genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7902704--7902745	22	1.9	22	90	0	66	61	9	2	26	1.39
7902707--7902798	28	3.3	26	72	10	76	56	7	5	30	1.50
7902759--7902890	23	5.6	24	76	12	96	55	3	5	35	1.41
7902845--7902890	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
7903170--7903208	16	2.4	16	86	0	51	46	25	5	23	1.73
7903371--7903424	18	3.3	18	66	28	57	20	7	50	22	1.73
7903367--7903434	30	2.3	30	97	0	127	16	5	52	25	1.65
7908793--7909254	44	10.4	43	72	6	291	28	22	19	29	1.98
7908826--7909255	89	4.9	89	73	7	329	27	22	20	29	1.98
7908797--7909254	133	3.4	133	89	1	657	27	22	20	29	1.98
7926662--7926853	48	4.0	48	82	4	217	21	17	27	33	1.96
7926662--7926838	96	1.8	96	85	2	248	22	16	25	34	1.95
7929202--7929470	45	5.7	48	77	10	195	27	19	30	23	1.98
7929298--7929472	48	3.7	48	82	8	166	26	19	30	23	1.98
7934240--7934285	19	2.4	19	85	7	58	19	17	13	50	1.78
7938803--7938930	64	2.0	64	92	0	211	31	18	13	36	1.89
7938968--7939489	87	6.0	86	80	6	491	32	20	23	22	1.98
7939284--7939658	43	8.6	43	70	9	199	36	21	22	18	1.95
7938980--7939489	173	2.9	172	80	7	557	33	21	23	22	1.98
7939283--7939704	218	1.9	217	85	2	587	36	21	22	19	1.95
7939509--7939709	87	2.3	86	91	0	312	36	20	23	19	1.95
7939857--7940179	89	3.5	88	72	11	274	33	15	20	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7941883--7941917	18	1.9	18	94	0	61	25	11	2	60	1.45
7942205--7942252	22	2.1	23	81	11	55	31	8	2	58	1.39
7944018--7944084	34	1.9	36	84	6	93	35	0	0	64	0.94
7947985--7948034	26	1.9	26	84	8	66	64	0	2	34	1.05
7950414--7950454	9	4.4	9	87	3	55	60	0	4	34	1.18
7952117--7952164	22	2.3	21	86	10	64	45	0	20	33	1.52
7952480--7952512	6	5.5	6	96	0	57	51	12	0	36	1.39
7968735--7968906	93	1.8	93	96	0	317	27	30	20	20	1.98
7968727--7968902	46	3.8	46	81	10	223	28	29	20	21	1.98
7973005--7973302	102	2.9	102	91	0	479	32	17	30	19	1.94
7979692--7979739	21	2.3	20	85	3	60	10	31	31	27	1.90
7981903--7981943	19	2.2	19	95	0	73	21	19	17	41	1.90
7987520--7987554	17	2.1	17	100	0	70	60	17	11	11	1.59
7988513--7988591	40	2.0	40	94	0	140	27	18	8	44	1.80
7990530--7990583	28	1.9	28	88	0	81	35	33	11	20	1.88
7995962--7996049	40	2.2	40	87	4	124	39	1	5	53	1.32
7998133--7998163	16	1.9	16	93	0	53	80	0	0	19	0.71
7998147--7998242	19	5.2	18	75	17	90	64	3	1	31	1.16
7998135--7998242	9	12.2	9	71	17	68	66	2	0	29	1.12
7998157--7998242	36	2.4	37	80	11	106	63	3	1	31	1.18
8001246--8001316	29	2.4	29	88	0	97	23	19	26	29	1.98
8001308--8001359	24	2.2	24	85	0	68	23	15	13	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8002431--8002469	20	2.0	20	94	0	69	53	7	7	30	1.57
8010783--8010833	21	2.4	21	96	0	93	13	23	43	19	1.87
8012284--8012336	27	2.0	27	84	0	70	32	18	9	39	1.83
8014657--8014799	21	7.2	21	70	20	76	40	22	23	13	1.89
8014639--8014817	39	4.6	39	88	0	259	38	22	24	13	1.91
8018591--8018635	14	3.3	14	84	3	56	80	0	13	6	0.91
8019961--8020052	44	2.1	45	83	6	116	28	15	28	28	1.96
8020140--8020224	44	1.9	44	90	4	136	28	14	31	25	1.94
8019897--8020500	177	3.4	176	81	3	656	29	17	26	26	1.98
8020316--8020412	44	2.2	44	79	7	106	29	16	22	30	1.96
8022474--8022522	16	3.2	16	67	21	50	26	8	2	63	1.34
8022464--8022522	30	2.0	29	90	6	93	27	8	3	61	1.41
8024847--8024896	25	2.0	25	84	7	66	28	0	2	70	0.99
8024860--8024918	20	2.9	20	80	12	66	25	0	3	71	1.02
8024863--8024920	30	2.0	29	90	10	91	24	0	3	72	1.00
8024860--8024920	10	6.1	10	75	19	56	26	0	3	70	1.02
8026092--8026444	130	2.7	126	81	7	322	35	18	18	26	1.95
