genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9614350--9614469	40	3.0	41	80	6	138	25	28	21	25	1.99
9615790--9615961	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
9615783--9615958	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
9620236--9620274	16	2.4	16	91	0	60	56	20	12	10	1.65
9620485--9620574	29	3.1	29	87	1	119	23	14	32	30	1.94
9621687--9621720	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
9624118--9624311	27	7.2	27	86	0	262	40	20	8	30	1.81
9624118--9624393	54	5.1	54	80	2	241	39	20	8	31	1.83
9624118--9624376	81	3.2	81	81	3	279	40	20	8	30	1.82
9624138--9624429	27	10.8	27	77	4	144	40	19	7	32	1.80
9624423--9624743	27	12.0	27	87	1	403	33	19	22	24	1.97
9625171--9625234	22	2.9	22	77	9	67	20	20	23	35	1.96
9626300--9626394	40	2.4	39	84	6	120	23	27	22	27	1.99
9630225--9630449	122	1.9	120	88	3	344	41	9	18	30	1.83
9635548--9635638	42	2.2	42	89	0	137	39	23	15	21	1.91
9636026--9636100	28	2.7	28	83	8	98	28	32	14	25	1.95
9642623--9642839	46	4.7	46	75	13	185	28	19	29	22	1.98
9643858--9643918	30	2.0	30	87	0	86	37	8	26	27	1.85
9656040--9656251	45	4.6	46	78	9	177	29	18	29	23	1.98
9657407--9657447	22	1.9	22	90	5	66	9	36	29	24	1.87
9665600--9665821	45	5.0	45	87	1	304	29	27	19	22	1.98
9665556--9665821	135	2.0	131	86	5	365	28	28	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9666661--9666787	25	5.1	25	87	3	166	47	11	12	29	1.76
9677466--9677535	27	2.6	27	93	2	113	31	27	12	28	1.93
9677465--9677560	27	3.4	28	85	2	104	32	28	12	27	1.93
9681150--9681354	55	3.8	53	79	7	234	36	17	24	22	1.95
9681154--9681354	108	1.8	110	88	6	311	35	17	24	22	1.95
9681470--9681514	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
9690613--9690828	46	4.6	49	74	14	145	25	20	28	25	1.99
9704504--9704590	43	2.0	43	80	12	99	27	27	19	25	1.99
9708149--9708188	20	2.1	19	86	9	55	7	27	12	52	1.66
9719255--9719334	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
9719246--9719333	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
9721316--9721433	46	2.6	46	95	0	209	20	20	29	29	1.97
9727507--9727669	47	3.5	47	72	14	183	30	28	20	20	1.98
9727460--9727725	93	2.9	93	90	0	415	29	27	20	22	1.98
9727453--9727721	46	5.8	45	71	14	190	30	27	20	21	1.98
9730770--9730891	48	2.5	48	87	0	172	28	21	26	23	1.99
9738100--9738132	13	2.4	14	85	5	50	39	0	0	60	0.97
9738765--9738816	20	2.5	20	87	3	77	46	11	15	26	1.80
9743829--9743977	78	1.9	78	100	0	298	36	25	16	22	1.94
9747573--9747657	45	1.9	44	90	2	134	24	10	22	42	1.85
9754162--9754242	27	3.0	26	82	5	90	35	20	23	19	1.96
9754286--9754326	20	2.0	20	95	0	73	39	29	17	14	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9754405--9754459	27	2.1	27	93	3	94	34	23	23	18	1.96
9754314--9754709	202	2.0	201	94	3	706	32	26	18	21	1.97
9754579--9754661	27	3.1	26	86	5	94	37	20	21	20	1.95
9754892--9755507	27	22.6	27	84	3	705	24	19	19	37	1.94
9754888--9755500	81	7.5	81	86	4	782	24	19	19	36	1.95
9755492--9755642	27	5.6	27	76	8	130	29	9	20	40	1.84
9760730--9760923	48	4.0	48	96	0	343	35	6	27	30	1.81
9761064--9761202	37	3.8	37	94	1	235	24	19	31	24	1.98
9761065--9761202	73	1.9	73	93	0	240	24	19	31	23	1.98
9763982--9764006	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
9767210--9767307	43	2.3	43	87	0	115	31	24	16	27	1.96
9773252--9773351	51	2.0	51	82	7	123	30	26	14	30	1.94
9787499--9788200	234	3.0	234	99	0	1386	21	17	27	33	1.96
9788923--9789014	27	3.4	27	84	0	121	33	18	21	26	1.96
9790690--9790798	54	2.0	54	94	0	191	28	17	34	19	1.94
9792403--9792481	39	2.1	38	92	2	131	15	18	27	37	1.91
