genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5134275--5134489	108	2.0	107	88	0	313	25	13	29	30	1.94
5133768--5134817	44	23.9	44	80	7	734	29	14	29	26	1.95
5133768--5134810	88	11.9	88	80	6	872	28	14	29	26	1.95
5137762--5138064	130	2.3	131	85	5	391	27	19	18	34	1.95
5137731--5138195	130	3.5	131	79	7	338	29	18	18	33	1.95
5137766--5138255	132	3.7	133	77	9	434	27	20	18	34	1.95
5140877--5140919	22	2.0	22	86	9	61	23	20	30	25	1.99
5154795--5155231	217	2.0	217	96	0	802	35	14	20	29	1.92
5161049--5161081	15	2.1	16	94	5	59	69	0	0	30	0.88
5167839--5167892	27	2.0	27	100	0	108	22	11	11	55	1.66
5169111--5169177	18	3.9	18	78	11	77	37	11	10	40	1.77
5169601--5169912	72	4.3	71	81	5	358	25	7	14	52	1.67
5170497--5170529	16	2.2	15	89	10	50	27	0	0	72	0.85
5178424--5178490	18	3.9	18	78	11	77	37	11	10	40	1.77
5178914--5179225	72	4.3	71	81	5	358	25	7	14	52	1.67
5179810--5179842	16	2.2	15	89	10	50	27	0	0	72	0.85
5180655--5180813	27	5.9	26	84	7	194	34	22	25	17	1.96
5180673--5180813	54	2.6	54	92	2	230	34	24	24	16	1.95
5181762--5181869	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
5182912--5182968	24	2.6	21	75	21	55	52	1	1	43	1.21
5183148--5183200	13	4.1	13	77	0	61	35	32	7	24	1.84
5183148--5183200	26	2.0	26	88	0	79	35	32	7	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5200007--5200075	27	2.6	27	90	0	111	11	5	34	47	1.64
5201378--5201510	50	2.7	50	80	10	157	27	19	28	24	1.99
5201646--5202185	270	2.0	270	100	0	1080	27	14	20	37	1.92
5207291--5207344	7	7.6	7	95	4	99	46	38	0	14	1.45
5207291--5207344	22	2.5	21	94	5	99	46	38	0	14	1.45
5207857--5207926	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
5207857--5207951	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
5211310--5211353	22	2.0	22	81	0	52	15	31	13	38	1.87
5216810--5216851	18	2.3	18	100	0	84	33	4	19	42	1.72
5217990--5218404	47	8.7	47	95	1	704	32	7	30	29	1.85
5220135--5220204	35	2.0	35	97	0	131	18	31	30	20	1.96
5227324--5227446	46	2.6	48	88	2	178	28	19	30	21	1.98
5227464--5227595	49	2.7	48	84	2	183	29	20	27	22	1.99
5233533--5233582	25	2.0	25	88	0	73	26	20	18	36	1.95
5245394--5245559	35	4.7	35	81	3	147	44	15	14	25	1.84
5245394--5245559	70	2.4	70	77	2	163	44	15	14	25	1.84
5245981--5246012	16	2.0	16	100	0	64	31	0	25	43	1.55
5262443--5262553	27	4.1	26	86	5	114	35	20	23	20	1.96
5262463--5262552	28	3.3	28	89	4	130	34	22	23	20	1.97
5262653--5262718	26	2.5	26	82	9	89	28	10	24	36	1.89
5263637--5263669	17	2.0	16	94	5	57	63	0	30	6	1.18
5269687--5269726	20	2.0	20	100	0	80	25	25	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5270354--5270468	27	4.3	26	87	5	104	35	20	22	20	1.96
5270393--5270467	28	2.7	28	91	2	116	34	20	22	22	1.96
5270354--5270468	54	2.1	53	82	3	131	35	20	22	20	1.96
5271554--5271586	17	2.0	16	94	5	57	63	0	30	6	1.18
5273982--5274024	21	2.0	21	86	0	59	27	39	4	27	1.76
5273990--5274035	18	2.6	18	83	13	67	23	34	6	34	1.81
5293516--5293711	48	4.1	48	73	12	152	28	26	18	27	1.98
5296624--5296719	28	3.4	28	91	1	138	28	12	26	33	1.92
5301249--5301294	24	1.9	24	86	8	67	73	2	17	6	1.14
5307088--5307129	18	2.3	18	100	0	84	33	4	19	42	1.72
5308268--5308678	47	8.7	47	97	0	750	32	8	30	29	1.86
5308797--5308875	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
5315317--5315440	66	1.9	66	89	0	194	28	20	23	27	1.99
5324297--5324360	25	2.5	26	94	5	121	34	10	15	39	1.83
5326605--5326700	36	2.7	35	82	6	122	23	17	16	41	1.89
5328041--5328093	21	2.5	22	84	6	72	18	30	20	30	1.97
