genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11529452--11529851	173	2.3	169	81	8	430	36	18	17	27	1.94
11529837--11529871	14	2.5	14	90	0	52	62	2	11	22	1.41
11529452--11529938	87	5.6	86	78	10	427	36	18	17	27	1.93
11529973--11530099	64	2.0	64	98	0	245	19	22	16	40	1.90
11536215--11536332	59	2.0	59	94	0	209	22	25	20	31	1.98
11537710--11537885	84	2.1	84	96	1	327	19	27	15	36	1.93
11539237--11539407	86	2.0	86	97	0	324	18	21	16	42	1.89
11541821--11541867	22	2.2	21	84	3	58	48	4	4	42	1.42
11542087--11542123	13	2.6	15	83	12	51	59	5	0	35	1.20
11542077--11542121	22	2.0	22	83	8	56	64	4	0	31	1.13
11546159--11546183	13	1.9	13	100	0	50	28	24	24	24	2.00
11546388--11546431	23	2.0	22	86	4	61	54	20	0	25	1.45
11557138--11557183	23	2.0	23	100	0	92	39	13	17	30	1.87
11562208--11562349	49	2.9	49	83	2	167	34	21	15	28	1.94
11562464--11562507	18	2.3	18	80	7	52	36	20	6	36	1.79
11565308--11565427	49	2.4	49	83	4	143	21	29	21	27	1.99
11565448--11565662	94	2.3	94	78	3	218	23	27	19	29	1.98
11567106--11567293	49	3.8	49	82	2	241	28	26	18	27	1.98
11567111--11567298	100	1.9	100	95	0	340	28	26	19	26	1.99
11576190--11576315	49	2.6	49	84	6	148	23	30	19	26	1.98
11576379--11577295	94	9.8	94	98	0	1746	22	26	20	30	1.98
11586612--11586688	28	2.8	28	79	0	82	32	9	27	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11599463--11599637	46	3.8	45	78	6	179	24	28	19	28	1.98
11601094--11601152	6	9.8	6	81	7	75	28	30	3	37	1.74
11604876--11604914	20	2.0	20	90	5	62	12	38	0	48	1.42
11608219--11608247	14	2.1	14	100	0	58	44	27	0	27	1.54
11608222--11608255	14	2.4	14	90	0	50	38	35	0	26	1.57
11612578--11612609	14	2.2	15	94	5	57	53	0	6	40	1.26
11612574--11612611	14	2.9	13	81	11	51	50	0	7	42	1.31
11613141--11613204	24	2.8	21	73	19	56	56	4	1	37	1.30
11618531--11618563	14	2.2	16	89	10	52	48	0	6	45	1.27
11619815--11619880	19	3.5	20	77	10	66	40	3	6	50	1.43
11619850--11619887	19	2.0	20	89	5	60	47	0	2	50	1.15
11620730--11620824	39	2.4	40	78	3	104	43	15	5	35	1.70
11621259--11621303	16	2.8	16	77	9	56	51	6	0	42	1.28
11621372--11621411	20	2.0	20	100	0	80	40	5	15	40	1.68
11623891--11624047	48	3.3	46	75	11	131	22	29	18	29	1.98
11625860--11625903	23	2.0	22	90	4	70	47	13	0	38	1.43
11658519--11658647	36	3.6	35	85	10	156	41	31	12	14	1.83
11665107--11665166	30	2.0	30	87	6	86	58	15	15	11	1.64
11665128--11665166	15	2.6	15	91	0	69	58	20	12	7	1.58
11671724--11671755	10	2.8	12	81	18	50	53	31	9	6	1.58
11683446--11684228	27	29.0	27	100	0	1566	62	3	11	22	1.43
11692700--11692806	32	3.5	32	65	19	91	49	1	11	37	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11692700--11692746	16	2.9	16	72	12	51	46	0	10	42	1.38
11692710--11692831	60	2.0	60	100	0	244	51	3	11	33	1.54
11709093--11709131	14	2.8	14	88	0	51	30	17	10	41	1.83
11712153--11712359	45	4.6	44	82	5	161	24	17	15	42	1.88
11712201--11712397	44	4.4	45	82	5	222	25	18	13	42	1.87
11712201--11712405	89	2.3	89	81	6	238	24	19	13	42	1.87
11712927--11712969	22	1.9	23	90	4	70	44	0	4	51	1.22
11728300--11728399	6	16.7	6	70	15	73	40	5	6	49	1.49
11728293--11728395	18	5.2	20	83	11	133	38	5	5	49	1.51
11728293--11728395	20	5.3	19	82	11	120	38	5	5	49	1.51
11728293--11728400	38	2.8	39	87	5	159	38	5	6	49	1.52
11728303--11728397	22	4.6	22	81	15	130	38	5	6	49	1.51
11731285--11731310	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
11732569--11732626	14	4.3	13	79	12	64	82	1	13	1	0.82
11732567--11732628	21	3.0	20	80	17	74	82	1	14	1	0.83
11742000--11742086	39	2.2	39	97	0	165	27	28	22	20	1.99
11758572--11758635	15	4.3	15	79	0	74	12	17	14	56	1.68
