genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76923180--76923231	26	2.0	26	96	0	95	42	13	3	40	1.62
76925930--76926086	43	3.7	43	73	8	142	28	26	17	27	1.98
76926974--76927653	340	2.0	340	98	0	1315	43	18	16	21	1.87
76929055--76929155	43	2.4	43	77	8	109	26	21	23	27	1.99
76939575--76939635	21	2.9	21	90	4	97	34	18	11	36	1.86
76939575--76939646	5	14.0	5	72	10	56	36	18	9	36	1.83
76939575--76939641	10	6.6	10	81	11	75	35	17	10	35	1.85
76942636--76942857	40	5.6	40	79	10	206	26	26	21	26	1.99
76942636--76942858	79	2.8	78	81	8	252	26	26	21	26	1.99
76942636--76942858	119	1.9	120	80	8	267	26	26	21	26	1.99
76950547--76950762	45	5.0	45	81	6	218	26	27	20	25	1.99
76961843--76961930	45	2.0	44	90	2	140	26	25	23	25	2.00
76968487--76968539	22	2.4	22	87	6	72	43	22	5	28	1.76
76971922--76972162	41	5.9	41	85	1	288	20	23	21	34	1.97
76971946--76972170	122	1.8	123	87	3	337	20	23	21	35	1.96
76972654--76972747	43	2.2	43	88	0	134	26	25	20	27	1.99
76979370--76979468	43	2.3	43	85	0	126	29	25	19	26	1.98
76982452--76982672	96	2.3	96	83	3	257	28	28	16	25	1.97
76982452--76982678	48	4.7	48	82	3	233	28	28	17	25	1.98
76986065--76986090	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
76986122--76986527	41	9.9	40	88	2	188	34	22	21	22	1.97
76986185--76986527	41	8.4	41	88	3	433	34	22	21	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76991370--76991577	40	5.2	40	93	0	337	25	26	22	24	2.00
76993100--76993125	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
76996200--76996263	28	2.3	28	94	0	110	32	28	7	31	1.85
76996370--76996431	28	2.2	29	88	8	92	22	20	24	32	1.98
76996379--76996442	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
76996885--76996925	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
77000604--77000716	28	4.0	29	83	3	126	35	21	23	19	1.96
77000604--77000709	56	1.9	56	84	7	144	35	19	24	19	1.95
77000824--77000887	28	2.3	28	94	0	110	31	7	28	32	1.85
77001953--77001985	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
77008243--77008333	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
77008440--77008503	28	2.3	28	91	0	101	31	9	28	31	1.88
77010017--77010226	40	5.3	40	90	1	262	25	20	27	26	1.99
77009965--77010261	80	3.7	80	80	6	212	26	20	27	25	1.99
77012793--77013474	27	25.3	27	83	4	775	26	21	9	41	1.84
77013479--77013629	54	2.8	54	84	2	187	36	18	17	27	1.94
77013478--77013648	81	2.1	81	83	2	218	36	17	18	27	1.93
77013479--77013647	27	6.3	27	83	1	169	36	17	18	27	1.94
77013846--77013928	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
77014016--77014074	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
77014239--77014312	27	2.8	26	83	6	85	17	22	21	37	1.94
77014430--77014607	12	14.7	12	71	15	80	19	17	14	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77014455--77014586	6	21.8	6	78	16	139	18	16	14	50	1.79
77014430--77014586	55	2.8	56	87	6	201	19	17	14	49	1.79
77014430--77014607	30	6.1	30	78	13	165	19	17	14	49	1.80
77016478--77016939	27	17.1	27	86	4	565	27	21	9	41	1.84
77022456--77022644	79	2.4	82	83	7	235	24	21	27	25	1.99
77022460--77022645	40	4.7	40	82	6	216	24	22	27	25	2.00
77022515--77022679	79	2.1	79	79	6	174	26	21	27	24	1.99
77023476--77023552	38	2.0	38	97	0	145	41	12	16	28	1.86
77030826--77031197	46	7.9	45	74	12	209	23	29	18	28	1.98
77030825--77031193	94	3.9	96	76	10	293	22	29	18	28	1.98
77034548--77034631	43	2.0	43	87	0	123	27	29	21	21	1.98
77036160--77036227	34	2.0	34	97	0	127	22	16	23	38	1.93
77036160--77036211	16	3.0	18	66	11	54	21	15	23	40	1.91
77037928--77038022	29	3.2	29	63	26	72	46	11	12	29	1.77
77037874--77038053	60	3.0	60	98	0	342	45	11	13	30	1.79
