genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77392211--77392298	16	5.5	16	86	5	115	37	5	28	28	1.80
77392280--77392373	44	2.1	44	82	7	109	36	4	23	36	1.75
77392478--77392601	58	2.2	56	84	5	151	51	4	0	43	1.26
77394205--77394281	26	3.2	26	66	27	78	61	6	5	27	1.42
77394194--77394291	46	2.2	46	85	5	137	64	7	4	24	1.37
77401737--77401781	23	2.0	22	91	4	72	55	0	35	8	1.31
77407316--77407391	37	2.1	37	97	0	143	28	13	13	44	1.81
77409322--77409377	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
77412557--77412593	15	2.5	15	95	0	65	24	16	16	43	1.87
77417750--77417806	29	1.9	30	85	3	80	56	21	3	19	1.57
77424181--77424260	32	2.5	32	83	2	108	28	2	17	51	1.58
77425571--77425608	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
77425933--77425967	16	2.2	16	100	0	70	42	0	11	45	1.40
77429762--77429786	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
77429786--77429833	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
77429788--77429872	6	13.5	6	85	8	53	68	0	3	28	1.06
77429951--77430005	24	2.4	22	77	19	58	76	7	0	16	1.00
77430033--77430068	16	2.2	16	90	0	54	80	0	5	13	0.88
77431716--77431769	28	1.9	28	81	7	65	51	1	1	44	1.22
77431935--77432253	160	2.0	160	99	0	629	47	13	13	25	1.79
77433411--77433439	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
77436250--77436346	27	3.5	27	80	12	108	41	36	5	17	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77436847--77436880	18	1.9	18	88	5	52	32	23	0	44	1.54
77450389--77450431	21	2.0	21	100	0	86	58	0	4	37	1.19
77451051--77451090	18	2.2	18	86	0	53	15	5	12	67	1.38
77453132--77453445	151	2.1	150	84	7	399	42	2	10	44	1.53
77453663--77453695	12	2.8	12	90	0	57	24	48	18	9	1.76
77459093--77459140	20	2.4	20	89	0	69	14	31	33	20	1.93
77460999--77461425	48	8.9	48	78	4	430	26	29	18	25	1.98
77460999--77461408	96	4.3	96	90	0	570	25	30	19	25	1.98
77464610--77464703	40	2.4	39	85	3	118	13	11	37	37	1.82
77466624--77466726	37	2.8	37	75	0	107	33	26	14	26	1.95
77469588--77470005	96	4.4	96	89	1	570	25	28	18	26	1.98
77469588--77470017	48	9.0	48	76	3	398	26	28	18	26	1.98
77479623--77479724	43	2.4	43	86	3	125	30	16	21	31	1.96
77488634--77488678	20	2.2	21	88	7	67	33	0	2	64	1.06
77488636--77488686	20	2.6	19	81	9	59	29	0	3	66	1.09
77489894--77489958	3	21.7	3	100	0	130	67	0	0	32	0.91
77489957--77490017	6	9.8	6	85	7	86	52	1	45	0	1.10
77489961--77490063	3	35.3	3	71	11	54	61	0	35	1	1.14
77490745--77490790	23	2.0	23	91	0	74	19	36	15	28	1.92
77493243--77493297	24	2.4	22	75	19	58	45	5	0	49	1.25
77493334--77493398	24	2.8	23	84	6	71	30	4	1	63	1.24
77493411--77493457	21	2.2	21	80	0	58	36	2	6	55	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77493654--77493721	19	3.5	19	71	13	57	35	1	0	63	1.04
77493647--77493700	23	2.3	23	81	18	67	33	0	0	66	0.92
77493650--77493702	25	2.1	26	86	6	74	32	0	0	67	0.91
77493683--77493708	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
77493698--77493748	25	1.9	28	88	11	81	43	3	0	52	1.19
77493989--77494018	16	1.9	15	93	6	51	33	6	16	43	1.74
77494986--77496591	803	2.0	803	99	0	3203	27	17	22	31	1.97
77498830--77498869	21	1.9	21	94	0	71	22	37	0	40	1.54
77503180--77503968	205	3.8	205	94	0	1326	31	17	21	30	1.96
77505605--77505659	24	2.4	22	75	19	58	45	5	0	49	1.25
77513206--77513679	39	12.2	39	94	0	669	21	21	30	26	1.98
77515961--77516059	33	3.0	33	89	0	117	20	28	18	33	1.96
77520686--77520797	50	2.2	50	96	0	206	44	22	15	17	1.86
77530566--77530604	10	3.8	10	82	3	51	41	0	0	58	0.98
77530973--77531022	22	2.2	24	85	7	68	24	0	28	48	1.52
77531438--77531806	126	2.9	126	86	4	514	34	17	19	28	1.94
77535302--77535337	18	2.0	18	94	0	63	38	2	27	30	1.71
