genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59317012--59317203	99	1.9	99	98	0	375	33	17	9	39	1.82
59322707--59322752	23	2.0	23	84	12	60	45	8	8	36	1.66
59322714--59322758	23	2.0	23	82	8	56	40	11	11	37	1.76
59325000--59325058	21	2.8	20	78	21	59	32	3	3	61	1.29
59325374--59325445	7	9.3	7	72	19	54	18	1	5	75	1.07
59325395--59325444	14	3.5	15	79	17	61	20	0	4	76	0.95
59325405--59325457	15	3.4	15	84	10	63	16	0	7	75	1.02
59325376--59325452	28	2.7	28	75	13	77	19	1	7	71	1.17
59330512--59330553	16	2.6	16	88	3	57	47	2	2	47	1.28
59331833--59331899	31	2.1	32	97	2	127	20	19	4	55	1.60
59333775--59333808	11	3.0	12	87	12	54	32	0	0	67	0.91
59334020--59334062	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
59334297--59334325	14	2.0	15	93	6	51	24	6	0	68	1.13
59334308--59334332	10	2.5	10	100	0	50	28	8	0	64	1.22
59334707--59334735	6	4.8	6	100	0	58	82	0	17	0	0.66
59340132--59340231	30	3.3	30	84	2	139	29	48	4	19	1.67
59340564--59340712	25	5.6	27	69	15	78	32	6	4	56	1.46
59340670--59340718	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
59340698--59340753	19	2.8	20	75	8	60	32	7	3	57	1.43
59340872--59340919	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
59340872--59340923	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
59353900--59354049	25	5.6	27	72	12	96	32	7	5	54	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59353841--59354057	25	8.5	25	66	18	92	33	6	4	55	1.46
59353924--59354005	28	2.8	30	76	9	80	30	6	3	59	1.39
59354212--59354258	8	5.9	8	80	7	51	34	2	4	59	1.29
59367511--59367556	22	2.1	22	95	0	83	39	19	17	23	1.92
59370120--59370205	43	2.0	43	93	0	145	41	12	11	33	1.80
59371592--59371625	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
59374388--59374415	7	4.0	7	100	0	56	57	14	28	0	1.38
59380785--59380838	27	2.0	26	82	3	63	27	16	1	53	1.53
59382682--59382721	20	2.0	21	85	14	57	25	25	5	45	1.73
59383470--59383525	29	1.9	29	88	0	85	37	5	7	50	1.53
59385950--59386092	41	3.4	41	72	21	150	53	6	9	30	1.59
59385996--59386137	45	3.2	45	72	22	165	52	7	8	32	1.59
59385954--59386141	86	2.2	86	100	0	376	52	6	9	31	1.60
59386543--59386582	15	2.8	15	92	7	66	70	0	5	25	1.08
59387575--59387611	15	2.4	16	82	17	51	10	24	40	24	1.87
59388414--59388876	73	6.3	73	80	8	517	33	22	16	27	1.95
59388412--59388809	148	2.7	144	87	7	552	33	22	16	27	1.95
59389043--59389082	18	2.4	16	91	8	62	85	0	10	5	0.75
59398679--59398706	14	2.0	14	100	0	56	14	28	21	35	1.92
59403263--59403405	41	3.4	41	70	21	132	51	6	9	31	1.61
59403313--59403450	45	3.2	45	69	22	148	51	7	9	31	1.61
59403268--59403454	86	2.2	86	100	0	374	51	6	9	32	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59403849--59403903	3	18.0	3	77	3	56	61	5	1	30	1.29
59404887--59404923	15	2.4	16	82	17	51	10	27	40	21	1.86
59405087--59405149	23	2.7	23	92	0	99	22	3	38	36	1.70
59411225--59411265	15	2.7	16	88	11	68	41	0	0	58	0.98
59413692--59413767	38	2.0	38	100	0	152	21	2	42	34	1.67
59418549--59418698	75	2.0	75	100	0	300	21	12	17	49	1.78
59418567--59419356	394	2.0	394	99	0	1571	22	16	18	42	1.90
59421668--59421720	16	3.3	16	86	0	79	24	30	5	39	1.78
59428620--59428671	23	2.3	23	100	0	104	30	25	21	23	1.99
59428771--59428816	19	2.4	19	77	0	56	26	17	23	32	1.97
59433426--59433482	26	2.2	26	81	6	62	52	5	1	40	1.34
59434710--59434761	27	1.9	27	96	0	95	36	11	23	28	1.90
59440060--59440153	39	2.4	39	82	5	111	25	28	22	23	1.99
59441174--59441223	5	10.0	5	91	8	84	42	0	0	58	0.98
59441256--59441316	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
59442785--59442892	38	2.7	40	74	8	105	24	20	25	29	1.99
59446177--59446209	3	11.0	3	93	0	57	66	0	30	3	1.06
