genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23116111--23116194	42	2.0	42	95	0	150	27	10	16	45	1.81
23118252--23118300	24	2.1	23	85	7	64	34	6	14	44	1.70
23118736--23118766	13	2.4	13	94	0	53	64	0	0	35	0.94
23119182--23119219	20	2.1	18	85	14	51	28	0	7	63	1.23
23119381--23119414	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
23119741--23119777	8	4.8	8	86	6	58	81	0	18	0	0.70
23119740--23119777	16	2.4	16	95	0	67	81	0	18	0	0.69
23133819--23133858	6	6.5	6	94	5	71	65	0	20	15	1.28
23136734--23136790	18	3.2	18	85	2	71	40	0	43	15	1.47
23144175--23144212	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
23144986--23145045	30	2.0	30	83	0	75	33	25	5	36	1.78
23150723--23150749	6	4.5	6	100	0	54	48	0	0	51	1.00
23150921--23150989	34	2.0	34	91	0	111	40	18	11	28	1.86
23152741--23152855	37	3.1	38	85	5	146	14	19	30	35	1.92
23152798--23152989	41	4.8	41	84	1	237	14	15	28	41	1.86
23152847--23153006	82	2.0	82	84	2	214	16	16	26	40	1.89
23152850--23153028	82	2.2	82	81	2	198	18	15	25	40	1.90
23159981--23160029	25	2.0	25	91	0	80	32	16	14	36	1.89
23166446--23166504	24	2.5	24	88	2	84	22	15	27	35	1.94
23166522--23166613	25	3.7	25	77	2	105	32	23	18	25	1.97
23171516--23171572	28	2.1	27	80	9	62	35	15	15	33	1.90
23178378--23178483	40	2.7	40	92	0	176	22	18	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23180954--23180998	18	2.5	17	92	7	72	40	22	17	20	1.92
23186016--23186439	40	10.6	40	94	1	715	22	14	28	34	1.94
23191633--23191709	27	2.8	27	80	11	84	58	0	2	38	1.12
23191719--23191757	20	2.0	20	90	10	62	69	0	7	23	1.14
23191726--23191802	39	1.9	39	82	12	95	63	1	6	28	1.27
23191976--23192013	19	2.0	19	89	0	58	23	5	2	68	1.23
23191977--23192019	19	2.2	20	83	4	52	25	4	2	67	1.22
23192016--23192175	79	2.0	79	100	0	320	28	6	3	61	1.38
23192150--23192187	19	2.0	20	89	5	60	42	0	0	57	0.98
23192160--23192221	9	6.7	9	74	10	54	29	1	1	67	1.09
23194695--23194769	29	2.6	29	95	0	132	22	14	22	40	1.91
23194808--23194844	16	2.2	17	85	9	58	27	10	29	32	1.90
23194815--23194845	16	1.9	16	100	0	62	29	12	32	25	1.93
23206590--23206734	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
23210176--23210201	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
23214200--23214241	21	2.0	21	81	9	50	42	2	0	54	1.13
23218387--23218571	79	2.3	81	83	7	218	27	27	21	24	1.99
23218387--23218571	40	4.7	40	83	7	225	27	27	21	24	1.99
23226452--23226636	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
23226433--23226636	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
23236712--23236887	46	3.8	46	75	12	180	21	19	28	31	1.97
23236709--23236880	93	1.8	93	90	2	274	21	19	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23240644--23240668	13	1.9	13	100	0	50	48	4	16	32	1.64
23252662--23252889	40	5.7	40	93	0	375	21	26	20	31	1.98
23266329--23266646	47	6.6	47	89	4	465	33	8	29	28	1.86
23266329--23266646	98	3.3	96	92	2	505	33	8	29	28	1.86
23266329--23266635	145	2.1	146	91	3	498	33	8	29	28	1.87
23267911--23268096	40	4.7	40	86	5	216	27	26	20	24	1.99
23269413--23269533	57	2.1	57	95	1	217	22	23	9	44	1.82
23273232--23273279	23	2.1	23	96	0	87	31	6	29	33	1.82
23276504--23277010	252	2.0	253	98	0	971	38	11	19	30	1.87
23280009--23280123	57	2.0	57	81	5	133	46	6	19	27	1.75
23283483--23283539	29	2.0	29	92	0	96	40	3	19	36	1.69
23295311--23295439	41	3.0	44	73	11	158	40	6	15	37	1.72
23295293--23295417	41	3.0	41	74	11	144	37	7	17	37	1.78
23296097--23296246	67	2.2	67	81	8	171	32	16	28	22	1.95
23296121--23296304	67	2.8	64	76	8	185	29	16	29	23	1.96
23301823--23302131	48	6.6	47	74	5	252	31	20	24	22	1.98
23301862--23302172	94	3.3	94	88	3	419	31	20	25	22	1.98
