genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87378524--87378604	32	2.5	32	84	4	101	28	3	16	51	1.61
87380003--87380040	19	2.0	19	94	0	67	47	13	10	28	1.76
87380032--87380064	14	2.3	15	94	5	59	45	18	3	33	1.65
87382298--87382328	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
87382295--87382334	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
87390285--87390487	55	3.8	53	79	6	203	24	24	17	33	1.96
87390285--87390485	108	1.8	110	86	4	291	24	24	17	33	1.96
87394570--87394679	42	2.6	42	80	4	116	44	17	19	19	1.87
87394570--87394621	21	2.5	21	83	0	77	48	21	17	13	1.81
87400724--87400787	20	3.3	19	76	10	58	20	3	7	68	1.28
87403391--87403534	50	2.9	49	78	7	139	27	13	25	33	1.94
87403396--87403534	47	2.9	49	79	5	165	27	14	25	33	1.94
87403745--87403795	24	2.2	24	89	3	77	23	37	13	25	1.92
87406716--87406813	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
87406744--87406826	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
87406716--87406827	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
87413358--87413479	46	2.7	46	81	12	144	31	18	25	25	1.97
87417395--87417497	28	3.7	28	86	0	143	28	33	13	25	1.94
87417713--87417746	16	2.1	16	88	0	50	11	23	23	41	1.87
87425917--87425967	24	2.1	23	80	16	59	39	3	1	54	1.30
87427608--87427785	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
87427629--87427784	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87442759--87442806	20	2.4	20	96	0	87	35	14	18	31	1.91
87442855--87442983	24	5.4	24	91	3	215	31	22	21	24	1.99
87443109--87443281	46	3.7	46	76	4	177	21	19	28	30	1.98
87443102--87443273	93	1.8	93	88	0	263	21	20	28	29	1.98
87446238--87446287	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
87449591--87449673	22	3.8	22	91	0	130	13	31	30	25	1.93
87451884--87451921	19	2.0	20	89	5	60	44	13	2	39	1.57
87453261--87453427	46	3.6	46	82	10	180	28	19	28	23	1.98
87455133--87455291	43	3.7	43	76	9	144	32	25	13	28	1.93
87457960--87458082	48	2.6	48	83	5	158	34	12	16	37	1.86
87462263--87462305	20	2.3	19	84	8	52	62	6	18	11	1.50
87466551--87466853	53	5.5	53	69	14	227	28	26	17	28	1.97
87466554--87466909	112	3.2	112	100	0	712	29	25	16	28	1.96
87475184--87475284	46	2.2	46	90	0	157	25	2	28	42	1.70
87476285--87476339	29	1.9	29	81	3	67	43	3	23	29	1.71
87478009--87478147	46	3.0	46	96	2	253	19	25	30	24	1.98
87479022--87479172	43	3.5	43	76	9	146	25	17	25	31	1.97
87479810--87481475	833	2.0	833	100	0	3332	34	15	20	30	1.93
87481629--87481796	24	7.0	24	91	2	257	26	20	22	30	1.98
87481846--87481912	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
87481846--87481901	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
87481949--87481996	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87489104--87489141	9	4.3	9	96	3	69	71	0	18	10	1.14
87489619--87489810	24	8.0	24	91	1	287	27	21	21	29	1.98
87489860--87489926	20	3.3	20	91	0	107	32	19	11	35	1.88
87489963--87490010	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
87490280--87490318	21	1.9	20	84	5	51	12	43	23	20	1.86
87493216--87493317	35	2.9	35	82	0	132	44	21	8	25	1.81
87498328--87498357	11	2.6	12	94	5	53	76	0	6	16	0.99
87504479--87504598	40	3.0	40	97	0	222	22	19	29	29	1.98
87516163--87516247	41	2.1	41	93	0	143	10	25	10	52	1.68
87516185--87516247	20	3.0	21	66	13	58	9	26	11	52	1.67
87525056--87525102	24	1.9	25	86	4	69	34	19	14	31	1.92
87525139--87525188	11	4.8	11	80	11	61	36	12	18	34	1.87
87525151--87525188	20	1.9	20	100	0	76	36	10	18	34	1.85
87530407--87530590	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
87530407--87530587	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