77535932--77535964	7	4.7	7	100	0	66	57	15	0	27	1.38
77536969--77537080	48	2.3	47	86	8	147	49	4	9	36	1.56
77545781--77545841	30	2.0	30	96	0	113	37	9	19	32	1.85
77548695--77548739	16	2.7	17	89	6	74	20	0	8	71	1.12
77550769--77550793	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77552543--77552656	18	6.3	18	88	5	169	37	15	10	35	1.82
77552544--77552648	35	3.0	35	97	1	192	37	15	11	36	1.83
77552544--77552656	17	6.3	18	89	5	167	37	15	10	36	1.83
77553202--77553251	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
77553685--77553771	45	2.0	45	95	2	158	49	12	14	22	1.78
77554630--77554665	18	2.0	18	94	0	63	55	25	13	5	1.60
77555662--77555687	13	2.0	13	100	0	52	30	30	7	30	1.85
77556706--77556752	23	2.0	23	95	0	85	8	10	44	36	1.70
77556817--77556873	15	4.1	14	82	14	66	68	0	3	28	1.06
77556817--77556873	28	2.1	27	87	9	80	68	0	3	28	1.06
77556836--77556875	21	2.0	20	95	5	71	67	0	5	27	1.11
77561166--77561203	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
77564502--77564550	10	4.9	10	85	9	73	69	2	8	20	1.24
77564514--77564561	20	2.4	20	82	6	62	70	0	8	20	1.12
77566269--77566348	27	3.0	27	94	1	144	28	11	32	27	1.91
77568924--77569273	50	7.0	50	81	3	409	28	25	18	27	1.98
77568930--77569213	151	1.9	150	93	0	487	28	25	19	26	1.99
77573037--77573101	5	12.8	5	96	3	121	38	0	0	61	0.96
77573347--77573453	49	2.2	49	98	0	205	25	19	8	46	1.78
77577037--77577071	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
77577325--77577400	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
77577354--77577432	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77577375--77577430	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
77577361--77577432	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
77577788--77578056	45	5.9	45	79	7	267	26	27	15	31	1.96
77577796--77577965	89	1.9	89	87	0	250	27	29	13	30	1.94
77577995--77578212	78	2.8	78	89	0	328	25	23	19	31	1.98
77579105--77579261	81	1.9	81	92	0	260	49	11	15	23	1.78
77588515--77588590	22	3.7	21	71	15	59	42	18	3	35	1.69
77588551--77588641	19	4.9	19	86	8	143	37	16	9	36	1.82
77590105--77590145	21	2.0	20	90	4	64	29	0	21	48	1.50
77597103--77597162	10	6.0	10	81	11	70	66	1	10	21	1.30
77597816--77598002	96	1.9	97	90	1	295	31	26	14	27	1.95
77597981--77598094	57	2.0	57	89	0	174	30	20	13	35	1.90
77598557--77598586	15	2.0	15	93	0	51	36	33	30	0	1.58
77598821--77598861	13	2.9	15	75	17	52	75	0	2	21	0.92
77604557--77604643	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
77606079--77606114	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
77608288--77608347	10	6.0	10	81	18	72	68	3	8	20	1.30
77608288--77608345	30	1.9	30	86	13	84	68	3	8	18	1.30
77614105--77614209	52	2.0	52	96	0	192	44	20	7	26	1.78
77614889--77614983	49	2.0	48	91	2	154	38	17	16	26	1.91
77616606--77616652	22	2.1	22	88	7	69	57	0	4	38	1.18
77620873--77621192	158	2.0	158	100	0	640	50	10	12	26	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77621566--77621607	21	2.0	22	90	4	68	73	2	2	21	1.06
77621925--77621989	14	4.6	14	75	9	53	63	0	3	33	1.10
77623640--77624335	207	3.4	207	93	1	1196	28	22	18	31	1.97
77633129--77633189	30	2.0	30	100	0	122	16	19	29	34	1.94
77644221--77644252	16	2.0	16	93	0	55	6	12	3	78	1.06
77644248--77644286	18	2.2	18	90	9	62	17	5	2	74	1.12
77644233--77644294	13	4.8	13	79	14	67	16	8	1	74	1.13
77645306--77645796	173	2.9	173	83	6	615	31	16	25	27	1.96
77646163--77646205	22	2.0	22	85	0	59	48	9	4	37	1.56
77650023--77650064	14	3.1	14	89	3	68	0	28	0	71	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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