23302054--23302231	49	3.6	48	78	8	157	30	21	25	21	1.98
23304262--23304313	26	2.0	26	92	0	86	36	21	17	25	1.94
23307224--23307281	20	2.9	20	81	0	71	46	12	25	15	1.80
23307251--23307293	20	2.2	20	91	0	68	51	18	23	6	1.70
23322439--23322546	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23324098--23324151	22	2.5	22	100	0	108	16	14	18	50	1.79
23325290--23325429	65	2.2	65	86	3	201	25	20	19	35	1.96
23325454--23325535	26	3.2	26	79	8	80	21	20	19	37	1.94
23325454--23325516	24	2.5	25	82	12	76	22	22	20	34	1.96
23325568--23325623	25	2.2	26	78	9	62	19	25	23	32	1.98
23333836--23334440	204	3.0	204	99	0	1192	26	14	20	38	1.91
23335377--23335442	31	2.1	31	85	0	87	53	19	10	16	1.72
23336153--23336181	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
23338891--23338922	15	2.1	15	94	0	55	28	6	0	65	1.16
23338945--23339016	7	10.3	7	78	0	72	43	37	1	18	1.59
23339055--23339129	39	1.9	39	86	5	107	38	20	18	22	1.93
23339217--23339457	115	2.1	114	92	1	401	29	19	21	30	1.97
23339778--23339837	21	2.8	21	80	12	68	18	0	43	38	1.50
23339799--23339905	14	7.5	14	71	15	51	20	0	38	40	1.59
23342245--23342468	48	4.7	48	84	3	274	23	29	19	27	1.98
23342207--23342468	96	2.7	96	86	1	373	23	29	19	27	1.98
23347327--23347684	93	3.8	93	98	0	689	28	29	20	21	1.98
23347320--23347684	46	7.8	49	77	16	391	28	29	20	21	1.98
23349191--23349230	20	2.0	20	100	0	80	25	20	15	40	1.90
23350480--23350644	24	7.0	24	86	6	221	26	21	23	29	1.99
23350480--23350644	71	2.3	70	91	4	260	26	21	23	29	1.99
23350694--23350760	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23350694--23350749	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
23358659--23358823	24	7.0	24	88	6	239	26	21	23	29	1.99
23358680--23358822	47	3.1	46	90	4	216	26	20	23	29	1.99
23358659--23358823	71	2.3	70	93	4	278	26	21	23	29	1.99
23358873--23358939	20	3.3	20	89	0	98	34	20	13	31	1.92
23358976--23359023	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
23363023--23363675	141	4.8	129	76	14	537	31	22	18	27	1.97
23362748--23363675	265	3.4	267	78	6	810	31	21	18	27	1.97
23363119--23363700	140	4.2	139	85	2	707	31	22	18	27	1.97
23363119--23363674	141	4.0	139	86	1	700	31	22	18	27	1.97
23366226--23366301	11	6.8	11	70	24	52	55	2	1	40	1.22
23366200--23366266	25	2.6	25	77	15	66	52	4	2	40	1.37
23367742--23367924	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
23367721--23367924	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
23381702--23381816	27	4.3	26	86	5	140	36	23	22	17	1.95
23381702--23381816	54	2.1	54	87	3	160	36	23	22	17	1.95
23383434--23383543	26	4.2	26	92	2	168	35	24	4	35	1.76
23385837--23385876	11	3.6	11	87	12	64	32	25	17	25	1.97
23385827--23385881	22	2.5	22	96	0	101	34	21	18	25	1.96
23386098--23386820	37	19.8	35	75	8	223	27	19	14	38	1.91
23386234--23386837	37	16.4	38	78	7	516	28	20	13	37	1.91
23386096--23386837	73	10.2	74	74	7	520	27	20	14	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23392193--23392418	43	5.3	43	86	0	290	27	30	18	23	1.97
23392492--23392535	7	6.4	7	86	5	54	36	9	2	52	1.46
23394279--23394315	18	2.1	18	100	0	74	54	13	5	27	1.61
23413423--23413542	40	3.0	40	76	1	123	32	18	20	28	1.96
23414422--23414638	116	1.9	116	79	3	249	30	17	19	31	1.95
23414916--23414996	41	2.0	41	95	4	146	7	33	2	56	1.40
23415694--23415718	10	2.5	10	100	0	50	12	12	24	52	1.72
23417673--23417987	43	7.4	43	81	2	352	29	16	24	29	1.97
23417673--23417987	84	3.7	83	85	5	366	29	16	24	29	1.97
23417673--23417987	127	2.5	128	83	3	384	29	16	24	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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