genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20044058--20044167	55	2.0	55	100	0	220	38	21	16	23	1.93
20048293--20048359	28	2.4	28	78	12	73	29	26	13	29	1.94
20050584--20050611	13	2.2	13	100	0	56	32	35	25	7	1.83
20052418--20052498	24	3.2	25	86	8	94	27	22	16	34	1.95
20053324--20053367	19	2.2	20	80	4	54	77	9	2	11	1.08
20053422--20053466	23	2.0	23	90	0	72	62	0	4	33	1.15
20055355--20055391	19	1.9	19	88	0	56	40	13	10	35	1.80
20065314--20065795	241	2.0	241	82	4	596	35	11	18	34	1.86
20066861--20066946	43	2.0	43	90	0	136	23	18	31	26	1.97
20071365--20071549	79	2.3	81	82	7	218	24	22	27	25	2.00
20071366--20071549	40	4.6	40	80	9	198	25	22	27	25	2.00
20071418--20071572	79	2.0	79	83	7	199	26	21	27	25	1.99
20073998--20074034	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
20074591--20074766	46	3.8	46	77	15	200	20	18	29	31	1.97
20074588--20074757	93	1.8	93	93	0	295	20	18	30	30	1.97
20084102--20084271	46	3.7	46	74	15	145	25	18	30	25	1.98
20087721--20087885	56	2.9	57	80	3	163	46	6	20	27	1.73
20089510--20089681	43	4.0	43	84	6	224	23	29	19	27	1.98
20093423--20093486	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
20093671--20093801	48	2.6	49	83	11	169	27	22	19	30	1.98
20093671--20093799	25	5.2	25	88	8	167	27	23	19	30	1.98
20093850--20093916	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20093850--20093905	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
20099077--20099102	13	2.0	13	100	0	52	23	15	7	53	1.67
20105526--20105621	41	2.3	41	83	3	122	39	23	16	19	1.92
20105628--20105772	41	3.5	41	83	0	173	38	24	19	17	1.92
20105692--20105785	41	2.3	41	84	0	107	38	26	21	13	1.91
20106801--20106841	13	3.4	13	80	19	61	51	14	0	34	1.43
20107283--20107492	41	5.1	41	79	5	102	35	14	26	23	1.93
20107307--20107492	82	2.3	82	85	1	257	34	14	28	22	1.93
20109471--20109531	32	1.9	32	83	12	81	36	8	14	40	1.76
20110377--20110410	17	1.9	18	94	5	61	14	38	29	17	1.90
20116582--20116716	54	2.5	54	98	0	261	28	22	23	25	2.00
20120481--20120709	96	2.4	96	86	2	300	27	28	18	25	1.98
20120399--20120732	48	7.0	48	74	9	247	27	27	18	26	1.98
20133628--20133707	40	2.0	39	87	2	115	32	32	16	18	1.93
20143086--20143144	9	6.6	9	86	0	82	45	18	8	27	1.78
20143164--20143216	6	8.5	6	87	8	79	16	0	3	79	0.88
20143175--20143213	20	2.0	20	94	0	69	20	0	5	74	1.01
20144776--20144816	13	3.1	14	75	10	50	19	19	17	43	1.88
20146384--20146766	191	2.0	191	97	0	730	29	13	18	38	1.89
20154867--20154967	50	2.0	50	100	0	202	36	11	29	21	1.90
20155000--20155240	46	5.2	46	100	0	482	21	22	27	28	1.99
20157481--20157591	37	3.0	37	95	0	195	27	31	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20157739--20157880	50	2.9	51	81	12	188	32	25	5	36	1.79
20157845--20158038	47	4.1	47	89	0	280	27	29	10	32	1.90
20157938--20158009	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
20178167--20178208	18	2.3	19	80	8	52	21	4	16	57	1.58
20184984--20185273	101	2.9	101	95	1	528	41	15	7	35	1.76
20190490--20190540	20	2.7	19	72	19	52	31	9	17	41	1.82
20215693--20215744	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
20215785--20215844	27	2.3	26	88	2	84	21	21	20	36	1.95
20217857--20218261	27	15.0	27	91	0	612	34	19	20	24	1.96
20218649--20218713	22	3.0	22	77	8	69	20	26	21	32	1.97
20218872--20218972	27	3.8	27	86	3	134	20	22	20	35	1.96
20218872--20219006	27	5.0	26	82	4	126	21	21	20	37	1.95
20218887--20219006	54	2.2	54	85	5	154	22	20	19	37	1.94
20219155--20219214	25	2.4	25	88	2	86	21	21	10	46	1.80
20222649--20222692	21	2.1	21	83	8	54	59	0	11	29	1.32
20223460--20223571	41	2.7	41	80	4	145	16	23	21	38	1.93
20245541--20245721	40	4.6	40	84	4	224	28	21	25	24	1.99