77039824--77039867	19	2.4	19	80	3	54	45	2	13	38	1.56
77039889--77039926	11	3.1	12	85	14	51	42	0	0	57	0.98
77039994--77040027	12	2.8	12	86	4	50	70	0	29	0	0.87
77041101--77041148	6	8.0	6	86	6	62	35	2	18	43	1.62
77045369--77045470	26	3.9	26	80	1	96	23	20	18	37	1.94
77045566--77045636	33	2.2	32	80	7	79	19	23	25	30	1.98
77050831--77050953	28	4.4	28	88	2	167	26	12	27	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77050831--77050953	55	2.2	57	86	2	169	26	12	27	33	1.92
77050856--77050966	28	4.0	27	88	3	89	29	11	25	33	1.91
77055920--77055969	27	1.9	25	84	8	64	36	16	30	18	1.92
77062137--77062182	24	1.9	24	90	0	74	50	13	26	10	1.74
77076181--77076235	22	2.5	22	82	5	67	30	18	32	18	1.95
77079673--77079722	22	2.3	22	82	6	57	38	24	24	14	1.92
77080876--77081025	29	5.1	29	83	3	158	40	15	23	20	1.90
77082236--77082314	28	2.9	26	81	9	104	36	25	22	15	1.93
77092031--77092162	40	3.3	39	85	6	176	28	28	20	23	1.99
77100202--77100272	29	2.5	30	80	11	78	46	18	7	28	1.75
77100652--77100704	27	2.0	27	88	0	79	45	18	7	28	1.77
77103637--77103684	24	2.0	24	100	0	96	25	29	25	20	1.99
77104406--77104432	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
77106354--77106720	27	13.7	27	78	9	189	36	23	8	31	1.85
77106367--77106512	54	2.7	54	91	0	220	29	25	7	37	1.83
77106516--77106721	81	2.5	80	80	5	218	40	23	8	27	1.84
77106705--77107768	27	41.2	27	80	9	1143	33	19	21	26	1.97
77106905--77106944	19	2.1	19	95	0	71	27	22	22	27	1.99
77106722--77107688	127	7.6	127	95	1	1659	32	19	22	26	1.97
77107032--77107071	19	2.1	19	95	0	71	27	22	22	27	1.99
77107159--77107198	19	2.1	19	95	0	71	27	22	22	27	1.99
77107286--77107325	19	2.1	19	95	0	71	27	22	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77107413--77107452	19	2.1	19	95	0	71	27	22	22	27	1.99
77108225--77108286	22	2.9	21	80	7	70	20	22	22	33	1.97
77108444--77108545	27	3.8	27	85	5	116	19	23	20	36	1.95
77108444--77108545	54	1.9	53	83	2	132	19	23	20	36	1.95
77108702--77108851	6	24.8	6	75	16	141	20	16	13	49	1.79
77108677--77108748	31	2.4	30	90	2	108	19	18	15	47	1.83
77108684--77108851	79	2.1	79	92	4	277	20	17	13	48	1.80
77113959--77114011	12	4.5	12	80	2	54	18	7	0	73	1.06
77113942--77114004	6	10.5	6	81	6	74	15	6	0	77	0.96
77113961--77114011	24	2.1	24	88	0	75	17	7	0	74	1.05
77116929--77116955	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
77119810--77119866	20	2.8	20	86	2	78	21	19	36	22	1.95
77120216--77120280	11	6.1	11	75	7	62	36	13	16	32	1.89
77120218--77120257	21	1.9	21	94	0	71	37	10	22	30	1.87
77128646--77128853	67	3.2	66	75	12	187	22	28	17	31	1.96
77133046--77133125	40	2.0	40	95	0	142	21	21	31	26	1.98
77137769--77137802	17	1.9	17	88	5	50	26	44	17	11	1.83
77138055--77138105	24	2.1	24	92	0	84	39	31	15	13	1.87
77141606--77141668	27	2.4	27	78	2	65	26	17	17	38	1.92
77141676--77141763	27	3.3	27	81	9	81	26	12	22	38	1.90
77150207--77150261	27	2.0	27	100	0	110	36	14	16	32	1.89
77151292--77151551	27	9.6	27	80	3	200	40	20	7	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77151385--77151662	54	5.1	54	75	6	184	39	20	8	30	1.83
77151387--77151581	81	2.4	80	82	7	257	41	21	8	29	1.82
77151387--77151578	27	7.1	28	81	5	155	41	21	7	29	1.81
77151590--77151641	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
77151695--77151782	27	3.3	27	87	3	124	37	20	23	18	1.94
77152585--77152772	26	7.3	26	84	2	240	28	20	23	27	1.99
77152585--77152772	52	3.7	52	91	3	294	28	20	23	27	1.99
77152977--77153055	31	2.5	31	95	0	140	30	18	24	26	1.98
77164483--77164983	47	10.6	47	98	0	930	31	6	27	33	1.82
77165101--77165179	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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