Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   

This is table  176  of  279  ( 33431 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57984704--57984791
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2.5
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24
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35
1.23
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
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2.7
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Indices
Period
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Copy
Number
Consensus
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Percent
Indels
Score
A
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(0-2)
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52
1.13
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2.9
15
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10
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47
0
0
52
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58161571--58161881
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45
0
0
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1.58
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0
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0
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0
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0
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0
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29
1.90
58201614--58201648
2
17.5
2
100
0
70
51
0
48
0
1.00
58203594--58203644
13
4.0
13
75
12
52
37
0
3
58
1.16
58204344--58204649
153
2.0
153
98
0
585
31
17
15
35
1.92
58206977--58207014
20
1.9
20
88
0
58
10
28
5
55
1.56
58208909--58208952
11
4.0
11
84
0
52
79
0
6
13
0.92
58208905--58208951
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2.1
22
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80
0
4
14
0.85
58208959--58208998
14
2.9
13
88
3
53
77
2
2
17
0.99
58212736--58212819
42
2.0
42
97
0
159
52
3
16
27
1.60
58213475--58213515
19
2.2
20
91
8
68
70
0
29
0
0.87
58214869--58214917
20
2.4
21
73
10
57
61
2
6
30
1.32
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58215042--58215066
12
2.1
12
100
0
50
16
24
20
40
1.91
58215097--58215205
47
2.3
47
90
3
166
15
22
23
37
1.93
58215330--58215532
18
11.3
18
75
12
157
35
11
14
37
1.83
58221272--58221313
21
2.0
21
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9
50
19
26
0
54
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40
2.9
38
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6
115
35
15
9
39
1.80
58223357--58223426
32
2.1
32
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12
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48
1
1
48
1.19
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42
1.9
42
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0
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28
17
19
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1.95
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23
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18
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1.88
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20
1.91
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2.0
94
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18
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1.93
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21
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13
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2
100
0
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0
50
0
50
1.00
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2.8
20
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10
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67
0
1
30
1.01
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4
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0
0
30
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2.0
74
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0
283
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15
17
31
1.92
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1.9
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34
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58255766--58255838
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13
102
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2
5
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1.38
58255790--58255866
29
2.6
30
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10
77
57
5
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33
1.39
58256599--58256634
18
2.0
18
89
10
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58
5
0
36
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3
11.3
3
93
0
59
32
2
0
64
1.08
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5.2
18
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0
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24
27
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58272875--58272967
36
2.6
36
94
0
168
31
16
24
27
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
58274402--58275401
120
8.3
120
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1
1860
43
2
5
48
1.40
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18
2.0
17
88
5
52
45
0
0
54
0.99
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18
2.0
17
88
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52
45
0
0
54
0.99
58274402--58275401
481
2.1
480
96
0
1860
43
2
5
48
1.40
58275334--58275368
18
2.0
17
88
5
52
45
0
0
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0.99
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2.3
19
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0
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24
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1
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15
2.1
15
100
0
64
68
0
6
25
1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          273   274   275   276   277   278   279