genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1649232--1649283	26	2.0	26	85	7	70	44	3	11	40	1.59
1649599--1649682	43	2.0	43	87	0	123	35	21	21	21	1.96
1655289--1655400	57	1.9	58	84	12	151	49	5	14	31	1.66
1655392--1655420	6	5.0	6	91	8	51	65	0	17	17	1.27
1661459--1661504	23	2.0	23	100	0	92	34	17	8	39	1.80
1661946--1662019	37	2.1	35	82	9	103	36	9	25	25	1.86
1663366--1663394	13	2.1	14	93	6	51	6	17	3	72	1.21
1663460--1663763	94	3.2	94	83	2	324	35	15	21	27	1.94
1663491--1663763	94	2.9	94	83	2	325	35	15	21	27	1.94
1669411--1669553	55	2.6	55	76	4	144	15	27	27	29	1.96
1673489--1673559	35	2.0	35	97	0	133	22	19	23	33	1.97
1678208--1678260	27	2.0	27	100	0	106	22	11	18	47	1.81
1680569--1680600	1	32.0	1	100	0	64	100	0	0	0	0.00
1681925--1682147	74	3.0	74	88	0	338	38	26	8	26	1.84
1689038--1689090	25	2.1	25	100	0	106	32	15	32	20	1.93
1690364--1690445	43	1.9	43	94	0	146	30	2	20	46	1.64
1691383--1691420	18	2.1	19	95	5	69	52	15	7	23	1.69
1691570--1691615	6	7.5	6	86	13	67	80	2	0	17	0.81
1691573--1691610	20	2.0	20	94	5	69	76	2	0	21	0.91
1691574--1691616	20	2.2	19	87	4	59	81	2	0	16	0.79
1691635--1691720	9	9.6	9	92	0	136	24	9	22	44	1.82
1695436--1695496	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1696316--1696485	43	4.0	43	77	9	159	30	23	18	27	1.97
1696366--1696479	44	2.6	44	86	6	153	30	25	19	24	1.98
1700676--1700732	30	1.9	30	85	7	80	10	31	33	24	1.89
1704202--1704243	22	2.0	21	86	13	61	61	4	11	21	1.48
1714803--1715082	48	5.9	48	76	10	234	28	25	19	26	1.99
1718779--1718869	33	2.7	34	81	6	87	26	28	14	30	1.95
1721527--1721642	47	2.4	48	81	5	137	31	14	28	25	1.95
1721565--1721828	144	1.8	143	80	7	320	31	17	26	25	1.97
1722954--1723039	43	2.0	43	97	0	163	23	27	26	22	1.99
1729314--1729634	48	6.7	48	77	7	285	30	18	27	23	1.98
1729308--1729632	144	2.3	143	82	4	395	29	18	27	24	1.98
1729314--1729631	96	3.3	96	81	5	322	30	18	27	23	1.98
1736088--1736128	11	3.8	11	78	18	50	70	0	0	29	0.87
1736090--1736137	21	2.3	21	86	10	71	77	0	2	20	0.88
1741398--1741679	48	5.9	48	80	1	323	28	15	29	26	1.96
1741398--1741679	96	2.9	96	91	1	440	28	15	29	26	1.96
1744405--1744523	60	2.0	60	95	3	215	31	19	17	31	1.95
1747294--1747367	26	2.8	25	80	9	85	40	14	0	44	1.46
1747312--1747379	26	3.0	21	70	24	57	42	14	0	42	1.46
1747230--1747480	53	4.8	52	71	18	171	42	11	1	44	1.49
1747222--1747480	27	9.8	26	67	19	94	42	12	1	44	1.50
1747222--1747495	107	2.6	104	87	4	388	41	12	1	44	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1750055--1750118	31	2.1	31	100	0	128	26	12	21	39	1.89
1753993--1754031	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
1754012--1754057	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
1754399--1754470	21	3.2	20	70	24	54	43	12	0	44	1.42
1758997--1759078	41	2.0	42	85	2	112	25	28	21	24	1.99
1761321--1761385	24	2.5	26	85	12	98	53	13	15	16	1.73
1774870--1775147	135	2.0	138	85	5	375	40	17	9	31	1.83
1781867--1781920	5	10.2	5	84	11	72	40	1	20	37	1.63
1781950--1782096	31	4.7	31	79	6	163	43	5	22	28	1.75
1781965--1782080	17	7.4	17	69	16	97	42	6	23	28	1.78
1781951--1782096	62	2.4	62	87	2	213	43	5	21	28	1.75
1781949--1782033	14	5.6	14	70	15	53	45	3	21	29	1.68
1785400--1785442	19	2.2	20	83	4	52	34	2	20	41	1.65
1786612--1786641	12	2.5	12	94	0	51	46	0	6	46	1.29
1786720--1786766	16	2.7	17	80	9	51	63	4	0	31	1.13
1786723--1786771	17	2.7	19	78	15	59	61	8	0	30	1.25
1786985--1787070	3	29.3	3	73	19	60	66	1	3	29	1.16
