genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  25  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8191789--8191959	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
8202343--8202376	8	4.2	8	100	0	68	47	11	11	29	1.76
8203674--8203708	18	1.9	18	94	0	61	48	0	0	51	1.00
8203770--8203893	26	4.9	24	76	18	110	45	0	1	51	1.16
8210116--8210170	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
8210226--8210300	22	3.3	22	75	10	69	60	5	5	29	1.41
8210232--8210378	25	5.9	25	68	14	88	57	4	7	29	1.47
8210316--8210443	23	5.5	23	69	15	59	56	3	5	35	1.38
8210905--8211002	30	3.3	30	97	0	178	18	6	51	24	1.69
8210939--8210992	18	3.3	18	66	28	57	20	7	50	22	1.73
8211639--8211844	87	2.4	87	83	4	236	36	19	14	30	1.91
8211782--8211971	102	1.9	102	95	0	344	41	16	15	26	1.88
8211871--8212149	91	3.0	92	78	9	266	39	17	16	26	1.91
8212036--8212072	14	2.5	15	91	8	67	56	5	13	24	1.58
8211972--8213957	162	12.4	162	94	2	3213	34	19	17	28	1.95
8213544--8213957	146	2.8	147	86	4	571	31	19	16	31	1.94
8213539--8213968	221	2.0	220	93	0	734	32	19	16	30	1.94
8214183--8214227	13	3.4	13	84	6	63	68	4	11	15	1.34
8214026--8214300	100	2.8	100	87	3	383	37	19	18	24	1.94
8214218--8214377	73	2.2	74	90	3	252	34	21	17	26	1.95
8226639--8226677	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
8226792--8226871	30	2.9	26	84	13	115	13	7	52	26	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8231691--8231885	101	1.9	101	85	2	266	29	22	20	28	1.98
8233383--8233456	19	3.8	19	72	13	62	52	0	6	40	1.28
8236410--8236445	15	2.5	15	90	4	56	36	0	8	55	1.30
8236577--8236608	13	2.5	13	94	0	55	50	0	3	46	1.17
8236635--8236671	18	2.1	18	90	5	58	40	0	21	37	1.54
8253508--8253538	16	2.0	16	93	6	55	77	6	0	16	0.97
8253579--8253623	23	2.0	23	100	0	90	17	13	26	42	1.86
8254205--8254255	24	2.1	24	82	7	59	33	0	3	62	1.13
8255723--8255747	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8259973--8260007	16	2.3	15	90	5	52	22	5	0	71	1.07
8266202--8266233	17	1.9	16	93	6	55	34	0	3	62	1.11
8266411--8266442	3	10.7	3	93	0	55	3	0	28	68	1.04
8266408--8266439	15	2.1	15	100	0	64	6	0	25	68	1.12
8266451--8266492	12	3.5	12	90	6	59	33	7	0	59	1.25
8277846--8278093	44	5.7	44	71	10	136	32	16	20	30	1.95
8278369--8278500	44	3.0	44	78	5	140	33	17	18	30	1.94
8279829--8279886	8	8.3	7	78	14	50	24	1	3	70	1.12
8279820--8279851	17	1.9	16	93	6	55	34	0	3	62	1.11
8279866--8279896	14	2.2	14	100	0	62	12	0	0	87	0.55
8279858--8279896	8	5.1	8	84	12	55	15	0	0	84	0.62
8280112--8280780	35	18.3	36	71	12	371	36	15	20	27	1.92
8280188--8280724	73	7.3	73	81	2	547	36	14	21	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8281078--8281164	45	1.9	45	88	0	129	40	18	10	31	1.84
8284427--8284469	18	2.3	18	88	4	59	58	13	20	6	1.59
8293642--8293697	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
8293621--8293733	35	3.0	37	85	11	149	38	9	16	35	1.82
8293621--8293733	19	5.9	19	85	12	160	38	9	16	35	1.82
8293690--8293756	22	3.0	22	91	2	98	40	5	17	35	1.75
8298920--8298957	17	2.3	16	86	8	58	89	0	7	2	0.57
8298922--8298957	9	3.9	9	85	7	54	88	0	8	2	0.59
8298922--8298959	19	2.1	19	95	5	69	86	0	7	5	0.69
8299904--8300308	44	9.3	41	69	16	146	28	15	26	29	1.96
8300048--8300484	44	9.9	45	70	15	270	29	15	26	29	1.96
8299901--8300263	132	2.8	130	86	3	487	29	14	26	29	1.95
8300058--8300490	176	2.5	176	91	0	686	29	15	25	28	1.96
8300471--8300632	89	1.8	87	82	5	209	30	19	23	27	1.98
8300605--8300967	121	3.0	121	99	0	717	34	19	20	25	1.96