8026216--8026558	132	2.6	132	85	1	422	33	19	18	27	1.96
8028764--8028798	17	2.0	18	88	5	54	0	0	20	80	0.72
8029088--8029511	133	3.2	131	89	2	609	27	24	19	28	1.99
8030752--8030808	6	9.7	6	87	9	82	0	15	0	84	0.63
8033280--8033344	19	3.4	19	83	8	80	43	15	23	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8034990--8035333	132	2.6	131	85	2	447	33	19	20	27	1.96
8045720--8045788	35	2.0	35	85	0	93	50	4	4	40	1.42
8045861--8045910	22	2.2	22	82	7	55	52	0	4	44	1.20
8045868--8045918	22	2.3	23	82	3	59	52	3	1	41	1.31
8066159--8066219	18	3.3	18	70	17	61	16	11	6	65	1.44
8066143--8066220	38	2.1	38	100	0	156	20	11	5	62	1.47
8066143--8066201	20	3.0	20	67	18	61	23	10	3	62	1.42
8069199--8069296	49	2.0	48	96	2	178	27	15	8	48	1.73
8070039--8070070	17	1.9	17	93	6	57	78	0	12	9	0.97
8077628--8077672	12	3.8	12	88	8	58	75	0	24	0	0.80
8083038--8083142	37	2.8	37	75	5	113	31	27	17	23	1.97
8085418--8085530	54	2.1	55	96	1	210	24	12	22	40	1.88
8092963--8093032	30	2.4	29	76	11	79	34	4	1	60	1.25
8093055--8093102	19	2.5	19	79	0	51	35	0	4	60	1.16
8093118--8093158	13	2.9	15	75	10	50	41	4	0	53	1.22
8093551--8093764	112	1.8	112	82	6	266	30	5	12	51	1.61
8103227--8103337	40	2.8	40	91	4	172	23	28	24	23	1.99
8103312--8103362	25	2.0	25	100	0	102	23	25	23	27	2.00
8110171--8110266	43	2.2	45	83	7	126	34	16	20	28	1.95
8110122--8110881	176	4.3	177	89	1	1044	32	17	22	27	1.97
8110259--8110535	88	3.1	87	64	13	206	29	19	22	28	1.98
8113421--8113451	8	3.9	8	100	0	62	38	22	0	38	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8118929--8119009	28	2.9	27	83	9	92	19	14	19	45	1.85
8126563--8126670	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
8128157--8128209	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
8134712--8134744	17	1.9	17	88	11	50	45	15	9	30	1.77
8142511--8142609	50	2.0	49	94	2	171	46	11	20	22	1.81
8142891--8142947	24	2.4	23	75	11	62	35	5	1	57	1.31
8143182--8143230	20	2.5	20	87	9	73	63	8	0	28	1.23
8143186--8143231	22	2.2	20	84	7	56	67	8	0	23	1.18
8144933--8145135	10	20.7	9	66	20	63	60	4	4	30	1.38
8145027--8145135	19	5.4	19	71	14	76	60	1	6	31	1.32
8149715--8149770	28	2.0	28	100	0	112	32	17	10	39	1.84
8150337--8150386	24	2.0	25	96	3	93	36	12	8	44	1.71
8153787--8153832	19	2.4	19	81	3	56	52	6	8	32	1.58
8155811--8155869	29	2.0	30	83	3	75	37	13	22	27	1.91
8160450--8160504	10	5.9	10	75	14	55	63	1	1	32	1.15
8160465--8160507	18	2.5	18	88	7	63	65	2	2	30	1.18
8160450--8160527	19	4.2	17	78	15	66	65	1	1	32	1.09
8160485--8160565	20	3.6	22	75	20	62	59	0	1	39	1.05
8160450--8160527	37	2.1	38	80	7	88	65	1	1	32	1.09
8160456--8160535	20	4.2	19	81	10	67	62	1	1	35	1.11
8160496--8160580	24	3.6	25	73	17	74	60	0	1	38	1.05
8160503--8160581	25	3.2	25	82	8	92	59	0	1	39	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8162176--8162213	20	1.9	20	89	10	60	39	0	2	57	1.12
8162172--8162234	25	2.5	25	86	0	90	39	0	1	58	1.07
8162228--8162281	9	5.7	10	79	16	53	35	1	0	62	1.06
8162196--8162282	25	3.2	27	78	12	88	39	1	0	59	1.05
8163189--8163254	34	1.9	34	96	0	123	43	7	21	27	1.79
8177854--8177937	43	2.0	43	85	0	114	21	21	29	27	1.98
8179881--8179933	26	2.0	26	100	0	106	26	32	7	33	1.84
8186185--8186266	41	2.0	41	97	0	155	30	36	10	21	1.88
8187040--8187667	201	3.2	199	83	7	678	31	15	10	42	1.80
8191792--8191964	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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