genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303570--303777	46	4.5	46	77	11	210	29	27	20	22	1.98
303622--303792	93	1.8	93	83	2	227	28	27	21	23	1.99
314060--314236	40	4.4	40	83	4	225	24	22	27	25	2.00
314060--314236	80	2.2	79	87	6	250	24	22	27	25	2.00
314464--314505	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
317191--317217	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
319936--319965	15	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
324582--324611	14	2.1	14	100	0	60	23	13	20	43	1.86
327337--327393	28	2.0	28	82	0	69	28	10	31	29	1.90
337477--337501	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
340083--340163	37	2.2	37	88	4	119	28	17	28	25	1.97
341531--341699	46	3.7	46	73	18	170	30	28	19	21	1.98
341534--341703	93	1.8	93	92	2	288	30	28	18	21	1.97
344102--344157	15	3.7	15	81	9	78	62	8	16	12	1.53
347124--347296	46	3.7	46	75	7	188	30	28	20	21	1.98
347129--347299	93	1.8	93	92	0	288	29	29	20	21	1.98
347222--347307	46	1.9	45	83	4	111	31	30	18	19	1.96
349620--349823	46	4.1	47	75	16	137	31	29	16	23	1.96
349664--349830	52	3.2	52	80	10	187	31	27	15	25	1.96
364502--364668	52	3.2	52	78	10	169	31	25	16	26	1.96
366038--366377	42	7.7	41	75	14	234	28	15	25	30	1.96
366061--366248	48	3.9	48	88	2	281	29	15	24	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
366038--366285	96	2.7	92	81	10	258	29	15	25	30	1.96
370887--371028	46	3.0	47	79	8	153	36	13	23	26	1.92
375229--375370	46	3.0	47	79	8	153	36	13	23	26	1.92
375726--375982	129	2.0	129	97	0	487	28	12	21	37	1.89
376176--376340	87	1.9	87	94	0	294	31	9	27	32	1.88
377663--377733	28	2.5	28	81	4	90	28	14	25	32	1.94
383176--383349	45	3.8	45	86	2	215	28	24	23	23	2.00
383176--383349	90	1.9	91	85	1	242	28	24	23	23	2.00
384152--384247	47	2.0	47	91	0	156	42	14	12	30	1.83
390792--390967	45	4.0	45	88	2	250	26	27	22	23	2.00
390792--390967	90	2.0	90	92	2	293	26	27	22	23	2.00
391778--391873	47	2.0	47	90	7	151	46	13	10	29	1.76
402660--402766	27	3.9	27	80	13	112	38	22	23	15	1.93
407322--407472	40	3.8	40	92	3	225	23	22	27	25	2.00
413936--414047	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
413936--414047	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
419767--419898	43	3.1	43	78	6	126	34	25	15	25	1.95
422153--422182	13	2.3	13	100	0	60	30	10	13	46	1.75
425386--426163	48	16.2	48	92	2	1224	37	6	24	32	1.80
426296--426366	37	1.9	37	91	0	115	23	19	30	25	1.98
431866--431957	27	3.4	27	83	3	114	28	25	6	40	1.80
431853--431957	54	1.9	54	82	3	131	32	23	6	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
431949--432085	27	5.1	26	69	18	75	40	21	10	27	1.85
433069--433138	25	2.8	24	89	4	95	25	27	24	22	2.00
433069--433149	25	3.2	25	84	3	74	30	23	23	22	1.99
433286--433377	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
433401--433479	31	2.5	31	91	0	122	27	15	26	30	1.96
435838--435907	33	2.1	33	97	0	131	42	11	15	30	1.82
444611--444736	50	2.5	50	87	7	159	21	26	20	30	1.98
445603--445627	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
453769--453793	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
457490--457667	40	4.5	40	89	3	254	24	28	23	23	1.99
462297--462339	12	3.7	12	81	12	54	37	0	2	60	1.10
462644--462684	16	2.6	16	88	0	55	26	29	7	36	1.83
463047--463116	28	2.5	28	83	9	97	18	28	1	51	1.55
463236--463294	28	2.1	27	93	3	100	15	30	1	52	1.52
463163--463323	82	2.0	80	86	4	225	21	32	1	45	1.60