87546723--87547024	150	2.0	150	100	0	604	27	15	17	39	1.90
87547428--87547543	61	1.9	61	92	0	196	21	25	19	32	1.97
87548152--87548366	111	1.9	109	87	6	308	35	20	22	20	1.96
87548733--87548955	119	1.9	120	84	6	301	24	27	22	25	2.00
87548712--87548955	40	6.1	40	81	6	264	24	27	22	25	2.00
87551200--87551273	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
87551661--87551977	40	7.9	40	88	0	400	25	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87551585--87551962	80	4.7	80	85	1	438	25	21	27	25	1.99
87560910--87561055	40	3.7	40	82	5	179	26	26	22	24	2.00
87575099--87575464	42	8.7	42	81	3	387	31	22	18	26	1.97
87577606--87577728	50	2.4	51	86	5	178	34	14	23	26	1.94
87577710--87577858	31	4.8	31	88	0	217	26	17	28	27	1.98
87577883--87578047	47	3.7	46	83	6	160	29	15	26	29	1.96
87577977--87578090	42	2.7	42	90	2	167	30	14	26	28	1.95
87580199--87580670	147	3.2	147	80	10	487	43	10	4	42	1.57
87581032--87581056	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
87582494--87582547	27	2.0	27	92	0	90	25	14	22	37	1.93
87589434--87589466	16	2.1	16	94	0	57	36	3	36	24	1.71
87589678--87589900	120	1.9	121	96	0	412	49	5	1	43	1.37
87589795--87589841	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
87595162--87595212	26	2.0	26	92	0	84	31	13	0	54	1.39
87595169--87595225	26	2.2	26	83	0	69	31	8	1	57	1.39
87598367--87598603	90	2.6	90	86	5	304	29	16	20	32	1.95
87599420--87599453	18	1.9	17	88	5	50	5	35	2	55	1.39
87600882--87600920	18	2.2	18	86	9	53	53	12	5	28	1.60
87610913--87611078	38	4.3	38	81	4	163	31	25	21	21	1.98
87610913--87611078	78	2.1	78	81	6	185	31	25	21	21	1.98
87618885--87618942	29	2.0	29	82	3	71	56	1	0	41	1.09
87626701--87627046	184	1.9	185	94	0	613	31	24	6	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87630426--87630536	42	2.6	42	81	7	127	25	26	22	26	2.00
87630426--87630546	43	2.8	43	80	5	138	26	25	21	26	1.99
87631816--87631899	41	2.0	41	100	0	168	35	14	22	27	1.93
87634507--87634619	53	2.2	49	81	12	122	47	4	3	44	1.40
87641534--87641558	12	2.1	12	100	0	50	64	16	0	20	1.30
87648808--87648862	25	2.1	25	90	6	83	43	0	1	54	1.10
87648839--87648895	28	2.1	27	87	9	80	38	0	3	57	1.16
87648842--87648911	20	3.6	19	81	14	81	37	0	2	60	1.12
87649418--87649452	17	2.1	17	100	0	70	57	5	5	31	1.46
87651511--87651553	19	2.3	19	87	0	59	58	4	0	37	1.19
87651519--87651565	19	2.5	19	79	6	51	59	2	0	38	1.09
87651585--87651704	17	6.8	17	68	19	59	64	3	5	26	1.32
87653081--87653105	12	2.1	12	100	0	50	40	16	0	44	1.47
87656116--87656396	144	2.0	144	95	0	508	31	12	17	38	1.87
87659149--87659210	31	2.0	31	90	0	97	35	19	3	41	1.67
87665238--87665280	21	2.0	21	86	0	59	46	9	13	30	1.75
87666484--87666534	8	5.9	8	80	15	57	39	0	3	56	1.18
87666491--87666536	19	2.5	18	86	10	58	41	0	2	56	1.11
87667293--87667341	20	2.6	18	75	15	53	42	6	6	44	1.54
87673369--87673402	16	2.2	16	89	5	52	88	8	2	0	0.62
87674133--87674160	11	2.5	11	100	0	56	92	0	7	0	0.37
87678241--87678343	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87678484--87678956	48	9.9	48	98	0	892	30	29	6	32	1.83
87682164--87682243	38	2.1	38	90	0	124	20	21	28	30	1.98
87682215--87682403	43	4.4	43	87	1	265	13	22	33	30	1.92
87682720--87682846	45	2.9	43	79	12	118	25	22	27	25	2.00
87686569--87686603	17	2.1	17	100	0	70	5	22	31	40	1.78
87688182--87688223	7	6.3	7	83	10	61	73	14	0	11	1.09
87688332--87688387	23	2.4	24	75	3	60	69	7	7	16	1.33
87688982--87689055	28	2.7	28	89	2	105	32	0	28	39	1.57
87689283--87689572	125	2.3	124	86	2	413	37	13	18	30	1.89
87689668--87689738	25	2.9	25	87	2	99	52	2	23	21	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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