genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2744061--2744128	7	9.6	7	84	9	59	48	25	0	26	1.51
2744053--2744142	21	4.2	21	72	12	58	53	22	0	24	1.46
2748723--2748916	23	8.5	23	79	7	189	32	3	22	41	1.69
2751568--2751675	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
2752007--2752723	23	31.3	23	73	10	407	33	4	22	38	1.76
2752057--2752116	22	2.7	22	80	10	68	31	1	23	43	1.64
2752010--2752689	114	5.9	114	74	12	298	33	4	22	38	1.75
2752010--2752711	137	5.1	137	74	11	476	33	4	22	38	1.76
2752010--2752528	252	2.1	251	88	3	765	34	4	22	38	1.75
2752386--2752723	183	1.9	181	85	5	466	33	5	22	39	1.76
2752136--2752689	229	2.4	230	89	3	877	33	4	22	38	1.76
2753395--2753544	43	3.5	43	88	0	212	20	16	30	32	1.94
2758863--2758896	17	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
2759622--2759661	20	2.0	20	90	9	64	70	2	7	20	1.24
2763632--2763779	74	2.0	74	97	0	278	33	4	20	41	1.73
2764829--2764984	52	3.0	51	82	8	179	27	15	25	32	1.95
2768975--2769112	26	5.6	23	73	13	82	31	19	22	26	1.98
2776102--2776149	22	2.1	23	81	14	64	54	0	2	43	1.12
2776109--2776154	22	2.0	23	88	12	69	50	0	2	47	1.13
2776611--2776672	19	3.2	19	67	13	54	38	14	0	46	1.45
2776602--2776680	39	2.0	39	97	0	149	36	18	0	44	1.51
2779400--2779757	47	7.7	44	73	12	245	27	18	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2779449--2779706	47	5.6	45	76	10	247	27	17	29	24	1.97
2779406--2779706	91	3.3	91	85	6	351	27	18	29	24	1.98
2780958--2780995	19	2.0	19	100	0	76	31	36	21	10	1.87
2785741--2785778	19	2.0	19	100	0	76	31	36	21	10	1.87
2791836--2792102	47	5.7	47	72	10	192	27	20	29	21	1.98
2791881--2792142	91	2.8	90	85	5	319	29	19	29	22	1.98
2794692--2794780	43	2.1	43	97	0	169	32	29	7	30	1.86
2797041--2797099	29	2.0	29	90	0	91	18	22	6	52	1.68
2800698--2800824	63	2.0	63	100	0	254	38	14	22	25	1.91
2803604--2803634	14	2.3	13	94	5	53	25	0	0	74	0.82
2805395--2805497	43	2.4	43	80	6	111	28	17	22	32	1.96
2806043--2806086	11	4.0	11	81	18	56	18	6	27	47	1.73
2806053--2806098	12	3.8	12	81	18	60	17	6	26	50	1.70
2806043--2806092	23	2.2	23	100	0	100	18	8	26	48	1.75
2815236--2815443	46	4.5	46	80	9	203	27	19	29	23	1.98
2815233--2815402	94	1.8	92	85	8	238	27	20	28	24	1.99
2817572--2817693	63	1.9	63	96	0	226	30	9	15	44	1.79
2819755--2819937	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
2819791--2819972	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
2827729--2827951	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
2827729--2827951	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
2827729--2827984	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2830184--2830291	44	2.5	44	80	8	116	25	19	21	34	1.96
2836206--2836280	30	2.5	29	76	18	82	26	13	12	48	1.77
2839139--2839330	30	6.4	30	78	8	160	39	13	24	22	1.90
2839200--2839270	29	2.4	30	88	2	108	42	15	26	15	1.87
2839165--2839389	30	7.6	30	75	5	120	40	12	24	22	1.89
2839169--2839353	89	2.1	89	83	8	225	39	14	24	22	1.91
2839139--2839459	119	2.7	118	84	3	385	37	14	25	23	1.92
2839378--2839447	30	2.3	30	82	4	88	31	12	31	24	1.93
2851151--2851313	17	9.6	17	69	7	98	23	9	26	40	1.84
2851335--2851403	17	4.1	17	68	20	54	28	4	17	49	1.66
2853125--2853289	43	3.8	43	71	9	129	27	14	24	33	1.94
2856652--2856681	15	2.0	15	100	0	60	13	13	26	46	1.80
2857587--2857636	23	2.2	23	82	3	57	52	32	0	16	1.44
2858092--2858147	27	2.1	27	89	0	85	23	23	28	25	1.99
2862703--2862733	16	1.9	16	100	0	62	32	6	9	51	1.60
2872124--2872198	26	2.9	26	80	7	98	33	18	6	41	1.77