463271--463307	19	1.9	19	88	0	56	21	40	2	35	1.68
464392--464454	26	2.4	26	89	0	99	20	26	12	39	1.89
465071--465095	11	2.3	11	100	0	50	44	12	0	44	1.41
467681--467725	23	1.9	23	86	4	63	75	2	6	15	1.11
478863--478897	16	2.2	16	100	0	70	42	0	0	57	0.99
483552--483637	45	1.9	45	90	0	136	25	12	24	37	1.91
485589--485656	28	2.4	28	95	0	118	29	26	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
485692--485775	40	2.1	40	82	4	98	33	25	16	25	1.96
486920--486974	24	2.3	24	87	3	85	27	3	25	43	1.71
491772--492083	47	6.6	47	75	10	246	29	20	29	20	1.98
491772--492094	94	3.5	92	76	12	320	29	21	29	19	1.98
492757--492814	30	1.9	30	85	0	80	22	27	32	17	1.96
499208--499533	47	7.0	48	73	12	202	26	20	30	22	1.98
499264--499473	45	4.7	42	76	13	145	25	20	30	23	1.98
500775--500852	28	2.8	28	88	0	120	28	25	12	33	1.93
501366--501454	44	2.0	44	97	0	169	35	14	15	33	1.88
502953--502988	18	2.0	18	100	0	72	22	38	11	27	1.88
506535--506667	48	2.8	48	79	1	151	27	18	30	24	1.98
511538--511654	44	2.6	44	81	4	128	35	30	13	19	1.91
514433--514639	53	3.8	54	81	4	256	35	18	24	21	1.95
514444--514639	108	1.8	109	89	1	313	34	18	25	21	1.96
524581--524619	20	2.0	19	85	5	51	25	20	12	41	1.88
524900--524937	18	2.2	18	86	13	53	21	2	15	60	1.47
531741--532057	27	11.7	27	94	0	526	28	22	8	40	1.83
531766--532233	54	8.6	54	85	5	204	33	21	8	36	1.83
532103--532170	33	2.1	33	97	0	127	45	16	5	32	1.71
532077--532197	60	2.0	60	85	3	163	43	19	7	28	1.78
532049--532224	87	2.0	87	85	4	239	42	19	7	30	1.79
532036--532259	27	8.2	26	75	13	141	41	20	7	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
532252--532467	27	8.0	27	87	0	297	34	19	21	24	1.96
532252--532458	54	3.8	54	92	0	342	33	19	22	24	1.97
532276--532985	358	2.0	358	99	0	1402	29	16	24	30	1.96
532634--532816	54	3.4	54	94	0	312	33	19	22	24	1.97
532634--532825	27	7.1	27	87	0	267	34	19	21	24	1.96
534522--534699	27	6.6	27	84	2	187	32	21	5	41	1.75
534530--534699	54	3.1	54	87	0	223	31	22	5	41	1.76
534522--534699	81	2.2	81	86	0	257	32	21	5	41	1.75
534856--535047	27	7.1	27	85	2	242	35	18	20	25	1.95
534856--535046	54	3.5	54	87	3	276	36	17	20	25	1.95
535250--535344	25	3.8	25	84	6	115	29	24	22	24	1.99
543016--543112	50	1.9	50	100	0	194	32	11	25	29	1.91
549441--549473	15	2.3	15	89	5	50	3	3	48	45	1.33
565128--565206	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
565325--565623	47	6.3	47	94	1	490	29	30	8	32	1.86
574139--574217	37	2.1	37	90	0	122	29	29	17	24	1.97
576487--576665	85	2.1	85	98	0	349	26	26	8	38	1.85
583698--583768	31	2.3	31	92	4	117	22	22	11	43	1.85
584655--584724	21	3.2	21	62	18	52	20	15	25	38	1.92
586170--586213	20	2.2	20	91	0	70	20	31	34	13	1.92
588463--588498	12	3.3	11	88	11	56	33	0	0	66	0.92
588669--588704	12	3.3	11	88	11	56	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
588411--588822	206	2.0	206	100	0	824	39	11	15	33	1.82
598007--598068	28	2.2	28	80	5	72	48	20	4	25	1.70
598384--598436	27	2.0	27	85	7	72	33	26	22	16	1.96
598853--598983	27	4.9	27	79	3	131	27	22	17	32	1.97
598963--599039	28	2.8	27	78	9	75	29	15	18	36	1.92
602695--602764	27	2.6	27	83	0	104	25	20	22	31	1.98
602699--602824	53	2.4	53	82	4	146	25	18	18	38	1.93
602833--602902	27	2.7	26	86	2	95	24	11	21	42	1.85
606669--606704	17	2.1	18	89	5	56	47	5	5	41	1.50
608878--608930	27	2.0	27	88	0	79	35	20	18	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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