genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91122320

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16384911--16384954	6	7.5	6	85	14	56	25	0	2	72	0.96
16384911--16384954	17	2.5	18	82	14	56	25	0	2	72	0.96
16396769--16396819	15	3.5	15	81	10	52	0	33	0	66	0.92
16396770--16396833	19	3.3	18	80	20	67	0	34	0	65	0.93
16396810--16396855	24	1.9	25	86	8	69	0	39	0	60	0.97
16402035--16402059	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
16407988--16408042	6	10.2	5	81	18	58	18	3	0	78	0.90
16407990--16408037	6	8.3	6	81	9	64	16	4	0	79	0.89
16407990--16408037	11	4.2	11	86	7	69	16	4	0	79	0.89
16407991--16408037	17	2.8	17	93	6	78	17	4	0	78	0.90
16414265--16414510	120	2.0	120	94	0	429	35	8	19	36	1.82
16417872--16417911	16	2.5	16	95	0	71	52	7	20	20	1.70
16424032--16424101	35	2.0	35	100	0	140	31	25	17	25	1.97
16434156--16434200	19	2.4	18	85	10	63	35	15	0	48	1.45
16434156--16434205	20	2.6	19	87	9	66	36	16	0	48	1.46
16435738--16435837	20	5.0	20	77	9	96	41	18	9	32	1.81
16435983--16436109	23	5.4	24	77	9	93	35	20	19	24	1.96
16436020--16436134	45	2.4	46	78	9	117	34	20	21	23	1.96
16440929--16440963	18	1.9	18	88	0	52	25	5	22	45	1.74
16453452--16453515	19	3.5	18	68	19	51	64	3	0	32	1.10
16453885--16454018	66	2.0	66	92	0	223	23	19	9	47	1.79
16463765--16463835	18	3.9	18	77	14	83	35	16	7	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16463907--16463944	18	2.1	18	85	9	51	42	5	15	36	1.70
16464360--16464412	26	2.0	26	82	13	65	35	1	13	49	1.53
16465354--16465424	18	3.9	18	77	14	83	40	5	16	36	1.73
16465921--16465967	23	2.0	23	95	0	85	36	19	17	27	1.93
16480606--16480698	36	2.6	36	91	0	150	27	22	16	33	1.95
16480606--16480698	18	5.2	18	89	0	132	27	22	16	33	1.95
16489480--16489521	22	1.9	22	85	9	59	26	16	16	40	1.90
16500700--16500778	28	2.8	29	82	3	106	15	5	32	46	1.67
16500963--16501028	23	3.1	21	83	10	89	18	19	24	37	1.93
16502110--16502259	46	3.1	46	72	14	140	26	16	28	30	1.96
16505291--16505351	25	2.4	26	83	10	81	70	1	22	4	1.15
16511331--16511412	23	3.5	22	68	22	67	25	9	3	60	1.44
16511338--16511436	49	2.0	49	100	0	198	26	10	4	59	1.47
16511689--16511732	20	2.2	20	84	8	54	20	2	9	68	1.28
16514954--16515180	40	5.7	40	87	3	298	23	20	27	27	1.99
16519345--16519516	46	3.7	46	72	16	147	29	26	19	24	1.98
16519353--16519524	93	1.8	93	87	0	254	28	26	20	24	1.99
16519398--16519539	46	3.1	46	73	12	130	29	26	19	23	1.98
16522822--16523122	49	6.3	49	93	2	488	29	29	8	32	1.87
16526047--16526388	40	8.6	40	82	5	304	25	28	21	24	1.99
16526021--16526388	120	3.1	120	80	5	354	26	28	21	23	1.99
16532838--16533009	93	1.8	93	88	0	263	28	29	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16532830--16533005	46	3.8	46	75	12	171	29	28	19	22	1.98
16534961--16535000	19	2.1	19	86	9	55	25	20	12	42	1.86
16543547--16543665	48	2.5	47	82	2	132	36	16	21	26	1.94
16543545--16543648	46	2.2	46	82	3	127	36	16	23	24	1.94
16550908--16551004	48	2.1	48	88	3	144	36	14	21	27	1.93
16550912--16551021	48	2.3	46	84	3	139	35	15	20	29	1.93
16553605--16553705	43	2.3	43	79	6	105	30	16	24	27	1.97
16553511--16554495	178	5.6	177	86	2	1258	30	18	23	27	1.97
16556114--16556261	49	3.0	49	100	0	296	26	10	4	59	1.48
16556152--16556234	27	3.3	27	66	27	81	26	8	4	60	1.46
16556281--16556314	16	2.1	17	88	5	52	44	5	2	47	1.42
16556514--16556557	20	2.2	20	84	8	54	20	2	9	68	1.28
16557485--16557523	17	2.3	17	86	0	51	35	2	2	58	1.25
16573772--16573859	25	3.5	26	79	4	108	32	22	20	23	1.98
16573772--16573871	50	2.0	51	84	2	130	36	21	20	23	1.96
16578020--16578170	75	2.0	76	92	1	250	23	17	32	25	1.97
16578019--16578175	37	4.2	37	91	4	244	24	17	31	26	1.97
