genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76029740--76029812	3	24.3	3	100	0	146	67	0	32	0	0.91
76036563--76036660	6	16.3	6	80	0	106	74	6	4	15	1.17
76036563--76036660	18	5.4	18	85	2	126	74	6	4	15	1.17
76038233--76038262	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
76046854--76046885	13	2.5	13	94	0	55	18	25	34	21	1.96
76048521--76048576	27	2.1	27	93	0	94	57	8	1	32	1.40
76051064--76051517	224	2.0	225	99	0	901	29	17	16	36	1.92
76053700--76053804	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
76053660--76053823	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
76053660--76053810	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
76066800--76066940	70	2.0	70	98	0	273	39	24	12	24	1.89
76069630--76069741	24	4.7	24	88	0	161	18	13	30	37	1.89
76071121--76071213	27	3.4	27	82	10	109	37	22	23	16	1.93
76078073--76078104	15	2.1	15	100	0	64	37	0	25	37	1.56
76083330--76083377	24	2.0	24	100	0	96	29	16	12	41	1.85
76087024--76087070	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
76087418--76087651	101	2.3	100	80	3	265	28	15	24	31	1.96
76087418--76087701	50	5.7	50	77	3	257	28	15	24	30	1.96
76087420--76087708	151	1.9	151	89	0	443	28	16	24	31	1.96
76087912--76087943	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
76091372--76091401	13	2.3	13	94	0	51	50	0	0	50	1.00
76091762--76091802	14	2.9	14	85	0	55	26	2	19	51	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76101756--76102037	46	6.0	46	84	8	352	38	14	24	22	1.92
76101756--76102037	91	3.0	92	86	6	352	38	14	24	22	1.92
76101882--76101993	55	2.0	55	89	0	170	37	17	24	20	1.94
76101852--76102037	101	1.8	101	86	2	266	39	15	24	20	1.91
76105465--76105590	44	2.9	43	82	6	173	23	16	28	30	1.96
76105465--76105590	43	2.9	44	83	6	177	23	16	28	30	1.96
76109151--76109335	79	2.3	82	82	7	229	25	27	22	24	2.00
76109151--76109335	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
76110518--76110661	71	2.0	71	98	0	279	29	20	12	37	1.89
76117276--76117541	40	6.7	40	90	3	342	26	27	21	24	1.99
76117243--76117541	120	2.5	119	84	5	381	26	26	21	25	1.99
76122414--76122508	47	2.0	47	97	0	181	37	27	20	14	1.91
76124126--76124157	16	2.0	16	93	0	55	34	43	9	12	1.75
76125567--76125600	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
76126411--76126519	40	2.7	40	97	0	200	23	23	22	30	1.99
76126411--76126535	40	3.1	40	91	2	198	24	22	21	31	1.98
76132306--76132619	46	6.7	45	73	14	174	24	28	17	28	1.97
76132451--76132664	46	4.6	46	77	9	195	23	29	19	27	1.98
76132497--76132667	94	1.8	92	83	7	229	23	29	20	26	1.99
76151208--76151392	40	4.7	40	83	4	214	25	22	27	24	2.00
76151208--76151392	79	2.3	81	84	5	234	25	22	27	24	2.00
76151209--76151415	79	2.6	78	81	8	204	26	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76151255--76151425	79	2.2	79	82	8	206	28	20	26	24	1.99
76154839--76154931	44	2.2	42	84	7	116	25	17	26	30	1.97
76156561--76156590	15	1.9	16	93	6	53	36	13	0	50	1.42
76157590--76157838	64	3.9	64	83	5	299	24	29	16	29	1.97
76157590--76157907	132	2.4	128	79	8	329	24	28	16	29	1.97
76163805--76163938	40	3.3	40	80	1	151	27	17	21	33	1.96
76167645--76167867	27	8.3	27	86	0	293	36	20	20	22	1.95
76167618--76167867	81	3.1	81	75	7	222	35	20	19	24	1.96
76168274--76168369	25	3.6	25	80	14	93	18	19	15	45	1.85
76168271--76168341	31	2.3	31	97	0	133	19	16	15	47	1.82
76168271--76168374	6	16.8	6	70	16	70	19	19	14	47	1.83
76169292--76169332	18	2.4	17	84	8	55	19	4	0	75	0.98
76171868--76172056	40	4.7	40	86	2	263	20	21	25	32	1.98
76179015--76179186	40	4.3	40	78	8	161	23	19	26	30	1.98
76182761--76182983	27	8.3	27	86	0	293	36	20	20	22	1.95
76182734--76182983	81	3.1	81	75	7	222	35	20	19	24	1.96
