genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5897835--5898210	27	14.0	27	87	0	430	26	14	19	39	1.90
5901505--5901806	27	11.2	27	89	2	405	24	13	22	39	1.90
5901501--5901806	81	3.8	81	88	2	447	24	13	22	39	1.90
5905554--5905617	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
5905825--5905955	48	2.7	47	87	9	190	26	22	20	29	1.99
5905837--5905955	25	4.9	24	92	4	186	27	22	21	28	1.99
5906001--5906071	20	3.5	20	88	0	97	35	21	9	33	1.86
5906108--5906155	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
5907411--5907648	27	8.7	27	76	4	174	33	7	18	39	1.80
5907409--5907648	54	4.4	54	77	6	196	33	8	18	39	1.81
5907640--5907851	27	7.9	27	86	5	268	40	8	22	27	1.84
5907612--5907905	81	3.6	81	76	4	256	38	8	21	30	1.84
5907857--5907946	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
5907840--5907946	54	2.0	54	81	7	128	32	10	18	38	1.85
5907857--5907961	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
5910711--5910754	22	2.0	22	90	0	70	47	20	9	22	1.78
5915531--5915667	46	2.9	47	73	14	131	30	18	27	24	1.98
5915716--5915894	49	3.7	46	81	10	180	26	19	28	25	1.99
5915528--5915894	47	7.7	47	71	15	199	29	18	26	25	1.98
5919524--5919615	42	2.2	42	88	0	139	34	20	14	30	1.92
5920727--5920825	27	3.6	27	74	8	90	36	11	14	38	1.81
5920919--5921010	27	3.4	27	86	5	132	39	7	25	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5920919--5921035	54	2.2	54	82	3	137	36	7	24	30	1.84
5923353--5923444	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
5924439--5924539	27	3.7	26	72	12	78	23	20	17	37	1.94
5924556--5924642	27	3.1	27	72	8	84	37	11	13	36	1.81
5924631--5924716	27	3.2	25	77	9	82	27	6	19	45	1.76
5924748--5924839	27	3.4	27	83	5	123	39	8	23	28	1.84
5925655--5925847	95	2.0	95	100	0	386	27	25	11	34	1.91
5925863--5926023	80	2.0	80	100	0	322	35	26	7	31	1.84
5928275--5928320	16	2.9	16	90	0	65	50	21	21	6	1.71
5928431--5928471	19	2.3	19	87	8	59	26	17	39	17	1.91
5928541--5928647	28	3.8	28	81	6	119	30	12	28	28	1.93
5928541--5928647	56	1.9	56	86	7	155	30	12	28	28	1.93
5930161--5930334	88	2.0	86	89	2	267	28	18	9	43	1.80
5930729--5930912	67	2.8	64	81	7	210	23	31	16	28	1.96
5930690--5931257	283	2.0	284	95	0	1021	24	28	17	29	1.97
5931893--5932075	92	2.0	92	91	2	296	36	19	5	39	1.75
5932022--5932082	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
5932711--5932887	89	2.0	89	98	0	345	33	22	7	36	1.83
5960552--5960612	30	2.0	30	84	6	79	29	24	8	37	1.84
5964246--5964284	8	4.9	8	87	0	51	41	20	25	12	1.88
5964242--5964284	16	2.7	16	85	0	59	46	18	23	11	1.82
5964506--5964619	28	4.1	28	77	6	106	29	12	25	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5976274--5976340	27	2.5	27	90	2	109	23	25	16	34	1.95
6008455--6008548	23	3.9	23	84	13	125	17	4	34	44	1.68
6008428--6008534	28	4.0	28	83	9	134	19	3	30	45	1.68
6008486--6008548	23	2.7	23	100	0	126	15	4	34	44	1.68
6008739--6008783	22	2.0	23	91	4	74	20	17	20	42	1.90
6009852--6009978	46	2.8	46	93	0	218	23	32	9	34	1.87
6010005--6010080	22	3.3	22	67	25	59	27	28	9	34	1.88
6010002--6010148	47	3.1	46	94	3	249	26	27	10	36	1.89
6010027--6010105	25	3.3	25	70	22	87	30	26	8	34	1.87
6013918--6014119	27	7.6	27	85	5	144	41	20	9	28	1.84
6013918--6014111	53	3.6	51	80	8	183	40	20	9	28	1.84
6013918--6014119	54	3.8	53	82	3	226	41	20	9	28	1.84
6013970--6014119	81	1.9	81	90	1	221	41	18	10	30	1.83
6014131--6014326	27	7.3	27	87	0	293	30	22	7	39	1.82
6014129--6014326	54	3.7	54	94	0	342	30	22	7	39	1.82
6014144--6014418	27	10.2	27	82	0	102	34	22	7	35	1.83
6014131--6014356	81	2.8	80	79	6	258	31	21	7	38	1.82