16599577--16599704	28	4.6	28	92	1	213	29	31	14	25	1.94
16613094--16613191	41	2.4	41	96	0	187	24	24	25	25	2.00
16613976--16614007	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
16625386--16625560	40	4.3	40	88	2	226	33	26	15	24	1.95
16628795--16628873	41	1.9	41	84	5	106	27	13	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16631100--16631178	39	2.0	39	90	0	122	31	21	11	35	1.89
16633202--16633232	16	1.9	16	93	0	53	74	0	6	19	1.03
16635723--16635905	67	2.8	64	76	8	183	29	16	30	23	1.96
16637923--16637996	27	2.7	27	80	0	94	39	20	8	32	1.82
16637978--16638199	27	8.3	27	85	2	286	33	21	20	24	1.97
16637924--16638172	54	4.6	54	81	5	227	34	21	17	26	1.95
16638849--16638950	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
16639109--16639193	6	13.8	6	73	18	68	20	18	14	47	1.83
16639086--16639154	31	2.2	32	89	2	104	18	15	13	52	1.75
16639121--16639172	19	2.7	19	87	0	68	19	21	11	48	1.80
16645527--16645655	40	3.2	40	84	6	154	33	20	17	28	1.95
16650779--16650963	40	4.6	40	79	7	205	25	22	27	25	2.00
16650779--16650963	80	2.3	81	85	4	232	25	22	27	25	2.00
16653758--16653799	17	2.5	17	96	0	75	30	14	19	35	1.91
16656407--16656704	148	2.0	148	94	1	517	13	27	23	35	1.92
16662301--16662431	41	3.1	41	61	25	92	29	23	9	38	1.86
16662273--16662621	85	4.1	85	99	0	671	26	26	8	38	1.84
16662943--16663093	27	5.6	27	83	2	178	40	19	7	31	1.81
16663105--16663247	27	5.3	27	85	0	187	30	23	7	38	1.83
16663103--16663247	54	2.7	54	91	0	218	31	22	7	38	1.82
16662937--16663311	27	13.9	27	77	5	177	36	21	8	34	1.83
16663117--16663275	81	2.0	81	84	2	212	32	22	6	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16663240--16663338	27	3.7	27	81	0	99	40	21	8	30	1.82
16663329--16663545	27	8.0	27	90	2	310	33	17	22	26	1.96
16663941--16664040	6	16.3	6	74	15	89	19	17	15	49	1.80
16663941--16664020	31	2.6	31	91	0	124	17	18	15	48	1.81
16663994--16664061	18	3.8	18	81	9	68	20	13	14	51	1.76
16665937--16665992	28	2.0	28	100	0	112	14	25	21	39	1.91
16666020--16666388	27	13.6	27	76	7	185	37	21	8	32	1.84
16666284--16666417	27	5.0	27	84	1	108	40	20	8	29	1.83
16666319--16666596	81	3.4	80	82	4	229	37	20	16	25	1.93
16666373--16666595	27	8.3	27	87	0	293	35	19	19	24	1.95
16666990--16667082	6	15.2	6	74	16	66	18	15	15	51	1.76
16666990--16667065	31	2.5	31	86	0	107	18	15	14	51	1.77
16685407--16685670	93	2.8	93	97	0	483	29	28	20	21	1.98
16685399--16685667	46	5.8	46	79	14	302	29	28	20	21	1.98
16691377--16691440	31	2.1	31	87	0	92	21	21	15	40	1.91
16691635--16691823	24	8.0	24	88	6	262	26	21	22	29	1.99
16691634--16691823	47	4.0	48	87	6	264	26	21	22	29	1.99
16691656--16691822	23	7.1	23	91	3	246	27	20	22	28	1.99
16691869--16691919	20	2.5	20	96	0	93	33	21	9	35	1.86
16693144--16693227	27	3.1	27	91	3	125	20	23	22	33	1.97
16693274--16693545	27	10.0	27	77	4	181	33	8	18	38	1.82
16693297--16693503	81	2.5	81	79	6	213	30	8	19	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16693379--16693583	54	3.8	54	81	3	153	36	8	20	35	1.82
16693496--16693653	27	5.9	27	90	1	219	40	8	22	27	1.84
16693470--16693630	81	2.0	81	82	0	196	40	9	20	29	1.85
16693510--16693707	54	3.7	54	81	2	173	37	10	22	28	1.88
16693659--16693757	27	3.6	27	80	9	103	34	10	17	38	1.83
16697988--16698239	27	9.3	27	82	5	276	23	19	19	36	1.95
16697988--16698237	54	4.6	54	85	1	306	24	19	20	36	1.95
16697992--16698230	81	3.0	81	88	1	338	23	20	19	36	1.95
16698274--16698400	27	4.7	28	82	4	136	28	8	23	39	1.84
16707752--16708012	39	6.7	39	98	0	495	27	24	20	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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