2874649--2874883	121	1.9	121	92	0	398	36	17	14	31	1.90
2880532--2880580	21	2.3	21	82	6	64	28	10	32	28	1.90
2882502--2882546	19	2.5	19	89	7	67	64	0	35	0	0.94
2888198--2888241	23	2.0	22	81	4	52	45	4	2	47	1.35
2889857--2889929	31	2.4	31	83	4	85	27	17	8	46	1.76
2893100--2893137	14	2.8	13	92	7	67	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2893381--2893426	24	1.9	24	95	0	83	39	17	6	36	1.76
2893975--2894100	61	2.1	60	82	4	146	39	18	6	35	1.76
2896034--2896093	24	2.6	24	80	17	65	41	0	3	55	1.16
2899433--2899471	4	9.5	4	83	5	51	69	0	30	0	0.89
2899439--2899471	17	1.9	17	93	0	57	72	0	27	0	0.85
2902561--2902621	27	2.2	28	94	5	115	19	24	34	21	1.96
2904861--2904908	22	2.2	22	92	3	80	37	10	2	50	1.49
2917865--2917944	40	2.0	40	92	4	137	42	10	22	25	1.84
2924648--2924682	17	2.1	17	88	0	52	31	0	20	48	1.50
2925030--2925063	17	1.9	18	88	5	52	41	38	2	17	1.65
2928187--2928361	42	4.1	42	78	2	161	22	17	17	41	1.90
2928285--2928389	43	2.5	42	77	12	106	21	18	20	39	1.93
2931364--2931538	46	3.8	47	81	8	200	29	18	28	22	1.98
2932528--2932562	13	2.7	13	100	0	70	31	31	31	5	1.81
2934259--2934341	28	2.9	28	77	13	89	44	14	18	22	1.86
2937139--2937177	19	2.1	19	85	9	53	25	12	5	56	1.57
2939946--2940042	28	3.5	28	77	4	115	46	17	15	20	1.84
2953084--2953133	21	2.4	22	86	6	68	20	14	22	44	1.86
2955897--2955946	19	2.6	20	84	6	59	52	4	8	36	1.50
2956031--2956101	22	3.2	22	78	4	81	69	4	23	2	1.20
2956782--2956822	7	5.9	7	94	0	73	41	0	26	31	1.56
2970188--2970237	24	2.1	24	85	7	66	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2973098--2973143	24	1.9	25	82	8	60	65	0	10	23	1.24
2974510--2974807	45	6.7	44	74	9	212	26	22	21	29	1.99
2974510--2974812	135	2.3	135	88	1	439	26	22	21	29	1.99
2974510--2974850	135	2.5	135	86	2	420	26	23	20	29	1.99
2980266--2980370	52	2.0	52	83	7	133	16	34	14	35	1.89
2983165--2983233	35	2.0	35	97	0	129	31	26	10	31	1.89
2988027--2988061	12	2.9	12	91	0	52	71	2	0	25	1.00
2992370--2992399	12	2.4	13	88	11	53	76	6	0	16	0.99
2995997--2996090	47	2.0	47	97	0	179	35	4	23	37	1.75
2998292--2998412	43	2.9	42	77	3	118	24	14	24	35	1.94
2999128--2999170	11	4.1	10	80	11	50	16	2	27	53	1.55
3002212--3002284	26	2.8	26	91	0	119	30	19	10	39	1.86
3011589--3011703	23	4.9	23	81	8	117	25	23	18	33	1.97
3011580--3011667	45	1.9	46	93	2	151	26	25	20	28	1.99
3011580--3011693	46	2.5	45	85	5	131	24	23	19	32	1.97
3012878--3012917	10	4.0	10	81	12	55	67	2	7	22	1.28
3013550--3013583	18	1.9	18	88	5	52	2	11	0	85	0.71
3013602--3013890	99	2.9	99	88	4	404	32	22	14	30	1.94
3014882--3014930	25	2.0	24	84	4	62	75	0	4	20	0.96
3015256--3015441	89	2.1	89	97	0	354	39	16	8	36	1.79
3025516--3025633	43	2.8	42	83	2	146	33	15	23	27	1.95
3035883--3035929	6	7.8	6	100	0	94	17	31	0	51	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3058466--3058524	28	2.1	28	100	0	118	27	8	23	40	1.83
3059875--3059979	56	1.9	55	84	2	138	26	8	14	50	1.71
3060231--3060362	41	3.2	41	75	2	113	20	23	25	30	1.99
3064722--3065280	131	4.3	131	83	0	650	33	15	12	38	1.84
3064722--3065280	263	2.1	262	83	0	704	33	15	12	38	1.84
3069089--3069138	25	2.0	25	100	0	100	36	0	28	36	1.58
3071621--3071648	14	2.0	14	100	0	56	7	42	0	50	1.30
3080510--3080534	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
3081333--3081421	42	2.1	42	87	4	126	51	12	6	29	1.65
3084227--3084335	56	1.9	56	98	0	209	45	11	10	32	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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