11765065--11765191	39	3.2	39	88	3	175	23	18	28	29	1.98
11767932--11768010	15	5.3	15	82	0	86	11	16	15	56	1.66
11767933--11768020	30	3.0	30	81	8	99	10	15	15	57	1.64
11767942--11768021	15	5.4	15	80	7	92	10	16	13	60	1.59
11776594--11776699	40	2.7	41	88	5	155	23	26	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11776594--11776737	40	3.7	40	81	6	152	23	25	27	23	2.00
11778711--11778746	7	5.3	7	90	3	56	2	27	38	30	1.71
11780181--11780224	23	1.9	23	81	9	54	47	22	2	27	1.63
11787053--11787361	27	11.6	27	80	6	308	40	21	9	29	1.84
11787373--11787515	27	5.3	27	87	0	196	30	22	7	39	1.82
11787475--11787633	27	5.9	27	77	1	95	40	21	6	31	1.78
11787385--11787543	81	2.0	81	82	2	194	30	22	8	38	1.83
11787078--11787633	54	10.3	54	77	5	205	38	21	8	32	1.83
11787170--11787557	81	4.8	81	72	8	193	36	22	7	33	1.83
11787535--11787637	27	3.8	26	82	3	100	42	22	6	28	1.79
11787618--11787945	27	12.3	27	89	2	448	32	19	22	25	1.97
11787564--11787927	81	4.5	79	85	3	383	34	20	19	25	1.96
11788372--11788436	22	3.0	22	82	8	78	20	24	23	32	1.98
11788595--11788668	27	2.8	27	89	2	105	17	24	21	36	1.95
11788828--11788905	6	12.8	6	76	12	70	19	16	16	47	1.83
11788816--11788887	12	5.8	12	76	11	56	19	18	16	45	1.85
11788813--11788885	31	2.4	31	95	0	128	17	17	16	47	1.82
11802787--11802844	30	1.9	31	92	3	100	29	24	3	43	1.70
11809656--11809753	41	2.4	41	84	3	135	33	27	20	18	1.96
11811621--11811673	26	2.0	26	100	0	106	43	15	3	37	1.64
11816706--11816763	22	2.5	24	86	5	75	34	0	18	46	1.50
11816752--11816827	32	2.3	33	86	4	100	32	5	18	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11821047--11821112	34	1.9	34	84	6	89	25	7	16	50	1.72
11821047--11821114	17	4.0	17	73	7	75	25	7	16	51	1.70
11821048--11821130	17	4.9	16	72	10	67	24	9	15	50	1.74
11821047--11821147	51	2.0	51	82	0	121	25	7	16	49	1.73
11825486--11825662	27	6.5	26	83	6	158	25	15	29	28	1.96
11825486--11825641	82	1.9	81	85	3	215	26	16	29	28	1.96
11825482--11825662	82	2.2	81	81	2	211	26	16	28	28	1.97
11825620--11825673	27	2.0	27	81	0	63	27	14	27	29	1.95
11828281--11828487	53	3.8	54	76	6	186	20	24	16	38	1.93
11833791--11834059	46	5.8	46	79	11	307	21	20	28	28	1.98
11833788--11834051	93	2.8	93	97	0	492	21	20	28	28	1.98
11836998--11837047	15	3.4	15	83	2	57	10	20	10	60	1.57
11852921--11852970	23	2.2	23	81	0	55	46	20	4	30	1.69
11853464--11853518	29	1.9	28	85	3	74	32	29	16	21	1.95
11854409--11854461	24	2.2	25	83	10	65	45	13	1	39	1.54
11857281--11857338	25	2.3	25	84	0	80	31	20	22	25	1.98
11861364--11861425	23	2.7	23	84	0	88	29	33	25	11	1.91
11863540--11863582	21	2.0	21	100	0	86	37	9	13	39	1.78
11872116--11872145	13	2.3	13	94	0	51	20	36	26	16	1.93
11880742--11880942	42	4.6	42	75	9	138	28	25	14	30	1.95
11887911--11887950	19	2.1	19	100	0	80	27	15	10	47	1.77
11888226--11888323	48	2.0	48	92	0	160	32	21	13	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11899272--11899310	12	3.2	12	81	0	51	20	41	7	30	1.80
11914387--11914479	28	3.2	28	66	19	82	40	7	11	39	1.70
11914365--11914484	59	2.0	59	100	0	240	42	6	11	39	1.68
11915714--11915820	31	3.5	31	69	7	101	38	7	15	38	1.76
11915722--11915854	61	2.2	60	90	1	203	42	6	13	37	1.69
11916681--11916736	26	2.2	26	93	0	94	30	7	23	39	1.81
11920146--11920200	25	2.3	25	75	6	60	20	5	21	52	1.66
11920306--11920375	36	1.9	36	88	5	106	41	8	8	41	1.66
11921564--11921619	25	2.2	25	84	6	69	60	25	12	1	1.42
11921573--11921627	20	2.8	20	78	10	58	61	25	10	1	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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