genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5531012--5531053	16	2.6	16	77	7	50	69	7	2	21	1.25
5533412--5533491	27	2.9	28	84	5	108	21	23	21	33	1.97
5533412--5533516	56	1.9	56	82	5	133	20	23	20	35	1.96
5540306--5540398	47	2.0	47	97	0	177	44	21	16	18	1.87
5541331--5541410	27	2.9	28	84	5	108	21	23	21	33	1.97
5541331--5541435	56	1.9	56	82	5	133	20	23	20	35	1.96
5542283--5542374	48	1.9	48	95	0	166	27	22	22	27	1.99
5548415--5548731	48	6.6	48	83	5	320	30	19	27	21	1.98
5548456--5548739	96	2.9	97	83	3	369	30	19	27	22	1.98
5548417--5548731	144	2.2	144	82	4	368	30	20	27	21	1.98
5550536--5550628	40	2.3	39	83	7	116	32	25	10	31	1.90
5552921--5552981	30	2.0	30	87	0	86	39	8	22	29	1.83
5553514--5553697	67	2.8	64	77	8	194	29	16	30	22	1.96
5557611--5557671	30	2.0	30	83	0	77	40	3	26	29	1.72
5559385--5559416	16	2.1	15	94	5	55	50	28	18	3	1.62
5559806--5559895	28	3.2	27	84	7	110	20	25	23	31	1.98
5559806--5559920	55	2.1	56	80	8	128	19	24	21	34	1.96
5571232--5571294	31	2.0	31	100	0	126	25	19	39	15	1.91
5575783--5576695	102	9.0	102	100	0	1826	44	17	5	31	1.73
5577904--5578030	47	2.8	45	80	12	134	24	18	32	24	1.97
5580108--5580136	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
5582168--5582215	21	2.4	20	86	10	71	50	0	4	45	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5584400--5584766	46	8.0	46	91	1	522	40	14	23	21	1.90
5584651--5584725	24	3.2	24	65	24	68	41	13	25	20	1.88
5585052--5585084	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
5587210--5587487	49	5.6	49	82	2	313	29	25	17	27	1.97
5587214--5587488	150	1.8	148	88	1	415	29	25	17	28	1.97
5587734--5587785	26	2.0	26	84	0	68	40	15	7	36	1.76
5592638--5592800	83	2.0	83	97	0	308	30	19	12	38	1.88
5593031--5593223	100	1.9	100	84	2	253	29	25	19	25	1.99
5593044--5593225	49	3.7	49	75	6	170	29	26	19	25	1.98
5593472--5593525	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
5597900--5598173	40	6.8	40	95	0	485	21	26	19	31	1.98
5601204--5601409	47	4.4	47	89	0	313	28	30	8	33	1.86
5601204--5601409	94	2.2	94	94	0	358	28	30	8	33	1.86
5606216--5606581	46	7.8	47	74	9	284	26	19	30	23	1.98
5606221--5606524	140	2.2	140	99	0	599	25	19	30	24	1.98
5607713--5607751	21	1.9	20	94	5	69	10	38	28	23	1.87
5610946--5611225	50	5.6	50	75	5	206	32	25	16	26	1.96
5610945--5611321	151	2.5	151	87	2	521	31	24	17	26	1.97
5611675--5611721	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
5614682--5614740	24	2.6	22	78	19	75	27	16	16	38	1.91
5616742--5616799	29	2.0	29	96	0	107	37	8	18	34	1.82
5619955--5620112	85	1.8	85	82	4	201	24	17	29	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5623149--5623318	43	4.0	42	79	12	184	32	25	17	24	1.97
5640534--5640645	56	2.0	56	92	0	188	43	24	18	13	1.86
5651230--5651330	39	2.5	40	87	1	132	24	27	26	20	1.99
5651230--5651391	40	4.1	40	87	0	209	25	24	25	24	2.00
5660219--5660247	9	3.2	9	100	0	58	20	31	10	37	1.86
5661464--5661616	54	2.8	55	84	3	193	36	15	24	23	1.93
5661478--5661663	55	3.4	54	80	6	180	34	17	24	22	1.96
5663571--5663603	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
5668379--5668411	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
5673693--5673762	5	13.0	5	78	18	70	18	4	1	75	1.04
5673695--5673762	6	11.3	6	72	10	50	17	4	1	76	1.03
5673695--5673762	11	6.2	11	77	17	63	17	4	1	76	1.03
5673693--5673756	32	2.0	31	88	8	94	18	3	1	76	1.00
5674427--5674482	27	2.1	27	100	0	112	42	14	14	28	1.84
5676694--5676726	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
5699151--5699180	7	4.4	7	91	8	53	86	0	0	13	0.57
5699149--5699180	13	2.3	15	84	15	50	84	0	0	15	0.63
