genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  114  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35984166--35984328	17	9.4	17	78	9	159	30	12	10	47	1.74
35984166--35984328	35	4.7	34	79	8	168	30	12	10	47	1.74
35984289--35984417	36	3.4	38	72	16	115	35	10	12	41	1.76
35986081--35986158	38	2.1	38	97	0	147	38	11	7	42	1.70
35987618--35987755	40	3.5	38	76	11	111	40	20	18	20	1.92
35987795--35987990	41	4.8	41	92	0	311	19	20	26	32	1.97
35988561--35988592	15	2.1	15	94	0	55	25	0	34	40	1.56
35989311--35989364	21	2.6	21	79	8	56	24	0	37	38	1.56
35989459--35989557	50	2.0	50	93	0	171	21	2	34	42	1.64
35991387--35991443	27	2.2	26	81	9	62	28	7	0	64	1.19
35991690--35991833	43	3.4	43	91	3	220	27	18	31	21	1.97
35991894--35991937	22	2.0	22	95	0	79	43	27	20	9	1.82
35996863--35996895	2	16.5	2	93	0	57	45	0	51	3	1.16
36002643--36002672	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
36014263--36014342	41	2.0	41	97	0	151	27	25	23	23	2.00
36026348--36026388	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
36035037--36035096	14	4.3	14	75	12	52	48	1	1	48	1.21
36035050--36035090	14	2.9	14	85	3	55	48	0	0	51	1.00
36040999--36041030	15	2.1	15	100	0	64	21	12	25	40	1.88
36053756--36053787	15	2.1	15	100	0	64	59	0	15	25	1.36
36065165--36065246	39	2.1	40	97	2	157	52	10	2	34	1.50
36065387--36065442	21	2.7	21	85	0	76	30	5	32	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36069225--36069255	16	1.9	16	93	0	53	64	12	0	22	1.27
36070002--36070028	7	3.9	7	100	0	54	40	0	14	44	1.46
36072302--36072491	38	4.9	38	82	2	218	20	20	25	33	1.97
36087051--36087124	26	3.0	26	83	13	104	16	25	24	33	1.95
36087051--36087141	47	1.9	47	95	0	164	14	25	26	34	1.94
36087043--36087150	21	4.8	21	75	13	99	13	24	26	35	1.93
36087030--36087160	21	5.9	21	78	11	82	16	22	24	36	1.94
36093093--36093139	2	23.5	2	95	0	85	2	0	46	51	1.13
36093288--36093345	15	3.8	15	93	2	98	32	0	13	53	1.40
36093728--36093788	21	2.8	23	83	14	85	13	22	27	36	1.92
36093725--36093798	21	3.4	21	79	3	76	13	20	25	40	1.89
36098629--36098691	31	2.0	31	100	0	126	33	12	25	28	1.92
36098758--36098947	38	4.9	38	78	2	173	23	19	24	32	1.97
36099777--36099834	20	2.9	20	86	0	80	13	25	37	22	1.91
36100430--36100475	23	2.0	23	86	0	65	54	13	8	23	1.66
36101831--36101874	16	2.9	15	86	6	54	9	13	0	77	0.99
36106246--36106319	36	2.1	36	94	2	132	58	9	2	29	1.44
36106315--36106375	28	2.1	29	82	8	72	52	6	14	26	1.66
36107661--36107694	16	2.1	17	88	5	52	47	0	20	32	1.51
36108005--36108070	25	2.6	25	81	13	91	21	16	24	37	1.93
36108002--36108086	25	3.4	25	76	9	84	21	21	22	35	1.96
36108005--36108117	50	2.3	50	81	6	122	22	18	24	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36108961--36108990	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
36112886--36112947	28	2.2	28	100	0	124	35	27	0	37	1.57
36113737--36113776	19	2.1	19	100	0	80	32	45	0	22	1.53
36115799--36115882	42	2.0	42	97	0	159	23	27	7	41	1.80
36119731--36119771	20	2.0	20	85	0	55	65	7	7	19	1.41
36124210--36124250	2	20.5	2	84	0	55	0	51	0	48	1.00
36126667--36127357	345	2.0	345	100	0	1382	29	21	16	32	1.95
36140608--36140714	52	2.1	52	98	0	205	43	10	4	41	1.59
36140683--36140762	39	2.1	39	92	0	133	48	6	2	42	1.41
36141737--36141816	24	3.3	24	100	0	160	8	36	11	43	1.71
36142669--36142743	19	3.7	20	78	18	82	38	1	1	58	1.15
36145041--36145145	53	2.0	53	94	0	183	47	16	9	26	1.77
36153828--36153866	19	2.2	18	86	9	53	0	20	0	79	0.73
36156041--36156265	102	2.2	101	84	3	290	28	23	15	33	1.94
36157131--36157183	27	2.0	27	81	7	63	41	3	5	49	1.44
36157142--36157193	27	1.9	27	88	0	77	44	1	1	51	1.23
