	34	8	28	28	1.86
19017450--19017858	96	4.3	94	88	4	588	34	8	28	28	1.86
19020289--19020363	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
19020426--19020777	40	8.8	40	90	0	506	25	21	26	25	1.99
19023341--19023676	47	7.0	49	92	2	481	33	8	29	27	1.87
19029627--19029842	46	4.7	44	74	12	159	24	27	20	27	1.99
19032527--19032708	51	3.6	50	83	2	197	26	21	22	29	1.99
19032579--19032708	51	2.5	51	92	0	215	26	22	23	27	1.99
19050617--19050651	18	1.9	18	88	0	52	20	34	2	42	1.66
19051406--19051431	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
19059562--19059604	4	10.8	4	89	0	68	48	20	0	30	1.50
19068773--19068896	63	2.0	63	90	3	196	37	21	12	27	1.90
19073242--19073289	16	2.9	16	77	22	55	43	4	0	52	1.20
19073937--19073976	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
19078668--19078728	25	2.4	25	78	13	63	57	6	4	31	1.46
19079413--19079503	25	3.8	24	88	9	132	5	3	20	70	1.22
19080370--19080554	77	2.4	76	89	4	277	32	22	15	29	1.95
19080573--19080748	71	2.5	70	87	3	230	34	22	13	29	1.92
19080874--19081814	75	12.6	75	93	3	1217	31	19	14	34	1.92
19080874--19082124	150	8.2	149	89	4	1230	30	19	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19080874--19082124	225	5.5	228	83	9	1274	30	19	16	32	1.94
19081819--19081979	73	2.1	75	82	6	193	31	21	19	27	1.97
19081894--19082069	90	2.0	90	87	4	257	32	18	21	27	1.97
19081973--19082124	76	2.0	76	87	3	216	29	20	20	29	1.98
19081698--19082124	164	2.6	164	89	4	655	30	19	19	30	1.97
19082092--19082197	54	1.9	55	84	5	144	38	18	13	29	1.89
19082177--19082210	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
19082050--19082310	140	1.9	141	90	2	427	36	19	16	26	1.93
19082282--19082457	71	2.5	70	87	3	230	34	22	13	29	1.92
19085910--19086033	62	2.0	62	100	0	248	20	27	17	33	1.96
19100927--19100959	17	1.9	17	88	11	50	84	0	15	0	0.61
19101906--19102071	73	2.3	73	90	1	251	28	17	20	33	1.95
19102051--19102095	13	3.4	13	87	6	72	13	11	6	68	1.37
19101982--19102267	100	2.9	101	90	2	436	24	17	19	38	1.93
19102270--19102941	73	9.2	73	84	5	883	30	16	19	33	1.94
19102278--19102940	148	4.5	148	91	2	1043	30	16	19	33	1.94
19103106--19103138	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
19102851--19103306	91	5.0	90	79	9	493	27	15	18	38	1.91
19102851--19103308	92	5.1	90	81	6	532	27	15	18	38	1.91
19103209--19103392	100	1.8	101	87	5	273	25	15	19	39	1.91
19103334--19103558	87	2.6	87	77	8	208	30	15	19	35	1.92
19104143--19104198	18	3.4	18	68	27	61	25	48	7	19	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19104133--19104218	30	2.9	30	96	0	154	26	50	5	17	1.69
19104773--19104826	23	2.2	25	80	6	67	35	9	3	51	1.52
19104783--19104841	25	2.3	26	77	8	68	37	6	1	54	1.37
19104800--19104845	14	3.2	15	80	17	53	34	6	2	56	1.37
19104800--19104909	29	4.0	28	73	13	88	31	6	4	57	1.44
19104854--19104960	22	4.8	22	71	15	78	30	5	5	57	1.45
19104860--19104946	24	3.5	24	77	12	70	31	5	5	57	1.46
19104841--19104946	48	2.2	49	81	8	119	29	6	5	58	1.46
19105075--19105109	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
19105147--19105219	22	3.2	22	70	14	76	27	12	5	54	1.59
19105153--19105227	24	3.2	23	70	14	73	26	13	4	56	1.55
19105130--19105230	46	2.2	46	94	1	175	29	12	3	53	1.57
19105155--19105229	22	3.3	22	71	14	71	28	14	4	53	1.59
19111085--19111346	46	5.6	47	80	10	265	27	19	30	22	1.98
19111080--19111346	90	2.9	94	80	10	286	27	18	30	23	1.98
19114409--19114438	10	3.1	10	95	4	53	20	0	20	60	1.37
19114469--19114508	19	2.0	20	85	4	55	37	0	27	35	1.57
19114510--19114560	26	2.0	26	84	0	66	31	11	25	31	1.92
19117743--19117771	14	2.1	14	100	0	58	34	6	41	17	1.76
19123997--19124045	21	2.5	20	90	9	82	24	20	4	51	1.65