6014288--6014418	54	2.4	54	81	0	136	40	22	6	30	1.80
6014347--6014445	27	3.7	27	84	2	110	43	23	7	26	1.79
6014430--6014679	27	9.3	27	91	0	347	32	19	22	26	1.97
6015027--6015085	22	2.7	22	81	5	66	20	25	22	32	1.98
6015210--6015262	27	2.0	26	88	3	79	18	22	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6022014--6022156	6	23.3	6	72	14	105	18	16	14	50	1.78
6022017--6022124	19	5.8	19	78	12	107	17	17	15	49	1.81
6022014--6022135	37	3.3	37	85	0	172	18	17	14	50	1.79
6024974--6025067	27	3.4	28	89	2	127	26	12	27	32	1.93
6024999--6025082	27	3.0	27	87	5	96	30	11	23	33	1.91
6025716--6025774	30	2.0	30	90	3	93	18	8	32	40	1.81
6027635--6027665	16	1.9	16	100	0	62	54	19	0	25	1.44
6027792--6027830	21	1.9	20	94	5	69	46	23	0	30	1.53
6031668--6031710	20	2.1	21	83	12	54	51	18	2	27	1.59
6034888--6034947	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
6042427--6042486	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
6043234--6043313	42	1.9	42	94	0	142	25	22	15	37	1.93
6043538--6043587	24	2.1	24	84	0	64	40	18	26	16	1.90
6048144--6049054	46	19.8	46	99	0	1786	30	28	19	21	1.98
6049820--6049879	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
6049935--6050067	48	2.8	48	100	0	266	28	25	6	39	1.79
6050161--6050252	45	2.0	45	93	0	157	29	18	13	39	1.88
6050259--6050457	101	2.0	100	88	4	294	38	18	19	24	1.93
6056438--6056702	45	6.0	45	91	2	394	27	27	21	23	1.99
6058675--6058735	30	2.0	30	83	3	77	34	24	4	36	1.77
6061963--6062044	42	2.0	42	100	0	164	25	25	21	26	2.00
6064174--6064211	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6064440--6064610	93	1.8	93	91	2	281	29	28	20	21	1.98
6064435--6064607	46	3.7	46	79	10	192	30	27	20	21	1.98
6065035--6065094	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
6067133--6067258	46	2.7	46	92	2	200	21	20	26	30	1.98
6069650--6069719	35	2.0	34	94	2	122	32	18	22	24	1.96
6074702--6075430	93	7.8	93	98	0	1397	23	17	29	30	1.97
6077514--6077643	25	5.2	25	88	1	199	47	10	12	30	1.73
6077499--6077643	49	2.9	49	86	4	202	47	9	14	28	1.75
6084846--6085018	27	6.4	27	87	2	231	28	24	7	38	1.83
6084846--6085018	81	2.1	81	90	2	267	28	24	7	38	1.83
6085017--6085197	27	6.7	27	74	4	141	42	18	8	30	1.80
6085058--6085266	54	3.8	54	74	5	170	40	18	9	32	1.82
6085047--6085283	110	2.2	108	77	4	235	40	19	8	31	1.82
6085304--6085377	27	2.7	27	76	12	71	39	20	18	21	1.93
6085317--6085381	27	2.4	27	82	5	78	36	20	23	20	1.95
6087629--6087806	27	6.6	26	81	6	169	26	16	28	28	1.97
6087630--6087785	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
6087626--6087806	82	2.2	81	81	2	211	27	16	27	28	1.97
6095743--6095920	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
6095744--6095899	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
6095740--6095920	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
6103866--6104043	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6103867--6104022	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
6103863--6104043	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
6109044--6109085	12	3.6	12	87	12	61	73	7	4	14	1.21
6110000--6110056	11	5.5	10	73	22	55	77	1	17	3	1.00
6109989--6110056	21	3.2	20	80	12	66	76	2	17	2	1.04
6110000--6110056	5	11.0	5	77	17	55	77	1	17	3	1.00
6110000--6110056	16	3.7	14	80	17	60	77	1	17	3	1.00
6110090--6110120	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
6110123--6110147	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
6110117--6110172	18	3.1	18	79	5	60	69	1	19	8	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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