9805543--9805849	47	6.6	45	69	15	164	24	27	20	28	1.99
9811685--9811899	93	2.3	93	89	0	313	23	17	28	30	1.97
9811729--9811891	47	3.5	47	69	11	154	23	17	28	30	1.97
9814786--9814845	15	4.0	15	77	0	66	11	11	15	61	1.56
9814787--9814855	30	2.3	30	85	2	95	10	13	15	60	1.58
9817307--9817661	47	7.6	47	75	16	362	21	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9817279--9817615	46	7.3	46	74	16	320	22	19	28	29	1.98
9817279--9817669	93	4.2	93	98	0	737	21	19	29	29	1.98
9823152--9823194	16	2.7	16	92	0	68	48	16	23	11	1.78
9823152--9823194	8	5.4	8	80	0	50	48	16	23	11	1.78
9823405--9823504	29	3.5	28	82	6	112	28	12	29	31	1.92
9823413--9823528	57	2.0	57	81	3	135	25	12	31	29	1.93
9829140--9829256	43	2.7	43	83	0	135	29	17	23	29	1.97
9829089--9829403	146	2.2	143	80	6	348	28	14	23	33	1.94
9829308--9829401	43	2.2	43	83	7	111	27	10	25	36	1.89
9836677--9837152	85	5.6	84	75	10	337	43	9	13	33	1.76
9836742--9837158	85	4.9	85	77	7	407	43	9	13	34	1.75
9836677--9837217	255	2.1	256	88	1	791	42	9	13	34	1.76
9836677--9837332	255	2.6	251	81	6	588	42	9	13	34	1.76
9837162--9837369	86	2.4	85	76	9	204	42	9	13	34	1.77
9849262--9849540	50	5.5	50	83	1	333	31	28	15	24	1.95
9849262--9849495	101	2.3	100	86	0	324	29	28	17	25	1.97
9851235--9851489	47	5.5	47	77	12	217	28	17	30	24	1.97
9851273--9851489	93	2.3	93	81	9	246	28	16	30	24	1.96
9851235--9851489	140	1.8	140	82	3	334	28	17	30	24	1.97
9851225--9851493	46	5.8	48	78	9	238	27	17	30	24	1.97
9858243--9858411	91	1.8	93	86	5	245	27	30	17	25	1.97
9858194--9858451	47	5.5	48	76	13	232	25	31	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9858194--9858451	141	1.8	140	85	5	360	25	31	18	25	1.98
9862427--9862599	48	3.6	48	88	0	229	29	26	18	26	1.98
9863516--9863546	14	2.2	14	100	0	62	35	25	6	32	1.82
9873998--9874172	46	3.8	46	78	14	198	20	20	29	29	1.97
9877058--9877368	47	6.6	47	93	1	505	28	30	8	32	1.86
9877058--9877368	143	2.2	141	92	1	505	28	30	8	32	1.86
9878755--9878888	69	1.9	70	90	1	216	36	16	14	32	1.89
9895561--9895605	24	1.9	23	86	4	63	31	24	24	20	1.98
9897274--9897348	37	2.0	37	100	0	150	33	5	8	53	1.53
9897519--9897592	13	5.8	13	82	3	87	32	8	25	33	1.85
9897519--9897592	38	1.9	38	86	0	103	32	8	25	33	1.85
9899935--9900012	36	2.2	36	90	0	120	37	7	25	29	1.84
9902978--9903050	35	2.1	35	89	0	110	41	6	30	21	1.79
9906797--9906852	29	2.0	29	92	3	96	32	23	23	21	1.98
9911070--9911102	8	4.1	8	96	0	57	51	0	21	27	1.48
9911465--9911582	44	2.8	42	75	14	114	22	16	25	35	1.95
9911470--9911626	43	3.7	43	76	11	117	24	17	24	34	1.96
9920681--9921060	47	8.1	47	93	2	638	31	9	30	28	1.88
9921179--9921257	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
9923733--9924143	47	8.7	47	95	0	707	32	8	30	28	1.87
9924262--9924338	37	2.1	36	90	2	118	23	16	33	25	1.96
9925556--9925785	40	5.8	40	89	2	336	23	21	29	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9929366--9929823	47	9.7	47	96	0	801	32	8	30	28	1.87
9929942--9930020	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
9930233--9930310	37	2.1	37	85	2	104	24	16	32	26	1.96
9929908--9930487	290	2.0	291	98	0	1135	28	15	24	31	1.96
9932745--9933466	360	2.0	360	100	0	1444	31	19	24	24	1.98
9937189--9937307	59	2.0	59	96	0	220	27	31	19	21	1.97
9951787--9952089	80	3.8	80	88	2	387	26	28	20	24	1.99
9951817--9952089	120	2.3	120	85	4	363	27	28	20	23	1.99
9951787--9952036	40	6.3	40	94	0	376	26	28	20	23	1.99
9952021--9952098	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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