20245541--20245721	79	2.3	80	84	3	224	28	21	25	24	1.99
20249433--20249547	60	1.9	60	100	0	230	43	13	30	13	1.81
20249764--20249888	40	3.2	40	82	6	173	25	23	25	25	2.00
20259855--20259909	27	2.0	27	100	0	110	30	25	7	36	1.83
20269658--20269777	29	4.2	29	91	1	188	29	31	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20275979--20276045	28	2.3	29	87	2	100	31	31	11	25	1.92
20276255--20276302	16	3.0	16	75	0	51	10	25	18	45	1.81
20279574--20279616	20	2.2	20	82	0	50	37	16	2	44	1.60
20281115--20281190	38	2.0	38	94	0	134	39	17	11	31	1.85
20284084--20284892	112	7.2	112	100	0	1618	41	12	8	38	1.72
20286253--20286332	41	2.0	40	95	2	142	35	20	23	21	1.96
20295521--20295553	17	1.9	17	93	0	57	45	12	0	42	1.41
20296269--20296295	6	4.5	6	100	0	54	29	0	0	70	0.88
20300955--20301083	40	3.2	40	85	2	170	15	25	20	38	1.92
20300955--20301056	20	5.1	20	72	11	84	14	24	20	40	1.90
20301851--20301904	20	2.7	20	94	0	90	46	0	31	22	1.52
20304416--20304519	42	2.5	42	85	3	129	40	19	10	29	1.85
20304510--20304817	153	2.0	153	86	3	433	45	15	7	32	1.73
20308734--20308870	18	7.3	18	75	14	116	35	1	17	45	1.57
20308771--20308870	9	11.6	9	78	14	104	34	0	19	47	1.50
20308739--20308870	59	2.2	62	89	8	200	34	0	18	46	1.55
20310657--20310822	63	2.6	63	100	0	332	36	16	9	37	1.82
20311420--20311489	27	2.6	27	88	4	97	21	18	42	17	1.89
20312208--20312327	41	2.9	41	87	2	170	20	25	15	38	1.92
20319361--20319425	28	2.3	28	86	0	94	40	7	21	30	1.81
20319498--20319788	39	7.5	39	91	0	458	18	21	29	30	1.97
20325588--20325717	47	2.8	47	86	2	172	25	16	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20329930--20330114	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
20329911--20330114	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
20334300--20335246	47	20.1	47	98	0	1768	31	8	30	29	1.87
20335365--20335443	38	2.1	37	86	6	106	25	17	30	26	1.97
20337738--20337797	30	2.0	30	100	0	120	40	30	0	30	1.57
20346002--20346207	40	5.2	40	94	1	344	22	21	27	28	1.99
20349190--20349221	17	1.9	16	93	6	55	40	12	15	31	1.85
20353957--20354031	21	3.5	22	83	10	93	38	26	22	12	1.89
20353957--20354043	21	4.0	23	80	10	92	37	25	22	13	1.91
20353957--20354044	44	2.0	42	82	8	106	37	25	22	14	1.92
20354212--20354261	5	10.0	5	100	0	100	60	0	0	40	0.97
20354284--20354312	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
20357172--20357239	34	2.0	34	100	0	136	29	14	17	38	1.90
20359820--20359895	37	2.1	37	89	0	116	26	32	18	22	1.97
20360016--20360278	47	5.6	47	90	1	400	29	30	7	32	1.86
20360016--20360278	96	2.8	96	91	2	408	29	30	7	32	1.86
20360016--20360278	143	1.9	141	89	1	409	29	30	7	32	1.86
20364000--20364103	40	2.6	40	85	0	127	25	30	21	22	1.98
20364105--20364277	40	4.3	41	83	5	187	24	27	19	28	1.99
20364079--20364277	80	2.5	79	80	9	215	24	27	19	28	1.99
20364623--20364727	43	2.4	43	96	0	192	26	34	14	24	1.94
20382274--20382324	21	2.4	21	76	0	57	41	13	0	45	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20382452--20382511	26	2.3	26	97	0	111	40	13	5	41	1.66
20384423--20384532	54	2.0	54	94	0	193	34	21	13	30	1.92
20384698--20384738	10	4.2	10	79	17	50	43	14	0	41	1.45
20384702--20384742	19	2.2	18	91	4	64	43	9	0	46	1.36
20390200--20390251	20	2.7	19	73	5	52	65	0	3	30	1.10
20390635--20390659	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
20390948--20391078	39	3.4	36	75	16	104	35	1	1	61	1.14
20390977--20391059	19	4.4	19	76	14	66	34	1	0	63	1.02
20390933--20391077	20	7.5	19	75	12	91	33	1	2	62	1.15
20391755--20391795	19	2.2	20	87	12	61	17	2	14	65	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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