5699859--5699900	18	2.3	19	80	12	61	14	42	26	16	1.86
5700011--5700128	43	2.8	42	80	8	107	31	23	17	27	1.97
5701945--5701985	13	2.9	15	86	10	52	17	2	17	63	1.42
5705965--5706009	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
5706125--5706332	55	3.8	53	76	7	188	21	25	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5715165--5715309	40	3.7	40	84	2	186	25	26	23	24	2.00
5729417--5729534	55	2.1	55	82	0	137	30	27	28	13	1.94
5730401--5730755	45	8.0	45	90	2	522	27	26	21	23	1.99
5731590--5731767	74	2.4	74	91	1	277	47	11	14	26	1.78
5731590--5731767	25	7.2	25	89	2	270	47	11	14	26	1.78
5731590--5731767	49	3.6	50	89	3	279	47	11	14	26	1.78
5741911--5742134	47	4.8	47	80	6	231	27	18	29	24	1.98
5741911--5742129	94	2.3	93	86	2	285	27	17	29	25	1.98
5744559--5744670	27	4.2	26	85	7	134	37	22	23	16	1.94
5744559--5744670	54	2.1	54	86	3	154	37	22	23	16	1.94
5744774--5744822	25	2.0	25	91	0	80	28	14	22	34	1.93
5744776--5744837	25	2.4	25	83	8	70	30	11	24	33	1.90
5745087--5745116	8	3.8	8	90	0	51	3	23	23	50	1.64
5751428--5751600	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
5751425--5751595	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
5756617--5756718	27	3.8	27	74	8	91	41	21	22	14	1.90
5786454--5786483	15	1.9	16	93	6	53	36	20	0	43	1.52
5787937--5788141	27	7.6	27	88	2	295	27	19	18	34	1.95
5787908--5788130	54	4.1	54	85	2	227	28	19	19	32	1.96
5787948--5788303	81	4.4	81	81	9	298	28	15	19	36	1.92
5787990--5788330	54	6.3	53	81	8	253	27	13	21	37	1.90
5788095--5788332	81	2.9	79	83	5	289	28	9	22	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5788096--5788307	27	7.9	27	84	5	268	28	10	21	39	1.86
5788097--5788332	54	4.4	54	83	5	264	27	9	22	39	1.85
5788126--5788359	81	2.9	81	83	2	238	29	8	21	40	1.84
5788361--5788481	27	4.5	27	84	2	163	42	7	20	28	1.79
5788350--5788506	54	2.9	54	87	3	217	39	7	21	31	1.81
5788458--5788520	27	2.3	27	77	0	72	31	12	19	36	1.89
5791054--5791114	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
5800290--5800414	42	3.0	42	79	6	144	28	16	25	29	1.96
5800290--5800407	43	2.8	42	79	7	139	29	16	24	29	1.96
5803410--5803480	35	2.0	35	97	0	133	35	19	15	29	1.93
5803565--5803721	38	3.9	38	74	14	143	29	22	14	32	1.94
5803610--5803821	47	4.7	47	78	10	244	31	22	14	32	1.94
5803576--5803778	85	2.4	85	92	0	334	30	22	14	32	1.94
5803690--5803828	48	2.9	48	86	1	199	30	22	15	31	1.94
5803610--5803855	133	1.9	132	85	0	348	31	23	13	31	1.93
5804302--5805157	427	2.0	426	94	0	1514	32	19	10	37	1.86
5807012--5807365	98	3.6	98	98	0	665	34	20	23	21	1.97
5807118--5807177	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
5807216--5807275	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
5809832--5809955	48	2.6	48	81	0	149	26	17	24	31	1.97
5812318--5812342	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
5817393--5817646	127	2.0	127	100	0	508	22	21	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5820808--5820907	50	2.0	50	100	0	200	34	2	14	50	1.54
5822804--5822880	37	2.1	36	95	2	136	27	10	24	37	1.88
5829408--5829582	46	3.8	46	96	0	314	29	29	21	20	1.98
5833564--5833742	85	2.1	85	100	0	358	39	8	26	26	1.84
5837680--5837889	55	3.9	54	72	9	180	20	25	16	38	1.93
5849758--5850019	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
5877297--5877350	7	7.6	7	78	12	56	20	1	38	38	1.63
5883831--5883989	43	3.7	43	77	18	161	22	19	27	30	1.98
5890103--5890144	19	2.2	19	86	0	57	47	16	14	21	1.82
5896001--5896046	19	2.4	19	85	3	56	43	13	2	41	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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