76183390--76183485	25	3.6	25	80	14	93	18	19	15	45	1.85
76183387--76183457	31	2.3	31	97	0	133	19	16	15	47	1.82
76183387--76183490	6	16.8	6	70	16	70	19	19	14	47	1.83
76184408--76184448	18	2.4	17	84	8	55	19	4	0	75	0.98
76186984--76187172	40	4.7	40	86	2	263	20	21	25	32	1.98
76190139--76190250	59	1.9	59	96	0	206	27	23	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76190217--76190399	79	2.3	80	83	7	212	25	27	22	24	2.00
76190192--76190399	40	5.2	40	81	8	230	25	27	22	25	2.00
76198906--76199084	85	2.1	85	100	0	358	26	26	8	39	1.84
76207283--76207514	116	2.0	116	100	0	464	29	22	15	32	1.95
76207503--76207612	41	2.7	41	82	9	136	27	26	21	24	1.99
76209490--76209693	40	5.1	40	88	3	252	22	22	28	27	1.99
76209490--76209693	80	2.5	80	88	3	286	22	22	28	27	1.99
76214521--76214638	45	2.7	46	78	6	145	27	17	27	27	1.98
76214935--76215105	38	4.5	38	84	5	211	20	19	26	33	1.97
76214944--76215100	76	2.1	76	90	0	242	21	20	24	33	1.97
76215098--76215257	45	3.6	45	84	5	200	22	23	28	26	1.99
76220842--76220917	34	2.3	35	79	9	95	28	21	22	27	1.99
76256623--76256666	18	2.4	18	88	0	61	45	13	15	25	1.83
76256711--76256798	38	2.3	38	96	0	158	28	39	11	20	1.87
76257018--76257308	27	10.9	27	88	1	374	41	18	13	25	1.87
76262102--76262232	66	2.0	66	96	0	244	23	16	12	46	1.82
76262452--76262486	13	2.7	13	86	0	52	5	17	0	77	0.96
76265064--76265147	25	3.4	25	81	6	91	27	21	21	29	1.98
76265198--76265283	20	4.3	20	91	2	129	29	18	10	41	1.84
76265198--76265272	11	7.4	11	67	17	54	28	18	10	42	1.83
76265198--76265290	9	9.4	10	68	17	52	30	18	9	41	1.82
76265932--76266214	27	10.4	27	80	3	165	36	9	22	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76265932--76266214	54	5.2	54	77	5	185	36	9	22	31	1.87
76266001--76266133	28	4.9	27	75	10	108	33	9	20	37	1.84
76265912--76266160	137	1.8	135	80	3	293	35	10	21	32	1.87
76266019--76266125	55	1.9	56	84	5	146	31	8	19	40	1.82
76269159--76269225	32	2.2	32	83	5	84	17	35	25	20	1.95
76274583--76274623	20	2.0	21	85	4	57	26	7	12	53	1.64
76279808--76280314	94	5.4	94	99	0	978	21	29	18	30	1.97
76280651--76280708	30	1.9	30	85	0	80	29	27	12	31	1.92
76285126--76285177	27	2.0	26	84	3	68	36	19	26	17	1.94
76312001--76312323	39	8.3	39	97	0	585	22	25	28	23	1.99
76325013--76325064	27	1.9	27	88	7	79	32	26	23	17	1.96
76334267--76334412	40	3.7	40	82	7	172	26	28	23	22	1.99
76346061--76346130	27	2.6	26	93	2	77	32	27	12	27	1.93
76346061--76346158	28	3.5	28	88	2	126	32	27	13	26	1.93
76346605--76346630	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
76350127--76350172	20	2.3	21	85	7	60	39	10	2	47	1.51
76361002--76361074	36	2.0	37	97	2	139	13	19	17	49	1.80
76372085--76372235	27	5.6	26	83	3	131	39	22	7	30	1.81
76372085--76372238	54	2.9	54	79	3	159	40	22	7	29	1.81
76372105--76372238	27	5.0	27	85	3	146	41	23	7	28	1.81
76372164--76372289	27	4.7	26	75	14	96	38	24	7	28	1.83
76372276--76372406	27	4.9	27	88	0	199	32	21	23	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76373119--76373178	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
76374997--76375095	52	1.9	52	95	0	180	24	23	27	25	2.00
76376699--76376875	27	6.5	27	78	3	167	27	15	27	29	1.96
76376700--76376855	82	1.9	81	84	3	206	26	16	28	28	1.97
76384223--76384312	27	3.3	27	85	0	117	28	16	26	27	1.97
76391033--76391161	47	2.8	44	80	12	136	22	30	19	27	1.98
76393766--76393826	28	2.2	28	91	5	97	19	14	39	26	1.90
76393963--76394162	100	2.0	100	99	0	391	33	8	20	38	1.82
76397003--76397227	40	5.7	40	81	9	237	25	22	26	25	2.00
76397056--76397260	80	2.6	79	82	9	204	26	20	26	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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