8300981--8301180	45	4.5	45	82	1	222	34	14	26	25	1.94
8300998--8301166	89	1.9	89	86	0	239	31	13	27	27	1.94
8301531--8301603	19	3.9	19	85	7	114	36	12	15	35	1.84
8301531--8301629	19	5.0	22	78	13	60	36	10	15	38	1.81
8304476--8304523	21	2.3	21	78	7	53	41	45	0	12	1.42
8304641--8305468	141	5.9	140	86	3	930	33	22	15	27	1.95
8305639--8305695	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8309282--8309339	29	2.0	29	83	6	73	36	6	13	43	1.71
8313059--8313189	47	2.8	48	78	3	140	25	19	15	38	1.91
8314318--8314398	29	2.8	29	83	1	101	33	14	12	39	1.84
8326919--8327036	30	4.1	30	71	19	90	39	0	6	53	1.28
8344918--8344983	34	2.1	31	83	13	82	37	4	13	43	1.65
8345080--8345123	22	1.9	24	86	9	65	43	2	13	40	1.57
8345334--8345374	21	2.0	21	95	0	73	41	21	7	29	1.80
8348184--8348305	46	2.7	45	94	3	217	29	16	31	22	1.96
8355839--8355965	46	2.7	47	91	3	213	29	15	31	23	1.96
8361599--8361676	33	2.4	32	80	6	84	33	16	24	25	1.96
8365616--8365656	19	2.1	19	86	4	55	51	7	0	41	1.30
8365693--8365737	19	2.3	19	92	3	72	31	2	0	66	1.04
8366815--8366848	17	2.1	15	89	10	50	47	0	0	52	1.00
8367828--8367869	20	2.1	20	86	8	59	57	2	11	28	1.47
8368784--8368845	26	2.3	27	89	10	92	64	0	0	35	0.94
8368792--8368829	15	2.4	16	82	13	51	68	0	0	31	0.90
8371757--8371822	27	2.4	27	80	5	80	42	10	22	24	1.85
8373277--8373311	15	2.3	15	100	0	70	34	31	8	25	1.86
8375203--8375432	64	3.6	64	78	6	198	24	23	18	33	1.97
8377693--8377731	6	6.5	6	96	0	69	17	0	46	35	1.49
8380492--8380550	28	2.1	28	100	0	118	38	6	27	27	1.81
8383818--8383949	40	3.4	38	76	7	131	25	18	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8386989--8387094	38	2.8	38	85	0	149	32	19	17	30	1.96
8388486--8388523	20	1.9	19	89	5	58	57	0	21	21	1.40
8401367--8401405	19	2.0	20	85	5	53	33	10	0	56	1.33
8402373--8402412	20	2.0	20	90	9	64	65	0	0	35	0.93
8402507--8402552	24	2.0	24	87	8	69	28	10	0	60	1.30
8403591--8403665	18	4.4	18	67	13	59	2	60	1	36	1.20
8403629--8403679	16	3.3	15	78	10	50	5	58	0	35	1.22
8403590--8403682	44	2.2	44	82	3	109	4	58	1	36	1.25
8403625--8403692	20	3.3	20	78	15	75	4	57	0	38	1.19
8407555--8407659	31	3.4	31	75	7	124	53	8	1	36	1.43
8407549--8407666	61	2.0	60	93	1	200	51	9	1	37	1.44
8409079--8409145	21	3.0	22	75	16	66	17	10	19	52	1.73
8412479--8412641	29	5.6	29	94	0	272	31	12	28	26	1.93
8419101--8419160	25	2.5	24	80	2	66	8	16	18	56	1.64
8420709--8420957	50	4.8	50	83	5	268	20	29	23	26	1.99
8420708--8420957	100	2.4	104	86	6	339	20	29	23	26	1.99
8421378--8421418	19	2.1	20	90	4	66	2	14	2	80	0.92
8421368--8421413	15	3.0	15	84	12	58	4	17	2	76	1.06
8421423--8421494	5	14.6	5	77	18	71	58	4	0	37	1.18
8421431--8421466	19	1.9	18	94	5	63	58	0	0	41	0.98
8421425--8421495	24	3.0	24	79	10	74	59	4	0	36	1.17
8426041--8426103	27	2.1	32	83	13	82	31	6	3	58	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8440945--8441046	21	4.9	21	79	0	105	33	18	12	35	1.89
8441200--8441237	17	2.2	17	90	0	58	28	18	13	39	1.88
8442402--8442467	27	2.4	27	80	5	71	25	9	36	28	1.87
8443143--8443198	3	18.7	3	78	7	51	26	1	39	32	1.67
8446454--8446516	31	2.0	31	84	6	83	31	9	14	44	1.77
8447720--8447880	18	8.9	18	87	5	229	36	14	11	37	1.82
8447720--8447872	35	4.3	35	94	2	261	35	14	11	37	1.83
8448267--8448717	206	2.2	206	95	0	803	29	22	17	31	1.96
8448548--8448876	166	2.0	165	87	0	469	26	21	18	32	1.97
8448713--8449148	207	2.1	207	93	0	746	28	22	18	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279