36158793--36159219	208	2.1	208	94	0	741	42	19	14	24	1.87
36163434--36163698	18	14.3	18	72	10	149	36	15	12	35	1.85
36163809--36163929	53	2.3	53	89	0	188	42	22	16	18	1.88
36164585--36164629	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
36167417--36167619	42	4.7	42	80	10	221	29	27	14	29	1.95
36167487--36167664	41	3.9	48	77	12	158	29	28	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36167452--36167664	90	2.4	88	85	4	275	29	27	14	28	1.95
36167733--36167850	31	3.8	31	84	4	166	27	27	16	27	1.97
36167733--36167850	62	1.9	62	91	3	193	27	27	16	27	1.97
36167826--36168001	50	3.5	50	88	0	253	25	23	15	35	1.94
36172171--36172217	5	9.6	5	95	4	87	80	0	0	19	0.70
36179885--36179913	13	2.2	13	100	0	58	31	17	6	44	1.75
36181084--36181108	12	2.1	12	100	0	50	48	24	0	28	1.52
36185003--36185044	18	2.4	18	84	7	52	26	0	28	45	1.54
36188022--36188098	34	2.3	34	95	0	136	35	11	12	40	1.80
36191818--36191851	10	3.4	10	92	8	52	20	8	0	70	1.13
36191819--36191862	15	2.8	16	86	10	56	15	9	0	75	1.05
36192625--36192658	17	1.9	18	94	5	61	26	8	5	58	1.51
36192626--36192665	18	2.2	18	86	8	55	32	10	5	52	1.56
36195622--36195682	5	11.4	5	79	11	59	18	1	1	78	0.91
36195622--36195689	11	6.2	11	75	14	61	19	1	1	77	0.92
36195622--36195695	25	2.9	25	84	11	80	18	2	1	77	0.97
36195630--36195694	15	4.5	14	84	11	71	20	1	1	76	0.94
36197267--36197306	20	2.0	20	90	9	64	20	7	2	70	1.24
36198023--36198056	18	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
36198764--36198961	22	9.0	22	96	0	351	23	22	25	28	1.99
36211309--36211370	31	2.0	31	90	6	99	19	27	20	32	1.97
36211605--36211646	20	2.1	21	83	16	54	42	11	16	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36215738--36215796	27	2.1	30	84	9	79	44	5	25	25	1.74
36216941--36216975	18	1.9	18	88	0	52	37	0	25	37	1.57
36219404--36219540	17	7.9	17	63	22	52	47	2	0	49	1.16
36219491--36219543	20	2.5	20	84	6	61	52	0	0	47	1.00
36219557--36219622	18	3.7	17	76	9	69	48	0	1	50	1.10
36225695--36225760	31	2.1	31	82	0	78	30	13	13	42	1.83
36225747--36225851	29	3.6	29	72	12	88	29	9	13	47	1.74
36235944--36235968	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
36238441--36238622	87	2.1	87	94	0	319	29	19	30	20	1.97
36244317--36244379	33	1.9	33	93	0	108	26	25	9	38	1.87
36270549--36270646	33	3.0	32	83	3	115	53	16	11	19	1.73
36277897--36278013	63	1.9	61	81	10	139	50	2	4	42	1.35
36279101--36279217	63	1.9	61	81	10	139	50	2	4	42	1.35
36281511--36281594	42	2.0	42	88	0	123	30	10	38	20	1.87
36288217--36288255	6	6.5	6	93	0	69	33	17	0	48	1.48
36296119--36296150	14	2.3	14	94	0	55	53	15	0	31	1.43
36309417--36309449	13	2.4	14	90	5	50	21	3	3	72	1.11
36313072--36313111	21	1.9	21	84	0	53	12	32	25	30	1.92
36316671--36316713	21	2.0	21	86	0	59	62	0	0	37	0.95
36316671--36316714	20	2.1	21	83	4	54	63	0	0	36	0.95
36319211--36319242	14	2.3	14	94	0	55	31	15	0	53	1.43
36322526--36322611	43	2.0	43	97	0	163	54	13	9	22	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36326125--36326190	24	2.8	24	88	6	91	46	16	15	21	1.83
36328660--36328729	29	2.5	28	77	11	72	67	0	7	25	1.16
36329110--36329138	13	2.2	13	100	0	58	31	0	0	68	0.89
36337922--36337950	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
36349582--36349607	13	2.0	13	100	0	52	23	53	23	0	1.46
36351898--36351922	12	2.1	12	100	0	50	68	8	16	8	1.38
36363410--36363660	125	2.0	125	99	0	493	41	2	22	32	1.68
36365312--36366099	392	2.0	390	96	1	1452	29	11	19	40	1.85
36373854--36373939	42	2.0	42	80	8	95	22	30	31	16	1.95
36373928--36373965	20	1.9	20	100	0	76	21	34	31	13	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279