59450843--59451008	67	2.5	68	77	2	190	21	14	16	46	1.83
59468647--59468713	8	8.5	8	74	21	52	80	0	19	0	0.71
59468628--59468712	22	3.8	23	79	17	65	82	0	17	0	0.67
59468628--59468713	27	3.3	27	80	15	101	82	0	17	0	0.67
59468626--59468714	14	6.3	13	79	15	97	83	0	16	0	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59468626--59468714	30	3.2	27	76	16	92	83	0	16	0	0.65
59469654--59469788	41	3.3	38	71	21	114	31	23	20	24	1.98
59469646--59470055	82	4.9	83	83	9	496	30	23	21	24	1.99
59469646--59470094	167	2.7	166	91	2	704	29	23	22	24	1.99
59469863--59470007	38	3.5	42	73	22	130	28	24	24	22	1.99
59470222--59470935	207	3.5	206	93	0	1167	28	17	23	29	1.97
59471300--59471388	19	4.8	19	90	5	139	35	11	14	38	1.82
59471321--59471375	17	3.4	15	90	9	58	34	10	16	38	1.84
59471300--59471388	35	2.4	38	88	9	139	35	11	14	38	1.82
59476625--59476675	10	5.1	10	76	23	54	47	0	9	43	1.36
59478897--59478934	19	2.0	19	89	0	58	73	2	0	23	0.95
59480387--59480431	22	2.1	21	84	8	56	24	8	8	57	1.57
59481655--59481683	6	4.8	6	100	0	58	51	17	13	17	1.76
59490334--59490495	86	1.9	86	94	2	290	41	16	17	24	1.90
59490408--59490795	106	3.6	108	87	7	594	35	16	14	33	1.89
59490408--59490795	213	1.8	214	92	2	665	35	16	14	33	1.89
59491988--59492138	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
59493900--59493980	31	2.6	31	80	3	83	59	4	6	29	1.43
59495961--59496234	109	2.5	110	92	3	455	32	16	16	35	1.91
59498168--59498222	24	2.4	22	76	11	56	38	0	0	61	0.96
59502907--59502962	24	2.4	24	81	3	69	50	1	5	42	1.35
59504880--59504927	22	2.2	22	96	0	87	58	10	2	29	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59505498--59505535	20	1.9	20	88	0	58	36	0	2	60	1.11
59505665--59505698	7	5.0	7	89	3	52	29	0	0	70	0.87
59518300--59518340	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
59519923--59520030	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
59520906--59520938	16	2.1	16	94	0	57	3	18	0	78	0.87
59520947--59521019	5	14.6	5	76	20	64	56	5	0	38	1.23
59520955--59520990	19	1.9	18	94	5	63	58	0	0	41	0.98
59520954--59521018	24	2.6	25	80	9	71	58	4	0	36	1.19
59522983--59523035	26	2.0	26	92	0	88	33	13	3	49	1.60
59524825--59524869	18	2.5	18	96	0	81	46	0	2	51	1.13
59526056--59526089	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
59528702--59528748	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
59533356--59533388	13	2.5	13	100	0	66	21	30	6	42	1.77
59533330--59533395	13	5.1	13	80	7	62	34	24	6	34	1.80
59535938--59536010	33	2.2	33	92	4	121	15	9	31	43	1.78
59543274--59543311	19	2.0	19	100	0	76	42	0	5	52	1.24
59549904--59550116	60	3.6	60	87	3	313	32	17	9	39	1.83
59569441--59569486	20	2.3	20	92	7	76	43	15	13	28	1.83
59571602--59571629	14	2.0	14	100	0	56	57	7	14	21	1.61
59579466--59579500	17	2.1	17	100	0	70	28	28	20	22	1.98
59580179--59580248	6	11.2	6	79	14	79	77	1	0	21	0.85
59580179--59580248	26	2.7	26	89	6	99	77	1	0	21	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59580268--59580362	9	10.6	9	87	0	118	25	7	22	45	1.78
59584104--59584133	7	4.3	7	100	0	60	40	16	13	30	1.87
59588990--59589046	30	1.9	30	82	7	71	12	28	38	21	1.89
59590599--59590641	13	3.2	13	87	9	52	81	0	13	4	0.84
59590598--59590642	22	2.0	22	86	4	63	82	0	13	4	0.82
59607886--59608076	70	2.7	71	79	8	219	24	21	20	33	1.97
59608177--59608283	43	2.5	43	81	4	126	39	13	16	30	1.87
59608177--59608283	44	2.5	44	84	3	137	39	13	16	30	1.87
59608514--59608546	15	2.3	15	89	5	50	78	9	9	3	1.05
59611199--59611235	19	2.1	18	90	10	58	67	13	10	8	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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