19137499--19137532	17	1.9	17	88	5	50	17	17	38	26	1.92
19137779--19137832	27	2.0	27	85	7	74	31	20	18	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19139940--19139970	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
19142976--19143109	56	2.4	56	85	0	187	29	12	22	35	1.91
19147864--19147955	25	3.7	25	73	5	87	26	21	22	29	1.99
19147949--19148041	41	2.3	41	86	0	132	27	22	27	21	1.99
19156635--19156710	28	2.7	28	85	0	107	31	30	13	25	1.93
19156695--19156788	40	2.4	38	87	3	134	36	24	14	24	1.93
19157488--19157567	39	2.1	39	97	0	151	25	20	11	43	1.84
19166581--19166809	48	4.8	47	69	14	148	24	27	18	29	1.98
19166582--19166819	96	2.5	96	86	2	309	25	28	17	28	1.98
19171716--19171891	50	3.5	50	77	7	194	31	24	17	26	1.97
19171710--19171891	101	1.8	101	91	0	301	31	24	17	26	1.97
19178327--19178495	48	3.5	48	76	3	187	26	27	17	28	1.98
19178279--19178508	96	2.4	96	85	1	300	26	26	16	29	1.97
19180315--19180350	17	2.2	16	90	5	54	47	25	11	16	1.79
19180819--19180881	32	2.0	32	90	0	99	36	20	17	25	1.94
19192812--19192980	48	3.5	48	76	3	187	26	27	17	28	1.98
19192764--19192993	96	2.4	96	85	1	300	26	26	16	29	1.97
19194800--19194835	17	2.2	16	90	5	54	47	25	11	16	1.79
19195304--19195366	32	2.0	32	90	0	99	36	20	17	25	1.94
19202657--19202834	27	6.6	27	83	3	196	29	27	15	27	1.96
19202678--19202833	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
19206134--19206640	254	2.0	254	98	0	978	32	15	22	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19206605--19206700	48	2.0	48	100	0	192	27	22	22	27	1.99
19207363--19207522	80	2.0	80	98	0	311	33	14	20	31	1.92
19207518--19207730	105	2.0	105	99	0	417	36	7	21	34	1.81
19207732--19207904	87	2.0	87	97	0	328	37	16	13	31	1.88
19207971--19208359	195	2.0	195	97	0	733	24	9	22	43	1.83
19209405--19209461	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
19210487--19210518	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
19217493--19218261	410	1.9	410	98	0	1493	37	9	23	30	1.87
19224370--19224526	78	2.0	78	94	0	278	33	12	19	35	1.89
19237579--19237745	43	3.9	42	80	9	162	31	26	16	25	1.96
19251832--19252009	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
19251833--19251988	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
19251829--19252009	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
19256273--19256430	42	3.7	42	81	4	174	28	17	24	30	1.97
19259003--19259117	27	4.3	27	80	3	124	22	20	20	35	1.96
19261244--19261438	49	3.9	49	80	7	214	27	17	26	28	1.98
19262754--19263169	208	2.0	208	99	0	814	28	7	25	38	1.84
19266927--19266991	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
19267097--19267186	28	3.2	27	89	7	128	21	24	23	31	1.98
19267097--19267211	55	2.1	56	82	8	137	20	24	21	33	1.97
19267650--19267688	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
19271074--19271117	20	2.1	21	87	8	63	34	4	13	47	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19275186--19275346	42	3.8	42	77	4	171	27	15	25	31	1.96
19280022--19280061	15	2.7	15	88	0	62	60	27	2	10	1.42
19281497--19282698	606	2.0	606	98	0	2314	28	30	16	23	1.96
19282478--19283663	593	2.0	593	98	0	2273	32	28	12	26	1.93
19291462--19291925	47	9.7	47	95	0	775	32	8	29	29	1.87
19304161--19304338	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
19304162--19304317	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
19304158--19304338	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
19305960--19306095	68	2.0	68	95	0	245	33	22	17	26	1.96
19306794--19306886	42	2.2	42	81	7	109	24	30	25	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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