1786990--1787070	18	4.4	18	77	13	76	66	1	3	28	1.16
1787389--1787540	40	3.8	40	81	3	196	26	20	21	30	1.98
1787373--1787541	82	2.0	83	89	1	259	26	18	21	33	1.96
1787703--1788275	134	4.3	134	94	0	957	29	22	21	27	1.99
1788271--1788925	132	5.0	132	96	0	1184	30	25	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1810864--1810969	51	2.1	51	85	7	144	33	29	15	22	1.94
1817842--1817885	13	3.3	13	80	3	52	47	0	4	47	1.22
1818206--1818243	20	1.9	19	89	5	58	42	5	7	44	1.56
1822791--1823005	48	4.5	48	94	0	358	35	6	28	29	1.82
1823147--1823291	37	3.9	37	91	0	227	24	17	31	26	1.97
1827214--1827528	49	6.6	48	74	10	195	25	19	29	25	1.99
1827217--1827476	142	1.8	138	81	11	323	25	18	30	25	1.98
1839704--1839736	5	6.8	5	93	6	59	36	0	0	63	0.95
1839708--1839738	9	3.3	9	95	4	53	35	0	0	64	0.94
1839704--1839736	14	2.3	14	94	5	57	36	0	0	63	0.95
1839899--1839958	23	2.6	22	82	10	59	21	8	1	68	1.25
1839896--1839958	20	3.0	20	74	17	65	20	9	1	68	1.26
1842482--1842520	18	2.1	19	85	4	53	23	10	12	53	1.69
1845820--1845848	11	2.6	11	100	0	58	62	0	6	31	1.22
1847992--1848033	22	1.9	22	85	0	57	33	16	21	28	1.95
1852347--1852394	18	2.7	18	83	0	60	31	8	18	41	1.80
1854467--1854923	228	2.0	228	99	0	905	35	20	7	36	1.81
1869644--1869763	48	2.6	46	86	5	152	29	18	28	24	1.98
1876552--1876814	40	6.6	40	87	3	325	24	20	27	26	1.99
1876591--1876849	80	3.3	80	86	3	265	25	20	27	25	1.99
1884497--1884839	40	8.6	40	91	2	467	24	20	28	27	1.99
1892226--1892313	44	2.0	43	93	2	149	28	10	13	47	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1893970--1894016	23	2.0	23	83	8	58	63	6	4	25	1.36
1895768--1895867	46	2.1	47	83	1	121	31	20	18	31	1.96
1903640--1903702	30	2.1	30	88	5	92	58	12	4	23	1.53
1904883--1904907	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
1905388--1905415	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1905877--1905950	33	2.2	32	76	6	85	28	6	9	55	1.57
1908157--1908251	29	3.3	29	65	19	81	34	5	13	46	1.66
1908140--1908252	57	2.0	57	100	0	226	36	5	12	46	1.64
1916383--1916416	13	2.6	13	100	0	68	17	52	23	5	1.66
1919854--1919893	20	2.0	20	90	0	62	40	2	32	25	1.69
1921308--1921363	29	2.0	27	82	6	67	42	3	25	28	1.71
1921313--1921371	29	2.1	27	81	6	64	45	1	25	27	1.63
1924320--1924344	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
1933475--1933666	40	4.8	40	81	0	231	26	27	21	24	1.99
1933447--1933667	80	2.8	79	88	2	318	27	27	20	24	1.99
1942767--1942833	20	3.3	20	77	8	82	19	20	19	40	1.92
1942750--1942833	40	2.1	40	88	4	125	20	19	19	41	1.90
1948273--1948306	6	5.5	6	89	3	50	17	23	0	58	1.38
1952055--1952082	14	2.0	14	100	0	56	42	28	7	21	1.79
1960404--1960437	14	2.4	14	100	0	68	41	32	5	20	1.76
1961296--1961367	26	2.8	26	82	0	90	36	11	22	30	1.89
1963548--1963623	34	2.2	34	86	9	102	46	11	10	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1964255--1964294	22	1.9	20	85	10	53	25	12	25	37	1.91
1967963--1968018	21	2.6	21	81	10	69	67	0	0	32	0.91
1967963--1968024	22	2.9	20	79	13	70	67	0	0	32	0.91
1968510--1968583	21	3.5	21	64	0	58	27	0	24	48	1.51
1968632--1968723	34	2.7	33	83	11	114	41	0	15	43	1.46
1969015--1969442	126	3.4	126	93	1	682	38	17	15	28	1.91
1968798--1969442	252	2.5	256	85	5	845	39	16	16	28	1.90
1972499--1972577	24	3.3	24	98	0	149	31	21	7	39	1.81
1972499--1972587	24	3.8	22	92	4	99	34	19	6	39	1.78
1978281--1978335	28	2.0	28	88	0	83	32	23	7	36	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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