5328057--5328128	22	3.3	22	74	1	56	19	29	16	34	1.94
5331821--5331998	88	2.0	89	93	1	304	29	17	23	30	1.97
5334708--5334755	19	2.6	19	83	3	62	33	2	14	50	1.55
5334769--5334861	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
5339098--5339145	19	2.6	19	83	3	62	33	2	16	47	1.58
5339159--5339251	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5342681--5342808	28	4.5	28	85	2	157	34	24	12	28	1.92
5342681--5342808	29	4.5	29	83	4	145	34	24	12	28	1.92
5342680--5342808	57	2.3	57	84	2	170	34	24	12	28	1.92
5346426--5346489	23	2.8	23	83	4	76	20	26	20	32	1.97
5348920--5349075	48	3.2	48	87	0	213	23	18	30	28	1.98
5349056--5349091	17	2.1	17	89	0	54	22	19	25	33	1.97
5349008--5349133	65	1.9	65	91	0	207	24	19	27	27	1.99
5349103--5349221	43	2.8	42	75	8	114	28	20	26	25	1.99
5356986--5357034	20	2.5	20	77	9	55	20	26	0	53	1.46
5358906--5358959	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
5359213--5359437	49	4.5	50	78	6	242	26	18	24	30	1.98
5361394--5361428	18	1.9	18	88	0	52	14	11	8	65	1.46
5362727--5362756	15	2.0	15	93	0	51	40	30	13	16	1.87
5369322--5369378	27	2.1	27	84	12	73	40	28	0	31	1.57
5370066--5370118	16	3.3	15	74	10	52	33	7	24	33	1.84
5371385--5371486	42	2.4	43	80	9	120	27	20	19	32	1.97
5371802--5371840	8	4.8	8	84	6	51	35	25	0	38	1.56
5382041--5382109	34	2.0	33	83	13	86	56	2	24	15	1.53
5389534--5389739	40	5.2	40	93	0	333	27	26	22	23	2.00
5397650--5397895	40	6.2	40	93	0	395	27	25	22	24	2.00
5400085--5400304	110	2.0	110	90	0	350	38	10	23	27	1.88
5402083--5402124	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5402724--5402795	36	2.0	36	100	0	144	27	8	5	58	1.50
5406513--5406537	6	4.2	6	100	0	50	16	0	68	16	1.22
5408934--5408958	6	4.2	6	100	0	50	48	16	0	36	1.46
5411897--5411923	12	2.2	12	100	0	54	40	25	7	25	1.82
5415012--5415178	47	3.6	47	90	0	244	28	31	8	32	1.87
5428319--5428356	17	2.2	17	100	0	76	63	10	5	21	1.46
5435387--5435419	13	2.5	13	95	0	57	24	48	21	6	1.72
5435510--5435548	20	1.9	20	89	5	60	7	25	15	51	1.70
5435899--5435993	44	2.2	44	88	3	138	14	34	20	30	1.92
5435987--5436030	16	2.8	16	78	0	52	22	25	22	29	1.99
5438974--5439089	39	3.0	39	96	0	205	21	20	30	27	1.98
5438974--5439126	39	3.9	39	89	1	155	20	21	30	26	1.98
5438974--5439117	78	1.8	78	83	2	191	21	21	29	27	1.99
5438974--5439137	78	2.1	78	82	5	190	21	21	29	27	1.98
5445595--5445751	39	4.0	39	86	3	192	21	19	29	29	1.97
5449456--5449697	92	2.6	92	95	3	425	41	4	6	47	1.49
5449652--5449697	22	2.0	24	84	16	62	39	6	0	54	1.26
5462966--5463043	31	2.5	31	93	0	129	20	15	11	52	1.73
5472019--5472079	3	20.7	3	89	3	97	0	27	0	72	0.85
5472362--5472410	25	2.0	25	100	0	98	51	24	0	24	1.49
5475744--5475831	39	2.3	38	82	2	104	59	2	5	32	1.34
5476325--5476384	23	2.6	24	79	12	72	48	1	1	48	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5476892--5476931	18	2.2	19	86	4	55	65	0	10	25	1.24
5487312--5487393	42	2.0	42	85	0	110	35	23	13	28	1.92
5490592--5490673	42	2.0	42	85	0	110	35	23	13	28	1.92
5501135--5501396	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
5509110--5509816	205	3.4	203	89	2	1063	29	17	22	30	1.96
5509899--5510020	44	2.8	44	77	6	113	29	18	25	27	1.98
5511801--5511848	25	1.9	25	87	8	71	37	6	0	56	1.25
5517124--5517164	22	1.9	22	90	5	66	19	29	41	9	1.83
5520018--5520048	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
5520642--5520746	43	2.5	40	78	7	93	26	16	25	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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